기부채납한 쟁점터널의 공급시기를 준공확인필증교부일('04. 1. 5.)로 볼 것인지, 아니면 총민간투자비(공급가액)의 최종확정일('05. 3. 9.)로 볼 것인지와 가산세 부과에 따른 면책의 정당한 사유가 있는지 여부
기부채납한 쟁점터널의 공급시기를 준공확인필증교부일('04. 1. 5.)로 볼 것인지, 아니면 총민간투자비(공급가액)의 최종확정일('05. 3. 9.)로 볼 것인지와 가산세 부과에 따른 면책의 정당한 사유가 있는지 여부
심판청구번호 국심 2005서 4217(2006.5.30.) 08,000원의 부과처분은 이를 취소한다.
청구법인은 1998.5.19 서울특별시와 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법에 의거 서울특별시 ○○○(이하 “쟁점터널”이라 한다)에 대한 민간투자사업 실시협약을 체결하고, 2003.12.31 쟁점터널을 준공하여 2004.1.6부터 2023.1.15 까지 19년 9일간 사용·수익하는 조건(총민간투자비 183,520,400천원)으로 2004.1.5 서울특별시에 쟁점터널의 기부채납 및 관리운영권등록을 신청하여 등록필증을 교부받고 2004.1.6부터 쟁점터널을 관리운영하였다. 그 후 청구법인은 2004.12.30 그간 확정되지 않았던 방진패드(PAD) 공사비 등을 반영한 최종 총민간투자비 166,409,800천원을 기부채납재산가액으로 서울특별시에 승인요청을 하고, 2004.12.31 서울특별시에 공급가액 166,409,800천원에 대한 영세율세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부하였으며, 2005.3.2 서울특별시에 쟁점세금계산서상의 공급가액을 관리운영권 설정금액으로 확정․승인을 신청하고 협약변경을 한 후 사회간접자본시설 관리운영권 등록필증의 재교부를 요청하여, 2005.3.9 서울특별시로부터 사용수익기간을 2004.1.6부터 2034.1.6까지 30년간, 총민간투자비를 166,409,800천원으로 변경된 등록필증을 교부받았다. 처분청은 청구법인이 쟁점터널의 기부채납일인 2004.1.5이 쟁점터널에 대한 용역의 공급시기에 해당됨에도 세금계산서를 교부하거나 영세율과세표준을 신고하지 아니하였다는 서울지방국세청장의 감사지적에 따라, 2005.10.10 청구법인에게 당초의 협약체결시 예상 총민간투자비(183,520,400천원)에 대한 영세율과세표준 신고불성실가산세 1,835,204,000원 및 세금계산서 미교부가산세 1,835,204,000원 합계 3,670,408,000원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.11.30 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점터널의 역무제공완료일은 2004.1.5이지만 동 일자에 이 건 용역의 공급가액을 알 수 없으므로 부가가치세법시행령 제22조 제3호 의 규정에 따라 쟁점터널에 대한 용역의 공급가액인 관리운영권의 객관적 가치가 확정된 2005.3.9을 공급시기로 보아야 할 것이고, 용역의 대가인 관리운영권은 그 존속기간 및 관리권에 의하여 징수하는 통행료 등에 따라 그 가치가 달라져 존속기간과 통행료 등을 결정짓는 총민간사업비, 물가변동비, 건설이자 등이 확정되어야 알 수 있는 것인 바, 이는 실시협약을 거쳐 사회간접자본시설 관리운영권 등록부에 그 금액이 확정적으로 기재되는 때인 2005.3.9이므로 처분청이 이러한 점을 감안하지 아니하고 이 건 용역의 공급시기를 2004.1.5로 보고, 2004년 1기 예정분 부가가치세를 신고하지 아니하였다 하여 영세율 과세표준 신고불성실가산세와 세금계산서 미교부가산세를 과세하는 것은 부당하다.
(2) 쟁점터널의 공사용역과 관련한 총사업비의 승인과 이에 따른 공급가액의 확정은 서울특별시의 전권으로 청구법인이 수차례에 걸쳐 승인요청을 하였음에도 서울특별시가 이를 지체하여 공급가액의 확정이 늦어지게 되었으며, 쟁점터널의 기부채납은 영세율이 적용되는 사업으로서 부가가치세 신고를 하더라도 청구법인이 부담할 세금이 없어 청구법인으로서는 공급시기를 늦춘다 하여 조세상 혜택을 받을 것이 없어 공급시기를 조작할 아무런 경제적 실질적 유인이 없으며, 쟁점터널에 대한 용역의 공급시기와 관련하여 세법해석상 견해의 대립이 있는 경우로서, 설령 처분청의 의견과 같은 공급시기에 부가가치세 신고와 세금계산서가 발행되어야 한다고 전제하더라도 청구법인에게 그 시기에 세금계산서 발행이나 부가가치세 신고를 기대하기 어려운 것이어서 가산세 면책사유로서의 정당한 사유가 존재하므로 이 건 가산세를 부과한 처분은 부당하다.
