과세유형 전환시 재고매입세액공제

심판청구번호 국심2005중 3563(2005.12.26) > 1. 처분개요 청구인은 2002.11.13 ○○○ 대지 622.4㎡, 건물 1,433.72㎡(건물분에 대하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 간이과세자(숙박업)로 사업자등록하여 운영하던 중 2004.7.1부터 일반과세자로 과세유형이 전환된다는 통지를 받고 2004.7.25에 2004년도 1기분 부가가치세 확정신고와 함께 과세유형 변경당시의 감가상각자산가액 635,645,350원(쟁점부동산을 포함한 감가상각자산가액)을 신고하고, 2005.1.25에 2004년도 2기분 부가가치세 확정신고를 하면서 감가상각자산과 관련한 재고매입세액으로 26,886,903원(이하“쟁점재고매입세액”이라 한다)을 공제하여 환급받을 세액을 26,339,180원으로 신고하였으나, 처분청은 청구인이 쟁점부동산 등의 감가상각자산을 취득하면서 세금계산서를 수취하지 아니하여 재고매입세액공제대상에 해당하지 않은 것으로 보아 환급을 거부하고 신고불성실가산세를 적용하여 2005.3.4 청구인에게 2004년도 2기분 부가가치세 2,330,190원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.5.21 이의신청을 거쳐 2005.9.12 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점부동산을 사업의 포괄양수도 방식으로 인수하여 세금계산서를 교부받지 않은 것이며, 포괄양수도에 의한 사업의 양수이므로 응당 청구인을 일반과세자로 사업자등록하여야 함에도 처분청이 이러한 숙고도 없이 간이과세자로 하여 사업자등록증을 발급하고는 재고매입세액 공제대상이 아니라 하여 청구인에게 책임을 전가하는 것은 부당하며, 양도·양수자의 과세유형이 다르다 하여 사업의 양도·양수에 해당되지 않는다면 사업양수도의 취지에 맞지 않으므로 청구인이 간이과세자로 착오등록된 경우로 보아 일반과세자로 소급하여 환급하여 주거나 재고매입세액을 공제하여 주어야 한다.
• 나. 처분청 의견 사업의 포괄적 양도·양수계약에 의하여 사업을 양도·양수하였다 하더라도 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 것은 사업의 포괄적 양도·양수가 아닌 재화의 공급으로 보는 것이며, 청구인은 간이과세자로 사업자등록을 하였고, 쟁점부동산 등 감가상각자산에 대하여 세금계산서를 교부받지 않았으므로 쟁점재고매입세액을 공제하지 않고 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 일반과세자에게서 사업의 양도방식으로 사업을 양수받아 세금계산서를 교부받지 않은 사업자가 간이과세자로 사업자등록을 한 경우에 양도받은 감가상각자산에 대하여 재고매입세액공제를 신청할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조의 3 【재고매입세액공제】 ① 제25조의 규정에 의한 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다. (1999. 12. 28 개정)

② 제1항의 재고매입세액의 공제에 관하여 재고품의 범위, 그 적용시기 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1995. 12. 29 신설) 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22 개정)

⑥ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1993. 12. 31 항번개정)

(2) 부가가치세법시행령 제63조의 3 【일반과세자로 변경되는 때의 세액계산특례】 (1999. 12. 31 제목개정) ① 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 다음 각호에 규정된 재고품 및 감가상각자산(법 제17조의 규정에 의한 매입세액공제대상인 것에 한한다)을 변경되는 날의 직전과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고(국세정보통신망에 의한 신고를 포함한다)하여야 한다. (2004. 3. 17. 개정 ; 전자적민원처리를 위한 가석방자관리규정등중 개정령)

2. 제품(반제품 및 재공품을 포함한다)

3. 재료(부재료를 포함한다)

4. 감가상각자산(건물 및 구축물의 경우에는 취득·건설 또는 신축후 10년 이내의 것, 기타의 감가상각자산의 경우에는 취득 또는 제작후 2년 이내의 것에 한한다) (2001. 12. 31 개정)

② 제1항의 규정에 의한 재고품 및 감가상각자산의 금액은 장부 또는 세금계산서에 의하여 확인되는 당해 재고품 및 감가상각자산의 취득가액(부가가치세를 포함한다)으로 한다. (1993. 12. 31 신설)

