토지 및 건물의 가액의 기준시가 안분계산

심판청구번호 국심2005중18(2005. 9. 28.) 세 56,514,050원의 부과처분은 ○○○ 대지 2,004.6㎡ 및 건물 9,918.4㎡의 공급가액 5,150,000,000원 중 건물가액을 3,900,000,000원으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 2002.2.28. ○○○ 대지 2,004.6㎡ 및 건물 9,918.4㎡(이하 "쟁점부동산" 이라 하고, 건물부분 9,918.4㎡를 "쟁점건물" 이라 한다)를 주식회사 ㅇㅇㅇ(이하 "양도법인"이라 한다)로부터 청구인의 배우자 방○○○와 각각 1/2 지분씩 합계 51억 5000만원에 취득하고 토지가액 12억 5000만원, 건물가액 39억원으로 안분하여 건물분 매입세액 3억 9000만원을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인에 대한 환급조사 결과, 쟁점부동산의 매매계약서상 토지와 건물가액이 불분명하다고 보아 매매가액 51억 5000만원을 토지와 건물의 기준시가로 각각 안분계산하여 건물가액을 3,565,884,405원으로 산정하고 2004.11.2. 청구인에게 2002년 1기 부가가치세 56,514,050원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2004.12.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산의 검인계약서에 토지 및 건물가액이 구분된 실지거래가액이 확인되고 있으며, 쟁점부동산의 양도법인이 건물분 공급가액에 대한 매출세액을 신고·납부한 사실이 확인되므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점부동산의 검인계약서에 토지 및 건물가액이 구분된 실지거래가액이 확인되고 있다고 주장하고 있으나, 처분청 조사당시에 제시된 쟁점부동산의 실지매매계약서에 의하면 토지 및 건물가액이 구분기재 되지 않은 사실이 확인되므로 쟁점부동산의 토지 및 건물을 기준시가로 각각 안분계산하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 부동산매매계약서상 토지 및 건물의 가액이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분계산 하여 과세한 처분이 정당한지 당부
• 나. 관련법령 부가가치세법시행령 제48조 의 2 【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산을 청구인의 배우자 방○○○와 각각 1/2 지분씩 취득하고 건물분 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였으나, 처분청은 쟁점부동산의 매매계약서상 토지와 건물가액이 불분명하다고 보아 매매가액을 토지와 건물의 기준시가로 각각 안분계산하여 청구인에게 이 건 경정고지한 사실이 처분청 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점부동산의 검인계약서에 토지 및 건물가액이 구분된 실거래가액이 확인되고 있고, 쟁점부동산의 양도 법인이 건물분 공급가액에 대한 매출세액을 신고·납부한 사실이 확인되고 있음에도 처분청이 이를 인정하지 아니한 당초 처분은 부당하다는 주장이므로 이에 대해 살펴본다. (가) 청구인과 양도법인이 2002.2.21. 체결한 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면, 매매대금은 51억 5000만원(부가가치세 별도)으로, 계약금 1억원(2002.2.21.) 및 잔금 50억 5000만원(2002.2.27)을 지급하는 조건으로 되어 있으며, 특약사항으로 "양도법인은 건물분 부가가치세는 2002.4.20. 매수인에게 대금을 인수하여 신고하기로 하고 우선 세금계산서는 소유권 인계당시 발행하여 주기로 한다" 라고 약정된 사실이 확인된다. (나) 청구인과 양도법인이 2002.2.21. 체결한 쟁점부동산의 검인계약서(2002.2.27. ○○○시장)에 의하면, 매매대금은 51억 5000만원(대지 12억 5000만원, 건물 39억원)으로, 계약금 1억원(2002.2.21.) 및 잔금 50억 5000만원(2002.2.27)을 지급하는 조건으로 되어 있으며 동 검인계약서를 2002.2.28 ○○○에 접수한 사실이 나타난다. (다) 쟁점부동산의 양도법인이 건물분 공급가액에 대한 매출세액(3억 9000만원)을 신고·납부한 사실과 쟁점부동산의 매매가액에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다. (3) 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항의 취지를 보면, 일반적으로 매매계약서상의 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물가액이 구분표시되어 있으며, 구분표시된 토지와 건물가액이 당해 토지·건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 공급가액으로 보아야 하고, 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되지만 토지와 건물가액의 구분이 불분명하거나 그 구분표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 부득이 국세청 기준시가에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산한 가액을 공급가액으로 하는 것이 위 규정의 취지라 할 것이다(국심 1999부621, 1999.10.25.외 다수 같은 뜻임).

(4) 종합하건대, 처분청은 청구인이 제시한 쟁점부동산의 실지매매계약서에는 토지 및 건물가액이 구분 기재되지 아니하여 토지 및 건물을 기준시가로 각각 안분계산하여 과세한 당초 처분은 정당하다는 의견이나, 쟁점부동산의 매매계약서상에 기재된 매매가액이 실지거래가액임에는 처분청과 청구인간에 다툼이 없으며, 쟁점부동산의 양도법인이 건물분 공급가액을 39억원으로 하여 부가가치세 3억9000만원에 대한 매출세액을 신고·납부하였고, 당초 쟁점부동산의 매매계약서상 특약사항에 양도법인이 청구인으로부터 부가가치세를 수령하여 신고하기로 한 사실이 나타나고 있을 뿐만 아니라 동 부동산의 검인계약서상에는 토지 및 건물가액이 구분기재된 사실이 나타나고 있는 사실 등에 비추어 보아 청구인의 주장은 신빙성이 있는 것으로 판단된다. 따라서, 쟁점부동산의 검인계약서상의 건물가액이 실지거래가액임이 확인되므로 처분청이 쟁점부동산의 토지·건물가액의 구분이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.