(1) 서울특별시가 2003.12.31 청구법인에게 교부한 준공확인필증상 2003.12.31이 준공일로 기재되어 있고, 쟁점터널의 기부채납에 대한 근거법률인 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 및 실시협약 제6조에서 “기부채납은 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 등에 귀속”되도록 규정되어 있고, 국가 등에 기부채납하고 그 기부채납시설물의 무상사용권을 취득하는 것은 용역의 공급에 해당하며, 이 경우 용역의 공급시기는 시설물의 준공전 사용승인일 또는 준공일이므로 이 건 기부채납과 관련된 용역의 공급시기를 준공일인 2003.12.31(또는 2004.1.5)로 보아 세금계산서 미교부 가산세 등을 과세한 당초처분은 정당하다.
(2) 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 에 의거 준공 즉시 기부채납하는 쟁점터널의 경우는 용역의 공급시기를 역무의 제공이 완료되는 때인 준공일로 보는 것이므로 법 해석상의 견해의 대립이 있을 수 없고, 공급받는 자가 국가·지방자치단체인 경우에도 세금계산서를 발행·교부하도록 하는 것은 국가·지방자치단체의 과세자료로 활용하기 위한 것이 아니고, 청구법인과 같은 사업자인 공급자의 신고내용 등이 적정한지 여부를 판단하는데 활용하기 위한 것으로 사업자는 공급받는 자가 과세사업자인지 또는 국가·지방자치단체인지 여부와 관계없이 재화 또는 용역의 공급시기에 세금계산서를 교부할 의무가 있으며, 조세특례제한법에서 규정하는 영세율이라고 하여 세금계산서 면제규정이 없는 한 세금계산서는 공급시기에 발행되어야 하는 것이므로, 가산세 면책사유로 정당한 사유가 존재한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
(1) 조세특례제한법(2003.12.30 법률 제7003호로 개정된 것) 제105조【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제5호 및 제6호의규정은 2005년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다.(2003.12.30. 후단개정) 3의 2. 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1 호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방 자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또 는 동 시설의 건설용역 (2) 부가가치세법 제9조 【거래시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.
1. 재화의 이동이 경우에는 재화가 인도되는 때 2.재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때
3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재 화의 공급이 확정되는 때
② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화․시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.
③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시 에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 같은법 제16조 【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교 부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. 같은법 제22조【가산세】② 사업자가 다음 각호의 1에 해 당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금 액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.
1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아 니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때
⑥ 영세율이 적용되는 과세표준을 제18조 제1항 및 제2항 단서 또 는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고 한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 때에는 그 신 고하지 아니한 과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과 세표준)의 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 같은법시행령 제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2 항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하 는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.
1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때
2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건 부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부 분을 받기로 한 때
3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때
4. 제49조의 2 제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세 기간의 종료일 같은법시행령 제48조【과세표준의 계산】⑤ 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납 된 가액(부가가치세가 포함된 경우에는 이를 제외한다)을 과세표 준으로 한다. 같은법시행령 제59조【수정세금계산서】법 제16조 제1항 의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하 여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수 정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산 서를 수정하여 교부할 수 있다.
(1) 이 건 과세기록에 의한 쟁점터널의 건설 및 기부채납과 관련한 경위를 보면, 1998.5.19 청구법인이 쟁점터널을 건설(총민간투자비 1,693억원)하여 서울특별시에 기부채납하고 30년간 시설관리운영권을 득하는 내용의 ○○○터널건설 민간유치시설사업실시협약”을 체결하였고, 서울특별시장은 1999.6.19 실시계획을 승인하면서 방진패드설치는 공정계획상 향후 수년이 소요되는 관계로 건설기간 내에 상호협의하여 최선의 방진대책을 강구한 후 확정․시행하고 이에 소요되는 금액은 추후 총민간사업비(공사비)에 반영할 것을 명시한 바 있으며, 2003.12.29 쟁점터널의 준공에 앞서 위 실시협약서 중 총민간투자비 등의 내용을 변경하는 협약을 체결하면서 "방진패드공사비는 사업비 승인 후 차기 통행료 및 무상사용기간 조정시 총사업비에 반영"하도록 하는 내용이 포함되어 있다.
