쟁점금액을 가공매입으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

1. ○○세무서장이 2005.10.6. 청구법인에게 한 2001사업연도 법인세 49,044,860원의 부과처분은 ○○중기 등 10개 업체로부터 실지거래없이 매입세금계산서를 수취한 것으로 보아 손금불산입한 95,332,155원중 48,998,638원을 손금산입하여 과세표준과 세액을 경정하고 나머지 청구는 기각하며,

2. ○○세무서장이 2005.9.7. 청구법인에게 한 2002년 제1기분 부가가치세 54,107,940원의 부과처분에 대한 불복은 이를 기각합니다.

처분청은 법인제세 통합조사 결과 청구법인이 2001년 제1기에 ○○중기 등 10개 업체로부터 수취한 매입세금계산서(이하 “쟁점1세금계산서”라 한다)의 공급가액 126,090,000원 중 95,332,155원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 가공매입으로 보아 손금불산입하여 2001사업연도 법인세 49,044,860원을 2005.10.6. 결정고지하였고, 2002년 제1기에 ○○건기주식회사로부터 수취한 매입세금계산서(공급가액 562,000천원으로서 이하 “쟁점2세금계산서”라 한다)는 실제 공급자가 주식회사 ○○토건중기라 하여 동 매입세액을 불공제하여 2002년 제1기분 부가가치세 54,107,940원을 2005.9.7. 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.12.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 ○○물산주식회사로부터 ○○ ○○구역 재개발아파트 신축공사 중 토공사 부분(이하 “○○동 토공사”라 한다)을 수주하여 잔토운반용역을 주식회사 ○○공영에게 하도급주고 공급가액 545,796천원의 매입세금계산서(쟁점1세금계산서 포함)를 수취하였음에도 처분청은 청구법인이 공급가액 592,130천원의 매입세금계산서를 수취한 것으로 보아 46,334천원 상당의 매입세금계산서를 실지거래없이 수취하였으며, 대금지급은 496,797천원만 확인된다고 하여 차액 95,333천원에 상당하는 쟁점1세금계산서의 공급가액을 가공매입으로 보아 손금불산입하여 법인세를 과세하였다. 그러나 청구법인이 과다수취하였다는 46,334천원 상당의 매입세금계산서는 ○○동 토공사가 아닌 ○○ ○○동 경기장의 경계석 설치공사와 관련하여 수취한 것이고, 청구법인이 주식회사 ○○공영에게 하도급대금으로 545,796천원(공급가액)을 지급하였음이 확인됨에도 쟁점1세금계산서의 공급가액 126,090천원 중 95,333천원을 가공매입으로 보아 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 ○○산업개발주식회사로부터 ○동 ○○○○아파트 신축토공사를 수주하여 지하주차장 잔토처리공사를 ○○건기주식회사에게 하도급주면서 법인인감증명서 등의 확인을 통하여 정상적인 거래자로 신뢰하고 공사대금도 동 법인의 계좌에 입금하였으나 동 법인에 대한 관할세무서의 조사에 의해 위장사업자임을 알게 되었다. 따라서 청구법인은 거래당시에는 동 법인이 위장사업자라는 사실을 전혀 모르고 거래한 선의의 거래당사자이므로 쟁점2세금계산서의 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 하도급받은 ○○동 토공사의 잔토운반용역을 2000년 제1기에 주식회사 ○○공영에게 일괄도급을 주었으나 주식회사 ○○공영이 세금계산서 중 일부는 자신 명의로 발행하고 일부는 자료상인 ○○중기 등 10개 업체 명의의 쟁점1세금계산서를 교부하였다고 주장하고 있다. 따라서 청구법인이 ○○동 토공사와 관련하여 주식회사 ○○공영과의 공사계약서를 제시하지 아니하는 상황에서 확인되는 대금지급액(공급가액 496,797천원)과 매입세금계산서 수취액(공급가액 592,130천원)과의 차액을 가공매입으로 보아 손금부인하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) ○○건기주식회사는 조사결과 전액 실지거래없이 가공세금계산서를 발행한 자료상으로서 청구법인도 ○동 ○○○○아파트 신축토공사의 잔토운반용역은 주식회사 ○○토건중기가 일괄도급받아 시행하였으나 매입세금계산서는 ○○건기주식회사가 발행한 쟁점2세금계산서를 수취하였음을 확인하였다. 따라서 동 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 쟁점1세금계산서의 공급가액(126,000천원) 중 쟁점금액(95,332천원)을 가공매입으로 보아 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부

