제2차납세의무지정 통지금액을 정정해야 하는지 여부

심판청구번호 국심 2005서4043(2006. 6. 26.) 構�청구인에게 145,973,890원을 납부하도록 통지한 처분은 ○○○(주)의 2002사업연도 법인소득금액계산시 쟁점공사에 대한 수입금액 누락액을 공급대가 기준 368,000,000원으로 수정하여 익금산입하고, 공사원가누락액 공급대가 기준 336,000,000원을 손금에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한 후의 법인세 체납액을 기준으로 하고, 2002년 귀속 근로소득세의 근로소득금액계산시 수입금액누락액 368,000,000원에서 공사원가누락액 336,000,000원을 차감한 금액을 상여처분금액으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한 후의 근로소득세 체납액을 기준으로 하여 납부통지액을 경정한다.

○○○주식회사(이하 “체납법인”이라 한다)는 건설업을 영위하는 법인으로 2002.2.10 건축주인 이○○○으로부터 ○○○ 소재 근린생활시설신축공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 도급받아 동 건물(이하 “이 건 건물”이라 한다)을 완공하였으나 그 수입금액을 신고누락(매출누락)하였다가 2004.7.19 동 매출누락액을 과세표준에 포함하여 부가가치세를 수정신고하였고, 2004.7.29 수입누락액 333백만원을 익금산입하고 그 대응원가 336백만원을 손금에 산입하여 법인세를 경정청구하였다. 처분청은 청구법인의 수정신고 및 경정청구에 대하여 현지확인조사를 실시하고, 공사관련 모든 거래내용이 현금거래이며 객관적인 증빙이 제대로 갖춰지지 않았다 하여 경정청구한 공사원가는 손금으로 인정하지 아니하고 공사수입누락액 333백만원을 익금산입하여 2004.12.5 체납법인에게 2002.1.1～2002.12.31사업연도(이하 “2002사업연도”라 한다) 법인세 111,361,920원, 2002년 2기분 부가가치세 48,424,250원을 경정․고지하고, 부가가치세를 포함한 333백만원을 대표자인 송○○○에게 상여처분하여 소득금액변동통지하였으나 원천징수의무자인 체납법인이 원천징수의무를 이행하지 아니하자 2005.1.11 체납법인에게 2002년 귀속 근로소득세 112,554,880원을 결정․고지하였다. 또한 처분청은 체납법인에게 부과된 위 법인세 등 272,341,050원 및 2003년 2기분 부가가치세 58,634,900원을 체납법인이 체납하자 체납법인의 과점주주에 해당하는 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 위 체납액 348,303,360원(가산금 포함)을 청구인의 출자지분(41.91%)으로 안분한 145,973,890원에 대하여 2005.4.8 청구인에게 납부통지를 하였다. 청구인은 위 제2차 납세의무 납부통지액에 불복하여 2005.7.2 이의신청을 거쳐 2005.10.27 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 체납법인이 쟁점공사와 관련된 도급금액 368백만원(부가가치세가 포함된 금액이고, 처분청은 부가가치세가 포함된 333백만원을 수입누락액으로 보아 과세한 것임)을 신고누락한 것은 사실이나, 동 공사를 박○○○에게 도급금액 336백만원(부가가치세 포함)에 하도급을 주었으나 이를 공사원가로 산입하지 아니하였으므로 위 하도급 금액 336백만원을 매출누락에 대응되는 부외원가로 보아 손금에 산입하고, 대표자 상여처분금액에서 차감하여 법인세 및 근로소득세를 경정한 후의 나머지 세액을 기준으로 납부통지하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 체납법인은 쟁점공사를 체납법인의 대표이사인 송○○○의 개인적 사정으로 직접 시공할 수 없어 박○○○(미등록사업자)에게 하도급을 주었고, 공사 관련 비용은 건축주인 이○○○으로부터 현금 수취하여 박○○○에게 현금으로 지급하고 영수증만 수취하였으며, 법인세법 제116조 에서 모든 법인은 사업과 관련한 모든 거래에 대하여 세금계산서, 계산서, 신용카드매출전표 등 일정한 요건을 갖춰 지출증빙서류를 수취․보관하도록 규정하고 있음에도 체납법인이 지출한 증빙서류는 공사에 대한 하자가 발생하자 도급인이 하자보수를 계약내용대로 이행해 달라는 내용증명으로 체납법인이 주장하는 부외원가 336백만원에 대한 객관적인 증빙자료(세금계산서 및 신용카드매출전표 등)가 없으므로 당초 처분은 정당하고, 또한 청구인은 1998.11.19부터 납세고지일 현재까지 계속 체납법인의 대표이사로 재직하고 있었으며, 청구인 및 배우자 이○○○의 소유주식을 합하면 지분율이 62.88%로서 국세기본법 제39조 의 “출자자의 제2차납세의무자”로서 과점주주에 해당되어 청구인을 체납법인의 제2차납세의무자로 지정하고 납부통지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 쟁점체납액을 납부통지한 처분의 당부
• 나. 관련법령 법인세법 제15조 【익금】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 법인세법 제19조 【손금】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 법인세법 제67조 【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. 법인세법시행령 제106조 【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호생략)에게 귀속된 것으로 본다.

