매입세액 공제 당부

심판청구번호 국심2005중 674(2006.3.24) 분개요 청구인들은 2003.10.1. 경기도 ○○○를 취득하여 2003.11.10. 건축허가를 받고 위 지상에 지하 3층, 지상7층 건물 4,995.9㎡(이하 "쟁점건물"이라 하고, 쟁점토지와 합하여 "쟁점부동산"이라 한다)를 신축하던 중 2004.2.10. 청구외 이○○○(이하 "매수인"이라 한다)과 토지매매계약을 체결하고 매수인에게 2004.4.23. 쟁점토지의 소유권을 이전등기한 후, 2004.4.26.자로 건축주 명의를 변경하였다. 청구인들은 2004년 제1기 부가가치세 확정신고시 건축주 명의변경 후 발생한 공사대금에 대하여 청구인들 명의로 공급가액 765백만원의 세금계산서 3매(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받고 부가가치세 환급신청을 하였다. 처분청은 위 환급신청에 대한 현지확인 조사를 실시하여 쟁점건물에 대한 건축주가 청구인들로부터 매수인으로 명의변경되었음에도 세금계산서는 종전 건축주인 청구인들 명의로 교부받았으므로 건축주 명의변경 후 발생한 공사대금 765백만원에 대해 처분청은 실제로 공급받은자와 명의자가 상이한 사실과 다른 세금계산서로 보아 당해 매입세액 76,500천원을 불공제하고, 기성공사비 409,857,546원에 대하여는 청구인들이 매수인에게 매출로 보아 세금계산서를 교부하여야 함에도 이를 누락한 것으로 보고 2004.11.9. 청구인들에게 매출누락 및 매입세액불공제분에 대한 2004년 1기분 부가가치세 31,515,090원을 경정고지하였다. 청구인들은 이에 불복하여 2005.1.29. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 이 건의 경우 부동산매매계약 및 건축주 명의변경계약이 청구인들과 매수인 사이에 잔금 미지급을 원인으로 하여 합의해제되었고, 동 합의해제를 명확히 하기 위하여 법원의 화해결정을 받았으므로 당해 계약에 따라 발생한 거래는 그 거래가 처음부터 없었던 것으로 보아야 하며, 쟁점토지의 소유권이전등기 및 건축주 명의가 변경되었다 하더라도 청구인들이 실질적으로 쟁점토지 및 쟁점건물의 소유자이므로 쟁점건물의 시공자인 ○○○주식회사(이하 "청구외법인"이라 한다)로부터 건축공사용역에 대하여 수취한 매입세금계산서와 관련된 매입세액 76,500,000원을 불공제하는 것은 부당하다. 또한 청구인들은 매수인에게 쟁점건물을 매도한 사실이 없으므로 처분청이 매출누락으로 보아 부가가치세 43,878,750원을 부과한 처분은 이를 취소하여야 하며, 위 매입세액불공제 및 매출누락에 따른 가산세 24,017,532원의 부과처분도 취소하여야 한다. 위와 같이 쟁점부동산은 유상으로 양도되지 아니한 사실이 객관적으로 입증됨에도 처분청이 대금지급과 관련하여 사실 여부를 확인할 수 없고, 건축주 명의가 변경되었음을 이유로 쟁점부동산이 양도된 것으로 보아 이 건 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산의 매매계약서를 보면, 특약사항에 소유권이전과 동시에 건축허가서 명의를 변경하여 매수인이 이를 승계하기로 하였고, 청구인들은 쟁점건물의 공사 및 사업권 일체를 매수인에게 승계하기로 하였으며, 청구인들은 쟁점토지의 매매대금 및 쟁점건물의 기성공사비와 기 지불한 건축비용을 지급받지 못하였다고 주장하나, 매수인은 쟁점토지를 담보로 2004.4.23. ○○○은행으로부터 25억원을 대출받은 사실이 확인되는 점 등으로 보아 청구인의 주장은 신빙성이 없는 것으로 보인다. 또한 쟁점건물의 명의이전이 부가가치세법 제6조 규정에 의한 포괄적인 양도·양수에도 해당하지 아니하므로 쟁점건물의 양도는 재화의 공급에 해당되며, 그 시기는 매수인이 쟁점건물을 이용가능하게 된 때인 건축주 명의변경일로 보아야 하고, 동 거래가 거래대금의 지연으로 인하여 계약해제된 것으로 볼 수는 없다할 것인 바, 처분청이 건축주 명의변경일 이후 발생한 매입세액을 불공제하고 기성공사비에 대하여는 매출누락한 것으로 보아 이 건 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점건물의 신축공사중에 건축주 명의가 변경된 경우로서 당초 계약내용이 이행되지 아니하여 합의해제된 것으로 보아 쟁점건물의 건축주 명의변경일 이후 발생한 공사대금과 관련하여 청구인이 수취한 쟁점세금계산서에 대해 매입세액공제를 받을 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법 제21조 【경 정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

