작업진행률 적용 및 중소기업특별세액감면 대상 업종인 건설업 해당 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 1998.9.28부터 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○○-○에서 일반건축공사 건설업을 영위하는 법인으로, 1999.12월 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○○-○번지외 4필지를 취득하여 그 지상에 ○○○○○(지하 6층, 지상 24층, 아파트 462세대, 오피스텔 21실, 상가, 이하 “쟁점아파트”라 한다)을 신축․분양하기 위하여 2002.5.22 시공사인 ○○○○주식회사(이하 “시공사”라 한다)와 건설공사 도급계약을 체결하고, 2000.7월 선분양하여 2000.11월 쟁점아파트를 착공하고, 2003.8월 준공검사를 받았다. 처분청은 청구법인의 1999.1.1~2002.12.31사업연도에 대하여 2004.4.21~2004.10.29 기간 동안 법인제세조사를 실시한 결과를 ○○지방국세청장으로부터 통보받아 아래와 같은 이유로 2004.12.16 청구법인에게 법인세 2000.1.1~12.31사업연도 2,890,385,500원을 경정결정하였다.

① 예약매출의 경우 공사완공 시점인 2003사업연도는 미분양분을 제외한 분양분에 대하여는 작업진행률에 의하여 계산된 금액으로 익금과 손금을 계상하여야 함에도, 청구법인은 임의로 인도기준으로 회계기준을 변경하는 방법으로 과세소득을 이연시킨 사실을 적출하고 작업진행률을 재계산하여 익금누락 총12,954,589,672원 및 손금누락 총 10,755,345,020원을 각 사업연도에 익금산입 및 손금산입하였다.

② 청구법인은 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의한 중소기업특별세액감면 대상 업종(건설업)이 아닌 부동산공급업 중 주거용 건물공급업에 해당한다고 보아 중소기업특별세액감면분 777,696,428원을 감면 배제하였다.

③ 판매관리비 및 공사원가 중 가공노무비 1,789,860,000원, 가공급여 62,986,670원, 임대료 수입금액 누락 24,000,000원, 가공차입금 48,812,886원, 가공매입금액 77,946,000원 합계 2,003,605,556원(이하 “쟁점가공금액”이라 한다)에 대하여 익금산입 및 손금불산입하고, 지급처가 불분명한 1,979,530,546원을 대표자에게 상여처분하였으며, 지급처가 확인된 24,075,010원을 관련인에게 상여처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.3.10 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점아파트는 준공된 사업연도말까지도 그 대금이 청산되지 아니하여 청구법인이 그 소유권을 이전하거나 입주 사용하게 하지 아니하였기 때문에 2003사업연도 중에는 민법상 쟁점아파트의 매매에 관한 권리의무가 확정되지 아니하였고, 법인세법상 그 익금과 손금이 확정되지 아니하여 2003사업연도의 익금 및 손금에 산입할 수 없음에도 불구하고, 처분청이 2003사업연도의 작업진행률에 의하여 계산한 수익과 비용을 2003사업연도의 익금과 손금으로 산입한 처분은 손익의 귀속사업연도에 관한 법인세법 제40조 의 규정에 저촉되어 위법할 뿐만 아니라, 법인세법시행령 제69조 제2항 의 규정을 해석 적용함에 있어 국세기본법 제18조 소정의 세법해석․적용의 기준에도 저촉되는 위법한 처분이다.

(2) 청구법인은 종합건설업 면허를 소지하고 있는 종합건설 중소기업체로서 쟁점아파트를 신축 분양함에 있어, 청구법인의 계정으로 건설분양사업계획에 관한 총괄적인 책임을 지고, 자영(17%) 및 도급(83%)에 의하여 쟁점아파트를 신축하여 분양하였는바, 이와 같은 산업활동은 소득세법상 건설업에 해당됨은 물론 한국표준산업분류표에 의하더라도 종합건설업 중 주택건설업(코드번호 4521)에 해당된다. 한편, 쟁점아파트의 신축․분양은 법인세법시행령 제69조 제2항 의 규정에 의한 예약매출로서 분양 당시 약정한 분양가액은 분양한 날이 속하는 사업연도 이후의 사업연도에 분납하는 경우에도 변동되는 것이 아니므로 그 분양수익에 대한 법인세 납세의무의 성립 시기는 형식적으로는 그 수익이 실현된 사업연도의 종료시이나, 실질적으로는 분양계약 당시에 납세의무가 이미 성립되어 있는 것이라 할 것이다. 그렇다면, 처분청과 같이 2001.12.29 조세특례제한법 제2조 에 업종 구분에 관한 일반적 규정 즉, 한국표준산업분류에 의하여 업종을 구분하도록 규정되었고, 설사 그 규정에 의할 때 쟁점 아파트의 신축․분양과 같은 주택신축판매업이 건설업이 아니라 주택공급업에 해당된다고 해석된다 하더라도, 일단 실질적으로 납세의무가 성립된 후에 이와 같은 새로운 입법 규정 및 해석에 의하여 과세(감면 배제)하는 것은 국세기본법 제18조 소정의 세법해석의 기준 및 소급과세의 금지 규정에 위배된다 할 것이다.

