특수관계자가 포기한 실권주식을 청구법인이 투자한 조합을 통해 고가로 취득하였다하여 이를 부당행위계산부인하여 법인세를 과세한 처분의 당부
특수관계자가 포기한 실권주식을 청구법인이 투자한 조합을 통해 고가로 취득하였다하여 이를 부당행위계산부인하여 법인세를 과세한 처분의 당부
심판청구번호 국심 2005전2826(2006. 6. 30.) er-spacing:0.5pt;line-height:160%;'>서장이 2005.6.20 청구법인에게 한 2000.1.1～2000.12.31사업연도 법인세 286,362,120원의 부과처분은 법인소득금액 계산시 518,663,777원을 손금에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정하며, 나머지 청구는 기각합니다.
구 (주)○○○는 2000.4.25 기업구조조정 및 기업공개를 목적으로 (주)○○○이라는 상호의 분할존속법인인 청구법인과 (주)○○○(이하 “○○○”라 한다)라는 신설법인으로 균등 인적분할되었고, 2000.6.20 ○○○의 유상증자(이하 “2000.6.20자 유상증자”라 한다)시 주주들이 포기한 신주 3,375주(이하 “실권주식”이라 한다)를 중소기업창업투자조합인 ‘○○○’〔청구법인이 89.3%를 출자하였고 ○○○(주)가 10.7%를 출자한 펀드로 이하 “○○○”라 한다)가 실권주식을 인수하였다.
○○○지방국세청장은 ○○○의 주식변동조사 결과, 청구법인이 실권주식중 ○○○에 출자한 지분에 해당하는 주식(이하 “쟁점인수주식”이라 한다)을 ○○○를 통하여 높은 가액(주당 400,000원)으로 인수함으로써 상속세및증여세법에 의하여 평가한 신주발행후 1주당 가액 227,908원과의 차액분 518,663,777원[(400,000원-227,908원)×3,375주×89.3%]을 ○○○의 기존주주에게 이익을 분여한 것으로 보아 법인세법 제52조 의 부당행위계산부인 규정을 적용한 과세자료를 처분청에 통지하였으며, 처분청은 2005.6.20 청구법인에게 2000.1.1～2000.12.31사업연도(이하 “2000사업연도”라 한다) 법인세 286,362,120원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.7.27 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장
(1) 시가는 건전한 사회통념 및 상관행 하에서 특수관계가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 의미하는 것으로서, 중소기업창업지원법에 의하여 ○○○를 구성한 청구법인과 특수관계가 없는 ○○○(주)의 합의에 의해 산정된 1주당 400,000원의 발행가액은 ○○○의 객관적 교환가치를 적정하게 반영한 것이고, 이를 ○○○가 쟁점인수주식을 400,000원에 인수한 가격은 건전한 사회통념이나 상관행에 비춰 경제적 합리성이 인정되는 매매실례가액으로서 시가로 인정되어야 한다. 또한, 2000.6.20자 유상증자 및 그 이후에 있었던 무상증자 후 제3자간에 2번의 주식매매거래가 발생[2002.8.29 ○○○ 해산시 ○○○ 주식 1,600주를 1주당 65,850원에 유○○○에게 매각, 2003.12.4 유○○○은 1,600주를 ○○○(주)에 1주당 73,000원에 매각]하였는데, 위 주식매매거래의 가액을 무상증자 전의 가액으로 환산할 경우 1주당 거래가액이 2002년 436,701원, 2003년 484,045원으로 산정되는 바, 이러한 점을 보더라도 비록 2000.6.20자 유상증자 당시와 비교하여 2～3년 이후의 영업성과가 반영된 환산가액이기는 하나 2000.6.20자 유상증자가액 400,000원은 시가로 인정되어야 한다.
(2) 처분청은 ○○○의 순자산가치를 평가함에 있어 분할당시의 개시 대차대조표상의 순자산가치를 발행주식수로 나누어 계산하였으나 ○○○는 구 (주)○○○ 판매사업부를 인적분할하여 설립된 회사로서 기존의 ○○○ 판매망의 유지확보에 따른 영업권을 가지고 있을 것이므로 사업양수도의 경우에 양수도되는 순자산의 평가액에 영업권 평가액이 포함되는 것처럼 인적분할의 경우에도 분할신설법인의 순자산가액 평가시에는 영업권 평가액이 포함되는 것이 논리적으로 타당하다.