(2) 쟁점2세금계산서의 공급자가 사실과 다른 것으로 보아 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부

• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (2) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1에 대하여 본다. (가) 처분청은 청구법인이 ○○동 토공사의 잔토운반용역과 관련하여 주식회사 ○○공영으로부터 수취한 매입세금계산서(공급가액 계592,130,000원)에는 쟁점1세금계산서(공급가액 126,090,000원)외에 주식회사 ○○공영 명의로 발행한 것(공급가액 402,020,000원)과 실제 공급자는 주식회사 ○○공영임에도 자료상이 발행한 것(공급가액 64,020,000원)이 있고, 이들 매입세금계산서에 대한 대금지급은 496,797,845원(공급가액)만 확인된다 하여 차액 95,332,155원을 가공매입으로 보았음이 처분청이 제출한 법인세 결정결의서 등에 의하여 확인된다. (나) 청구법인이 ○○동 토공사와 관련하여 주식회사 ○○공영으로부터 수취한 매입세금계산서의 공급가액이 592,130,000원인지 아니면 545,796,483원인지 본다. 청구법인은 ○○동 토공사와 관련하여 주식회사 ○○공영으로부터 수취한 매입세금계산서 중 동 법인이 발행한 매입세금계산서의 공급가액은 295,101,895원임에도 주식회사 ○○공영이 위 공사와는 별도로 ○○동 ○○○ 주경기장 공사현장 등에 경계석을 시공하고 청구법인에게 교부한 매입세금계산서 3매(공급가액 106,918,105원)를 처분청이 ○○동 토공사 관련 매입세금계산서로 오인함으로써 쟁점세금계산서의 공급가액 중 46,333,517원 상당의 매입세금계산서를 과다수취한 것으로 보았다고 주장하면서 경계석 시공과 관련하여 주식회사 ○○공영과 작성하였다는 하도급계약서 등을 제출하고 있다. 그러나 청구법인이 제출하고 있는 증빙은 청구법인이 주식회사 ○○공영에게 경계석 시공을 하도급주고 매입세금계산서를 수취하였다는 내용에 불과하여 처분청이 동 매입세금계산서를 ○○동 토공사와 관련된 매입세금계산서로 오인하였음을 입증하는 것으로 보기는 어렵다. 따라서 청구법인이 ○○동 토공사와 관련하여 주식회사 ○○공영으로부터 수취한 매입세금계산서의 공급가액을 592,130,000원으로 본 것은 잘못이 없다고 판단된다. (다) 청구법인이 ○○동 토공사의 잔토운반용역비로 주식회사 ○○공영에게 지급한 금액(공급가액)이 처분청과 같이 496,797,845원인지 살펴본다.

① 처분청은 청구법인이 주식회사 ○○공영에게 2001.1～5월까지 지급하였다는 대금 600,376,132원(공급가액 545,796,483원) 중 아래 표와 같이 1～4월까지의 공사비 546,477,630원(공급가액 496,797,845원)을 주식회사 ○○건설이 2001.4.27. 발행한 약속어음 106,141,790원과 ○○물산주식회사가 2001.5.25. 발행한 약속어음 52,535,840원과 현금으로 지급한 사실은 인정하였으나 5월분 공사비로 이사 김○○에게 2001.7.11. 지급하였다는 ○○산업개발주식회사가 2001.6.25. 발행한 어음 5,914,112원과 ○○산업개발주식회사가 2001.6.28. 발행한 어음 47,984,390원(공급대가 계 53,898,502원)은 부인하였다. (금액단위: 천원) 공급 시기 공급 대가 지급일 지급수단 지급증빙 (주)

