법인의 사실과 다른 회계처리로 인하여 과다하게 신고・납부된 법인세에 대해서도 일정한 요건하에 과세표준과 세액을 경정하도록 한 입법취지 등을 감안할 때 주식회사의 외부감사에 관한 법률의 입법취지에 반한다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 것은 부당함
법인의 사실과 다른 회계처리로 인하여 과다하게 신고・납부된 법인세에 대해서도 일정한 요건하에 과세표준과 세액을 경정하도록 한 입법취지 등을 감안할 때 주식회사의 외부감사에 관한 법률의 입법취지에 반한다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 것은 부당함
○○○세무서장이 2005.8.19. 청구법인에게 한 2002사업연도 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.
청구법인은 1986.9.25. 설립되어 절삭공구 제조업을 영위하고 있는 사업자로서 외부감사 거쳐 2002사업연도 재무제표를 첨부하여 2002사업연도 법인세를 자진신고납부하였으나 2004.3.10. 증권선물위원회의 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제15조 및 증권거래법 제206조 의 3 규정에 의한 2002사업연도 재무제표에 대하여 조사․감리를 받은 결과 기말제품재고 3,394,565,085원을 과대계상하여 당기순이익을 과대계상한 사실이 적출되었으며, 2004.11.30. 청구법인은 위 지적된 사실 내용대로 재무제표를 정정 2002사업연도 법인세를 산출하여, 청구법인이 기 신고한 내용보다 결정세액은 687,698,920원, 농어촌특별세는 7,183,520원이 각각 감소한 것으로 하여 처분청에 법인세 경정청구를 하였다. 처분청은 위 경정청구가 국세기본법 제15조 규정에 의한 신의성실원칙에 위반되는 것이라 하여 2005.5.27. 청구법인에게 경정거부통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.8.19. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때
2. 제120조 또는 제120조의 2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출매입처별계산서합계표 또는 매출매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때
3. 제117조 및 부가가치세법 제32조 의 2의 규정에 의하여 신용카드가맹점 가입대상자로 지정된 법인이 정당한 사유없이 신용카드가맹점으로 가입하지 아니한 경우로서 시설규모나 업황을 감안하여 신고내용이 불성실하다고 판단되는 때 (3) 국세기본법 제45조 의 2【경정등의 청구】
① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당 하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때
2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때
3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때
5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.
(1) 청구법인은 2002사업연도 결산시 기말제품재고를 과대계상하여 재무제표를 작성하여 각 종 보고 및 신고를 하였으나, 재무제표에 대한 증권선물위원회 등의 조사결과 분식 결산한 사실이 적발됨에 따라 2004.11.30. 2002사업연도의 법인세 과세표준 지적된 내용대로 수정하여 처분청에 경정청구를 하였으며, 처분청은 이에 대하여 청구법인이 사실과 다른 회계처리를 하지 않은 것처럼 재무제표를 공시하고 당해 사업연도의 법인세를 계산하여 자진신고·납부하였다가 증권선물위원회의 재무제표 감리에 의해 사실과 다른 회계처리사실이 드러나자 경정청구하는 것은 납세자의 신의성실의 원칙과 주식회사의 외부감사에 관한 법률의 입법취지에 의하여 그 실질여부를 판단할 필요도 없이 받아들일 수 없다는 이유로 거부하였다.
(2) 이에 대하여 청구법인은 당해 과세기간에 대해 법인세를 신고·납부하였다 하더라도 사후에 사실과 다른 회계처리사실이 확인되었다면 그 확인된 구체적 사실에 따라 경정이 이루어져야 한다고 주장하므로 이에 대해 살펴본다.
(3) 금융감독원이 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제15조의 규정에 의하여 청구법인의 제17기(2002.1.1.~12.31.), 제18기(2003.1.1.~12.31.) 재무제표를 감리한 결과 사실과 다른 회계처리사실이 발견되어 청구법인이 회계처리기준을 위반한 사실을 지적하였고, 이에 따라 증권선물위원회는 청구법인의 재무제표를 감리하여 청구법인이 2002사업연도 사업실적을 결산하면서 기말제품재고금액을 17,311백만원에서 20,706백만원으로 과대계상하고 제품수불부의 출고금액을 과소계상(조정)함으로써 제품매출원가를 44,511백만원에서 41,366백만원으로 3,395백만원 축소 조정하여 3,395백만원의 당기이익을 과대계상한 사실을 확인하여 청구법인이 사실과 다른 회계처리를 하였다는 내용을 의결하고, 임원 해임권고 1명, 과징금 22,600,000원 및 감사인 지정 2년(2004년～2005사업연도) 등의 제재조치를 한 사실이 증권선물위원회의 외부회계감사 부실감리자료 지적사항에 의하여 확인되는 바, 청구법인이 기말제품재고금액을 과다계상하여 당기순이익을 3,395백만원 과다하게 계상한 사실이 인정된다.