(3) 청구법인은 2000~2003사업연도에 쟁점가공금액을 인출하여 주주․임원․종업원 차입금(이하 “주․임․종 차입금”이라 한다) 이자지급 755,885,663원, ○○○○주식회사(이하 “○○○○”라 한다) 인수수수료 지급 1,000,000,000원, 부동산 알선수수료 지급 130,000,000원, 관리대행 용역비 지급 117,000,000원을 공식장부상 기재가 되지 아니하였을 뿐, 실질적으로 청구법인의 업무와 직접 관련하여 지출한 금액이므로 국세기본법 제14조 의 실질과세원칙에 따라 그 지출의 귀속이 밝혀진 것이므로 이 건 처분은 부당하다.

(4) 처분청은 2004.4.21 청구법인에게 국세기본법 제81조의6 제1항 의 규정에 의하여 세무조사 사전통지를 하면서, 조사대상기간을 1999~2002사업연도로 통지하였음에도 불구하고, 조사대상기간에 포함되지 아니한 2003사업연도분을 조사하여 과세한 처분은 세무조사의 절차적 요건이 결여되어 위법한 처분이므로 취소하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 법인세법 제40조 제1항 의 규정은 일반적인 익금 및 손금의 총체적인 기준을 규정한 것이고, 용역의 매출로서 그 목적물의 건설 등이 착공일로부터 준공일까지의 기간이 1년 이상인 경우에는 법인세법시행령 제69조 제2항 의 규정에 의한 예약매출에 해당되므로 작업진행률에 의하여 계산된 익금과 손금을 각 사업연도에 귀속시키는 것이다. 청구법인은 손익 인식을 작업진행률에서 임의로 인도기준으로 변경하여 기업회계기분상의 일반원칙인 계속성의 원칙을 위배하였을 뿐만 아니라, 일반법인 민법에 우선하여 세법의 규정을 적용하여야 함에도 장황하게 불필요한 민법의 규정을 인용하였고, 더 나아가 회사의 필요에 따라 세법을 자의적으로 해석하여 법인세법에 규정된 작업진행률 기준을 무시하고 공사가 완공된 사업연도에는 인도기준을 적용해야 한다는 주장은 타당성이 없다.

(2) 청구법인은 쟁점아파트 건설시 직접 건설활동을 하지 않고, 시공사와 건설공사 도급계약에 의하여 쟁점아파트를 준공하고, 자사 명의로 분양 판매하는 경우, 한국표준산업분류표상 부동산공급업 중 주거용 건물공급업(코드번호70121)에 해당하여 조세특례제한법 제7조 의 감면대상 업종에 해당하지 않으므로 감면세액을 감면배제한 처분은 정당하다(국세청 예규 서이46012-11700, 2002.9.12, 서이 46012-11461, 2003.8.5, 서이 46012-12116, 2003.12.15 참조).

(3) 쟁점가공금액 중 주․임․종 차입금 이자지급 755,885,663원에 대하여 차입금 자금원천 및 이자지급 여부를 확인한 바, 장부상 등재된 각 명의인(자금 대여자)의 자금은 전혀 없고, 이자를 지급한 사실이 전혀 없으며, 지급의무도 없는 것으로 확인된다. 또한, 청구법인은 2003사업연도에 쟁점가공금액에서 ○○○○에 대한 인수수수료 1,000,000,000원을 주식회사 ○○○(이하 “○○○”라 한다)에 지급하였다고 주장하고 있어 이에 대하여 확인한 바, ○○○는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○번지에서 1987.4.1부터 모조장신구 제조업을 영위하는 법인(대표이사는 ○○○)으로 2004.12.31 직권폐업 되었고, 2003사업연도 법인세를 무신고한 사실이 확인되며, 청구법인의 예금잔고 2,530백만원 중에서 회사자금으로 2003.6.17에 1,000,000,000원을 인출하여 지급한 사실이 확인되어 쟁점가공금액에서 지급하였다는 주장은 허위로 판명되었으며, 청구법인은 쟁점가공금액에서 지급하였다는 구체적인 증빙 및 인수비용으로 사용한 내역 등의 제시가 없다. 한편, 청구법인은 부동산 알선수수료 130,000,000원을 지급한 시기 및 지급자, 지급경위 등을 제시하지 아니하고 있다. 마지막으로, 청구법인은 ○○○과 2000.6.1 관리대행 용역계약을 체결하여 쟁점아파트의 공사 총괄, 자재 검수, 기성금 확정 및 감리업무 감독 등의 용역으로 200.6월부터 준공시까지 매월 3,000천원을 지급하기로 계약하여 39개월간 117,000천원을 지급하였다고 주장하나, 청구법인은 시공사와 일괄도급계약을 체결하여 별도의 비용이나 인력이 필요하지 않은 상황이었고, 매월 3,000천원의 관리대행 용역료를 지급한 경우, 사업자이면 세금계산서를 수취하여야 하고, 비사업자이면 원천징수를 하여야 하나 이러한 사실이 없고, 관리대행 계약자인 ○○○에게 관리대행 용역비로 지급한 금융자료 등 거래증빙 등의 제출이 없는 등 청구법인이 제출한 “관리대행 용역계약서”의 지급금액은 인정하기 어렵다.