○○ 공영의 수령자 계좌입금, 현금 어음 계 1월 73,788 2001.7.11. 77,000

• 77,000 자기앞 수표 김

○○:과장 2월 151,900 8.11. 151,000

• 151,000 입금증 3월 269,000 5.3. 159,800 106,141 265,941 입금증, (주)

○○ 건설 발행어음 김

○○: 대표이사 4월 52,535 6.8.

• 52,535 52,535

○○ 물산(주) 발행어음 김

○○:이사 계 546,923 387,800 158,677 546,477

② 청구법인은 처분청이 대금지급 사실을 부인한 ○○산업개발주식회사와 ○○산업개발주식회사 발행어음의 배서 및 결제계좌를 증빙으로 제출하지 못하고 있으며, 주식회사 ○○공영의 잔토운반용역 계약서는 청구법인이 단종건설회사이기 때문에 건설업 재하도급 금지등 관련법규 때문에 작성하지 아니하였다고 주장하고 있다. 그러나 청구법인은 ○○물산주식회사의 ○○동 토공사 공사비 최종 정산서상 작업물량과 청구법인이 주식회사 ○○공영을 잔토운반용역 업체로 선정할 당시의 업체선정품의서상 단가 등을 근거로 주식회사 ○○공영에게 지급한 대금이 확인된다고 주장하고 있는 바, 아래 표와 같이 당초 주식회사 ○○공영이 잔토운반용역에 응찰할 당시의 금액은 344,041,066원이었으나 정산시에는 195,878,033원이 증액되었고, 여기에 공사현장 세륜기 설치비용 6,000,000원을 가산하면 총공사금액이 545,919,099원이 되므로 청구법인이 잔토운반용역비로 지급한 공급가액이 545,796,483원임이 확인된다는 주장이다. 주식회사 ○○공영의 잔토운반용역비 정산내역 (단위: ㎥, 원) 구분 계약내용 정산내용 정산금액 물량 단가 금액 물량 단가 금액 토사 33,904 3,625 122,902,000 105,605 3,625 382,818,125 259,916,125 풍화암 21,790 3,866 84,240,140 32,663 3,866 126,275,158 42,035,018 보통암 35,411 3,866 136,898,926 6,076 3,866 23,489,816 ∆113,409,110 외부반입토

• -

• 3,668 2,000 7,336,000 7,336,000 계 344,041,066 539,919,099 195,878,033

③ 청구법인이 ○○물산주식회사와 2000.11.30. 당초 체결한 ○○동 토공사 관련 하도급계약서의 공사기간은 2000.12.1.～2001.7.31.로서 공급가액 1,919,000,000원에는 잔토운반 공사비 512,517,700원, 세륜기 및 살수차 설치ㆍ운영비 6,500,000원이 계상되어 있고, 2002.5.30. 체결한 하도급계약 변경합의(제3차 계약서)는 공사기간을 2002.8.15.까지 76일을 연장하면서 공급가액은 1,860,000,000원으로 59,000,000원을 감액하였으나 주식회사 ○○공영의 잔토운반물량은 증가(청구법인이 주식회사 ○○공영을 잔토운반용역 업체로 선정할 당시의 업체선정품의서상 단가를 적용하면 용역대금은 555,534,281원임)되었음이 계약서, 정산내역서 및 2003. 2.12.자 하자보수보증서 등에 의하여 확인된다.