(3) 청구법인이 유상증자에 참여하여 쟁점인수주식을 인수한 것에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용한다 하더라도 이는 자산(유가증권)의 고가취득행위이므로 취득시점에 익금산입만 하여 과세할 것이 아니라 동시에 시가초과분을 취득가액에서 차감하는 손금산입도 하였다가 동 자산의 양도시점에 과세하는 것이 타당하다.
- 나. 처분청 의견
(1) 특수관계가 없는 제3자라는 ○○○(주)는 2000.6.20자 유상증자 전인 2000년 4월까지 구 (주)○○○의 3대 주주(지분율 14.9%)이었고, 2000.6.20자 유상증자 후에는 청구법인이 ○○○(주)의 주식 6만주(지분율 2.73%)를 취득하여 현재까지 보유하고 있어 비록 행위 당시에는 특수관계자에 해당되지 아니하였으나 실권주식 인수 전․후에는 특수관계자이었던 사실을 감안하면 ○○○(주)가 이해관계없는 제3자라고는 볼 수 없으므로 ○○○(주)와의 거래가액을 제3자간에 일반적으로 형성된 가격이라 할 수 없다. 또한 ○○○의 규약을 보면 출자좌수에 따라 의결권을 규정하고 있고, 청구법인은 ○○○의 지분 89.3%를 갖고 있어 청구법인이 ○○○의 실질적인 영향력을 행사하고 있으므로 실권주식의 가액을 상속세및증여세법상 보충적 평가방법으로 평가한 것은 적법하다. (2) 상속세및증여세법시행령 제54조 제1항 에서는 비상장주식의 평가액을 순손익가치로 평가하되 순손익가치가 순자산가치에 미달하는 경우 순자산가치로 평가하도록 하고 영업권도 평가하도록 되어 있으나, ○○○는 최근 3년간의 순손익액이 없는 신설법인으로 영업권을 평가할 수 없으므로 실권주식을 순자산가치로 평가한 것은 정당하다.
(3) 신주의 고가매입에 대하여 취득가액에서 시가초과액을 차감하는 법인세법시행령 제72조 제3항 제3호 의 규정은 2002.12.30 개정되어 2003.1.1부터 적용되는 것으로서, 이 건과 동일한 사안에 대한 법원의 판결(○○○)에서도 신주의 고가매입에 있어 부당행위계산 부인금액 상당을 손금에 산입하여 사내유보 처분함으로써 취득가액에서 차감할 것이 아니라고 판시한 사실이 있으므로 청구법인 주장은 이유없다.
(1) 특수관계자가 포기한 실권주식을 청구법인이 출자한 중소기업창업투자조합을 통해 고가로 취득하였다 하여 이를 부당행위계산부인하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분의 당부
(2) 보충적 평가방법에 의하여 실권주식의 가액을 산정할 때 분할전 법인의 영업권을 분할후 신설법인의 영업권으로 보아 순자산가치에 의한 평가액에 포함시켜야 한다는 청구주장의 당부
(3) 청구법인이 실권주식을 취득하여 보유하고 있는 당해 사업연도에 부당행위계산부인 규정에 의한 시가를 초과하는 금액을 각 사업연도 소득금액에 익금산입하여 과세한 처분의 당부
(1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.
④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 법인세법시행령(2002.12.30. 대통령령 17826호로 개정되기 전의 것) 제24조【감가상각자산의 범위】① 법 제23조 제2항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 고정자산(괄호 생략)을 말한다.
2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산
1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액
5. 제1호 내지 제4호외의 방법으로 취득한 자산: 취득당시의 시가
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하는 것으로 한다.
1. 법 제15조제2항제1호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액
2. 제52조의 규정에 의한 건설자금에 충당한 차입금의 이자
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.
3. 제88조 제1항 제1호의 규정에 의한 시가초과액 제87조 (특수관계자의 범위) ①법 제52조제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다.
1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2제1항 의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족
2. 주주등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족
3. 법인의 임원·사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족
4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 출자하고 있는 다른 법인
5. 제4호 또는 제8호에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50이상을 출자하고 있는 다른 법인
6. 당해 법인에 100분의 50이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 50이상을 출자하고 있는 법인이나 개인
7. 당해 법인이 독점규제및공정거래에관한법률에 의한 대규모기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사
8. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50이상을 출연하고 그중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인
② 제1항 제2호에서 "소액주주"라 함은 주권상장법인 또는 협회등록법인의 주주로서 발행주식총수의 100분의 1에 해당하는 주식수에 미달하는 주식을 소유한 주주를 말한다. 다만, 당해 법인의 지배주주와 특수관계에 있는 자는 소액주주로 보지 아니한다.