(4) 2003사업연도분을 경정․결정한 내용은 각 적출항목이 세무조사 사전통지시 적시한 조사대상 과세기간을 조사하면서 조사사무처리규정 제29조 제1항 제3호의 조사대상 과세기간의 명백한 세금탈루 사실이 다른 과세기간으로 연결되는 경우 및 같은 항 제4호 세법 적용 착오 등이 다른 과세기간과 연결되어 있는 경우 등 조사대상 기간을 연장 없이 조사할 수 있는 항목들에 해당하는 부분에 한하여 경정결정한 것이고, 처분청이 임의로 조사대상 사업연도를 확대하여 2003사업연도에 대한 법인세 및 부가가치세 조사를 실시한 사실이 없으며, 조사사무처리 규정에는 세무조사사전통지서에 기재된 조사대상기간이 아니더라도 조사사항이 다른 연도와 관련이 있는 등 일정한 요건이 되면 조사관할 관서장의 승인 없이도 조사대상기간을 확대할 수 있는 경우 및 조사관할 관서장의 승인을 받아야 확대할 수 있는 경우를 각각 규정하고 있으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점아파트는 준공된 2003사업연도말까지도 그 대금이 청산되지 아니하여 청구법인이 그 소유권을 이전하거나 사용․수익하게 하지 아니하였기 때문에 2003사업연도에는 민법상 매매에 관한 권리의무가 확정되지 아니하였고, 법인세법상 그 익금과 손금이 확정되지 아니하여 2003사업연도의 익금 및 손금에 산입할 수 없음에도 불구하고, 처분청이 2003사업연도의 작업진행률에 의하여 계산된 익금과 손금으로 산입한 처분은 부당하다는 청구 주장의 당부

(2) 청구법인이 쟁점아파트 신축․분양시 타 건설업체에 도급을 주어 완공한 경우, 중소기업특별세액감면 대상 업종인 건설업에 해당하는지 여부

(3) 쟁점가공금액이 청구법인의 업무와 직접 관련하여 지출한 금액인지 여부

(4) 세무조사 사전통지서에 기재된 조사대상 사업연도에 포함되지 아니한 2003사업연도분을 조사하여 과세한 처분이 세무조사의 절차적 요건이 결여되어 위법한 처분인지 여부

• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제40조 【손익의 귀속 사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 같은 법 시행령 제68조【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용 수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다. 같은 법 시행령 제69조 【용역 제공 등에 의한 손익의 귀속 사업연도】 ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설․제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도 (이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물이 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다. 같은 법 시행규칙 제34조 【작업진행률의 계산 등】①영 제69조 제2항 본문에서 “건설 등을 완료한 정도”라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 비율(건설외의 경우에는 이를 준용하여 계산한 비율을 말한다)을 말한다. 이 경우 총공사예정비는 영 제79조 제2호에 해당하는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약당시에 추정한 공사원가에 당해 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가를 말한다. 작업진행률 = 당해 사업연도말까지 발생한 총공사비 누적액 / 총 공사예정비

② 영 제69조 제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

계약금액 × 작업진행률 - 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

당해 사업연도에 발생된 총비용 (2) 민법 제563조 【매매의 의의】 매매는 당사자 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다. 같은 법 제568조 【매매의 효력】①매도인은 매수인에 대하여 매매의 목적이 된 권리를 이전하여야 하며 매수인은 매도인에게 그 대금을 지급하여야 한다.

② 전항의 쌍방의무는 특별한 약정이나 관습이 없으면 동시에 이행하여야 한다. 같은 법 제536조 【동시이행의 항변권】①쌍무계약의 당사자 일방은 상대방이 그 채무이행을 제공할 때까지 자기의 채무이행을 거절할 수 있다. 그러나 상대방의 채무가 변제기에 있지 아니하는 때에는 그러하지 아니하다. (3) 조세특례제한법 제2조 【정 의】 ③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제17조 의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다. (2001.12. 29 신설) 같은 법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】 ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. (단서 생략)

1. 감면업종(2002. 12. 11 개정)

• 다. 건설업(2002. 12. 11 개정)

• 가. 수도권정비계획법 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 “수도권”이라 한다)안에서 중소기업을 영위하는 내국인 중 대통령령이 정하는 소기업(이하 조에서 ”소기업“이라 한다)과 대통령령이 정하는 지식기반 산업을 영위하는 중소기업: 100분의 20(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광사업을 영위하는 소기업은 100분 10)
• 나. 수도권 외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인: 100분의 30(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광사업을 영위하는 중소기업은 100분의 10)

