쟁점매입세액을 전액공제 대상인 매입세액으로 보지 않고 안분계산 대상인 공통 매입세액으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 2005.7.25. 2005년 제1기 확정분 부가가치세 신고시 ○○○(이하 “쟁점건물”이라 한다)의 증축 ․ 설치 비용으로 공급가액 2,176,011,528원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)에 대하여 매입세액공제 신청을 하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점건물을 실질적으로 취득하여 사용하고 있으나 사업의 실지귀속(과세 ․ 면세)은 명확하지 않다고 보아 쟁점건물에 대한 부가가치세 매입 세액은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)으로 안분계산한 후 2005.9.7. 청구법인에게 2005년 제1기분 부가가치세 88,125,840원을 결정 ․ 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.12.5. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점건물은 청구법인의 운영자산인 사업용자산이지만 실질귀속이 과세 사업인 부동산임대사업이 분명하고, 청구법인이 쟁점건물을 직접운영하여 사용한다면 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 안분계산하여야 하지만 쟁점건물의 사업주체도 과세사업자인 (주)○○○○○○○(이하“청구외법인”이라 한다)이므로 쟁점건물의 증축 ․ 설치 등 관련 매입세액을 전액 공제되어야 함에도 불구하고 쟁점건물의 매입세액을 공통매입세액으로 안분계산하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세 제61조는 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 안분계산한다고 규정하고 있는 바, 청구법인이 자기의 고유사업을 위하여 쟁점건물을 증축한 후 청구외법인 에게 고객전화상담 업무등을 위탁함에 있어 쟁점건물을 무상으로 사용하게 한 것은 실질적으로 과 ․ 면세 공통사업부문에 사용하는 것이므로 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 안분계산하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점매입세액을 전액공제 대상인 매입세액으로 보지 않고 안분계산 대상인 공통 매입세액으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

6. 여객운송용역. 다만, 항공기 ․ 고속버스 ․ 전세버스 ․ 택시 ․ 특수자동차 ․ 특종선박 또는 고속철도에 의한 여객운송용역으로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역으 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

○ 부가가치세법시행령 제31조 【항공기 ․ 고속버스 등에 의한 여객운송용역의 범위】 법 제12조 제1항 제6호 단서에 규정하는 항공기 ․ 고속버스 ․ 전세버스 ․ 택시 ․ 특수자동차 ․ 특종선박 ․ 또는 고속철도에 의한 여객운송용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

4. 고속철도건설촉진법에 규정된 고속철도에 의한 여객운송용역

○ 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급 가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 총공급가액

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어 전기통신사업법에 의한 전기통신사업자 및 한국철도공사법에 의한 한국철도공사의 경우 공통매입세액의 안분계산은 다음 산식에 의하여 계산할 수 있다 전 사업장의 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액= 공통매입세액× 전사업장의 총공급가액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이건 과세경위를 보면, 청구법인이 2005년 제1기 확정분 부가가치세 신고시 쟁점건물의 증축비용 등을 과세사업으로 분류하여 쟁점매입세액을 공제신청한 것에 대해 처분청은 쟁점건물이 청구법인의 과 ․ 면세 공통사업부문에 실질적으로 사용되고 있음을 확인하고 공통매입세액으로 안분계산하여 부가가치세를 결정 ․ 고지한 사실이 처분청 심리자료에 나타난다.

(2) 청구법인은 쟁점건물의 부동산임대는 과세사업에 해당되고, 청구법인이 쟁점건물을 직접운영하여 사용한다면 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 안분계산하여야하지만 쟁점건물의 사업주체도 과세사업자인 청구외법인이므로 쟁점매입세액은 전액 공제되어야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다. (가) 청구법인이 쟁점건물의 증축 및 설치비용으로 아래표와 같이 거래상대방으로부터 세금계산서를 교부받은 사실이 나타난다.(표 생략) (나) 청구법인은 아래와 같이 부가가치세법령 규정에 의거 과세 ․ 면세사업을 구분하여 부가가치세를 신고 ․ 납부한 사실이 처분청 심리자료에 나타난다

• 아 래 - 구 분 사 업 내 용 과세사업 운송사업(고속철도, 화물, 소화물) 수탁사업(사유화차관리, 고속/일반철도유지보수수탁 등) 기타사업(임대, 점용료, 광고 등) 면세사업 운송사업(일반여객운송, 특별동차사무소 경비, 일반여객운송용역 등 공 통 분 과 ․ 면세 구분불가사업(각 사업공통발생 사업 등) 고속철도차량 구입 및 유지비 관련지출 등 (다) 청구법인은 2005.6.13. 쟁점건물을 청구법인 명의로 소유권 이전하고 2005.2.28. 청구외법인과 철도고객센타 운영업무 위탁계약에 따라 철도고객센터 운영에 관한 업무, 철도고객센터에서 고객에게 철도이용에 관한 정보제공 및 승차권 예약과 고객의 불편사항 등에 대하여 필요한 안내 등을 청구외법인에 위탁하여 동 철도고객센터 운영에 필요한 시설 및 장비를 무상으로 제공한 사실이 나타난다. (라) 종합하건데, 청구법인은 쟁점건물을 증축하여 청구외법인에 임대하였고, 청구외법인은 청구법인에 철도콜센타용역을 공급하기 위하여 쟁점건물을 사용하였으므로 실질귀속이 과세사업인 부동산임대에 공한 것으로 보아 쟁점매입세액은 공제되어야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인은 청구외법인에 철도고객센터운영에 필요한 시설과 장비를 무상으로 제공하고 있으며 동 건물의 유지비 등은 청구법인이 부담하고 있으므로 쟁점건물이 청구법인의 과세사업인 부동산임대에 공하여 졌다고 보기는 어려운 반면 쟁점건물을 청구법인의 과세 ․ 면세 공통사업부문에 실질적으로 사용한 것으로 보이므로 쟁점건물에 대한 매입세액은 전액 공제되어야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서, 쟁점매입세액을 전액공제대상 매입세액으로 보지 않고 안분계산 대상인 공통매입세액으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.