사실과 다른 회계처리로 손금 산입하지 아니한 비용을 해당 사업연도의 손금에 산입하여 법인세 등의 환급을 구하는 경정청구가 정당한지

○○세무서장이 2005.5.2. 청구법인에게 한 2002~2003 사업연도분 법인세 등 469,904,340원의 화급 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

청구법인은 회사정리절차 진행 중에 있는 법인으로 2002.(1.1~12.31.)사업연도에 외주가공비 1,150,000,000원과 2003.(1.1.~12.31.)사업연도의 외주가공비 1,834,408,668원 및 수출제비용 700,000,000원(합계 2,534,408,668원)을 손금에 산입하지 아니하고 결산을 함으로서 법인세 및 농어촌특별세를 과다하게 신고 납부한 사실을 확인하고, 2005.1.25. 국세기본법 제45조의2 의규정에 의하여 2002.사업연도분 법인세 138,000,000원 및 농어촌특별세34,500,000원과 2003사업연도분 법인세 239,843,470원 및 농어촌특별세 57,560,870원 합계 469,904,340원의 환급을 요구하는 경정청구서를 처분청에 제출하였다. 처분청은 2003.12.31. 이전에 분식회계 처리한 부분에 대하여는 경정청구 대상이 아니므로 환급 불가함을 2005.5.2. 청구법인에게 통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.7.28이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 손금으로 인정될 외주가공비 및 수출제비용을 당초 회계처리과정에서 비용으로 반영하지 아니하였으나 실질과세 원칙을 적용하지 못할 정도로 신의성실원칙을 위반하였다고는 볼 수 없으므로 실질과세원칙에 따라 손금으로 인정하여야 한다.

(2) 법인 장부상 누락된 비용과 가공매출을 기초로 한 법인세부과처분은 손금산입되거나 익금 불산입되어야 할 부분을 제대로 반영하지 아니한 채 산정된 소득을 기준으로 한 것으로 위법하다.

• 나. 처분청 의견 타인을 기망할 목적으로 사실과 다른 회계처리를 하고 회사정리절차 진행 중 사실과 다르게 회계처리한 사실이 확인되자 법인세 등을 과다 신고납부하였다고 주장하는 것은 신의성실의 원칙을 위배한 것으로, 이를 용인하게 되면 사실과다른 회계처리를 조장할 우려가 있어 사실과 다른 회계처리로 인하여 납부한 조세는 환급할 수 없는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 사실과 다른 회계처리로 손금 산입하지 아니한 비용을 해당사업연도의 손금에 산입하여 법인세 등의 환급을 구하는 경정청구가 정당한지 여부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제45조의2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정시고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (2003.12.30.개정)

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세벙의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때(1994.12.22신설)

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급헤액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때(1994.12.22신설)

○ 국세기본법 제15조【신의․성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

○ 법인세법 제58조의3 【사실과 다른 회계처리에 기인한 경정에 따른 세액공제】

① 내국인이 제66조 제2항 제4호의 규정에 의한 경정을 받은때에는 당해 경정일이 속하는 사업연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 사업연도의 법인세액에서 과다납부한 세액을 순차적으로 공제한다. (2003.12.30.신설)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인이 당해 사실과 다른 회계처리와 관련하여 그 경정일이 속하는 사업연도 이전의 사업연도에 국세기본법 제45조 의 규정에 의한 수정시고를 하여 납부할세액이 있는 경우에는 그 납부할 세액에서 제1항의 규정에 의한 과다 납부한 세액을 먼저 공제하여야 한다. (2003.12.30.신설)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 세액공제와 관련한 구체적인방법 및 절차는 대통령령으로 정한다.(2003.12.30.신설)

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.(1998.12.28 개정)

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.(1998.12.28 개정)

1. 신고내용에 오유 또는 탈루가 있는 때 (1998.12.28 개정)

증권거래법 제186조의 2의 규정에 의한 사업보고서 및 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제8조의 규정에 의한 감사보고서를 제출함에 있어서 수익 또는 자산을 과다계상하거나 손비 또는 부채를 과소계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 당해 내국법인․그감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령이 정하는 경고․주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의하여 경정을 청구한 때 (2003.12.30. 신설)

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 당해 과세기간에 대한 법인세를 신고 ․ 납부한 후 사실과 다른 회계처리사실이 확인되어 그 확인된 구체적 사실에 따라 경정이 이루어져야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 청구법인이 타인을 기망할 목적으로 사실과 다른 회계처리를 하고 해당사업연도의 법인세를 자진신고 ․ 납부하였다가 나중에 사실과 다른 회계처리사실이 드러나자 경정청구하는 것은 납세자의 신의성실의 원칙에 위배되어 경정하는 것은 부당하다고 주장하므로 이를 살펴본다.