(4) 한국표준산업분류 F. 건설업(45~46) 45 종합건설업: 지반조성공사 및 토목시설물의 건설공사를 수행하는 산업활동 및 각종 건축물을 신축, 증축, 재축 및 개축에 관한 총괄적인 책임을 지고 건설활동을 수행하는 산업활동을 말한다. 452 건물건설업: 도급 또는 자영 종합건설업자에 의하여 건물을 신축․증축․재축․개축하는 산업활동을 말하며 조립식 건물의 건설활동도 여기에 포함된다. <제 외> ․ 다른 건설업체에 위탁하여 건설한 후 직접 분양하는 경우(7012) 4521 주거용 건물건설업: 단독 및 다세대 주택, 아파트 등의 주거용 건물을 직접 건설하는 산업활동을 말한다. 45212 아파트 건설업: 주거용 아파트를 건설하는 산업활동을 말한다. <제 외> ․ 다른 건설업체에 위탁하여 건설한 후 직접 분양하는 경우(7012) L 부동산 및 임대업(70~71) 70121 주거용 건물공급업: 직접 건설활동을 수행하지 않고 건설업체에 의뢰하여 주거용 건물을 건설하고 이를 분양 ․ 판매하는 산업활동을 말한다. (5) 국세기본법 제14조 【실질과세】 ① 과세 대상이 되는 소득 ․ 수익 ․ 재산 ․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득 ․ 수익 ․재산 ․ 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질 내용에 따라 적용한다. 같은 법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】 ① 세법의 해석 ․ 적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득 ․ 수익 ․ 재산 ․행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다. 같은 법 21조【납세의무의 성립시기】① 국세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다. 1호: 소득세 또는 법인세에 있어서는 과세기간이 종료하는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세에 있어서는 당해 법인이 해산(분할 또는 분할 합병으로 인한 해산을 포함한다) 또는 합병을 하는 때 같은 법 제81조 6【세무조사의 사전통지와 연기신청】① 세무공무원은 국세에 관한 조사를 위하여 당해 장부 ․ 서류 기타 물건 등을 조사하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조의 규정에 의하여 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말하며, 이하 이 조에서 같다)에게 조사개시 7일전에 조사대상 세목 및 조사사유 기타 대통령령이 정하는 사항을 통지하여야 한다. 다만, 범칙사건에 대한 조사 또는 사전 통지의 경우 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

(6) 조사사무처리규정 제29조【조사대상 과세기간 확대의 제한】① 조사자는 다음 각호의 1에 해당하는 경우 외에는 조사 진행 중 임의로 조사대상 과세기간을 확대할 수 없다.