② 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 조사종결복명서에 의하면, 청구인들은 2004.4.26. 쟁점건물을 매수인에게 양도하고 건축주가 이○○○ 명의로 변경되었음에도 불구하고 건설회사인 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 교부받아 부당하게 환급신고한 사실이 확인되며, 쟁점건물 양도에 대하여도 세금계산서 교부를 누락한 사실이 확인되므로 처분청은 청구인들이 쟁점건물 양도와 관련하여 부당환급신고 및 매출누락한 것으로 보아 이 건 과세한 사실이 확인된다.

(2) 청구인들은 부동산매매계약 및 건축주 명의변경계약이 청구인들과 매수인간에 잔금 미지급을 원인으로 하여 합의해제되었고, 청구인들이 실질적인 쟁점부동산의 소유자이므로 쟁점세금계산서에 대해 매입세액 불공제하는 것은 부당하다고 주장하면서 건축관계자 변경 신고필증 및 화해조서 등을 제출하고 있는 바, 위 증빙 등에 의하여 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 공제할 수 있는지 여부에 대해 살펴본다.

○○○ (가) 청구인들과 매수인이 2004.2.10. 체결한 부동산 매매계약서에 의하면, 매매대금 39억원중 2004.4.6. 중도금 2억원, 2004.4.23. 잔금 17억원으로 하고 나머지 20억원은 ○○○은행 ○○○지점의 융자금으로 대체하며, 특기사항으로 ① 소유권 이전과 동시에 건축허가서 명의를 변경하여 매수인에게 승계하여야 하고, ② 건축시공은 청구외법인이 승계하며, ③ 매도인은 위 부동산 신축공사 및 사업권 일체를 매수인에게 승계하여야 한다. 단, 기성공사 및 기 지불한 건축주 비용은 본 계약과 별도이며 이에 대한 지불이 선행되어야 한다고 기재되어 있으며, 한편 건축주 명의변경일 이후 발생한 이 건 공사대금에 대하여 실질적으로 청구인들이 부담한 공사비는 별도로 없는 것으로 나타나고 있다. (나) 등기부상 쟁점토지의 소유권이전등기 내역을 보면, 쟁점토지의 소유권이전등기는 2004.4.23. 청구인들로부터 매수인에게 매매를 원인(원인일자: 2004.2.10)으로 등기이전되었다가 2005.5.16. 청구인들 명의로 환원등기(등기원인: 2005.1.17.자 화해조서, ○○○)된 사실이 확인된다. (다) ○○○시장은 2004.4.26.자로 쟁점건물의 건축주를 당초 청구인들로부터 매수인으로 변경한 사실이 ○○○시장이 발급한 "건축관계자 변경 신고필증"에 의하여 확인된다. (라) 청구인들이 제출한 ○○○법원의 화해조서에 의하면, 청구인들과 매수인간에 2004.2.10. 체결한 쟁점토지에 대한 매매계약과 쟁점건물에 대한 건축주 명의변경 계약을 매수인의 잔금 미지급을 원인으로 합의해제하며, 매수인은 청구인들에 대하여 2004.11.10.까지 ○○○법원 ○○○등기소에 2004.4.23.자로 접수된 소유권이전등기의 말소등기절차를 이행하고, 쟁점부동산을 인도한다는 내용이 기재되어 있는 바, 쟁점토지 부분에 대하여는 화해조서를 근거로 환원등기되었으므로 합의해제 사실이 확인되나, 건물부분에 대하여는 환원등기되거나 상호간 건축비 정산 또는 대금반환 등의 합의해제 사실을 입증할 수 있는 객관적인 증빙은 제출하지 못하고 있다. (마) 한편, 처분청 조사공무원이 2004.8.10. 