교회가 법인으로 보는 단체에 해당하는지 여부

심판청구번호 국심2005중 1624(2005.8.12) ">1. 처분개요 청구인은 ○○○(이하 "청구교회"라 한다)의 담임목사로 1992.6.25. ○○○, 지상 교회건물 86.21㎡ 및 ○○○(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 증여받아 취득하여 2003.12.1. 양도하고 양도소득세를 무신고하였다. 처분청은 청구인의 양도소득세 무신고에 대하여 2005.1.6. 청구인에게 2003년 귀속분 양도소득세 539,850원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.4.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산은 교회건물로서 종교고유목적으로 사용해 왔고, 청구교회는 ○○○부로부터 설립허가된 ○○○ 유지재단 소속 ○○○회에 소속되어 있고, ○○○구청에 종교단체로 등록되어 있으며, 쟁점부동산이 청구교회 명의로 등기되어 있으므로 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 단체에 해당하는 비영리법인이다. 쟁점부동산은 청구교회 재직회 및 운영위원회의 결의를 거쳐 매각되었고, 매각대금으로 ○○○ 소재 교회를 취득하였으며, ○○○청으로부터 등록번호(○○○)를 부여받고, ○○○세무서로부터 법인으로 보는 단체의 교유번호(○○○)를 부여받았는 바, 처분청 담당직원의 업무미숙으로 청구인을 개인사업자로 사업자등록을 한 후에 그 책임을 청구인에게 돌리면서 청구교회의 종교고유목적 재산인 쟁점부동산을 목사 개인의 재산으로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산이 ○○○ 유지재단 소속 ○○○의 명의로 관리·사용되는지 여부가 불분명하고, 개별교회 명의로 등기되어 청구교회가 별도로 독립운영하였으며, 쟁점부동산은 관할 구청에서 부동산등기법에 의하여 부동산등기용 등록번호를 부여받았으므로 이는 주무관청에 등록된 것이 아니고, 청구교회는 개인으로 사업자등록을 신청하여 이 건 과세처분당시까지도 계속사업자로 사업자등록(○○○)되어 있으므로 비영리법인으로 볼 수 없으므로 처분청이 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구교회가 법인으로 보는 단체에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】① 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단·재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단·재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단·재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단·재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단·재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ (이하 생략) 국세기본법시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청·승인 등】① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 단체의 명칭 (1994. 12. 31 개정)

2. 주사무소의 소재지 (1994. 12. 31 개정)

3. ∼ 7. (생략)

③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 부가가치세법시행령 제8조 제2항 에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 법인세법 제111조 의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구교회는 1995.9.12. 처분청으로부터 사업자등록증을 교부받았으나, 법인이 아닌 개인으로서의 종교단체의 번호(○○○)를 부여받았고, 1992.6.24. ○○○시 ○○○장으로부터 (종교단체)등록증명서(○○○)를 교부받았는 바, 이는 부동산등기법 제41조 의 2와 법인 아닌 사단·재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번호부여 절차에 관한 규정 제8조의 규정에 의하여 발급받았으며, 청구교회의 담임목사 및 운영위원으로 구성되는 운영위원회는 교회의 동산, 부동산을 관리하고, 재산권 처분 및 변동에 관한 결의를 하는 것으로 되어 있음이 청구인이 제시하고 있는 청구교회의 정관 제6조, 제9조, 제10조 및 제14조에 의하여 확인된다. 쟁점부동산 등기부등본, 토지대장 및 건물대장에 의하면, ○○○ 및 지상 교회건물 ○○○는 1992.6.25. 증여원인으로 하여 1992.7.14. ○○○ 담임목사 박○○○ 명의로 소유권이전등기되었고, 같은 동 ○○○는 1993.6.17. 증여원인으로 하여 1993.6.18. ○○○ 명의로 각각 소유권이전등기가 경료되었음이 확인된다. 또한, 청구인이 제시하고 있는 ○○○장관의 재단법인 ○○○ 유지재단에 대한 1978.12.6.자 법인설립허가서, ○○○의 청구교회에 대한 2003.3.10.자 사실확인서, 2002.6.29.자 대표자증명, ○○○ 총회장의 2004.1.5.자 소속증명서, 2004.1.5.자 직인증명서 등에 의하면, 재단법인 ○○○은 주무관청으로부터 민법 제32조 에 의하여 설립을 허가받은 비영리법인에 해당하나, 청구교회는 ○○○에 소속된 교회일 뿐, 국세기본법 제13조 제1항 제1호 에 규정된 "주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단 기타 단체"에 해당하지 아니함을 알 수 있다.

(2) 교회를 공익목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로 판단하는 경우 쟁점교회는 국세기본법 제13조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 법인으로 보는 것이 타당하나, 교회는 일반적으로 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지며, 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하는 것이라 할 것인 바, 교회를 법인격없는 재단으로 보는 것은 교회재산이 재단의 단독소유가 된다는 점에서 타당하지 아니하다(○○○. 같은 뜻임). 또한, 국세기본법 제13조 제2항 의 규정내용을 보면 법인격없는 단체는 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 경우에 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용할 수 있다고 규정되어 있는 바, 청구교회는 쟁점부동산 양도당시(2003.12.1.) 법인으로 보는 단체의 승인신청서를 관할 세무서장에게 제출한 바 없음이 확인되므로, 동 규정이 적용될 여지가 없다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구교회를 법인으로 보지 아니하고 소득세법상의 거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다(○○○. 등 다수 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.