3. 조사대상 과세기간의 명백한 세금탈루 사실이 다른 과세기간으로 연결되는 경우

4. 기타 세법적용 착오 등이 다른 과세기간과 연결되어 있는 경우

• 다. 사실관계 및 판단 쟁점 (1)에 대하여 본다. (가) 청구법인의 2000~2002사업연도 법인세과세표준 신고내용을 보면, 청구법인은 2000~2002사업연도에 총 분양대상 쟁점아파트 중 미분양분을 제외한 분양분에 대하여 법인세법시행령 제69조 제2항 의 규정에 의한 작업진행률로 각 사업연도별 익금과 손금을 계산하여 법인세과표준을 신고하고, 쟁점아파트의 준공사업연도인 2003사업연도에는 분양분 중 잔금이 완납된 세대만 작업진행률에 의하여 계산된 금액을 익금과 손금에 산입하였으며, 2003사업연도말까지 잔금이 완납되지 않은 세대에 대하여는 2003사업연도의 익금과 손금에 산입하지 않고, 잔금이 완납된 사업연도에 익금과 손금으로 산입하여 법인세과세표준을 신고한 사실이 신고서에 의하여 확인된다. (나) 처분청의 과세내용을 보면, 처분청은 공사 착공일부터 준공예정일까지의 공사기간이 1년 이상으로 아파트 등 분양공사(예약매출 관련 건설공사)로 인한 익금과 손금의 손익 귀속사업연도는 법인세법시행령 제69조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제34조에서 규정하는 예약매출에 해당되어 작업진행률(건설업회계처리준칙)에 의하여 손익을 인식하여야 함에도, 청구법인이 임의로 회계기준을 변경하여 과세소득을 이연시켰다 하여 작업진행률에 의하여 익금과 손금을 재계산하여 이 건 과세한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (다) 청구법인은 법인세법 제40조 제1항 의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하고, 그 익금과 손금이 확정되지 아니한 경우에는 어느 사업연도에서 귀속시킬 수 없는 것이며, 그 익금과 손금이 확정되었을 때 익금과 손금에 산입하여야 한다고 주장하고 있으나, 법인세법 제40조 제1항 의 규정은 일반적인 익금 및 손금의 총체적인 기준을 규정한 것이고, 용역의 매출로서 그 목적물의 건설 등이 착공일로부터 준공일까지의 기간이 1년 이상인 경우에는 법인세법시행령 제69조 제2항 의 규정에 의한 예약매출에 해당되므로 작업진행률에 의하여 계산된 익금과 손금을 각 사업연도에 귀속시키는 것이라고 보인다. (라) 청구법인은 익금과 손금이 확정된 날이란 그 대금을 청산한 날이나, 소유권 이전, 또는 사용수익일 중 가장 빠른 날로 익금과 손금을 확정한다고 주장하고 있으나, 법인세법시행령 제68조 제1항 제3호의 규정은 상품이외의 자산의 양도에 대한 총체적인 경우에 적용하는 것이고, 용역의 매출로 그 목적물의 건설 등의 착공일로부터 준공일까지의 기간이 1년 이상인 경우에는 법인세법시행령 제69조 제2항 에서 규정하는 작업진행률을 적용하여 계산된 익금과 손금을 각 사업연도에 귀속시키는 것이 타당하다 할 것이다. (마) 한편, 청구법인은 쟁점아파트와 같이 예약매출로서 그 목적물이 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간이 1년 이상인 경우 작업진행률에 따라 익금과 손금에 산입하는 경우라 하더라도, 그 목적물의 준공과 동시에 그 목적물은 자산에 해당하므로 준공된 2003사업연도말까지도 그 대금이 청산되지 않아 청구법인이 그 소유권을 이전하거나 사용 ․ 수익하게 하지 아니하였기 때문에 2003사업연도 중에는 민법상 권리의무가 확정되지 아니하였고, 법인세법상 그 익금과 손금이 확정되지 않았으므로 2003사업연도의 작업진행률에 의하여 계산된 익금과 손금으로 산입한 처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구법인은 쟁점아파트를 2000.7월부터 분양을 시작하였고, 2000.11월 착공하여 2003.8월 준공한 법인으로서, 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간이 1년 이상인 예약매출에 해당하는 경우이며, 예약매출의 경우 법인세법시행령 제69조 제2항 의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금을 확정하는 것이고, 청구법인이 주장하는 법인세법시행령 제68조 제1항 은 자산의 양도 등에 해당하는 규정이며, 청구법인과 같이 용역의 예약매출은 법인세법 제69조 제2항 을 적용하는 것이 정당하다 할 것이다. (바) 청구법인은 2003사업연도에 작업진행률에 의하여 익금과 손금을 계산한 처분은 국세기본법 제18조 (세법해석의 기준 및 소급과세의 금지)의 규정에도 저촉되는 위법한 처분이라고 주장하고 있으나, 위와 같이 법인세법에 규정된 작업진행률을 기준으로 이 건 과세한 처분은 잘못이 없다고 보인다. (사) 위의 사실과 관련법령을 종합하여 볼 때, 쟁점아파트 건설공사의 경우 익금과 손금의 귀속사업연도는 법인세법시행령 제69조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제34조에서 규정하는 예약매출에 해당되어 작업진행률에 의하여 손익을 인식하여야 할 것으로 보이므로 청구법인의 주장은 받아들이기가 어렵다고 판단된다. 