중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례 규정 적용 여부

심판청구번호 국심 2005중2140(2006. 6. 8.) 74,509,780원의 과세처분은 청구인이 1997.12.31 무상증자로 교부받은 ○○○의 발행주식 44,179주중 22,770주를 양도소득세 비과세 대상으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구인은 중소기업창업지원법 제7조 제1항 의 규정에 의해 설립된 중소기업창업투자회사인 ○○○의 주식 53,500주를 1997. 3.31. 유상증자로 취득하고 1997년(날짜 미상)에 50,300주를 타인으로부터 매입하였으며 1997.12.31. 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상증자로 44,179주(이하󰡒쟁점주식󰡓이라 한다)를 취득하였고, 1999.11.19. 96,186주를 유상증자로 취득하여 총 244,165주를 보유하였다. 청구인은 2000.3.13. ○○○의 주식 146,203주(1997.3. 31. 유상증자 취득 51,724주, 1997년 타인으로부터 매입 50,300주, 1997.12.31. 무상증자 취득 44,179주)를 1주당 5,000원으로 총금액 731,015,000원에 매도하고 2001.5.31. 양도소득세 과세미달로 신고하였다. 처분청은 청구인이 2000.3.13. 양도한 비상장주식 146,203주 중 1997.3.31. 유상증자로 취득한 51,724주는 양도소득세 비과세 대상이지만 1997년에 타인으로부터 매입한 비상장주식 50,300주와 1997.12.31. 무상증자로 교부받은 쟁점주식 44,179주는 양도소득세 과세대상이라 하여 2004.11.1. 청구인에게 2000년 귀속 양도소득세 74,509,780원을 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.3.25 이의신청을 거쳐 2005.7.14 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 조세특례제한법 제14조 의 근본취지는 창업자를 육성․지원하기 위한 규정으로 그 방법으로는 중소기업창업투자회사 등을 통한 창업자에 대한 금융지원이라 할 수 있는 것이고 이러한 중소기업창업투자회사의 자본금의 증가는 곧 창업자의 사업안정성 및 재무구조 개선에 기여하게 되며 자본금을 증가시키는 투자행위에 대하여 비과세한다는 것이 핵심내용이고, 무상증자는 자본잉여금을 자본금으로 대체시켜 실질적으로 자본금을 증가시키는 것으로 무상증자의 재원이 되는 자본잉여금 또한 주주와의 거래를 통한 자본거래의 결과물이므로 무상증자로 취득한 쟁점주식의 양도에 대하여 비과세를 배제하고 양도소득세를 부과한 처분은 위법․부당하다.

(2) 양도 당시 조세특례제한법 관련규정에 무상주로 교부받은 비상장주식 양도분에 대해 양도소득세 비과세 적용을 배제한다는 명문규정이 없으며, 2000.12.29. 신설된 조세특례제한법 제13조 제2항 제3호 규정에 의하면 당해 기업이 설립된 후 7년이내에 잉여금의 자본전입에 의하는 방법으로 취득한 무상주의 양도에 대하여는 비과세한다고 규정하고 있어 이 건의 경우는 비과세대상임이 명백하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 조세특례제한법상의 각종 감면 규정은 자본시장의 환경에 따라 계속 변동되는 법률로써 그 적용시기를 엄격하게 적용하여야 하는 바, 국세청 예규(재산 46014-924, 2000.7.27)에서도 벤처기업의 무상증자로 교부받은 주식 또는 출자지분을 양도하는 경우에는 양도소득세 과세특례 규정을 적용받을 수 없는 것임이라고 해석하고 있어 무상증자로 교부받은 주식의 양도에 대한 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점주식은 1997.12.31. 무상증자로 취득하여 2000.3.13. 양도한 주식으로 2000.12.29. 신설된 조세특례제한법 제13조 제2항 제3호 의 규정은 이 법 시행 후 최초로 취득하는 주식 또는 출자지분부터 적용된다고 규정하고 있어(2000.12.29. 법률 제6297호 부칙 제6조), 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁 점 자본잉여금의 자본전입에 따라 교부받은 중소기업창업투자회사의 비상장주식(무상주)을 양도하는 경우에도 조세특례제한법 제14조 (중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례) 규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

4. 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득 소득세법시행령 제157조 【토지등의 범위】 ⑤ 법 제94조 제4호에서 "한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것" 이라 함은 제158조 제1항 제1호제4호 또는 제5호에 해당하지 아니하는 주식등(신주인수권을 포함한다)으로서 유가증권시장에 상장되지 아니한 것 중 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 주권상장법인외의 법인의 주식 등을 양도하는 것. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외한다.