(4) 실질과세의 원칙에 비추어 법인세의 과세소득을 계산함에 있어서 구체적인 세법 적용의 기준이 되는 과세사실의 판단은 당해 법인의 기장내용, 계정과목, 거래명의에 불구하고 그 거래의 실질내용을 기준으로 하여야 한다.(대법원90누10384, 1993.7.27.외다수) 또한, 납세의무자에게 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 것이어야 할 것인 바(대법원 98두17968, 1999.11.26), 조세법률주의에 의하여 합법성이 강하게 작용하는 조세 실체법에 대한 신의성실의 원칙 적용은 합법성을 희생하여서라도 구체적 신뢰보호의 필요성이 인정되는 경우에 한하여 허용된다고 할 것이고, 과세관청은 실지조사권을 가지고 있을 뿐만 아니라 경우에 따라서 그 실질을 조사하여 과세하여야 할 의무가 있으며, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임도 부담하고 있는 점 등에 비추어 보면, 납세의무자가 자산을 과대계상하거나 부채를 과소계상하는 등의 방법으로 사실과 다른 결산을 하고 이에 따라 과다하게 법인세를 신고·납부하였다가 그 과다납부한 세액에 대하여 경정청구를 하여 다툰다는 사정만으로 신의성실의 원칙에 위반될 정도로 심한 배신행위를 하였다고 볼 수는 없는 것이고, 과세관청이 사실과 다른 결산에 따른 법인세신고를 그대로 믿고 과세하였다고 하더라도 이를 실질내용을 배제하면서까지 보호받을 가치가 있는 신뢰로 볼 수는 없는 것이다(대법원 2005두6300, 2006.1.26. ; 2005두10170, 2006.4.14. 참조).
(5) 이 건의 경우, 앞서 살펴 본 바와 같이 청구법인이 당기순이익을 부풀리기 위한 방편으로 기말제품재고액을 과대계상하는 등 사실과 다른 회계처리의 방법으로 회계장부를 조작하고, 그 조작된 장부를 가지고 산정한 당해 사업연도의 법인세를 과세관청에 신고·납부한 후 스스로 그 장부가 조작되었음을 주장하며 조작된 부분을 손금산입하여 과세표준과 세액을 다시 계산하여야 한다면서 경정청구를 한 것이어서 명백히 자기의 과거의 언동에 반하는 행위라고 할 수 있으나, 사실과 다른 회계처리 등 회계장부 조작행위에 대해서는 별도의 주식회사의 외부감사에 관한 법률 등에서 이를 처벌하는 규정을 두고 있는 점, 광범위한 실지조사권을 가지고 조세과징권을 행사하는 처분청은 납세의무자인 청구법인에 비하여 세법상 우월한 지위에 있다고 볼 수 있는 점, 법인세법이 2003.12.30. 법률 제7005호로 개정되면서 제66조 제2항 제4호에 사실과 다르게 회계처리된 장부를 기초로 과세표준과 세액을 과다 계상하여 법인세를 신고·납부한 법인이 일정한 요건하에 국세기본법 관련규정에 따라 경정청구를 하면 과세관청은 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 경정하도록 하는 규정을 신 설한 점 등을 종합하여 보면, 과거의 언동에 반하는 청구법인의 이 건 경정청구가 국세기본법 제15조 에서 정한 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 정도로 심한 배신행위에 기인하였다고 보기는 어렵다 할 것이다. 또한, 이 건 경정청구가 비록 주식회사의 외부감사에 관한 법률의 입법취지에 위배되는 면은 있으나 동 법률은 독립된 외부의 감사인이 그 주식회사에 대한 회계감사를 실시하여 회계처리의 적정을 기하게 함으로써 이해관계인의 보호와 기업의 건전한 발전에 기여함을 목적으로 하고 있고, 주식회사가 사실과 다른 회계처리를 한 경우 동 법률에 규정된 바에 따라 이에 상응하는 적절한 제재조치를 함으로써 동 법률의 입법취지가 효율적으로 실현될 수 있도록 제도적 장치를 두고 있으므로 사실과 다른 회계와 관련된 조세문제는 동 법률의 입법취지보다는 실질과세의 원칙 등 세법의 기본원리를 우선적으로 적용하는 것이 합리적이라 할 것이고, 2003.12.30. 법인세법 제66조 제2항 제4호 가 신설되어 법인의 사실과 다른 회계처리로 인하여 과다하게 신고·납부된 법인세에 대해서도 일정한 요건하에 과세표준과 세액을 경정하도록 한 입법취지 등을 감안할 때 주식회사의 외부감사에 관한 법률의 입법취지에 반한다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 처분청의 의견은 합당하지 않는 것으로 보인다.(○○○) 따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.