쟁점 (2)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 2002~2003사업연도 법인세 과세표준 신고시 조세특례제한법 제7조 의 제1호 및 제2호 나항의 규정에 의하여 당해 업종에서 발생한 소득의 30/100을 감면비율로 법인세 777,696,428원(2002년 96,433,191원, 2003년 681,263,237원)의 중소기업특별세액감면을 받은 사실이 신고서에 의하여 확인된다. (나) 처분청은 청구법인이 아파트 등을 건설시 직접 건설활동을 하지 않고 시공사와 건설공사 도급계약에 의하여 아파트를 신축 ․ 분양하였으므로 한국표준산업분류표상 부동산공급업 중 주거용 건물공급업(코드번호70121)에 해당하여 조세특례제한법 제7조 의 감면대상 업종에 해당하지 않으므로 감면세액 777,696,428원(2002년 96,433,191원, 2003년 681,263,237원)을 감면배제한 사실이 과세자료에 의하여 확인된다. (다) 청구법인은 종합건설업 면허를 소지하고 있는 종합건설 중소기업체로서 쟁점아파트를 신축 ․ 분양함에 있어 청구법인의 계정으로 자영(17%) 및 도급(83%) 공사를 시행하였으므로 소득세법 및 한국표준산업분류표상 종합건설업 중 주택건설업에 해당한다고 주장하고 있으나, 청구법인은 쟁점아파트의 총 공사원가(토지제외)를 40,305백만원(33,445백만원 도급, 6,860백만원은 자영)으로 기재하였고, 2003사업연도 법인세과세표준 신고시 제출한 공사원가는 40,883백만원(토지제외)으로 신고하는 등 공사원가에 차이가 있으나, 자영으로 공사하였다는 금액 중 기타 인건비 1,670백만원은 청구법인의 법인세 조사시 가공인건비로 확인된 금액이고, 사업허가 등 인수비용 1,250백만원, 설계감리비 909백만원, 미술장식품 65백만원, 사우나시설 1,089백만원, 에어컨 설치공사 330백만원, 견본주택 공사비 501백만 원 등은 아파트 등 신축시 직접공사비에 해당되지 않은 비용으로 청구법인이 직접 건설 활동을 수행한 사실이 없으며, 2000.5.22 시공사와 아파트 등 건설을 일괄도급계약을 체결하여 시공사가 아파트 등을 완공하였음이 도급계약서 등에 의하여 확인되므로 청구법인은 부동산업 중 부동산공급업에 해당한다 할 것이다. (라) 한편, 청구법인은 조세특례제한법 제7조 에 의한 중소기업특별세액 감면제도가 2000.12.29 신설되고, 2001사업연도에는 업종에 대한 특별한 규정이 없었으며, 2001.12.29 신설된 조세특례제한법 제2조 제3항 에 의한 업종의 분류가 신설된 것은 국세기본법 제18조 의 규정에 의한 소급과세 원칙에 위배되고, 쟁점아파트 분양수익의 납세의무 확정시기는 분양 계약 당시에 이미 납세의무가 성립되었다고 주장하고 있으나, 납세의무 성립시기는 국세기본법 제21조 제1항 제1호 에 “소득세 또는 법인세에 있어서는 과세기간이 종료하는 때”로 규정하고 있고, 같은 법 제22조에 납세의무의 확정은 “국세는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정 된다”라고 규정하고 있으며, 예약매출의 경우는 법인세법시행령 제69조 제2항 의 규정에 의거 건설 등의 계약기간이 1년 이상인 건설 등의 경우, 그 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 익금과 손금은 작업진행률에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금이 확정된다 할 것이므로 처분청이 조세특례제한법 제7조 및 같은 법 제2조의 적용은 납세의무가 확정된 사업연도의 법 규정을 적용한 것이라고 보인다. (바) 위의 사실과 관련법령을 종합하여 볼 때, 청구법인이 직접 건설 활동을 수행하지 않고, 시공업체에 도급을 주어 쟁점아파트를 건설하고 이를 분양 ․ 판매하는 사업을 주된 사업으로 영위하여 한국표준산업분류상 부동산업 중 주거용 건물분양 공급업(70121)에 해당된다고 보이므로 처분청이 조세특례제한법 제7조 및 제2조의 규정에 의하여 감면 배제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 쟁점 (3)에 대하여 본다. (가) 쟁점노무비에 대한 청구법인의 회계처리 및 처분청의 과세내역을 보면, 아래 <표>와 같다. (단위: 천원) 연도 청구법인 회계처리 금액 과세내역 2000 노무비 323,090 가공노무비, 손금불산입, 대표자 상여처분 2001 노무비 289,399 가공노무비, 손금불산입, 대표자 상여처분 노무비 미지급금 208,921 가공노무비, 손금불산입, 유보처분 2002년 지급처리시 대표자 상여처분 임대수입 누락 18,000 익금산입, 대표자 상여처분 2002 노무비 614,150 가공노무비, 손금불산입, 대표자 상여처분 급여 62,986 가공급여, 손금불산입, 대표자 상여처분 차입금상환 48,813 가공차입금, 손금불산입, 대표자 상여처분 임대수입 누락 6,000 익금산입, 대표자 상여처분 매입(미지급금) 77,946 가공매입, 손금불산입, 유보처분 2003년 지급처리시 대표자 상여처분 2003 노무비 354,300 가공노무비, 손금불산입, 대표자 상여처분 합계 2,003,605 (나)청구법인은 법인세과세표준 신고시 2000~2003사업연도 중 쟁점가공금액을 가공노무비 등으로 인출하였고, 공식장부상 기재가 되지 아니하였을 뿐 실질적으로 청구법인의 업무와 직접 관련하여 주 ․ 임 ․ 종 차입금 이자지급으로 755,885천원, ○○○○주식회사 인수수수료로 1,000,000천원, 부동산 알선수수료 지급으로 130,000천원, 관리대행 용역비 지급으로 117,000천원 합계 2,002,885천원을 지출하였으므로 해당 사업연도의 손금에 산입하여야 한다고 주장하면서, ○○○○ 관련 소장(채권양도계약서, 합의서 첨부)과 관리대행용역계약서를 제시하고 있는 바, 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 주 ․ 임 ․ 종 차입금 이자지급 755,885천원에 대하여 본다. 