• 가. 신규로 유가증권시장에 상장하기 위하여 증권거래법 제2조 제4항 의 규정에 의한 매출의 방식에 의하여 양도하는 것
• 나. 증권거래법 제172조 의 2의 규정에 의하여 한국증권업협회에 등록을 하기 위하여 증권거래법 제2조 제4항 의 규정에 의한 매출의 방식에 의하여 양도하는 것
• 다. 협회중개시장을 통하여 양도하는 것

2. 제1호 각목의 1에 해당하는 것으로서 법인의 주식등의 합계액 중 100분의 5 이상에 해당하는 주식 등을 소유하고 있는 주주 1인 및 기타 주주가 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 1 이상을 양도하는 경우의 당해 주식등 조세특례제한법 제13조 【중소기업창업투자회사등의 주식양도차익등에 대한 비과세】①중소기업창업지원법에 의한 중소기업창업투자회사(이하 "중소기업창업투자회사"라 한다) 또는 여신전문금융업법에 의한 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다.

1. 중소기업창업투자회사가 중소기업창업지원법에 의한 창업자(이하 "창업자"라 한다) 또는 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다)에 출자한 주식 또는 지분

2. 신기술사업금융업자가 신기술사업금융지원에관한법률에 의한 신기술사업자(이하 "신기술사업자"라 한다) 또는 벤처기업에 출자한 주식 또는 지분

② 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융업자가 창업자, 신기술사업자 또는 벤처기업으로부터 2003년 12월 31일까지 지급받는 배당소득에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. 조세특례제한법 제14조 【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도하는 경우에는 소득세법 제94조 제3호 및 제4호의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 타인의 주식이나 출자지분을 양수하는 방법으로 출자하여 양도하는 경우에는 그러하지 아니하다.

여신전문금융업법 제3조 제1항 의 규정에 의하여 신기술사업금융업만을 등록한 여신전문금융회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2. 중소기업창업지원법에 의한 중소기업창업투자조합(이하 󰡒중소기업창업투자조합󰡓이라 한다)이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

3. 여신전문금융업법에 의한 신기술사업투자조합(이하 󰡒신기술사업투자조합󰡓이라 한다)이 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

4. 벤처기업에 출자함으로써 최초로 취득(벤처기업육성에 관한 특별조치법 제14조의 규정에 의한 조합에 출자하여 벤처기업주식을 취득한 경우를 포함한다)한 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것) 조세특례제한법 제13조 【중소기업창업투자회사등의 주식양도차익등에 대한 비과세】 ①중소기업창업지원법에 의한 중소기업창업투자회사(이하 "중소기업창업투자회사"라 한다) 또는 여신전문금융업법에 의한 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다.

1. 중소기업창업투자회사가 중소기업창업지원법에 의한 창업자(이하 "창업자"라 한다) 또는 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다)에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2. 신기술사업금융업자가 신기술사업금융지원에관한법률에 의한 신기술사업자(이하 "신기술사업자"라 한다) 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

3. 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융회사가 제14조의 규정에 의한 중소기업창업투자조합 또는 신기술사업투자조합을 통하여 창업자․신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분<신설 2000.12.29>

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 출자는 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융회사가 직접 또는 중소기업창업투자조합 및 신기술사업투자조합을 통하여 다음 각호의 1에 해당하는 방법으로 창업자․신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다. <신설 2000.12.29>

1. 당해 기업의 설립시에 자본금으로 납입하는 방법

2. 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

3. 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금의 자본전입에 의하는 방법

4. 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무의 자본전환에 의하는 방법③중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융업자가 제1항의 규정에 의한 출자로 인하여 창업자, 신기술사업자 또는 벤처기업으로부터 2003년 12월 31일까지 지급받는 배당소득에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. <개정 2000.12.29>

④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 양도차익 및 배당소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 조세특례제한법 제14조 【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】① 다음 각호의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호제2호제2호의 2제3호제4호 및 제6호의 규정에 의한 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각호의 1의 규정에 의한 방법으로 취득하는 경우에 한한다)의 양도에 대하여는 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 제1호제2호제2호의 2제3호 내지 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다.

여신전문금융업법 제3조 제1항 의 규정에 의하여 신기술사업금융업만을 등록한 여신전문금융회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 조세특례제한법시행령 제12조 【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】 ① 법 제14조 제1항 제4호에서 󰡒대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분󰡓이라 함은 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다.

1. 창업후 3년 이내인 벤처기업(벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 중소기업창업지원법 제7조 제1항 의 규정에 의해 설립된 중소기업창업투자회사인 ○○○의 주식을 취득하여 소유하다가 양도한 현황은 다음과 같고, 2000.3.13 양도분에 대하여는 2001.5 과세미달로 신고하였으나 처분청은 타인으로부터 매입한 주식과 무상증자로 취득한 주식의 양도분은 양도소득세 과세대상이라고 하여 이 건 과세를 하였다.