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 국세기본법 제39조 【출자자의 제2차납세의무】① 법인(주식을 한국증권거래소에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인이 납부할 국세․가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무의 성립일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 과점주주 중 다음 각목의 1에 해당하는 자

• 가. 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의51 이상의 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자
• 나. 명예회장․회장․사장․부사장․전무․상무․이사 기타 그 명칭에 불구하고 법인의 경영을 사실상 지배하는 자
• 다. 가목 및 나목에 규정하는 자의 배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다) 및 그와 생계를 같이 하는 직계존비속

② 제1항 제2호에서 “과점주주”라 함은 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자액의 100분의 51 이상인 자들을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 경정청구 검토 조사서(2004.10월) 등에 의하면 체납법인은 2002년 2월 쟁점공사(계약금액: 부가가치세 포함 333백만원)에 대한 부가가치세 및 법인세 신고를 누락하였고, 처분청은 ○○○세무서장이 2004년 4월 쟁점공사에 대한 2002년 2기 부가가치세 매출과소 혐의 자료를 파생시킨 것에 대하여 같은해 7월 체납법인에게 소명안내문을 발송하였으며, 체납법인은 위 자료소명 안내문에 의거 2004년 7월 2002년 2기 부가가치세를 수정신고(납부세액 46,244천원)하고, 법인세에 대하여는 추가로 손금산입한 공사원가(336백만원)가 매출누락액(333백만원)을 초과하는 것으로 하여 경정청구(환급세액: 810천원)를 한 사실이 나타난다.

(2) 위 경정청구 검토 조사서(2004.10월), 현지확인 종결보고서 등에는 체납법인이 쟁점공사에 대한 매출액을 신고 누락한 사실은 인정하고 있으나, 체납법인이 쟁점공사에 대한 대응원가로 주장하고 있는 박○○○에게 대한 하도급 대금(336백만원)은 매출액(333백만원)을 초과하고 있고, 하도급계약서상 공사금액 (336백만원)과 박○○○이 공사대금으로 수령한 영수증상의 금액(248백만원)이 상이하며, 또한 증액공사비(100백만원)가 있는 등 총공사대금 및 박○○○에게 지급한 공사대금이 불분명하여 실제 지출된 공사원가에 대한 객관적인 확인이 불가능한 상태이므로 매출누락분에 대해서는 익금산입하여 상여처분하고 경정청구시 제출된 공사원가에 대해서는 손금부인하여 조사를 종결한다는 내용이 기재되어 있다.