③ 제2항에서 "지배주주"라 함은 법인의 발행주식총수의 100분의 1이상의 주식을 소유한 주주(국가 및 지방자치단체를 제외한다)로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유주식합계가 당해 법인의 주주중 가장 많은 경우의 당해 주주를 말한다.
④ 제2항 단서 및 제3항에서 "특수관계에 있는 자"라 함은 당해 주주와 다음 각호의 관계에 있는 자를 말한다.
1. 당해 주주가 개인인 경우에는 다음 각목의 1에 해당하는 관계에 있는 자
2. 당해 주주가 법인인 경우에는 제1항 각호(제3호를 제외한다)의 1에 해당하는 관계에 있는 자 제88조 (부당행위계산의 유형 등) ①법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우
8. 다음 각목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등인 법인이 특수관계자인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우
② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항제8호 가목 및 법 제45조제1항제1호의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다. 제89조 (시가의 범위 등) ①법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.
② 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식등을 제외한다.
2. 상속세및증여세법 제38조·동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액
⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.
⑥ 제88조제1항제8호의 규정에 의하여 특수관계자에게 이익을 분여한 경우 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 상속세및증여세법시행령 제28조제3항 내지 제7항·동시행령 제29조제2항 내지 제4항 및 동시행령 제31조의4제1항·제3항의 규정을 준용한다. 이 경우 "대주주"·"지배주주등" 및 "특수관계에 있는 자"는 이 영에 의한 "특수관계자"로 보고, "이익" 및 "대통령령이 정하는 이익"은 "특수관계자에게 분여한 이익"으로 보되, 그 이익중 "1억원(동시행령 제28조제3항을 준용하는 경우에는 3억원)이상"은 이를 적용하지 아니한다.
(3) 법인세법시행규칙 제12조【감가상각자산의 범위】① 영 제24조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 영업권에는 다음 각호의 금액이 포함되는 것으로 한다.
1. 사업의 양도․양수과정에서 양도․양수하는 자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가․인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용․명성․거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액
(4) 상속세및증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】 ① 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.
② 제1항외의 공업소유권등 기타 무체재산권의 평가는 당해 재산의 취득을 위하여 소요된 가액 또는 장래의 경제적 이익등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다.
(5) 상속세및증여세법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16682호로 개정된 것) 제54조 (비상장주식의 평가) ①법 제63조제1항제1호 다목의 규정에 의한 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 의하여 평가한 가액에 의한다. 1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융시장에서 형성되는 평균이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 율(이하 "순손익가치"라 한다)
② 제1항의 규정에 의하여 평가한 비상장주식의 가액이 다음의 산식에 의하여 평가한 가액에 미달하는 경우에는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다) 제55조 (순자산가액의 계산방법) ①제54조제1항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 이연자산·준비금·충당금등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다. 제59조 (무체재산권등의 평가) ①매입한 무체재산권의 가액은 매입가액에서 매입한 날부터 평가기준일까지의 감가상각비상당액을 차감한 가액에 의한다.
② 영업권의 평가는 다음 산식에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 가액은 다음의 가액에서 제외한다. [최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 당해 연수로 한다)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액-(평가기준일 현재의 자기자본×1년 만기 정기예금이자율을 감안하여 재정경제부령이 정하는 율)]×평가기준일 이후의 영업권의 지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)
③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 최근 3년간의 순손익액의 가중 평균액은 제56조제1항의 규정을 준용하여 평가한다. 이 경우 동조제1항중 "1주당 순손익액 및 1주당 추정이익"은 "순손익액"으로 본다.
