매입세액 환급 여부

심판청구번호 국심2005전 3558(2006.3.6) 환급을 구하는 경정청구에 대한 거분처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 ○○○에서 철강제조업을 영위하는 법인으로서 2000년 제1기∼2004년 제1기 중 고철납품업체인 주식회사 ○○○ 등 17개 업체로부터 고철을 납품 받고 약정일 이전에 대금을 결제하면서 매입할인을 받은 건에 대하여 공급자로부터 감액세금계산서를 교부받아 매입세액에서 차감하여 부가가치세를 신고·납부한 사실이 있다.
• 나. ○○○지방국세청장은 정기 법인세조사시 위 매출할인은 부가가치세 과세표준에서 제외되는 것이 아닌 것으로 보아 고철납품업체의 매출할인 건에 대하여 부가가치세 과소신고 과세자료를 공급자 관할 세무서장에게 통보하였으며, 이에 청구법인은 2005.6.28. 동 매입할인 건에 대하여 과다납부한 세액 804,999,310원의 환급을 구하는 고충 및 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2005.8.3. 이를 거부하는 처분을 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.9.13. 위 할인액 상당액 중 부가가치세 2003년 제1기분 83,530,350원, 2003년 제2기분 78,019,520원, 2004년 제1기분 138,004,210원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거분처분은 이를 취소하는 취지의 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 고철 공급자로부터 당초 세금계산서를 교부받은 이후 추가로 교부받은 감액세금계산서는 재화의 공급없이 수취한 원인무효의 세금계산서로서 동 감액세금계산서에 의해 감액처리한 매입세액 상당은 과다·신고납부한 것이므로 이를 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 공급자가 재화공급시 적법하게 세금계산서를 발행·교부하고 추후 대금 수령시 과세표준에서 공제되지 않는 매출할인에 대해 감액 세금계산서를 추가로 발행·교부함에 따라 감액세금계산서 발행금액에 대하여 부가가치세 과소신고로 관할세무서장으로부터 경정 받는 경우 당해 재화를 공급 받은 자는 당초 교부받은 세금계산서상의 공급가액에서 추후 발행된 감액세금계산서상의 공급가액을 차감한 잔액에 대해서만 세금계산서를 교부받은 결과가 되므로 공급자가 추징받은 세액을 매입세액으로 추가공제 또는 환급 받을 수는 없는 것이다.

• 가. 쟁 점 공급자가 청구법인에게 고철공급시 적법하게 세금계산서를 발행·교부하고 추후 대금 수령시 과세표준에서 공제되지 않는 매출할인에 대해 감액 세금계산서를 교부하여 그 감액매입세금계산서에 따라 매입세액을 차감하여 부가가치세를 신고·납부한 경우 동 할인액 상당을 과다신고·납부한 것으로 보아 관련 매입세액을 환급할 수 있는지의 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제13조 【과세표준】③ 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액·대손금·장려금과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다. (2) 부가가치세법시행령 제52조 【부당대가 및 에누리 등의 범위】③ 법 제13조 제3항에 규정하는 할인액은 외상판매에 대한 공급대가의 미수금을 결제하거나 공급대가의 미수금을 그 약정기일 전에 영수하는 경우에 일정액을 할인하는 금액으로 한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 관련 자료 등 심리자료에 의하면, 청구법인이 2000년 제1기∼2004년 제1기 중 다음과 같이 고철납품업체인 주식회사 ○○○ 등 17개 업체로부터 고철을 납품 받고 약정일 이전에 대금을 결제하면서 매입할인을 받은 공급가액 8,049,994,883원에 대하여 감액세금계산서를 교부받아 804,999,317원 상당을 매입세액에서 차감하여 부가가치세를 신고하였으며 이에 대하여는 다툼이 없다. (단위: 원)○○○

(2) 청구법인이 고철공급업체와 거래한 1건을 예시하여 보면, 2004.5.15. 청구법인은 ○○○주식회사로부터 공급가액 285,412,370원, 부가가치세액 28,541,237원의 세금계산서를 교부받은 후 외상대금 조기상환으로 인하여 공급가액 4,222,539원(세액 422,253원)상당을 할인받고 그 감액세금계산서를 교부받았다. 청구법인은 동 거래분에 대하여 2004.7.25. 부가가치세 확정신고시 당초 공급가액을 285,412,370원에서 할인 받은 4,222,539원을 차감한 281,189,831원으로, 매입세액 역시 당초 28,541,237원에서 422,539원을 차감한 28,118,983원으로 신고·납부하였다. 반면, 고철공급자인 ○○○주식회사는 청구법인과 위와 같은 거래사실에 대하여 공급가액을 당초 285,412,370원에서 매출할인 상당액인 4,222,539원을 차감한 281,189,831원으로 신고·납부하였다.

(3) ○○○지방국세청장은 청구법인에 대한 법인세 정기조사시 공급자인 ○○○주식회사가 발행한 감액세금계산서(공급가액 ⁘4,222,539원, 세액 ⁘422,539원)를 원인무효라 하여 공급자에게 관련 부가가치세를 추징하도록 관할세무서에 통보하여 부가가치세 422,539원(가산세별도)을 과세하도록 하였고, 공급받는 자인 청구법인은 처분청에 당초 부가가치세 신고시 감액매입세금계산서에 의해 감액처리한 매입세액 ⁘422,539원에 대해 원인무효인 세금계산서이므로 환급해 달라는 취지의 부가가치세 경정청구서를 제출하였으나 처분청은 이를 거부처분하였다. (4) 부가가치세법 제13조 제3항 에서 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액 등은 과세표준에서 공제하지 아니한다고 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제52조 제3항에서 할인액은 외상판매에 대한 공급대가의 미수금을 결제하거나 공급대가의 미수금을 그 약정기일 전에 영수하는 경우에 일정액을 할인하는 금액으로 한다고 규정되어 있다.

(5) 위의 사실과 관련 법령을 종합하여 볼 때, 부가가치세법 제13조 제3항 및 같은 법 시행령 제52조 제3항에 의하면, 공급자가 청구법인에게 고철 공급시 적법하게 세금계산서를 발행하고, 그 후 고철을 공급한 납품업체들이 청구법인으로부터 고철납품의 외상대금을 약정기일보다 조기 상환 받아 할인액이 발생한 경우 그 할인액 상당을 부가가치세 과세표준에서 공제하지 아니하여야 함에도 고철 공급자가 이를 공제하여 신고·납부함으로써 동 할인액 상당에 대하여는 ○○○지방국세청장의 지시에 따라 관할 세무서장으로부터 부가가치세 과세표준이 과소신고·납부되었다고 하여 관련 부가가치세가 부과처분 되었고, 청구법인 역시 같은 맥락에서 위 할인액 상당을 매출세액에서 매입세액을 과소공제함으로써 결국 부가가치세를 과다신고·납부하였는 바, 고철 공급업체가 청구법인에게 당초 적법하게 세금계산서를 발행하여 교부한 후 감액세금계산서를 발행하여 교부한 것은 재화의 공급 없이 발행된 효력이 없는 것이므로 청구법인이 과다신고·납부한 이 건 할인액 상당에 대한 부가가치세는 매입자에게 환급하여야 할 것이다.

(6) 따라서, 처분청이 청구법인의 위 할인액 상당액에 대한 부가가치세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 것은 부가가치세법의 법리를 오해한 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.