기납부한 원천징수분 이자소득세 환급가능 여부

심판청구번호 국심2005전3726(2006. 4. 24.) �영위하는 비영리내국법인으로 2000사업연도에 159,000,000원의 이자소득(이하 "쟁점이자소득"이라 한다)만 발생하여 이자소득세 27,703,900원(이하 "쟁점 원천징수분 이자소득세"라 한다)을 원천징수분으로 납부하고 법인세 신고를 하지 아니하였다가, 2003.1.15. 쟁점이자소득을 법인세 과세표준(고유목적사업준비금으로 추가설정)에 포함한 후 쟁점 원천징수분 이자소득세를 환급하여 달라고 경정청구를 함에 따라 처분청은 쟁점 원천징수분 이자소득세를 청구법인에게 환급하였다가 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대해서는 경정청구 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다는 ○○○국세청장의 감사지적에 따라 2005.9.20. 청구법인에게 쟁점 원천징수분 이자소득세를 경정하여 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.10.6. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 과세표준신고를 하지 아니한 쟁점이자소득을 과세표준에 포함하여 경정청구한 것을 처분청이 적법한 것으로 보아 쟁점 원천징수분 이자소득세를 환급하였다가 다시 이를 경정하여 고지하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 원천징수된 이자소득세를 환급받기 위해서는 법인세 신고시 과세표준에 포함하여 신고하여야 하므로 쟁점이자소득의 경우 과세표준신고를 하지 아니하여 경정청구 등으로 과세표준에 포함하여 신고할 수 없으므로 착오로 환급한 쟁점 원천징수분 이자소득세를 경정하여 고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 비영리내국법인의 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대한 원천징수분 이자소득세를 경정청구(이자소득을 과세표준에 포함)에 의하여 환급할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

1. 법인세법(2001.12.31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제62조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】

① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

2. 법인세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제99조 【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】

① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다

• 다. 사실관계 및 판단

1. 2000사업연도에 발생한 쟁점이자소득금액 및 쟁점 원천징수분 이자소득세, 청구법인이 쟁점이자소득을 과세표준신고를 하지 아니한 사실에 대해서는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

2. 청구법인은 쟁점이자소득을 과세표준에 포함하여 경정청구를 한 것을 적법한 것으로 보아 쟁점 원천징수분 이자소득세를 환급하였다가 이를 다시 경정하여 고지하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 비영리내국법인의 과세표준신고 특례규정 관련법령인 법인세법 제62조 및 같은 법 시행령 제99조를 살펴보면, 비영리내국법인은 국내에서 받는 예금의 이자 등 원천징수된 이자소득에 대하여는 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있으며, 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 규정하고 있다.

4. 이상과 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 볼 때, 청구법인은 장학사업을 영위하는 비영리내국법인으로 2000사업연도에 쟁점이자소득만 발생하여 과세표준신고를 하지 아니한 사실이 확인되고, 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 경정청구 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없으므로 쟁점 원천징수분 이자소득세를 환급하여 달라는 청구법인의 주장은 적법하지 아니한 것으로 보여진다○○○. 따라서, 처분청이 법인세(쟁점 원천징수분 이자소득세)를 경정하여 고지한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.