(1) 주식변동조사종결보고서, 주식매매계약서, 주식등변동상황명세서, ○○○ 규약, 주식평가조서 등 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실관계를 인정할 수 있다. (가) 구 (주)○○○는 2000.4.25 청구법인과 ○○○로 균등인적분할을 하였고, 분할 신설된 ○○○는 마케팅 및 판매활동을 수행하고, 분할 존속법인인 청구법인은 생산 및 제조활동을 수행하고 있다.○○○ (나) ○○○는 2000.3.27 중소기업창업지원법 및 중소기업창업지원업무운용규정에 따라 설립된 조합으로서 2004.4.12 중소기업기업청에 신고수리되었고, 총출자금은 2,350,000,000원으로 하고, 출자조합원의 출자자금은 업무집행조합원인 ○○○(주)가 250,000,000원(10.7%, 출자좌수 5), 일반조합원인 청구법인이 2,100,000,000원(89.3%, 출자좌수 42)으로 하며, 결성총회는 출자가 완료된 후 개최하여 ‘본 규약의 승인 또는 변경․사업계획의 승인’을 결의하며, 결의는 출자총액의 2/3이상의 찬성으로 하고, 조합원은 그 출좌자수와 본 규약에 따라 ‘조합원 총회에 참석하여 의결권을 행사하는 권리, 조합재산을 배분받을 권리’ 등을 가지며, 조합원 총회에서의 조합원의 의결권은 출자 1좌당 1개로 한다고 되어 있다. (다) ○○○(주)는 1999년8월부터 2000년3월까지 구 (주)○○○의 주식을 소유(3대주주로 지분율 14.9%)하고 있던 중 ○○○와의 합병에 반대하여 주식매수청구권을 행사하여 소유 주식을 전량 매각하였고, 청구법인은 2001.9.25 재단법인 ○○○재단으로부터 ○○○(주)의 주식 60,000주(지분율 2.73%)를 취득하여(배당목적으로 취득) 보유하다가 2005.1 ○○○(주)의 관계회사인 ○○○에 동 주식 전량을 매각하였다(처분청이 현재까지 보유하고 있다고 한 것은 사실관계를 오인한 것으로 보임). (라) ○○○는 2000.6.20 유상증자를 실시하였고, 이○○○ 외 3인은 신주인수를 포기하였으며, 이에 따라 제3자 배정을 통하여 ○○○가 실권주식을 1주당 400,000원에 인수하였다.
○○○ (마) 2000.6.20자 유상증자 이후 아래 표와 같이 ○○○는 2000.7.11 무상증자를 하였고, ○○○는 2002년8월경 2000.7.11자 무상증자(구주 1주당 5.63주) 후 특수관계에 있지 아니하는 유○○○에게 ○○○ 주식 1,600주를 1주당 65,860원에 매각하였고, 2002.8.29 펀드를 해산하면서 조합원[청구법인과 ○○○(주)]에게 ○○○ 주식을 배분하였으며, ○○○(주)는 2003.12.4 유○○○으로부터 ○○○ 주식 1,600주를 1주당 73,000원에 추가로 취득하였다.○○○ (바) 2000.7.11자 무상증자 이후 ○○○ 주식의 매매사례가액을 무상증자 전의 주식수로 환산하여 1주당 가액을 평가하면 아래 표와 같다.○○○ (사) 처분청은 청구법인이 ○○○를 통하여 쟁점인수주식을 주당 400,000원에 인수한 행위가 법인세법 제52조 의 부당행위계산부인 규정에 해당하는 것으로 보아 쟁점인수주식의 가액을 상속세및증여세법령상의 보충적 평가방법을 적용하여 평가하되 순손익가치가 순자산가치에 미달하여 순자산가치에 의하여 1주당 가액을 평가하고, 영업권에 대하여는 ○○○가 최근 3년간 순손익액이 없는 신설법인이라는 이유로 순자산가치에 의하여 1주당 가액을 산정함에 있어 영업권을 순자산가액에 포함시키지 아니하였으며〔개시대차대조표상 ○○○․청구법인 및 분할전의 구 (주)○○○ 모두 영업권에 대한 계정이 없음〕, 위 평가액과 인수가액의 차액인 518,685,288원을 청구법인이 ○○○ 주주 이○○○ 외 3인에게 이익을 분여한 것으로 보아 동 금액을 익금산입하고 기타사외유출로 소득처분한 뒤 2005.6.20 청구법인에게 법인세 286,362,120원을 고지하였다.○○○
