부동산 매매계약의 변경에 따라 교부받은 매입세금계산서인지 여부

심판청구번호 국심2005전 3043(2005.12.16) 구인에게 환급한다.

청구인이 ○○○와 쟁점토지 위의 건물 9,310.59㎡(이하 "쟁점건물"이라 하고, 쟁점토지를 합하여 "쟁점부동산"이라 한다)를 청구외 ○○○주식회사(이하 "청구외법인"이라 한다)로부터 양수하고 양수대금으로 2004. 6. 21. 계약금 183,136,075원, 2004. 8. 16. 1차 중도금 183,136,075원, 2004. 10. 30. 2차중도금 183,136,075, 입점일에 잔금 366,272,150원을 지급하는 조건으로 2004. 6. 21. 쟁점부동산 매매계약을 체결하여 매매대금을 지급하던 중 2005. 1. 3. 2차 중도금을 지급하고 교부받은 92,176,750원 상당의 매입세금계산(이하 "쟁점매입세금계산서"라 한다)의 매입세액 9,217,670원을 환급받기 위하여 2005. 2. 25. 2005. 1기 부가가치세 조기환급 신고서를 제출하였다. 처분청은 청구인이 2005.2.25. 신고한 부가가치세 조기환급서의 쟁점 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 매출세액에서 매입세액은 공제하지 아니한다는 『부가가치세 경정통지』를 2005.3.23. 청구인에게 통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005. 4. 6. 이의신청을 거쳐 2005. 8. 2. 이건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 "쟁점부동산"의 취득과 관련하여 ○○○(주)와 2004.6.21. 최초 공급계약을 체결하였고, 계약금과 1차 중도금을 지급한 상태에서 청구인의 자금사정상 최초의 공급계약서 내용대로 이행하기가 어려워 공급자인 ○○○(주)와 2004.10.22 변경계약을 체결하였고 "쟁점 부동산"의 매매거래는 중간지급조건부 공급에 해당되고 부가가치세법 기본통칙 9-21-4에 의한 당초 계약 변경에 해당되므로○○○ 변경된 내용대로 2005. 1. 3. 세금계산서를 교부받았으며(2차 중도금 대금은 2004년 12월∼2005. 1. 3.까지 3회에 걸쳐 지급), 이와 관련된 부가가치세 매입세액 9,217,670원을 2005. 2. 25.조기환급 신청하였는바 처분청이 확실한 근거도 없이 변경계약서가 임의로 작성된 허위의 계약서로 보고 당초의 공급계약서 내용대로 세금계산서를 수취하지 아니하였다 하여 사실과 다른 세금계산서로 이를 기각 결정한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 2005. 2. 25. 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서(2005. 1. 3.)에 대한 부가가치세 조기환급을 신청하였고, 동 세금계산서는 청구외법인과 2004. 10. 22. 변경계약에 따라 교부받은 세금계산서이므로 당초 신고한 환급신청은 정당하다고 주장하고 있으나, 청구인이 제출한 조기환급 신고서를 검토할 당시에는 변경계약과 관련된 내용은 전혀 언급하지 아니하였고, 처분청의 환급부인 결정이 있은 후에야 변경계약서를 제출하여 환급신청의 정당성을 제기하였다. 따라서, '중간지급조건부'에 따른 용역의 공급시기는 부가가치세법 시행령 제22조 제2호 및 시행규칙 제9조 제1호의 규정에 의하여 '약정된 날에 실제로 대가를 수령하였는지 여부에 관계없이 그 대가를 받기로 한 때'이나, 당초 계약서상 계약시와 1차 중도금 지급시에는 계약 내용대로 세금계산서의 수취와 환급신청을 하였음에도 쟁점이 되는 '과세기간을 달리한 2차 중도금'의 경우에만 대금 지급이 어렵다는 이유로 변경계약서를 작성한 것은 그 이전에도 대금 지급이 수차례 지연되었음에도 변경계약을 하지 않고 당초 계약 내용에 따른 공급시기에 세금계산서를 수취 및 신고한 것과 비교해 볼때, 2차 중도금에 대한 변경 계약서의 작성이 처분청의 조기환급 부인 결정이 난 뒤 허위로 이루어질 수 있다는 것을 보여주고 있다. 또한 청구인과 청구외 법인은 현재 많은 일반 분양회사들이 건설용역의 제공에 따른 세금계산서 교부를 '중간지급조건부'에 해당하여도, 사업자가 대금을 완납하는 시점에 세금계산서를 교부하고 그에 대한 환급신청을 하는 잘못된 관행처럼 대가의 수수시에 세금계산서를 교부하는 등의 위법성이 있는 점을 감안하여 볼 때, 당초 계약서에 의한 조기환급에 신청에 대하여 '공급시기를 달리한 세금계산서'로 판단하여 환급부인 결정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 세금계산서가 부동산 매매계약을 변경하고 변경된 내용에 따라 교부받은 매입세금계산서로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 (3) 부가가치세법 제9조 【거래시기】 ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때 (4) 부가가치세법 시행령 제21조 【재화의 공급시기】 ① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 현금판매·외상판매 또는 할부판매의 경우에는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 때