③ 제1항의 규정에 의하여 신고한 자에 대하여는 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액을 매입세액(이하 “재고매입세액”이라 한다)으로 공제한다. 이 경우 제2호 및 제3호의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단 및 동조 제4항의 규정을 준용한다. (1993. 12. 31 신설)

1. 제1항 제1호 내지 제3호에 규정된 재고품 (1999. 12. 31 개정) 10 제74조의 3 제4항 재고매입세액 = 재고금액 × ――― × (1 - 각호의 규정에 의한) 110 부가가치율

2. 제1항 제4호에 규정된 자산으로서 다른사람으로부터 매입한 자산 (가) 건물 또는 구축물 (2001. 12. 31 개정) 재고매입세액 = 취득가액 × 5 10 제74조의 3 제4항 (1 - ---- × 경과된 과세) × ---- × (1 - 각호의 규정에 의한) 100 기간의 수 110 부가가치율 (나) 기타 감가상각자산 (1999. 12. 31 개정) 재고매입세액 = 취득가액 × 25 10 제74조의 3 제4항 (1 - ―― × 경과된 과세) × ―― × (1 - 각호의 규정에 의한) 100 기간의 수 110 부가가치율

3. 제1항 제4호에 규정된 자산으로서 사업자가 직접 제작·건설 또는 신축한 자산 (가) 건물 또는 구축물 (2001. 12. 31 개정) 재고매입세액 = 당해 자산의 건설 또는 신축과 관련된 공제대상매입세액 5 제74조의 3 제4항 ×(1 - ―― × 경과된 과세) × (1 - 각호의 규정에 의한) 100 기간의 수 부가가치율 (나) 기타의 감가상각자산 (1999. 12. 31 개정) 재고매입세액 = 당해 자산의 제작과 관련된 공제대상매입세액 25 제74조의 3 제4항 ×(1 - ―― × 경과된 과세) × (1 - 각호의 규정에 의한) 100 기간의 수 부가가치율

④ 제3항 각호의 산식 중 “제74조의 3 제4항 각호의 규정에 의한 부가가치율”은 일반과세자로 변경되기 직전일(감가상각자산의 경우에는 당해 감가상각자산의 취득일)이 속하는 과세기간에 적용된 당해 업종의 부가가치율을 말한다. 다만, 1996년 6월 30일 이전에 취득한 재고품 및 감가상각자산에 대한 공제율은 100분의 5로 한다. (1999. 12. 31 개정)

⑤ 일반과세자가 간이과세자로 변경된 후에 다시 일반과세자로 변경되는 경우에는 간이과세자로 변경된 때에 제74조의 4 제7항의 규정을 적용받지 아니한 재고품 및 감가상각자산에 대하여는 제1항 내지 제4항의 규정을 적용하지 아니한다. (1999. 12. 31 개정)

⑥ 제1항의 규정에 의한 신고를 받은 관할세무서장은 재고매입세액으로서 공제할 수 있는 재고금액을 조사·승인하고 제1항에 규정하는 기한 경과 후 1월 이내에 당해 사업자에게 공제될 재고매입세액을 통지하여야 한다. 이 경우 그 기한내에 통지하지 아니하는 때에는 당해 사업자가 신고한 재고금액을 승인한 것으로 본다. (1996. 7. 1 개정)

⑦ 제6항의 규정에 의하여 결정된 재고매입세액은 그 승인을 얻은 날이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. (2001. 12. 31 개정)