(2) 쟁점1에 대하여 살펴본다. (가) 법인세법상 부당행위계산부인 규정의 본래 취지는 법인세법에서 규정하는 특수관계 있는 자와의 진실한 거래행위가 있으나, 그 거래가 세법에서 열거한 제반 거래형태를 빙자하거나 조세법을 남용함으로써 비정상적이고 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되거나 또 그 거래가 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보여질 때 과세권자는 객관적으로 타당하다고 보여지는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피를 방지하고자 하는데 있으며, 이는 실질과세원칙에 근거를 두고 있다고 하겠는 바(○○○), 그 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(○○○). 또한, 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격인 시가를 기준으로 하고(법인세법 제52조 제2항), 시가가 불분명한 경우에는 상속세및증여세법 제38조 ․동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 기준으로 한다고 할 것이다(법인세법시행령 제89조 제2항). (나) 이 건의 경우를 살펴보면, 실권주식을 인수한 ○○○를 구성하는 ○○○(주)는 2000.6.20자 유상증자 당시에는 청구법인과 특수관계에 있는 자에 해당하지는 아니하였으나 ○○○(주)는 1999년8월～2000년3월경까지 구 (주)○○○의 3대 주주(지분율 14.9%)였고, 청구법인과 함께 ○○○를 결성하여 조합원의 지위를 유지한 채 2000.6.20자 유상증자에 참여하였으며, ○○○는 출자총액의 2/3에 해당하는 출자좌수에 의하여 결의를 하도록 되어 있는데 청구법인의 총출자좌수가 89.3%에 이르고 있고, 청구법인이 2000.6.20자 유상증자 이후에는 ○○○(주)의 주식 60,000주(2.73%)를 취득한 점 등을 고려하여 볼 때 ○○○와 ○○○(주)와의 거래가액(2000.6.20자 유상증자 가액을 의미함)을 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격인 시가라고 보기는 어려운 것으로 판단된다. (다) 또한, 청구법인은 비록 2000.6.20자 유상증자일로부터 2～3년이 지난 시점의 주주간 거래이기는 하나 이를 2000.7.11자 무상증자 이전의 주식 수로 환산하게 되면 ○○○의 1주당 가액이 400,000원을 상회하는 점을 고려할 때 2000.6.20자 유상증자가액인 1주당 400,000원은 시가로 인정되어야 한다고 주장하고 있으나, 이는 시가로 평가할 수 있는 시점으로부터 2～3년이 지난 시점의 영업성과 등을 반영하고 있는 가액이라 할 수 있어 이를 근거로 쟁점인수주식의 시가를 2000.6.20자 유상증자가액으로 할 수는 없다고 판단된다. (라) 따라서, 처분청이 ○○○의 주식에 대하여 시가가 존재하지 아니하는 것으로 보아 상속세및증여세법에 의한 보충적 평가방법을 적용한 것은 타당하다고 판단된다.
(3) 쟁점2에 대하여 살펴본다. (가) 상속세및증여세법령(2003.12.30. 대통령령 제18177호로 개정되기 전의 것)에 의하면 비상장주식을 보충적 평가방법에 의하여 평가함에 있어 순손익가치가 순자산가치에 미달하는 경우에는 순자산가치에 의거 평가하도록 규정되어 있음을 알 수 있어 처분청이 분할 신설법인인 ○○○의 1주당 가액을 순손익가치에 의하여 평가한 것은 정당하다고 판단된다. (나) 이에 대하여 청구법인은 ○○○가 비록 분할 신설법인이기는 하나 구 (주)○○○의 판매사업부를 인적분할하여 설립된 회사로서 기존의 알로에 판매망의 유지확보에 따른 영업권을 가지고 있음에도 동 영업권에 대한 평가액이 순자산가치 평가에 포함하지 아니한 것은 불합리하다고 주장하고 있으나, 구 (주)○○○의 경우 자산계정에 영업권이 계상되어 있지 아니하고, 분할 신설된 ○○○ 또한 영업권을 개시대차대조표의 자산계정에 계상하지 아니하였으며 순손익액이 존재하지 아니하여 영업권을 순자산가액에 포함시키기는 어렵다고 판단된다.