(2) 또한, 청구법인은 2003.12.31 쟁점터널을 준공하고, 서울특별시장은 2004.1.5 사회간접자본시설 관리운영권 등록부에 2003.12.29 제2차실시협약변경계약시 변경금액인 183,520,400천원을 투자비의 총액으로 기재한 등록필증을 교부하였는 바, "○○○민간투자사업 관리운영권 및 관리운영권 근저당권 등록신청"서류 제3항을 보면 사회간접자본시설의 신설․개축에 투자된 비용의 총액에 대하여는 서울특별시와 별도 협의 후 보완할 것임을 명시해 관리운영권을 신청한 것으로 나타나며, 쟁점터널의 운영이 개시(2004.1.6)된 이후인 2004.1.8 총민간사업비에 반영되지 아니한 방진패드 설치공사비의 재검토를 서울특별시에 요청하였을 뿐 아니라 2004.2.16 그 공사비의 기 제출금액 3,988,387천원을 3,886,528천원으로 변경하여 재신청을 하고 조속히 공사비를 확정시켜 달라고 서울특별시에 수차례의 공문을 발송한 사실을 알 수 있다.
(3) 서울지방국세청장의 처분청에 대한 감사결과 청구법인이 2003.12.31 쟁점터널을 준공하고 사업을 개시하였는데도 동 시설물의 기부채납과 관련한 영세율세금계산서의 교부나 부가가치세 신고사실이 없다는 지적에 따라 처분청이 2004.11.2 청구법인에게 이 건 과세예고통지서를 발송하자, 청구법인은 2004.11.5 서울특별시에 방진패드공사비와 기 승인(2004.6.9)의 추가사업비가 반영된 실제 발생의 총민간투자비 및 관리운영권 설정금액의 확정을 요청하는 공문을 발송하였고 2004.12.30 기부채납가액을 승인요청하면서 세금계산서를 교부할 예정임을 공문으로 통지하였는데 그 주요내용으로 방진패드 공사비 등이 최종 승인됨에 따라 총민간사업비가 확정되었기에 쟁점터널건설 민간투자사업의 기본계획고시일을 기준으로 매년도 실제 소비자 물가변동률을 반영하여 산출한 총민간투자비 166,409,800천원을 기부채납가액으로 승인․요청한 것으로 기재되었으며, 서울특별시에서 2005.3.9 청구법인에게 교부한 쟁점터널의 관리운영권 등록부상 “2005.3.2자 변경실시협약체결 및 총사업비 확정에 따른 내용변경”사항을 보면 관리운영권의 존속기간은 2023.1.15에서 2034.1.6로 연장되었고 총민간투자비는 183,520,400천원에서 166,409,800천원으로 감액된 것으로 나타난다.
(4) 청구법인의 위 확정요청공문에 대한 서울특별시의 2005.5.18자 회신공문을 보면, 2004.1.5 서울특별시가 청구법인에게 발부한 관리운영권 등록부에 등재된 사회간접자본시설의 신설․개축에 투자된 비용의 총액(183,520,400천원)은 방진패드 등의 일부 사업비가 확정되지 아니한 잠정적인 금액이고, 총사업비는 최종 확정된 변경실시협약(2005.3.2)이후 발부(2005.3.9)한 관리운영권 등록부상의 금액 166,409,800천원(실물가를 반영 경상가)이며(동 금액은 청구법인이 서울특별시에게 발행한 세금계산서의 공급가액임), 이는 사회간접자본시설의 신설․개축에 투자된 비용의 총액임을 확인하여 준 사실을 알 수 있다.
(5) 부가가치세법상 용역의 공급시기는 통상적인 공급의 경우 역무의 제공이 완료되는 때로 하고, 통상적인 공급으로 볼 수 없거나 완성도기준지급․중간지급․장기할부 또는 기타조건부 로 용역을 공급한 것으로 볼 수 없는 경우에는 그 공급가액이 확정되는 때로 정하고 있는 바, 청구법인은 1998.5.19 서울특별시와 쟁점터널에 대한 민간투자사업실시협약을 체결하여 2003.12.31 쟁점터널을 준공하고 2004.1.5 서울특별시에 쟁점터널의 기부채납 및 관리운영권 등록절차를 밟아 2004.1.6부터 쟁점터널을 관리운영하였는데 위 2004.1.5 기부채납 및 관리운영권 등록시에는 실제 지출된 민간투자사업비 규모가 확정되지 아니하여 기부채납가액을 결정하게 되는 민간투자비 규모를 제2차 변경실시협약시 예상한 183,520,400천원으로 하고, 청구법인의 쟁점터널에 대한 사용수익기간도 19년 9일로 하였으나 이후 2005.3.9 추가 소요된 방진패드 공사비 등을 반영한 총민간투자비의 규모를 166,409,800천원으로, 사용수익기간을 2034.1.6까지 30년으로 변경․확정된 기부채납 및 관리운영권등록필증을 교부받았음이 확인된다.
