법인의 공장 및 본사의 수도권생활지역 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면

심판청구번호 국심2005전 0080(2005. 7. 6) �

청구법인은 니트웨어 등 의류를 제조하여 중남미 등에 수출하는 사업자로서 ○○○에 소재하던 본사를 2001.4.9. ○○○로 이전한 후, 2001사업연도분 법인세과세표준신고시 조세특례제한법 제63조 의 2의 규정에 의한 법인의 공장 및 본사의 수도권생활지역외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면(이하 "본사이전에 따른 임시특별세액감면"이라 한다) 13,015,586,043원을 받았다. 처분청은 본사소속으로 근무한 김○○○외 33인에게 본사이전전인2001년 1월부터 3월 중에 361,408,654원의 급여를 지급하였으나 청구법인은 이를 해외현지법인이 지급한 것으로 회계처리하여 법인전체인원의 급여총액에 포함시키지 않았고, 중국현지근무 3인의 급여 84,967,656원을 이전 후 본사근무인원이 받은 급여에 포함시켜 감면받은 사실을 확인하고, 2004.9.10. 청구법인에게 2001사업연도 법인세 1,491,827,800원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.12.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청이 본사 이전에 따른 임시특별세액감면 대상소득 계산시 "이전본사 근무인원의 연간급여총액"을 "이전본사 근무인원의 이전일 이후의 급여총액"으로 해석하여 과세함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법상 본사 이전에 따른 임시특별세액감면을 적용함에 있어 감면대상소득 계산시 당해 과세연도이전본사 근무인원의 연간급여총액은 당해과세연도 본사이전일 이후 근무인원의 급여총액을 말하는 것이므로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법 제63조 의 2의 규정에 의한 본사 이전에 따른 임시특별세액감면 대상소득 계산시 이전본사 근무인원의 연간급여총액을 본사이전일 이후의 급여총액으로 해석하여 경정한 처분의 당부.
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제63조 의 2 (법인의 공장 및 본사의 수도권생활지역외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면 등)

① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "수도권생활지역외 지역이전법인"이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세 및 특별부가세의 감면 등을 받을 수 있다.

1. 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호 의 규정에 의한 과밀억제권역(이하 이 조에서 "과밀억제권역"이라 한다)안에 5년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 5년 이상 계속하여 본점 또는 주 사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 대통령령이 정하는 수도권생활지역(이하 이 조에서 "수도권생활지역"이라 한다)외의 지역(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2002년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 공장 또는 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 그 부지를 취득한 날부터 3년 이내에 이전하여 사업을 개시할 것(2002년 12월 31일 이전에 공장 또는 본사의 부지를 취득하고 그 취득일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다)

② 수도권생활지역외 지역 이전법인은 다음 각호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다음 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 및 다목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

• 가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익을 차감한 금액
• 나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원의 연간급여총액이 법인 전체인원의 연간급여총액에서 차지하는 비율
• 나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율(2002.12.11. 개정)
• 다. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권생활지역안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율(동 비율이 100분의 50 미만인 경우에는 이를 영으로 본다)

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 당해 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

③ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 이전본사 근무인원이라 함은 수도권생활지역외의 지역에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 월수로 나누어 계산한 인원을 말한다)에서 이전일이 속하는 과세연도의 직전 과세연도에 수도권생활지역외의 지역에서 본사업무에 종사하던 상시근무인원의 연평균인원을 차감하여 계산한 인원을 말하며, 수도권생활지역안의 본사 근무인원이라 함은 본사의 이전 후 수도권생활지역안에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원을 말한다. 이 경우 이전일이 속하는 과세연도에는 이전 후 근무인원을 기준으로 연평균인원을 계산한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제60조 의 2 (법인의 공장 및 본사의 수도권생활지역 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면 등)

⑤ 법 제63조의2 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 급여는 소득세법 제20조 제1항 제1호 가목 및 라목을 말하며, 연간급여총액은 감면받는 과세연도에 본사근무인원 또는 법인전체인원에게 지급되는 급여총액을 말한다. (3) 조세특례제한법 제143조 (구분경리)

① 내국인은 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제34조, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제65조, 제68조, 제95조, 제101조, 제102조, 제122조와 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 2001.4.9. 본사를 ㅇㅇ에서 ㅇㅇ으로 이전한 후 2001사업연도분 법인세과세표준신고시 조세특례제한법 제63조 의 2의 규정에 의한 본사이전에 따른 임시특별세액감면을 신청하면서 본사소속으로 근무한 직원에게 지급한 2001년 1월부터 3월까지의 급여 361,408,654원을 해외현지법인이 지급한 것으로 회계처리하여 이 금액을 법인전체인원의 급여총액에 포함시키지 않았고, 중국현지근무 3인의 급여 84,967,656원을 이전 후 본사근무인원이 받은 급여에 포함시킨 사실을 확인하고, 2004.9.10. 청구법인에게 2001사업연도 법인세 1,491,827,800원을 결정고지하였다.

(2) 이에 대하여 청구법인은 처분청이 조세특례제한법 제63조 의 2 제2항 제2호 나목의 규정은 "이전본사 근무인원의 연간급여총액"이라고만 규정하고 있을 뿐 "이전본사 근무인원의 이전일 이후의 급여총액"이라고 규정하고 있지 아니함에도 이를 유추해석하여 "이전본사 근무인원의 이전일 이후의 급여총액"으로 해석하여 과세함은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (3) 조세특례제한법 제63조 의 2 "법인의 공장 및 본사의 수도권생활지역외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액 감면" 규정의 취지는 수도권지역외의 사업체를 지방으로 이전하는 것을 추진하기 위하여 그 유인책으로 조세감면혜택을 주는 것이라고 할 것인 바, 이러한 취지에 따라 감면세액을 계산함에 있어 "이전 후 근무인원"을 기준으로 하고 있고(같은 조 제3호), 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 제63조 의 2 제2항 제2호에서 "이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액"이라고 한 것도 이러한 취지를 분명히 하고자 한 것임을 알 수 있으므로, 비록 규정상으로는 이전 본사 근무인원의 "연간급여총액"으로 표현하고 있지만 동 규정의 감면취지에 따라 "이전본사 근무인원의 이전 후의 급여총액"으로 해석함이 타당하다 하겠다(○○○, 2004.9.13, ○○○, 2001.3.22, 같은 뜻) 따라서, 처분청이 이전본사 근무인원의 연간급여 총액을 본사이전일 이후의 급여총액으로 보아 본사이전에 따른 임시특별세액 감면을 적용한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.