(3) 처분청의 현지 확인 종결보고서 등에 의하면 체납법인의 대표이사인 송○○○(청구인)은 이○○○과 쟁점공사를 333백만원(부가가치세 포함)에 계약을 체결하였고, 체납법인은 미등록사업자인 박○○○과 하도급계약을 체결하여 공사를 진행하였으며, 체납법인은 건축주인 이○○○으로부터 건설비가 필요할 때마다 경비를 청구하고 현금으로 수취하여 영수증 처리하였고, 하청공사를 맡은 박○○○에게도 현금으로 지급하고 영수증을 수취하였다고 주장하고 있으나 실제 지출된 공사원가에 대한 객관적인 확인이 불가능한 상태이므로 매출누락분에 대해서는 익금산입하여 상여처분하고 경정청구시 제출된 공사원가에 대해서는 손금부인한다는 내용이 기재되어 있다.

(4) 이에 대하여 청구인은 체납법인이 쟁점공사와 관련한 공사수입누락액을 당초 333백만원으로 수정신고하였으나 이 건 심판청구시에는 368백만원이라고 변경하여 주장하고 있고, 위 공사수입누락금액에 대응되는 공사원가가 336백만원이라고 주장하고 있다.○○○

(6) 체납법인이 수정신고시부터 제출한 쟁점공사 표준도급계약서(2002.2.10자, 이하 “변경쟁점공사도급계약서”라 한다)에 의하면 체납법인과 건축주인 이○○○이 2002.2.10 쟁점공사를 도급금액 333백만원(부가가치세 포함)에 건축하는 계약을 체결한 것으로 나타나고, 이 건 심판청구시 제출한 쟁점공사 표준도급계약서(2002.1.31자, 이하 “당초쟁점공사도급계약서”라 한다)에는 체납법인과 이○○○이 2002.1.31 쟁점공사(원룸 및 고시원)를 도급금액 368백만원(부가가치세 포함)에 건축하는 계약을 체결한 것으로 나타난다.

(7) 체납법인은 쟁점공사에 대한 도급계약서의 변경 작성과 관련하여 이 건 건물의 하자발생 등과 관련하여 체납법인과 이○○○간에 분쟁이 발생하여 당초 공사도급금액 368백만원에서 부가가치세 상당액 만큼을 감액하기로 합의하여 이 건 건물의 준공시 변경쟁점공사도급계약서를 소급하여 작성한 것이고, 부가가치세 상당액을 받지 못하였기 때문에 수정신고시 위 변경쟁점공사도급계약서상의 도급금액(333백만원)을 매출액으로 신고하였다고 진술하고 있다.

(8) 체납법인이 제시하는 쟁점공사의 하도급계약서(2002.2.6)에는 체납법인이 쟁점공사를 박○○○에게 계약금액 336백만원에 하도급을 주는 계약을 체결한 것으로 나타난다.

(9) 체납법인이 원시장부라고 주장하며 제출하는 현금출납장상 공사대금 수령 및 지급내역은 아래 표와 같은 바, 수입금액과 관련하여서는 공사도급금액 368,000천원 중 335,500천원을 이○○○으로부터 수령하였고(일부는 체납법인이 수령하여 지급하고 일부는 이○○○이 박○○○에게 직접 지급), 이○○○이 부담한 하자보수공사비 등 19,912천원을 도급금액과 상계 하였으며, 나머지 12,588천원은 이○○○으로부터 받지 못하였고, 지출금액과 관련하여서는 체납법인이 박○○○에게 324,500천원을 지급하였는데, 박○○○이 하자공사비 등 19,912천원을 부담하지 아니하였으므로 결과적으로 체납법인은 박○○○에게 하도급 금액(336백만원)보다 8,412천원을 과다지급한 것이라는 내용이다.