청구외법인의 이사 이○○○을 상대로 작성한 문답서에 의하면, 이 건 양도일 이후 매수자에게 기성청구를 하였으나 우편물이 반송되어 기성대금을 받을 수가 없어 기존 거래자인 청구인 김○○○과 상의한 결과 아직 토지대금도 완납되지 않고 있으며 3월까지 기성대금에 대한 정리도 되지 않았음을 이유로 일단 김○○○에게 기성대금을 청구하는 것으로 한 후, 매수인과 김○○○이 합의하여 그 청구분에 대해 해결하는 것으로 하고, 기성대금의 계산은 매수인과 계약한 총 공사대금 3,551백만원중 공사진행율을 계산하여 2004.3.31.자 346,500천원, 2004.4.30.자 234,300천원, 2004.5.31.자 312,400천원, 합계 893,200천원을 청구한 사실이 확인되는 바, 위 문답서 내용으로 볼 때, 청구외법인은 당초 매수인에게 기성대금을 청구하려 하였다가 연락이 불가능하자 청구인에게 형식상 기성대금을 청구하는 것으로 세금계산서를 발행한 사실이 확인된다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 볼 때, 이 건의 경우 ① 청구인들이 쟁점토지를 매수인에게 39억원에 양도하는 매매계약을 2004.2.10. 체결하고 2004.4.23. 등기이전을 경료한 사실, ② 청구인들은 2004.4.26. 당초 건축주를 청구인들로부터 매수인으로 변경하는 것으로 하여 『건축관계자 변경 신고필증』을 교부받은 사실, ③ 청구인들과 매수인이 ○○○법원으로부터 당초 소유권이전등기 말소등기에 관한 화해조서를 교부받은 사실, ④ 위 화해조서를 근거로 청구인들은 2005.5.16. 쟁점토지에 대한 당초 소유권이전등기를 말소하고 환원등기한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 청구인들은 이 건 과세처분일 이후 쟁점토지 등의 양도가 합의해제되었음을 이유로 청구인들을 실제 건축주로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 쟁점토지 부분에 대하여만 그 합의해제 사실이 확인될 뿐, 쟁점건물 부분에 대하여 청구인들은 환원등기되거나 상호간 건축비 정산 또는 대금반환 등의 합의해제 사실을 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제출하지 못하고 있으므로 청구주장은 신빙성이 없는 것으로 판단된다. 따라서 이 건의 경우 매수인이 실질적인 건축주로 사업을 영위한 기간(2004.4.26.∼2005.5.16)은 매수인이 건축주로서 용역을 공급받은 것으로 보아야 하므로 동 기간동안 구 건축주(청구인들) 명의로 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보아야 하며, 기성부분에 대한 공급분에 대하여도 청구인들이 건축주 명의를 매수인 명의로 변경한 시점을 공급시기로 보아 세금계산서를 교부하여야 함에도 이를 누락하였으므로 처분청이 동 기성금액을 매출누락으로 보아 이 건 과세한 처분은 적법한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다

○○○