처분청이 주 ․ 임 ․ 종 차입금에 대한 자금원천 및 이자지급 여부에 대하여 조사한 내용을 보면, 주 ․ 임 ․ 종 차입금과 청구법인의 각 사업연도 계정별 원장금액과 차이가 있어 1999~2002사업연도 계정별 원장의 금액으로 동 차입금의 자금원천을 확인한 결과, 주 ․ 임 ․ 종 차입금 총액은 11,822백만원이고, 각 인별 자금원천은 장부상 등재된 각 명의인(자금 대여자) 본인의 자금은 없으며, 차입금 상환된 자금에 대한 사용 내역도 각 명의인들에게 상환된 자금은 없었던 것으로 확인된다. 또한, ○○○이 임직원 및 친구 등의 명의로 청구법인에 자금을 유입하여 토지 매입자금 등으로 사용하였고, 장부상 등재된 주주 등으로부터 자금을 차용한 사실이 없으며, 청구법인은 장부상 계상한 차입금에 대한 자금주를 명확하게 밝히지 않았고, 처분청에서 가공노무비 등에 대한 기업자금 유출과 관련 조세포탈범으로 사주 및 관련 임원을 검찰에 고발하였으며, 청구법인이 제시한 주 ․ 임 ․ 종 차입금에 대한 이자 계상내역은 각 명의자별 차입금의 내용이 청구법인의 계정별 원장 금액과 상이하고, 일부 금액은 현금 유입이 없는 가공차입금을 계상하는 방법으로 부정하게 사실과 다른 회계처리를 한 것으로 확인된다. 따라서, 주 ․ 임 ․ 종 차입금의 자금원천은 각 명의자들의 자금은 없고, 청구법인은 실질적인 지배주주인 ○○○이 은닉자금을 청구법인에 유입시키는 방편으로 사용하고, 동 자금을 유출하여 관련회사의 자금으로 재사용하였으며, 동 자금 유출시 각 명의자들에게 지급한 이자는 없었던 것으로 확인된다. 둘째, ○○○○ 인수수수료 지급 1,000,000천원에 대하여 본다. 처분청은 청구법인이 2003사업연도에 ○○○○ 인수수수료로 ○○○에 지급하였다는 1,000백만원의 지급여부를 확인하고자 ○○○의 법인세과세표준 신고내역을 조회한 바, ○○○는 세적 관할 ○○세무서장이 2004.12.31 직권 폐업한 법인이고, 2003사업연도 법인세과세표준을 무신고한 법인으로 실제 지급여부가 확인되지 아니한다. 처분청이 ○○○○ 인수수수료 관련 1,000백만원의 자금조성 내역을 조사한 금융자료에 의하면, 청구법인의 경리 업무를 담당하는 ○○○과장 명의로 ○○ ○○○지점 계좌에 입금된 542백만원(2002.5.31부터 2002.9.13까지)의 자금원천은 청구법인이 장부상 가공노무비로 계상한 금액 199백만원, 관련회사인 ○○○○주식회사(이하 “○○○○”이라 한다)의 가공노무비 계상액 53백만원, 관련회사인 ○○건설의 분양 대행업체인 주식회사 ○○○○○으로부터 수수한 61백만원, ○○○○의 모델하우스 보수 업체인 ○○○○주식회사로부터 입금된 100백만원이며, 잔액 129백만원은 관련회사들의 가공급여 등으로 인출하여 사용하고 남은 자금을 재입금한 것이고, 2002.9.13 ○○○과장 명의로 ○○○지점에 계좌를 재개설하여 위 계좌의 잔액 522백만원을 계좌이체 한 후, 2002.9.13~2003.2.27까지 청구법인의 가공노무비 203백만원, ○○○○의 가공노무비 212백만원, 자료상으로 확정된 주식회사 ○○○○○로부터 관련회사 명의(청구법인, ○○○○, ○○건설)로 실제거래 없이 가공세금계산서를 수취한 금액 226백만원(공급대가), 기타 58백만원 등 699백만원을 관련회사들로부터 부정한 방법으로 유출하여 동 계좌에 입금한 뒤, 계좌이체 한 522백만원과 합하여 사용하고 남은 금액 935,285백만원을 청구법인의 전 대표이사인 ○○○ 명의 계좌에 입금하였다가 2002.3.3 출금한 금액 중 600백만원은 ○○○ 명의로 정기예금 하는 등 자금을 운영하다 2003.6.18 청구법인 명의의 계좌에 1,000백만원을 입금한 것으로 나타난다. 또한, 이 건 조사당시 청구법인의 장부에 등재된 내역을 제시하지 않아 장부상 등재여부가 불명확하고, 청구법인 명의의 ○○은행예금계좌에서 확인되는 바와 같이, 청구법인이 ○○○에 지급하였다고 주장하는 자금은 청구법인의 계좌 예금잔고 2,530백만원 중에서 회사자금으로 2003.6.17에 1,000백만원을 인출하여 지급한 사실이 분명하게 확인되어 청구인이 가공노무비 등으로 보관한 자금에서 지급하였다는 주장은 사실이 아닌 것으로 확인되어(가공노무비 등 비자금 조성한 금액이 입금된 것은 2003.6.18자 1,000백만원이 입금되었음), 청구법인은 부정한 방법으로 인출한 자금을 자금세탁 과정을 거쳐 회사 자금과 별도로 차명계좌에 관리하면서 동 자금을 정상자금으로 둔갑시키기 위하여 ○○○에 대한 리베이트 지급금액에 맞추어 회사로 입금하는 과정에서 착오로 날짜를 맞추지 못하는 오류를 범한 관계로 허위사실이 나타난 것으로 보인다. 한편, 청구법인이 제시한 소장을 보면, 피고(○○○○)는 원고(청구법인)에게 1,000백만원(이자 별도)의 금원을 지급하라는 내용의 손해배상청구의 소이고, 위 소장에 첨부된 ○○○와 청구법인간의 채권양도계약서와 합의서(2003.12월 작성)의 내용을 보면, 채권양도계약 전문 제4항에서 갑(○○○)은 을(청구법인)에게 1,000백만원의 채무를 부담하고 있는 것으로 보아 청구법인은 ○○○를 내세워 ○○○○를 인수하려 하였으나 노조의 방해로 ○○○의 노력에도 불구하고 인수실패로 귀결되자 청구법인이 부담한 인수에 소요된 리베이트 비용을 ○○○에 대한 채권으로 1,000백만원을 계상한 것이며, 합의서 전문 제2조에서 “청구법인이 ○○○로부터 담보로 잡은 원석의 처분금액과 손해배상청구금액 등에 이의제기를 하지 않고 남은 잉여가 있어도 그 반환을 요구하지 않기로 한다.”