4. 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하거나 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때 (5) 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 (6) 부가가치세법 시행규칙 제9조 【재화 또는 용역의 공급시기】 ① 영 제21조 제1항 제4호 및 영 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우 (7) 부가가치세법 기본통칙 9-21-4【중간지급조건부인 당초 계약변경시의 공급시기】 사업자가 중간지급조건부에 의한 재화 또는 용역의 공급계약을 체결하였으나 그 내용이 변경된 경우의 공급시기는 다음과 같다.

당초 계약의 지급일을 변경한 경우에는 계약의 변경내용에 따라 대가의 각 부분을 받기로 한 때

2. 계약금 이외의 대가를 일시에 지급하는 경우 중간지급조건부에 의한 당초 계약내용을 변경하여 대가의 각 부분을 일시에 지급하기로 한 경우에는 재화의 인도 또는 용역의 제공이 완료된 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2004. 6. 21. 청구외법인과 ○○○공급계약을 체결한 후 자금사정이 어려워 2004. 10. 22. 아래와 같이 계약내용을 변경하여 ○○○공급계약서(변경계약서)를 작성하고 변경된 계약내용에 따라 중도금과 잔금을 지급하였음이 처분청의 이의신청에 대한 결정서에 나타난다.

○○○

(2) 처분청은 청구인이 부가가치세 환급신고시 당초계약서를 제출하였으며, 쟁점부동산의 매매대금을 지급하면서 수차례의 대금지급지연이 있었으나 그 때는 계약변경이 없다가 과세기간을 달리하여 문제가 된 이 건의 대금지급에 대하여만 계약이 변경된 점을 들어 변경계약서는 이 건 불복청구를 위하여 사후에 작성된 허위의 계약서라고 보고 재화의 공급시기를 당초계약서상 대금지급일로 본 처분은 정당하다고 주장하고, 청구인은 청구인의 자금사정상 청구외법인과 합의하여 당초계약사항을 변경한 것은 정당함에도 처분청이 변경된 계약내용을 인정하지 아니하는 것은 부당하다고 주장한다. (가) 처분청은 변경된 계약서를 이 건 불복청구를 위하여 사후에 작성된 허위의 계약서라고 주장하면서도 그 구체적인 근거를 제시하지 아니하고 단지 수차례의 대금지급지연이 있다는 정황만을 근거로 제시하고 있으나, 청구인이 제시한 변경계약서가 허위라거나, 청구외법인의 의사와 다른 계약서라고 보기 위하여는 처분청이 이에 대하여 구체적인 입증책임을 부담하고 있다고 보아야 하며 단지 정황만을 근거로 이를 부인하는 것은 타당하지 아니한 주장으로 보인다. (나) 사업자가 부동산매매계약○○○에 의한 재화의 공급계약을 체결하고 2차 중도금지급기일이 도래하기 전에 동 매매계약을 중간지급조건부 매매계약으로 변경한 경우에는 변경된 계약내용에 따라 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기가 되는 것이므로○○○ 계약변경일 후에 공급시기가 도래하는 부분에 대하여는 변경된 계약내용에 따라 재화의 공급시기를 판단하여야 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구인이 2005. 2. 25. 신고한 부가가치세 조기환급신고서의 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 매출세액에서 매입세액을 공제하지 아니하여 환급신청을 거부한 처분은 잘못으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.