양도소득세 이월과세 해당 여부

심판청구번호 국심2005중 3473(2006. 6. 26) font:15.0pt;line-height:160%;'>

• 가. 청구인은 개인사업체인 ○○○(사업자등록번호 ○○○)의 사업용 자산인 ○○○리 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2003.10.23. 주식회사 ○○○(사업자등록번호 ○○○, 이하 “청구외법인”이라 한다)에 현물출자하면서 2004.5.31. 양도소득세 확정신고시 이월과세적용신청서를 제출하지 아니하고 양도소득세 105,169,710원을 확정․신고한 후 이를 납부하지 않았으며, 이에 대하여 처분청은 2004.7.10. 청구인에게 2003년 귀속 양도소득세 106,749,410원(가산세 포함)을 결정고지하였다.
• 나. 청구인은 쟁점부동산의 현물출자에 대하여 조세특례제한법 제32조 의 규정에 의한 양도소득세 이월과세 적용대상으로 보아 2004.8.25. 국세기본법 제45조 의 2 제1항 제1호의 규정에 의거 경정(환급)청구서를 제출하면서 양도소득세 이월과세적용신청서를 제출하였다.
• 다. 처분청은 현물출자 등을 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고 기한 내에 이월과세적용신청서를 제출하여야 함에도 확정신고 기한 이후에 이를 제출하였다는 이유 등으로 양도소득세 이월과세적용 대상이 아니라고 보아 2005.6.15. 위 경정청구에 대하여 거부 처분하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2005.9.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 이월과세적용신청서의 기한 내 제출이 필수요건인지 여부 세법상 이월과세적용신청서의 제출에 대한 규정은 양도소득세의 이월과세를 적용받기 위한 필수적인 요건이 아니라 협력의무에 불과하여 현물출자에 의한 양도소득세 이월과세대상에 해당되면 사후 보정에 의하여 이월과세가 가능하며, 조세감면 및 면제요건에 해당되면 당연히 감면 또는 면제되는 것이지 감면 등의 신청이 없다는 이유로 감면 및 면제대상에서 제외하는 것은 부당하다. 따라서, 청구인은 법인으로 전환하면서 사업용 부동산을 현물 출자하여 양도소득세 이월과세대상에 해당되고, 양도소득세 확정신고기한 내에 이월과세신청서를 제출하지 못하였으나 경정청구에 의해 이월과세적용신청서를 제출하였으므로 양도소득세의 이월과세를 허용하여야 한다.

(2) 법인전환 사업장의 순자산가액 이상 출자 여부 청구인은 감정평가법인에 의뢰하여 부동산 등을 감정평가하고 부동산을 제외한 기타의 자산 및 부채 등은 회계법인에 감사를 의뢰하여 법인전환 사업장의 순자산가액을 확정하였는 바, 그 내용을 보면 자산이 3,524,743,994원이고 부채는 1,717,643,257원으로 자산에서 부채를 제외한 순자산가액은 1,807,100,737원이다. 청구외법인의 주식은 1주당 1만원에 발행(액면가 5천원)되어 청구인이 취득한 주식은 180,710주로서 자본금 903,550천원, 주식발행초과금 903,550,737원(단수차이에 의한 737원 자본잉여금으로 처리)으로 순자산가액을 사외유출없이 모두 출자함으로써 출자자의 연속성 및 사업의 계속성이 유지되고 있고, 사업용 부동산을 청구외법인이 계속해서 사업용 부동산으로 사용하고 있는 상태에서 양도소득세를 부과하는 것은 부당하므로 현물출자에 의한 양도소득세 이월과세를 허용하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 이월과세적용신청서의 기한 내 제출이 필수요건인지 여부 이월과세를 적용받고자 하는 경우에는 현물출자 등을 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고 기한 내에 새로이 설립되는 법인과 함께 이월과세적용신청서를 제출하여야 이월과세적용을 받을 수 있는 것인데, 청구인은 이 건 양도소득세를 신고․무납부한 후 과세표준확정신고 기한 경과 후 경정청구를 통하여 이월과세적용신청서를 제출하였으므로 경정청구의 대상에 해당하는지 여부는 별론으로 하더라도 양도소득세 이월과세적용은 타당하지 아니하다.