고 되어 있어, 리베이트 지급액에 상당하는 원석을 확보하였으므로 기왕에 지출된 리베이트는 전액 회수된 것이어서 추가로 인정할 비용이 아닌 것으로 보인다. 따라서, ○○○○의 인수수수료 1,000백만원에 대하여 청구법인이 업무와 관련 가공노무비 등 자금으로 리베이트 지급하였다는 청구법인의 주장은 신빙성을 인정하기 어렵다 할 것이다. 셋째, 부동산 알선수수료 지급 130,000천원에 대하여 본다. 청구법인은 1999.12.7 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○○-○외 3필지(이하 “○○동 토지”라 한다) 매입시 중개수수료 20,000천원을 ○○○에게 지급한 것으로 장부상 이미 계상된 사실이 입금전표 및 영수증 사본에 의하여 확인되고, 청구법인의 토지 취득 내역은 2000.1.20 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○○-○외 1필지를 4,524백만원에 ○○지방법원으로부터 낙찰 받았으며, 1999.12.7 ○○동 토지를 ○○○○주식회사 등으로부터 7,105백만원에 취득하였다. 청구법인은 부동산 알선수수료 130,000천원을 지급한 시기 및 지급자, 지급경위 등에 대하여 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 이 부분 청구법인의 주장도 신빙성이 없다 할 것이다. 넷째, 관리대행용역비 117,000천원의 지급 여부에 대하여 본다. 청구법인은 ○○○과 2000.6.1 관리대행용역계약을 체결하여 ○○○○○ 아파트 및 상가의 공사 총괄, 자재 검수, 기성금 확정, 감리 업무 감독 등을 용역 내용으로 2000.6월~준공시까지 매월 3,000,000원을 지급하기로 계약하여 39개월간 117,000,000원을 지급하였으나 가공노무비 등으로 계정과목을 기장 하였다고 주장하나, 청구법인이 심판청구시 제출한 “관리대행용역계약서”를 보면, 계약자인 ○○○의 인적사항 등이 자세히 기록되지 않았고, 관리대행용역의 업무 범위에 보면, 공사총괄, 자재 검수, 기성금 확정, 감리 업무 감독 등 아파트 건설과 관련하여 전문적인 지식이 있어야만 수행할 수 있는 업무이며, 특히, 용역내용 중 공사총괄은 시공사에 일괄 도급을 주어 공사진행한 관계로 공사를 총괄할 사항이 없으며, 기성금 확정은 용역대행자가 결정하는 것이 아니고, 시공사의 신청에 의하여 청구법인에서 위촉한 전문가의 확인을 통하여 검증하는 것으로서 전문가만이 할 수 있는 감리업무를 감독하였다는 청구법인이 주장은 받아들이기 어렵다. 또한, 청구법인은 쟁점아파트 건설과 관련하여 시공사와 일괄도급계약을 체결하여 별도의 비용이나 인력이 필요하지 않은 상황이었고, 또한 매월 3,000,000원의 관리대행용역료를 지급한 경우,사업자로부터 세금계산서를 수취하거나,원천징수를 하여야 함에도 청구법인은 이러한 사실이 없으며,관리대행계약자인 ○○○에게 관리대행용역비로 지급한 금융자료 등의 증빙을 제출하지 아니하는 등 청구법인이 제출한 “관리대행용역계약서”의 지급금액은 인정하기 어렵다 할 것이다. (다) 위의 사실과 관련법령을 종합하여 볼 때, 쟁점가공금액은 청구법인의 실질적인 비용으로 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점가공금액에 대하여 익금산입 및 손금불산입하고, 대표자 등에게 상여처분한 것은 잘못이 없다고 판단된다. 쟁점 (4)에 대하여 본다. (가) 처분청은 청구법인에 대하여 2004.4.21~10.29일까지 세무조사를 실시하면서 2004.4.21 조사대상 사업연도를 1999~2002사업연도로 세무조사 통지를 하고, 2004.6.11 조사범위를 확대하여 2000~2001사업연도에 대하여 세무조사 통지를 하였으며, 2004.10.26 조세범칙조사로 전환하여 2004.10.29까지 세무조사를 실시하였다. (나) 청구법인의 2003사업연도 경정결정된 항목들은 조사사무처리규정 제29조 제1항 제3호에서 규정하는 “조사대상 과세기간의 명백한 세금탈루 사실이 다른 과세기간으로 연결되는 경우” 및 같은 항 제4호에서 규정하는 "세법적용 착오 등이 다른 과세기간과 연결되어 있는 경우“등 조사대상 범위를 확대하지 않고 조사할 수 있는 항목들에 해당하는 부분인 가공노무비, 중소기업특별세액 감면배제, 작업진행률에 의한 익금산입 및 손금산입을 경정결정하였음이 확인된다. (다) 위의 사실과 관련법령을 종합하여 볼 때, 당초 조사대상기간과 동일한 유형의 수입금액누락이 관련되어 있음이 확인됨에 따라 국세청의 내부업무처리지침인 조사사무처리규정에 의거 조사대상 과세기간을 확대한 것은 조사절차상 하자가 없으므로 국세기본법 제81조 의 3에서 규정한 중복조사의 금지에도 위배되지 아니하고(국심 2002중2725, 2002.12.5, 같은 뜻임), 세무조사 사전통지서에 조사대상기간을 기재한 것은 세무공무원이 납세자의 장부 등을 조사함에 있어서, 재량권남용을 방지하기 위하여 조사의 범위를 정하는 것일 뿐, 당해 조사대상기간을 제외한 과세기간에 대하여 과세할 수 없다는 것을 의미하지는 않으며, 조세법은 강행규정이므로 세법이 정한 과세요건을 충족하면 법률이 정하는 바에 의하여 징수하여야 할 것인 바, 조세의 탈루사실이 확인되는 데도 이를 과세하지 않는다면 세법에 규정된 과세소득에 대하여 임의로 과세하지 아니하는 결과가 초래되어 이는 합법성의원칙을 저해하고, 공평과세의 원칙을 위반하는 결과가 될 것이므로 조사한 사실에 따라 과세한 처분은 적법하다고 판단된다.(국심 2001부547, 2001.7.7, 같은 뜻임)

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.