법인이 시추업자로부터 수취한 세금계산서의 매입세액이 공제가능 여부

○○세무서장이 2005.11.7. 청구인에게 한 부가가치세 2000년 제2기 284,113,280원, 2001년 제1기 125,563,450원, 2001년 제2기 269,267,940원, 2002년 제1기 206,628,300원, 2002년 제2기 160,648,360원, 2003년 제1기 70,498,060원, 2003년 제2기 212,473,140원, 2004년 제1기 105,118,340원, 2004년 제2기 183,460,560원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 탐광시추비 국고보조업무를 시행하면서 시추업자에게 시추비용을 직접 지불하고 받은 세금계산서(이하 󰡐쟁점매입세금계산서󰡑라 한다)를 청구법인이 받아 그 매입세액(이하 󰡐쟁점매입세액󰡑이라 한다)을 공제되는 매입세액으로 신고하였으나, 처분청은 쟁점매입세금계산서는 탐광시추의 수혜자인 광업권자가 받아야 하는 것이라고 하여 2005.11.7. 청구법인에게 부가가치세 2000년 제2기 284,113,280원, 2001년 제1기 125,563,450원, 2001년 제2기 269,267,940원, 2002년 제1기 206,628,300원, 2002년 제2기 160,648,360원, 2003년 제1기 70,498,060원, 2003년 제2기 212,473,140원, 2004년 제1기 105,118,340원, 2004년 제2기 183,460,560원, 합계 1,617,771,430원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 광업권자에게 용역을 제공하고 국가로부터 국고보조금을 받은 것인 바, 국가로부터 받은 국고보조금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 에 의해 과세표준에서 제외된 것일 뿐이고. 쟁점매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 의 사업관련 매입세액으로서 동조 제2항의 공제배제대상 매입세액에 해당되지 아니하므로 당연히 공제되어야 한다. 쟁점매임세액이 부가가치세법상 공제되는 매입세액이 아니라고 할지라도. 청구법인은 1977년 4월과 9월 재무부에 부가가치세와 관련한 질의를 한 바, 재무부는 시추사업은 과세사업으로 시추사업시 부담한 매입세액은 환급받을 수 있으며 국고보조금은 부가가치세의 과세표준에 포함되지 않는다고 회신하여, 청구법인은 이 유권해석에 따라 부가가치세를 신고하였고, 1996년과 2003년의 세무조사에서도 이 사안이 문제되지 않아 28년간 쟁점매입세액을 공제받아 왔으며, 2005년 7월 세무조사가 마무리될 무렵 다시 재정경제부에 질의하여 1977년 9월의 답변과 동일한 답변을 받은 바 있으므로 비과세관행이 성립되었고, 신의성실의 원칙에 의해 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 국고보조금 운영시스템과 청구법인의 재무제표로 보아 시추결과의 수혜자는 광업권자이고 청구법인이 아니므로, 쟁점매입세금계산서는 재화나 용역의 거래 없이 받은 것으로서 쟁점매입세액은 공제받을 수 없음이 분명하다. 청구법인이 신뢰보호원칙의 근거로 제시하는 재무부의 답변은 원론적인 것으로 쟁점매입세액의 공제여부와는 무관하며, 청구법인이 이를 오해하여 쟁점매입세액을 공제한 것은 청구법인에 과실이 있으므로 신뢰보호원칙이 적용될 수 없고 과세관청이 단순히 세무조사시 문제삼지 않은 것만으로는 비과세관행이 성립하지는 않으므로 처분청의 과세는 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 시추업자로부터 수취한 매입세금계산서의 매입세액이 공제가능한 매입세액인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액” 이라 한다.)으로 한다. (1995. 12. 29 개정)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 (1993. 12. 31 개정)

(2) 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다. (1984. 8. 7 개정)

(3) 대한광업진흥공사법 제1조 (목적) 이 법은 대한광업진흥공사(이하 “공사”라 한다)를 설립하여 국내 및 해외광물자원의 개발을 촉진하고, 광물자원산업의 육성·지원에 관한 사업을 효율적으로 수행하도록 하여 광물자원을 안정적으로 공급할 수 있는 기반을 구축함으로써 국민경제 발전에 이바지하게 함을 목적으로 한다. 제10조 (사업) ①공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 행한다. <개정 1997.8.22, 2004.12.31>