⑧ 제6항의 규정에 의하여 승인하거나 승인한 것으로 보는 재고매입세액의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 재고매입세액을 조사하여 경정한다. (1996. 7. 1 신설)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 사실관계를 살펴본다. (가) 청구인은 쟁점부동산의 양도인이 일반과세자로 숙박업에 공하던 쟁점부동산을 사업의 포괄적 양수·도 형태로 양수하여 간이과세자로 사업자등록(2002.11.13)을 한 후 계속하여 숙박업을 영위하였고, 이에 따라 쟁점부동산과 기타 감가상각자산에 대하여 매입세금계산서를 교부받거나 매입세액공제를 받은 사실이 없다. (나) 청구인은 2004.7.1부터 일반과세자로 전환되면서 2004년도 1기분 부가가치세 확정신고시인 2004.7.25에 과세유형변경 당시의 감가상각자산을 신고하고, 2004년도 2기분 확정신고시 감가상각자산에 대한 쟁점재고매입세액을 신고하면서 환급을 신청하였는 바, 처분청은 재고매입세액공제대상이 되는 감가상각자산은 매입세액공제대상이 되는 것에 한하는 것이므로 동 자산의 취득과 관련하여 청구인이 매입세금계산서를 교부받지 아니하여 재고매입세액공제대상이 아닌 것으로 보아 환급을 거부하고 신고불성실가산세를 적용하여 이 건 부가가치세를 과세하였다. (다) 이에 대하여, 청구인은 쟁점부동산을 취득한 것은 사업의 포괄적 양도·양수에 의한 것이므로 세금계산서를 교부받지 않았고, 따라서 매입세액공제를 신청하지도 않은 것이며, 청구인이 처분청에 사업자등록신청시 처분청에서 간이과세자로 등록한 것임에도 이제 와서 재고매입세액공제를 부인함은 부당하다는 주장이다.

(2) 재고매입세액공제란 간이과세자가 일반과세자로 변경된 경우에 변경일 현재의 재고품 및 감가상각자산에 대한 매입세액을 일반과세자로 변경후의 납부세액 계산시 매입세액으로 공제할 수 있도록 하는 것으로서, 간이과세자가 일반과세자로 전환되는 경우에 당해 전환일 현재의 재고품 등에 포함된 매입세액은 공제되지 않은 상태이며, 단지 간이과세자의 경우 매입세액의 20∼40%만이 납부세액에서 공제혜택을 받았을 뿐이어서 간이과세자가 재고품 등을 그대로 보유하고 일반과세자로 변경된 경우에는 재고품 등에 포함된 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없으므로 납부세액이 과다하게 발생하며 다른 일반과세자에 비하여 마진도 축소되는 불합리를 해소하기 위한 것이라 할 것이고, 재고매입세액공제대상은 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 날 현재의 재고품 및 감가상각자산으로서 부가가치세법 제17조 의 규정에 의하여 매입세액공제대상인 것에 한하는 것으로 규정(부가가치세법시행령 제63조 의 3 제1항)하고 있으므로, 이 건과 같이 청구인이 재고매입세액공제를 신청한 쟁점부동산과 기타 감가상각자산에 대한 매입세금계산서를 교부받지 않은경우에는 매입세액공제대상에 해당하지 않는 것이다(부가가치세법 제17조 제2항 참조).

(3) 청구인은 쟁점부동산을 사업의 포괄적 양도·양수로 취득하였으므로 세금계산서를 교부받지 않은 것이며, 청구인이 간이과세자로 사업자등록을 한 것은 청구인이 사업자등록을 신청할 때 처분청이 임의로 간이과세자로 등록시킨 것이므로 사업의 포괄적 양도·양수의 요건이 되지 않는다는 것은 부당하며 처분청이 재고매입세액공제를 부인하는 것도 부당하다는 주장이나, 설령, 청구인의 주장과 같이 쟁점부동산의 취득을 사업의 포괄적 양도·양수로 인정한다고 하더라도 부가가치세법상 사업의 양도·양수는 재화의 공급으로 보지 않는 것이고, 사업의 양도·양수라 할 지라도 세금계산서를 교부하고 해당 매출세액을 납부한 경우에는 이를 재화의 공급으로 보는 것(부가가치세법 제6조 제6항 제2호 참조)이므로 매입과 관련하여 부가가치세액을 납부한 사실이 없는 청구인의 경우에는 이에 대한 재고매입세액을 공제받을 수 없는 것이며, 또한 청구인은 처분청이 임의로 간이과세자로 등록하였다는 주장이나, 사업자등록신청시 과세유형은 일반과세자로의 등록대상이 아닌 경우(간이과세배제대상)외에는 사업자의 의사에 따르는 것이고 간이과세 요건이 되는 경우라도 사업자가 이를 포기할 수 있는 것이므로 청구인이 사업자등록 당시 간이과세자로 등록된 책임이 처분청에 있다는 주장도 이를 받아들이기 어려운 것으로 판단되므로 청구인이 신고한 감가상각자산이 재고매입세액공제대상에 해당하지 않는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.