소각시설을 건설하여 기부채납하는 경우 소각시설공사와 관련된 매입세액을 공제하는지 여부

심판청구번호 국심 2005전1310(2005.10.27) 요 청구법인은 2004.12.10 ○○○을 체결하고, 동 협약에 의하여 ○○○(이하"쟁점소각시설"이라 한다)을 건설한 후 ○○○에 기부채납하고, 이에 대한 대가로 15년간 무상사용권(관리운영권)을 부여받아 동 시설물을 운영·관리하는 법인으로서, 2004.12.31. ○○○에 소재하는 주식회사 ○○○(이하"청구외법인"이라 한다)과 쟁점소각시설에 대한 건설도급계약을 체결한 후, 선급금 771,320,000원에 대한 매입세금계산서를 수취하여 매입세액 77,170,000원을 조기환급신고하였다. 처분청은 청구법인의 ○○○을 부가가치세 면세사업에 해당하는 것으로 보아, 쟁점소각시설 건설에 관련된 부가가치세 매입세액의 환급을 거부한 후 2005.3.21. 청구법인에게 2004년 제2기 부가가치세 7,717,000원(신고불성실가산세)을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여, 2005.4.1. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청이 과세근거로 삼고 있는 부가가치세법 시행령 제29조 제11호 는 생활폐기물의 수집, 운반 및 처리 용역등을 제공하는 경우에 부가가치세를 면세한다는 것으로 보아야지, 이 건과 같이 쟁점폐기물처리시설을 건설하는 단계에 대하여는 부가가치세법 기본통칙 12-29-1면세하지 아니하는 기타 의료보건위생용역의 규정에 의하여 관련 매입세액을 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 ○○○은 부가가치세법 시행령 제29조 제11 호에서 규정하는 폐기물관리법 제26조 에 의한 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집·운반 및 처리용역에 해당하여 부가가치세 면세사업에 해당하므로 이 건 매입세액을 환급거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 폐기물 처리시설을 설치·운영하는 사업자가 소각시설을 건설하여 기부채납하는 경우, 이를 부가가치세 과세사업자로 보아 소각시설 공사와 관련된 매입세액을 환급해 줄 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제12조 【면 세】 ① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액 (2) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】 ① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서 합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 (3) 부가가치세법 제22조 【가산세】 ⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하거나 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에는 다음 각목의 금액의 합계액

• 가. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율
• 나. 초과하여 환급받은 세액×환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율 (4) 부가가치세법 시행령 제29조 【의료보건용역의 범위】 법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

11. 폐기물관리법 제26조 의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집·운반 및 처리용역과 동법 제30조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역 (5) 부가가치세법 기본통칙 12-29-1【면세하지 아니하는 기타 의료보건위생용역】다음 각호의 1에 해당하는 것은 면세하는 기타 의료보건위생용역에 해당하지 아니한다.

및 ……(이하생략)

2. 폐기물관리법 제30조 의 2의 규정에 의하여 폐기물처리시설을 설치·운영하는 사업자가 및 (이하생략) 폐기물처리시설이나 분뇨처리시설, …의 설계·시공용역을 공급하거나 정화조를 공급하는 경우 (6) 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제5호 및 제6호의 규정은 2005년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다. 3의 2. 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제7호 의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회기반시설 또는 동 시설의 건설용역 (7) 폐기물관리법 제26조 (폐기물처리업) ③제2항의 규정에 의하여 적합통보를 받은 자는 환경부령이 정하는 기준에 의한 시설·장비 및 기술능력을 갖추어 업종별로 시·도지사의 허가를 받아야 한다. 다만, 지정폐기물을 대상으로 하여 폐기물처리업을 하고자 하는 자는 환경부장관의 허가를 받아야 한다. ④폐기물처리업의 업종구분과 영업내용은 다음과 같다.

폐기물을 수집하여 처리장소로 운반하는 영업

폐기물중간처리시설을 갖추고 폐기물을 소각·중화·파쇄·고형화등의 방법에 의하여 중간처리(생활폐기물을 재활용하는 경우를 제외한다)하는 영업

폐기물최종처리시설을 갖추고 폐기물을 매립등(해역배출을 제외한다)의 방법에 의하여 최종처리하는 영업

폐기물처리시설을 갖추고 폐기물을 중간처리 및 최종처리를 함께 하는 영업

⑨ 감염성폐기물의 수집·운반 또는 처리를 업으로 하고자 하는 자는 다른 폐기물과 분리하여 별도로 수집·운반·처리하는 시설·장비 및 사업장을 설치·운영하여야 한다.

