실지거래가액으로 예정신고 후 기준시가로 양도차익을 산정 할 수 있는지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 1987.12.29. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○번지 전 764.27㎡(이하 “쟁점토지”이라 한다)을 2004.6.24. 주식회사 ○○○○○○○(이하 “청구외법인”이라 한다)에 공공용지로 협의양도한 후 2004.8.30. 양도소득세 예정신고를 하면서 실지거래가액으로 양도차익을 산출하여 양도소득세를 납부하였다. 청구인은 2005.7.4. 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산출하여 기 신고납부한 양도소득세액 중 4,160,000원의 감액을 요구하는 경정청구를 처분청에 제출하였으나, 처분청은 2005.10.18. 실지거래가액으로 자산양도차익을 산출하여 양도소득세를 예정신고하고 확정신고기간이 경과한 후 자산양도차익의 산출을 기준시가로 변경할 것을 요구하는 경정청구는 적법한 경정청구가 아니라하여 이를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.11.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세제한특례법 제85조가 시행되기 전에 이 건에 대한 양도소득세 예정신고기간이 도래하여 투기지역 내에 위치하고 있는 쟁점토지를 양도한 후 청구인은 소득세법 규정 때문에 실지거래가액으로 양도차익을 산출하여 신고 할 수 밖에 없었다. 따라서, 수용 ․ 협의매수에 의하여 공익사업용으로 양도하여 투기목적이 없는 경우 기준시가로 양도차익을 산출하여 양도인의 조세를 경감하려는 입법취지를 보더라도 기준시가에 의한 양도차익 산출을 요구하는 청구인의 경정청구를 거부한 처분청의 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 지정지역에 소재하는 쟁점토지를 공익사업용으로 양도하고 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세 예정신고를 하였으므로 이는 적법한 신고이며, 확정신고기한 이후에는 기준시가로 경정 등을 청구할 수 없는 것이므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 실지거래가액으로 양도소득세 예정신고를 한 다음, 확정신고 기한 경과 후 기준시가로 양도차익을 산정하여 그 차액을 환급해 달라는 경정청구를 할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준 신고서를 법정 신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(괄호생략)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다, 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. 6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국 부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

○ 조세특례제한법 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조제1항 제6호 의2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 ․ 지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

○ 부칙 <제7322, 2004.12.31> 제1조 【시행일】 이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다. 제12조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례】 제85조의 개정규정은 이 법 시행 후 양도소득과세표준 확정신고 기한이 도래하는 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제79조 의 2 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제85조 제5호에서 “ 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.

○ 【별표 7】기준시가 과세기준일(제79조의 2 관련)