(2) 법인전환 사업장의 순자산가액 이상 출자 여부 사업용 고정자산을 현물 출자하는 등으로 법인으로 전환하는 경우 사업용 고정자산에 대하여 이월과세를 적용받기 위해서는 전환전 사업장의 순자산가액 이상을 출자하여야 하는 것인 바, 이 건의 경우 전환전 사업장의 순자산가액이 1,807,120,737원이고 동 금액 이상을 출자하여야 하나 청구인이 취득한 주식가액은 903,550,000원(액면가)으로 순자산가액에 미달되며 주식발행초과금 903,550,737원을 포함하더라도 출자금액이 1,807,100,737원으로 순자산가액에 미달되므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 청구인이 과세표준확정신고시(2004.5.31.) 신설된 법인과 함께 “이월과세적용신청서”를 제출하지 아니하고 양도소득세를 신고․무납부하였다가, 확정신고기간 경과 후인 2004.8.25. 경정청구에 의거 이월과세적용신청서를 제출한 경우 이월과세적용이 가능한지 여부

② 법인전환 사업장의 순자산가액 이상 출자하였는지 여부

• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항의 규정은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인 경우에 한하여 이를 적용한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 거주자는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세적용신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】② 법 제32조 제1항에서 󰡒대통령령이 정하는 사업양수도방법󰡓이라 함은 법인설립일부터 소급하여 1년 이상 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항의 규정에 의한 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

③ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 법 제32조 제2항에서 󰡒대통령령이 정하는 금액󰡓이라 함은 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. (3) 조세특례제한법시행령 제28조 【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】① 법 제31조 제1항에서 󰡒대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합󰡓이라 함은 제130조 제2항의 규정에 의한 소비성서비스업(당해 사업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 당해 사업의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(중소기업기본법에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국세기본법 제39조 제2항 의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 사업용고정자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것

② 법 제31조 제1항에서 󰡒대통령령이 정하는 사업용 고정자산󰡓이라 함은 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 재정경제부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.

③ 법 제31조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (4) 국세기본법 제45조 의 2【경정등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련자료에 의하면 다음의 사실을 알 수 있다. (가) 청구인이 ○○○(개인)의 사업용 자산인 쟁점부동산을 2003.10.23. 청구외법인에 현물출자방식으로 법인 전환한 것에 대하여, 처분청은 양도소득세 확정신고기간(2004.5.31.) 내에 기준시가로 양도소득세를 신고하도록 청구인에게 고지전 통지를 하였다. (나) 청구인은 2004.5.31. 쟁점부동산의 현물출자에 대하여 양도소득세를 확정 신고한 후 납부세액 105,169천원을 납부하지 아니하자, 처분청은 2004.7.10. 청구인에게 이 건 양도소득세를 무납부 결정고지하였다. (다) 2004.8.25. 청구인은 국세기본법 제45조 의 2 제1항 제1호의 규정에 의거 경정청구서를 제출하면서 조세특례제한법 제32조 (법인전환에 대한 양도소득세 이월과세) 규정에 의거 양도소득세 이월과세적용신청서를 제출하였으나, 처분청은 ① 청구인이 이월과세신청서를 과세표준확정신고 기한(2004.5.31.) 내에 제출하지 아니하였고, ② 법인전환시 전환전 사업장의 순자산가액 이상을 출자하지 않았다는 이유로 2005.6.15. 위 경정청구에 대하여 거부처분을 하였다.

(2) 쟁점①에 대하여 (가) 조세특례제한법 제32조 제1항 의 규정에 의하면, 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 당해 사업용 고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고, 동 법 시행령 제29조 제3항의 규정에 의하면, 법 32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물 출자한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 새로이 설립되는 법인과 함께 이월과세적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. (나) 조세감면의 경우 감면요건을 충족하는 경우에는 감면신청을 하지 않더라도 감면대상이 되는 것으로 해석함으로써 위 기한 내 제출규정을 단순한 협력의무에 불과한 것으로 보고 있으나○○○, 이 건은 조세감면이 아니라 이월과세에 관한 것이고, 조세감면의 경우 납세자가 변경되지 않지만 이월과세의 경우는 납세자가 개인에서 법인으로 변경되어 부과하여야 할 조세가 개인에서 법인으로 전가되는 문제가 있기 때문에 납세자의 명확한 의사표시가 요구되는 점을 감안할 때, 이월과세적용신청서의 기한(당해 과세연도의 과세표준확정 신고)내 제출규정을 납세자의 단순한 협력의무로 보기보다는 최소한 당해 과세연도 과세표준확정시까지 납세자가 이를 선택하도록 한 것으로 봄이 타당하다. 또한, 국세기본법 제45조 의 2 제1항 제1호의 규정에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 후 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에 한하여 경정청구하도록 규정하고 있고, 이 건은 당초 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 적법하게 신고되었다는 점에서 국세기본법 제45조 의 2 제1항의 규정에 의한 경정청구 대상으로 보기도 어렵다. 따라서, 2004.5.31. 청구인이 쟁점부동산의 현물출자에 대한 양도소득세 확정신고를 한 후 2004.8.25. 경정청구서를 제출하면서 양도소득세 이월과세적용신청서를 제출한 것에 대하여, 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 쟁점②에 대하여는 쟁점①이 기각 결정되어 심리할 실익이 없으므로 이에 대한 심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.