(1) 청구법인은 2002사업연도에 외주가공비 1,150,000,000원과 2003사업연도의 외주가공비 1,834,408,668원 및 수출제비용 700,000,000원을 정상적으로 지출하고, 청구법인과 거래처 모두가 부가가치세를 신고 ․ 납부하였음에도 청구법인은 이들 비용을 법인 소득금액 계산시에 손금에 산입하지 아니한 사실이 처분청의 청구법인에 대한 법인세 경정청구 현지확인 조사서에 의하여 확인되다.

(2) 실질과세의 원칙에 비추어 법인세 과세소득을 계산함에 있어서 구체적인 세법 적용의 기준이 되는 과세사실의 판단은 당해법인의 기장내용, 계정과목, 거래명의에 불구하고 그 거래의 실직내용을 기준으로 하여야 할 것인 바(대법원 90누10384, 1993.7.27.외 다수), 청구법인이 당초 법정신고기한내에 한 법인세 신고는 장부상 과소계상된 비용 등을 기초로 한 것으로서 손금산입되어야 할 부분을 제대로 반영하지 아니한 것으로 확인된다.

(3) 납세의무자에게 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 객관적으로 모순되는 형태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 것이어야 할 것인 바(대법원 98두17968,1999,11,26. 참조), 조세법률주의에 의하여 합법성이 강하게 작용하는 조세 실체법에 대한 신의성실의 원칙 적용은 합법성을 희생하여서라도 구체적 신뢰보호의 필요성이 인정되는 경우에 한하여 허용된다고 할 것이고, 과세관청은 실지조사권을 가지고 있을 뿐만 아니라 경우에 따라서 그 실질을 조사하여 과세하여야할 의무가 있으며, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임도 부담하고 있는 점 등에 비추어 보면, 납세의무자가 자산을 과대계상하거나 부채를 과소계상하는 등의 방법으로 사실과 다른 결산을 하고 이에 따라 과다하게 법인세를 신고 ․ 납부하였다가 그 과다납부한 세액에 대하여 경정청구를 하여 다툰다는 사정만으로 신의성실의 원칙에 위반될 정도로 심한 배신행위를 하였다고 볼 수는 없는 것이고, 과세관청이 사실과 다른 결산에 따른 법인세신고를 그대로 믿고 과세하였다고 하더라도 이를 보호받을 가치가 있는 신뢰라고 할 수도 없다(대법원 2005두6300, 2006.1.26. ; 2005두10170,2006.4.14.참조).

(4) 이 건의 경우, 청구법인이 당기순이익을 부풀리기 위한 방편으로 손금산입되어야 할 항목을 숨기는 등 사실과 다른 회계처리의 방법으로 회계장부를 조작하고, 그 조작된 장부를 가지고 산정한 해당 사업연도의 법인세를 과세관청에 신고 ․ 납부한 후 스스로 그 장부가 조작되었음을 주장하며 조작된 부분을 손금산입하여 과세표준과 세액을 다시 계산하여야 한다면서 경정청구를 한 것이어서 명백히 자기의 과거의 언동에 반하는 행위라고 할 수 있으나, 사실과 다른 회계처리 등 회계장부 조작행위에 대해서는 주식회사의 외부감사에 관한 법률 등에서 이를 처벌하는 규정을 두고 있는 점, 광범위한 실지조사권을 가지고 조세과징권을 행사하는 처분청은 납세의무자인 청구법인에 비하여 세법상 우월한 지위에 있다고 볼 수 있는 점, 법인세법이 2003.12.30.법률 제7005호로 개정되면서 재66조 제2항 제4호에 사실과 다르게 회계처리된 장부를 기초로 과세표준과 세액을 과다 계상하여 법인세를 신고․납부한 법인이 일정한 요건하에 국세기본법 관련규정에 따라 경정청구를 하면 과세관청은 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 경정하도록 하는 규정을 신설한 점 등을 종합하여 보면, 과거의 언동에 반하는 청구법인의 이 건 경정청구가 국세기본법 제15조 에서 정한 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 정도로 심한 배신행위에 기인하였다고 보기는 어렵다 할 것이다.

(5) 따라서 청구법인의 회계장부상 과소계상된 2002사업연도분외주가공비 1,150,000,000원과 2003사업연도분 외주가공비 1,834,408,668원 및 수출제비용 700,000,000원을 해당 사업연도의 손금에 산입함으로서 당초 법인세 신고시 과다하게 신고 납부한 2002사업연도분 법인세 138,000,000원 및 농어촌특별세 34,500,000원과 2003사업연도분 법인세 239,843,470원 및 농어촌특별세 57,560,870원의 환급을 요구하는 청구법인의 경정청구를 처분청이 거부한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.