1. 제2항의 규정에 의하여 환경부장관으로부터 폐기물처리사업계획서의 적합통보를 받은 경우

2. 제3항의 규정에 의하여 환경부장관으로부터 폐기물처리업의 허가를 받은 경우

3. 제10항의 규정에 의하여 환경부장관으로부터 폐기물처리업의 변경허가를 받거나 환경부장관에게 변경신고를 한 경우 (8) 폐기물관리법 제30조 (산업기반신용보증기금의 설치 및 관리) ① 금융기관으로부터 민간투자사업자금의 융자를 받고자 하는 사업시행자의 신용을 보증하기 위하여 산업기반신용보증기금(이하"기금"이라 한다)을 설치할 수 있다. ② 기금은 신용보증기금법에 의한 신용보증기금(이하"관기기관"이라 한다)이 관리·운용한다. (9) 폐기물관리법 제30조 의 2(폐기물처리시설의 검사) ①환경부령이 정하는 폐기물처리시설의 설치를 완료한 자는 환경부령이 정하는 검사기관으로부터 검사를 받아야 한다. 제30조제3항의 규정에 의하여 변경승인을 얻거나 변경신고를 한 경우로서 환경부령이 정하는 경우에도 또한 같다.

② 제1항의 규정에 의한 폐기물처리시설을 설치·운영하는 자는 환경부령이 정하는 기간마다 제1항의 규정에 의한 검사기관으로부터 정기검사를 받아야 한다. 이 경우 검사기간이내에 환경기술개발및지원에관한법률 제10조의 규정에 의하여 동 시설에 대한 기술진단을 받은 때에는 정기검사를 받은 것으로 본다.

③ 제1항 또는 제2항의 규정에 의한 검사에서 적합판정을 받지 아니한 폐기물처리시설은 이를 사용할 수 없다. 다만, 검사를 위하여 당해시설을 사용하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 검사의 절차·기준 및 검사기관의 관리기준 기타 필요한 사항은 환경부령으로 정한다. (10) 폐기물관리법시행규칙 제23조

② 법 제30조의2 제1항 전단에서 "환경부령이 정하는 폐기물처리시설"이라 함은 법 제30조 제2항 제1호의 규정에 의한 시설을 제외한 다음 각호의 시설을 말한다.

1. 소각시설 2. 매립시설 3. 멸균분쇄시설 4. 음식물류폐기물처리시설 (11) 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "사회기반시설"이라 함은 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 당해 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서, 다음 각목의 1에 해당하는 시설을 말한다.

• 카. 폐기물관리법 제2조제7호 의 규정에 의한 폐기물처리시설
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2004.12.10. 사회간접자본시설에 대한 민간투자법에 의거 ○○○와 /"○○○ 실시협약"을 체결하였으며, 상기 협약에 의하면 청구법인이 쟁점소각시설을 건설한 후 ○○○에 기부채납하는 대가로 소각시설에 대한 무상사용권(관리운영권)을 15년간 부여받아 동 소각시설을 운영·관리하는 법인인 것으로 확인된다.

(2) 청구법인은 청구외법인과 쟁점소각시설에 대한 건설공사도급계약을 체결하고 지급한 선급금 768,700천원에 대하여 매입세금계산서를 수취하여 아래와 같이 2004.2기 부가가치세 조기환급신고를 하였다.

○○○

(3) ○○○와 청구법인간에 체결된 쟁점소각시설에 대한 실시협약 제4조 제1항을 보면 "○○○는 사업시행자(청구법인)에게 다음 각 호의 행위를 할 수 있는 자격 및 권한, 권리를 설정·부여한다"고 규정하면서, 같은 조 같은 항 제3호에서 쟁점소각시설을 운영기간동안 민간투자법에 따라 무상사용하고, ○○○에 사용료를 청구 및 수령하며, 시설을 유지·보수·관리할 수 있는 권한이라고 규정하고 있음이 확인된다. 또한, 제6조 (무상사용기간) 제1항을 보면, "사업시행자의 본 사업시설에 대한 무상사용기간은 운영개시일로부터 15년간으로 하되, ○○○은 사업시행자에게 무상사용기간 동안 본 사업시설에 대한 관리운영권을 부여한다"고 규정되어 있음이 확인된다. (4) 부가가치세법 제12조 제1항 제4호, 같은법 시행령 제29조 제11호의 규정에 의하면 ○○○ 허가를 받은 사업자가 폐기물을 수집·운반 및 처리하는 용역에 대하여는 부가가치세를 면제하는 것으로 되어 있는 바, 청구법인의 경우 위 실시협약에 나타나고 있는 것처럼 본래의 사업목적이 ○○○으로서 부가가치세 면세사업자임을 알 수 있다.

(5) 위 사실관계를 종합해 볼 때, 청구법인이 당초 ○○○와 쟁점소각시설에 대한 실시협약을 체결함에 있어서 부가가치세 면세사업자인 쟁점소각시설의 관리·운영권자로 지정받는 전제 조건이 소각시설을 준공과 동시에 기부채납하기로 한 것이였음이 확인되는 바, 이는 쟁점소각시설의 건설이 동 소각시설을 관리·운영권자로 지정받기 위한 필수적으로 부수되는 요건이며, 동 시설은 면세사업에 사용할 자산에 해당하므로 당해 시설의 기부채납에 대하여는 부가가치세가 면제되고 건설단계에서 부담한 매입세액은 공제되지 아니함이 타당하다 하겠다○○○ 따라서, 처분청이 부가가치세 면세사업에 사용할 쟁점소각시설의 건설과 관련된 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.