14. 도시개발법 제9조 의 규정에 의하여 도시개발구역을 지정하거나 개발계획을 수립한 날

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 2004.6.24. 청구외법인에게 공공용지로 협의양도한 후 2004.8.30. 양도소득세 예정신고를 하면서 실지거래가액으로 양도차익을 산출하여 양도소득세를 납부한 후 2005.7.4. 처분청에 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산출할 것을 내용으로 하는 경정청구를 하였으나, 처분청이 실지거래가액으로 양도차익을 산출하여 신고하고 확정신고기간이 지난 후 기준시가로 양도차익을 요구하는 경정청구는 적법한 경정청구가 아니라 하여 청구인의 경정청구를 거부하였으며, 이에 대하여 쟁점토지가 투기지역에 위치하여 비록 공공용지에 사용될 목적으로 수용되어 양도하였으나 소득세법에 의하여 청구인은 실지거래가액으로 양도차익을 산출하여 양도소득세 예정신고를 하게 되었고, 그 후 조세제한특례법 제85조의 시행으로 쟁점토지의 양도에 대하여 기준시가로 양도차익을 산출할 수 있게 개정되었으므로 입법취지를 고려하여 확정신고기한이 도과한 이 후에도 양도차익을 기준시가로 산출하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(2) 투기지역 지정 ․ 해제 현황, 청구인이 제출한 등기부등본 등에 의하면 쟁점토지 소재지인 ○○○○시 ○○구는 2003.8.18. 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2에 따라 실지거래가액으로 양도차익을 산정하도록 지정된 지역으로 2003.3.28.○○○○시고시 제1997-199호로 실시계획승인 고시된 ‘○○○○○○○조성사업(2단계) 토지편입 등에 대한 보상계획’ 에 의거 쟁점토지에 대한 보상계획이 공고되었으며, 청구인은 1987.12.29. 쟁점토지를 취득하여 사업인정 고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날 이전에 취득하여 2004.6.24. 청구외법인에게 양도한 사실이 확인된다. (3) 조세특례제한법 제85조 제1항 본문에 따르면 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2에 따라 지정된 지역내 토지를 양도한 경우에도, 양도인이 토지를 지정일 전에 취득하였고, 지정일 이 후에 도시개발법에 의한 개발지역지정이 이루어졌으며, 2006.12.31. 이전에 공익사업을위한 토지등의취득및보상에관한법률에 의한 사업시행자에게 토지를 양도한 경우에는 양도차익을 기준시가에 의하여 산정할 수 있으나, 같은 항 단서에서는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 본문을 적용하지 않는다고 규정하면서, 동법 부칙 제12조에 따르면 위 규정은 2005.1.1. 이 후 확정신고 도래분부터 적용되는 것으로 2004.12.31. 개정된 사실이 확인된다. 아울러, 지정지역 내에 소재하는 부동산을 양도하는 경우 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 따라 실지거래가액 과세대상이나, 공익사업용으로 수용(양도)되는 경우에는 조세특례제한법 제85조 본문 및 같은 법 부칙 제12조의 규정에 따라 2005.1.1. 이후 과세표준 확정신고 기한이 도래하는 분부터 기준시가로 과세할 수 있도록 예외를 인정하였고, 같은 법 단서에서 ‘양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하여 쟁점토지와 같이 지정지역 내의 공익사업용으로 수용되는 토지라 하더라도 실지거래가액으로 신고한 경우에는 지정지역 내의 부동산과 같이 실지거래가액으로 과세하겠다고 해석하는 것이 타당하다 할 것이다.

(4) 그런데, 청구인은 쟁점토지를 양도하고 2004.8.30. 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세 예정신고를 한 사실과 조세특례제한법 제85조 는 2004.12.31. 청구인이 주장하는 내용대로 개정된 사실, 쟁점토지에 대한 양도소득세 확정신고기한은 2005.5.31.인 사실 및 청구인은 확정신고기한이 경과한 2005.7.4. 처분청에 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 계산할 것을 요구하는 내용의 경정청구를 처분청에 요구한 사실이 확인된다.

(5) 위 사실관계 및 법령 등을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점토지를 양도하고 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 따라 실지거래가액으로 예정신고할 수 밖에 없었으나, 2004.12.31. 조세특례제한법 제85조 본문 및 같은 법 부칙 제12조의 규정이 개정됨에 따라 2005.1.1. 이후 쟁점토지의 과세표준확정신고 기한인 2005.5.31.까지는 기준시가에 의하여 양도차익을 산출하는 것으로 정정하여 신고할 수 있었던 것으로 보인다. 그런데 청구인은 확정신고기한이 지난 2005.7.4. 기준시가에 의한 양도차익 산출을 요구하는 내용으로 경정청구하였는 바, 지정지역 내의 공익사업용으로 수용되는 토지에 대하여도 확정신고기한내에 실지거래가액으로 신고한 경우에는 지정지역내의 다른 부동산과 같이 실지거래가액으로 과세하는 것이므로 쟁점토지에 대하여는 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여야 할 것이다. 따라서, 확정신고기한 내에 실거래가액으로 양도차익을 산출하여 양도소득세를 신고한 쟁점토지에 대하여 확정신고기한이 지나서 기준시가로 양도차익의 산출을 요구하는 청구인의 경정청구를 거부한 처분청의 이 건 처분은 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.