(4) 쟁점3에 대하여 살펴본다. (가) 법인이 특수관계자로부터 자산을 고가로 매입한 경우 그 취득가액의 계산방법에 대하여 종전에는 관련법령에 아무런 규정이 없이 법인세법기본통칙 4-4-10…32[현 67-106…9으로서 위 통칙에 의하면, 특수관계 있는 자로부터 자산을 시가를 초과하여 매입한 경우로서 그 대금의 전부를 지급한 때에는 시가초과액은 익금에 산입하여 이를 영 제94조의2 제1항 제1호(현재는 제106조 제1항 제1호)의 규정에 따라 처분하고 동금액을 손금에 산입하여 사내유보로 한다고 해석하고 있음] 및 대법원판례(○○○) 등의 해석에 의거 고가매입 상당액을 법인소득금액 계산시 익금산입 및 손금산입하여 과세하다가 1998.12.31 법인세법시행령 제72조 제3항 제3호 를 최초로 신설하여 자산의 취득가액 계산시 법인세법시행령 제88조 제1항 제1호 의 규정에 의한 시가초과액을 취득가액에서 제외하도록 명문으로 규정하였고, 그 후 이 건과 같이 법인의 증자에 있어서 특수관계자가 포기한 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우의 취득가액 계산은 2002.12.31 위 시행령 제72조 제3항 제3호를 개정함으로써 명문으로 규정하였는 바, 재정경제부가 발간한 1999년 간추린 개정세법에 의하면 1998.12.31자로 신설 개정된 법인세법시행령 제72조 제3항 제3호 는 종전에 해석으로 취득가액에서 제외시키고 있던 부분을 자산의 취득방법에 따라 취득가액의 산정방법을 명확히 하기 위한 규정이라고 해설하고 있고, 2002년 간추린 개정세법에 의하면, 2002.12.31자로 개정된 법인세법시행령 제72조 제3항 제3호 에 제88조 제1항 제8호 나목의 규정에 의한 시가초과액을 취득가액에서 제외하도록 규정한 것은 특수관계자간 신주의 고가매입에 대하여도 일반 자산의 고가매입과 동일한 방법으로 취득시점에 취득가액에서 시가초과액을 차감하였다가 당해 자산을 처분하는 시점에 과세하도록 부당행위계산부인규정을 적용하기 위한 취지라고 해설하고 있고, 1998.12.31 법인세법시행령 제88조 제1항 제8호 나목을 신설하여 법인의 증자에 있어서 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우를 열거한 것은 나목도 결과적인 면에서 자산을 고가매입한 것이므로 제88조 제1항 제1호에 규정된 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우를 보다 세분화하여 열거한 것으로 볼 수 있다고 판단된다. (나) 위와 같이 1998.12.31 및 2002.12.31 법인세법시행령 제72조 제3항 등을 신설 및 개정한 입법취지가, 종전에는 해석으로 운용해 왔던자산의 취득방법에 따라 취득가액의 산정방법을 명확히 하기 위한 것 내지는 당초 누락된 특수관계자간 신주의 고가매입에 대하여도 일반 자산의 고가매입과 동일한 방법으로 부당행위계산부인규정을 적용하기 위한 것임이 개정세법해설내용에 의하여 확인되는 점으로 볼 때 위 시행령 제72조 제3항의 신설 및 개정규정은 창설적 효력을 지닌 규정이 아니고 종래에 기본통칙 등에 의거 관행으로 운용해 왔던 사항을 법령으로 명확히 확인한 규정으로 해석하는 것이 합리적이라고 판단된다. (다) 따라서, 투자자산의 경우 그 손익의 귀속시기는 그 자산을 양도하고 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도이므로 고가매입의 경우 당해자산을 양도하는 사업연도에 손익을 귀속시키기 위한 세무조정으로 세무회계처리는 매입연도에 시가 또는 정상가액을 초과하는 금액을 익금에 산입하여 법인세법시행령 제106조 제1항 제1호 의 규정에 따라 소득처분하되, 동 금액을 손금에 산입하여 사내유보로 처분한 다음(따라서 매입연도에 있어서 법인세의 과세표준 자체의 증감은 없다) 그 자산을 양도한 때에 그 초과액을 익금에 산입하여 과세표준을 증액시키고 그 소득에 대하여는 사내유보로 처분하는 것이 타당하다고 할 것이므로(○○○), 처분청이 ○○○의 유상증자시 특수관계자가 포기한 신주를 고가로 매입하였다고 하여 법인소득금액 계산시 고가매입상당액을 익금산입 및 손금산입하여 양도시점에 과세하여야 함에도 불구하고 오직 익금에만 산입하여 취득시점에 법인세를 과세한 것은 잘못이라고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.