④ 청구법인이 2001년 5월분 공사비로 주식회사 ○○공영 이사 김○○에게 2001.7.11 지급하였다는 ○○산업개발 발행어음 5,914,112원과 ○○산업개발 발행어음 47,984,390원과 관련하여 제출한 2001.7.11.자 영수증에는 “운반비 및 부가세 포함금액”으로 “○○건업 김○○”가 55,861,800원을 수령한 것으로 기재되어 있고, 청구법인이 제출하고 있는 공사수입대장의 받을어음대장을 보면, 위 어음을 2001.7.11. 주식회사 ○○공영에게 지급한 것으로 기재되어 있으며, 동 대장에는 처분청이 대금지급을 시인한 2001.5.3. ○○건설 주식회사의 발행어음으로 지급한 106,141천원과 2001.6.8. ○○물산주식회사의 발행어음으로 지급한 52,535천원도 기재되어 있는 바, 청구법인이 주식회사 ○○공영에게 이들 어음을 지급한 사실이 인정된다고 하겠다. (라) 판단 위와 같이 ○○산업개발 발행어음 5,914,112원과 ○○산업개발 발행어음 47,984,390원의 배서와 결제계좌가 확인되지는 아니하나 청구법인의 받을어음대장에 기재된 내용과 청구법인과 ○○물산주식회사간 정산내역이 신빙성이 있다고 보이는 바, 청구법인이 잔토운반비로 주식회사 ○○공영에게 545,796,483원(공급가액)을 지급하였다고 봄이 타당하다고 판단된다. 그러하다면 청구법인이 ○○동 토공사와 관련하여 주식회사 ○○공영으로부터 수취한 매입세금계산서의 공급가액은 592,130,000원임이 인정되고, 이 중 청구법인이 실지거래에 따라 수취한 매입세금계산서의 공급가액은 545,796,483원임이 인정되므로 동 차액 46,333,517원에 대하여만 손금불산입하는 것이 타당함에도 대금지급이 496,797,845원(공급가액)만 확인된다 하여 차액 95,332,155원을 가공매입으로 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 부당하다고 판단된다.

(2) 쟁점2에 대하여 본다. 청구법인은 ○○산업개발주식회사로부터 수주한 ○동 ○○○○아파트 신축토공사의 지하주차장 잔토처리공사화 관련하여 ○○건기주식회사로부터 쟁점2세금계산서를 수취하면서 실제 공급자가 주식회사 ○○토건중기임을 알지 못한 것에 대하여 잘못이 없는 선의의 거래당사자이므로 동 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하고 있다. 처분청은 조사당시 청구법인이 2002년 제1기분 부가가치세 예정신고는 주식회사 ○○토건중기로부터, 제1기분 확정신고는 ○○건기주식회사로부터 매입세금계산서를 수취하여 부가가치세를 신고하였고, 청구법인이 ○○건기주식회사에 입금하였다는 대금 528,400천원은 입금 당일 대부분 소액권으로 출금(수표 10만원권 900장, 1백만원권 241장, 1천만원권 5장, 5천만원권 1장, 현금 97,400천원)되었으나 그 귀속이 불분명하며, 지하주차장 잔토처리공사는 주식회사 ○○토건중기가 일괄도급받아 공사하면서 부족한 차량은 성북, 강북 일대 개인중기업자를 동원하고 대금을 정산하여 지급하였고, 기타 운영비 등을 공제하고 남은 수익은 공사수주를 알선한 김○○(○○건기주식회사의 세금계산서를 청구법인에게 전달한 자로서 수익분배문제로 주식회사 ○○토건중기를 고소한 자)와 나눠 갖기로 한 사실 등을 확인하였다. 그러하다면 위와 같은 사실과 처분청이 2005.5.30. 청구법인의 대표이사 황○○으로부터 실제 공사는 주식회사 ○○토건중기가 하였으나 ○○건기주식회사 명의의 매입세금계산서를 수취하였다는 확인서를 징구한 사실을 종합하여 볼 때, 청구법인을 선의의 거래당사자로 보기 어려우므로 쟁점2세금계산서의 매입세액을 공제하지 아니하고 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.