(5) 이 건 쟁점터널과 같은 기부채납재산의 용역에 대한 공급시기는 통상의 경우와 달리 사업자가 자기의 비용을 투입하여 기부채납재산을 건설하고 그에 대한 반대급부로 일정기간 무상사용권 등을 취득하는 것을 부가가치세 과세대상이 되는 용역의 공급에 해당한다고 보는 것이므로 그 기부채납과 무상사용권 사이에 실질적 경제적 대가관계가 있다고 보아야 하며, 부가가치세법상 “용역의 공급시기로 규정한 역무의 제공이 완료되는 때”를 정함에 있어서는 서로 대가관계에 있는 기부채납과 무상사용권 등에 관한 구체적 사정을 종합적으로 살펴 판단하여야 하고, 그 공급시기를 일률적으로 사업완료시인 준공검사를 마친 때라고 볼 것은 아니다○○○. 또한, 쟁점터널 건설용역의 공급시기를 판단하는데 있어서 처분청은 민간투자법 제4조 제1호 및 실시협약 제6조에서 “준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 등에 귀속한다”고 규정하고 있다 하여 기부채납재산의 공급시기를 당해 시설물의 준공 전 사용승인일 또는 준공일로 보아야 한다는 의견이나, 이 건의 경우 위에서 살펴 본 바와 같이 쟁점터널이 준공되었는데도 관리운영권의 등록사항인 기부채납가액과 무상사용권의 사용기간에 대한 협의 등의 절차가 계속 진행 중에 있어 단지 준공여부만을 가려서 공급시기로 볼 것은 아니다.
(6) 이 건 기부채납절차의 완료시기를 살펴보면 쟁점터널이 2003.12.31 준공되고 2004.1.6 운영이 개시되었으나 2004.1.8 사업비에 반영되지 아니한 방진패드 공사비에 대한 서울특별시의 재검토 요청을 시작으로 이 건 쟁점터널에 대한 최종 총투자비의 확정(세금계산서 공급가액)을 위하여 수차례에 걸쳐 청구법인과 서울특별시장 사이에 협의(공문)가 있었고, 준공필증 교부일인 2004.1.5 등록절차에 의한 기부채납가액(183,520,400천원)이나 무상사용기간(19년 9일)의 결정은 그 구체적 내용을 확정할 수가 없어 임시․방편적으로 제2차 변경실시협약(2003.12.29)에 약정한 기부채납가액 및 사용수익기간으로 기재하였으나, 준공전인 2003.12.29 기부채납가액이나 사용수익조건을 합의하는 변경실시협약체결이 있었으므로, 2004.1.5 관리운영권 등록부에 당초의 실시협약내용을 기재하였다 하여 이로써 기부채납절차가 완료되었다고 보기 어렵다 할 것이고, 2005.3.2 최종 변경실시협약체결에 의해 기부채납가액을 166,409,800천원, 무상사용기간을 30년간으로 한 것을 감안하여 보면 이 건 기부채납절차는 기부채납가액과 무상사용기간의 최종적인 확정에 따른 관리운영권상 등록일인 2005.3.9에 완료되었다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.
(7) 그렇다면, 쟁점터널이 2003.12.31 준공되고 2004.1.6 운영이 개시되었다 하더라도 이에 앞서 2003.12.29 실시협약변경계약의 체결에 따라 2005.3.2 최종적인 실시협약이 변경되고 청구법인에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 등의 기부채납절차가 완료되어 2005.3.9 관리운영권의 등록이 이루어졌으므로, 쟁점터널과 같은 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 방식에 의한 시설물에 대한 용역의 공급시기를 역무의 제공이 완료된 때인 준공일로 단정할 것이 아니라 기부채납절차가 완료된 때(2005.3.9)로 보는 것이 타당한 것으로 판단되므로○○○, 처분청이 쟁점터널의 준공필증교부일(2004.1.5)을 공급시기로 보고 실시계약협약서상의 총민간투자비를 공급가액으로 하여 이 건 가산세(영세율과세표준 신고불성실 및 세금계산서 미교부)를 부과한 처분은 부당하다 하겠다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.