○○○

(2) 쟁점주식 양도 당시의 관련규정인 조세특례제한법 제14조 【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】제1항은 “다음 각호의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도하는 경우에는 소득세법 제94조 제3호 및 제4호의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 타인의 주식이나 출자지분을 양수하는 방법으로 출자하여 양도하는 경우에는 그러하지 아니하다.”고 규정하고 그 제1호는 “중소기업창업투자회사 또는 여신전문금융업법 제3조 제1항 의 규정에 의하여 신기술사업금융업만을 등록한 여신전문금융회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분”을 규정하여, 중소기업창업투자회사 또는 여신전문금융업법 제3조 제1항 의 규정에 의하여 신기술사업금융업만을 등록한 여신전문금융회사(이하 “중소기업창업투자회사등”이라 한다)에 출자함으로써 취득한 주식을 양도하는 경우에는 양도소득세를 비과세하면서 다만, 타인의 주식을 양수하는 방법으로 출자하여 양도하는 경우에는 양도소득세를 과세하도록 규정하고 있다.

(3) 이 건의 경우 쟁점주식발행법인인 ○○○가 중소기업창업투자회사인 점에 대하여는 다툼이 없으나, 무상증자에 의하여 취득한 주식이 양도소득세 비과세 대상인지에 대하여 다툼이 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 먼저, 위 조세특례제한법 제14조 제1항 제1호 의 개정내용을 보면, 1990.12.31 구 조세감면규제법 제67조의 16을 신설하면서 그 제1호에 중소기업창업투자회사 등에 “직접 출자”함으로써 취득한 주식 등에 대하여 양도소득세를 비과세하는 것으로 규정하였는데, 1993.12.31 전면개정시 조문번호를 제13조로 개정하였으며, 1998.12.28 전면개정시 조문번호를 다시 제14조로 개정하고 위 “직접 출자”를 “출자”로 개정함과 동시에 제1항 본문 단서에 “타인의 주식을 양수하는 방법으로 출자하여 취득한 주식을 양도하는 경우에는” 비과세 대상이 아닌 것으로 하여 주식을 양수한 경우만을 비과세 대상 주식 취득방법인 출자에 해당되지 않는 것으로 명시한 바 있다. 한편, 이 건과 같이 중소기업창업투자회사 등에 대한 것으로서 과세특례의 내용을 증권거래세 면제에 대하여 규정한 조세특례제한법 제117조 제1항 제1호 의 규정을 적용함에 있어서 “직접 출자”란 유상증자, 무상증자, 전환사채의 전환에 의하여 주권 또는 지분을 취득한 경우를 포함하며, 타인의 지분을 양수한 경우를 제외하는 것이라고 유권해석하고 있다(재정경제부 재산 46014-281, 2000.10.4). 또한, 이 건 조세특례제한법 제14조 제1항 제1호 와 같이 중소기업창업투자회사 등에 대한 규정으로서 이 조항보다 앞에 규정하고 있는 조세특례제한법 제13조 【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】의 규정에서는 비록 이 건 양도일(2000.3.13) 이후인 2000.12.29에 신설하기는 하였지만, 제2항에 “출자”를 정의하였는데, “출자는 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융회사가 직접 또는 중소기업창업투자조합 및 신기술사업투자조합을 통하여 다음 각호의 1에 해당하는 방법으로 창업자․신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다.”고 하여 타인으로부터 매입분 외에는 출자로 보도록 하면서, 그 제3호에서는 이 건과 같이 무상증자에 의하여 취득한 경우인 “당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금의 자본전입에 의하는 방법”으로 취득한 경우를 비과세 대상 주식의 취득방법인 출자로 규정하고 있다. 이상에서 살펴본 당해 규정의 개정연혁, 관련규정의 출자의 개념에 관한 재정경제부 유권해석, 관련규정의 출자에 대한 개정내용 등을 종합하여 보면, 타인으로부터 양수한 주식을 양도하는 경우에는 중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례가 적용되지 아니하고 이 건과 같이 무상증자에 의하여 취득한 주식을 양도하는 경우에는 과세특례를 적용하는 것이 타당하다고 할 것이나, 다만 무상증자에 의해 취득한 주식중 타인으로부터 양수한 주식분 무상주의 경우 결과적으로 타인으로부터 양수한 주식으로 인하여 받게 된 것이므로 이 주식도 타인으로부터 양수한 주식에 대하여 과세특례를 배제하는 것과 마찬가지의 이유로 과세특례의 적용대상에서 배제하는 것이 논리상 타당한 것으로 판단된다.

(4) 이 건의 경우 청구인이 1997.1.29. 설립한 ○○○로부터 1997.12.31. 무상증자에 의하여 무상주 44,179주를 자본잉여금(주식발행초과금)의 자본전입에 따라 취득하였지만, 이 주식중 22,770주는 유상증자로 취득한 53,500주로 인하여 받았고 나머지 21,409주는 타인으로부터 양수하여 보유한 50,300주로 인하여 받은 것이므로 그 중 유상증자로 취득한 주식의 보유로 인하여 받은 22,770주에 대하여만 양도소득세 비과세대상으로 하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.