1. 광물자원(해외광물자원 및 심해저광물자원을 포함한다. 이하 같다)및 석재·골재자원의 탐사·개발과 이를 위한 조사·연구·기술지도·사업성평가 및 광물시험

10. 기타 정부·지방자치단체·공공기관 및 광업관련단체로부터 위탁받은 사업 제16조 (보조금) 정부는 공사의 사업에 대하여 예산의 범위 안에서 보조금을 교부할 수 있다. <개정 2004.12.31>

• 나. 사실관계 및 판단 청구법인은 광물자원의 원활한 수급을 위해 영리기업의 광물개발을 유도할 목적으로 자금 부담이 많은 시추비를 정부가 무상 지원하는 업무(이하 ‘쟁점업무’라 한다)를 대한광업진흥공사법 제10조 제1항에 의하여 수행하고 있음이 확인된다. 청구법인은 광업권자들로부터 일반광 및 석재시추사업신청서를 제출받아 심사후 시추대상광산을 선정하고 경쟁입찰을 통해 낙찰된 외주시공업체에게 도급을 주어 탐광시추를 하면서 동 시추비용을 청구법인이 정부로부터 수령한 ‘일반광 및 석재시추사업 국고보조금’으로 외주시공업체에 지급하고 그에 대해 쟁점매입세금계산서를 청구법인명의로 수취하여 쟁점매입세액을 공제받았는데, 처분청은 쟁점매입세금계산서는 탐광시추의 수혜자인 광업권자가 받아야 한다고 보아 이 건 처분을 하였음이 확인된다. 청구법인은 1977년 4월에 재무부에 쟁점매입세액이 공제될 수 있는지 질의하여 공제가능하다는 답변(재무부 간세 1235-2379, 1977.8.5.)을 받았고, 1977년 9월에도 재무부에 같은 내용을 질의하여 공제가능하다는 답변(재무부 간세 1235-3597, 1977.10.5.)을 받았고, 2005년 7월에도 재정경제부에 같은 내용을 질의하여 공제가능하다는 답변(재정경제부 소비세제과 764, 2005.7.21.)을 받았음이 확인된다. 처분청은 국고보조금 운영시스템과 청구법인의 재무제표로 보아 시추결과의 수혜자는 광업권자이고 청구법인이 아니므로, 쟁점매입세금계산서는 재화나 용역의 거래 없이 받은 것으로서 쟁점매입세액은 공제받을 수 없으며, 청구법인이 신뢰보호원칙의 근거로 제시하는 재무부의 답변은 원론적인 것으로 쟁점매입세액의 공제여부와는 무관하므로 이 건 처분은 정당하다는 의견이나, 부가가치세법상 세금계산서는 재화나 용역을 공급하는 자가 그 재화나 용역을 공급받는자에게 교부하는 것이고(부가가치세법 제16조 제1항) 실질적 수혜자를 가려 교부하는 것은 아니며, 이 건의 경우에 광업권자는 단순히 시추신청을 할 뿐이고 청구법인은 시추관련업무를 담당하고 있으므로 시추용역거래의 당사자는 시추업자와 청구법인이라 할 것이고. 또한 청구법인이 대한광업진흥공사 법 제10조 제1항 제1호의 규정에 의하여 수행하는 광산에 대한 시추사업은 부가가치세법 제1조 제1항 의 규정에 의하여 과세되는 것이며, 동시추사업과 관련하여 부담한 매입세액은 동법 제17조 제1항의 규정에 의하여 공제받을 수 있는 것이고 이 경우 청구법인이 교부받는 국고보조금은 부가가치세법 제13조 제2창 제4호 및 동법시행령 제48조 제10항의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준에 포함되지 아니하는 것(같은 뜻, 재정경제부 소비세제과-764, 2005.7.21)이므로 처분청이 쟁점매입세금계산서의 매입세액을 불공제하여 과세한 이 건 처분은 부당한 것으로 판단된다.

이 사건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.