○○○

(10) 체납법인이 제시하는 쟁점공사 하도급대금 관련 지급증빙 및 소명내용은 아래 표와 같은 바, 체납법인은 2002.6.12 5,000천원을 박○○○의 ○○○은행 예금계좌(○○○)로 무통장입금하였고, 2003.2.26 ○○○지점에서 10,000천원을 인출하여 4,700천원은 박○○○의 ○○○은행 예금계좌(○○○)로 무통장입금(나머지 5,300천원은 수표로 인출)하였으며, 2002.2.23, 2002.5.7 및 2000.6.5 약속어음 40,000천원(1천만원 4매)를 발행하여 박○○○에게 지급하였고, 위 약속어음이 2002.6.5, 2002.8.5, 2002.9.5 및 2002.9.10 체납법인의 ○○○ ○○○지점계좌에서 결제되었으며, 박○○○이 공사대금 269,500천원을 수령하고 체납법인에게 영수증(8매)을 교부하였으며, 체납법인은 이○○○으로부터 공사대금 238,000천원(체납법인이 박○○○에게 직접 지급한 31,500천원을 제외한 나머지 금원)을 수령한 것으로 보아 이○○○에게 영수증(7매)을 교부하였고, 박○○○이 부담할 인근식당의 식대 및 하자보수비 등 19,912천원을 이○○○이 대지급한 것으로 하여 이○○○이 체납법인에게 지급할 공사대금에서 위 금액을 감액하기로 합의하여 정산하였다는 내용이다.

○○○

(11) 체납법인과 이○○○간의 내용증명우편에 의하면 체납법인은 2003.8.13 이○○○에게 부가가치세 부담 및 잔금의 지급을 요구하는 내용의 내용증명우편을 발송하였고, 이○○○은 2003.8.14 체납법인에게 쟁점공사와 관련하여 부가가치세(30,272,727원)는 당초 계약상 건축주가 부담하는 것으로 계약되지 아니하였고, 이 건 건물의 공사와 관련하여 하도급을 주지 아니하는 것으로 도급계약(평당 2,300천원)을 체결하였으나 체납법인이 자격도 없는 박○○○에게 하도급(평당 2,100천원)을 주어 손해를 끼쳤으므로 각종 하자로 인한 배상금 5,600만원을 청구할 것이며 건축하자 내용(물새는 곳: 4～5층 복도․보일러실, 전기누전되는 곳: 502호, 지하실 복도, 104호, 화장실 문짝 4개 녹슨 것 교체 등)만 보수공사 완료되면 즉시 1,600만원을 지불하겠다는 내용의 내용증명우편을 발송한 사실이 나타난다.

(12) ○○○지방법원은 2003.9.24 체납법인에게 이○○○에 대한 가압류사건과 관련하여 제소명령 결정을 하였다.

(13) 체납법인과 이○○○간에 체결한 확인서(2003.10.7)에 의하면 체납법인과 이○○○은 2003.10.7 잔금 16백만원을 지급하고, 쟁점공사대금 368,000천원에서 19,912천원을 감액하는 것으로 쟁점공사에 대한 채권․채무관계를 종료한 사실이 나타난다.

(14) 체납법인이 박○○○에게 보낸 내용증명우편(2005.9.16 발송, 2005.9.20 반송, 2005.10.20 2차 내용증명 발송)에 의하면 체납법인이 박○○○에게 쟁점공사와 관련하여 체납법인이 박○○○에게 하청공사대금으로 323백만원을 지급하였다는 사실을 확인하여 달라는 내용이 기재되어 있고, 박○○○의 처인 노○○○의 통고서(2005.11.)에 의하면 체납법인으로부터 쟁점공사대금 수령확인요청서를 수령하였으나 위 서류를 이해할 수 없을 뿐더라 남편 박○○○과는 연락도 되지 않으며 위 서류내용에 대해서는 아는 바가 없다는 취지의 내용이 기재되어 있다.

(15) 박○○○이 이○○○에게 작성해 준 통합계산서(2003.3.5)에 의하면 쟁점공사의 하도급대금이 336,000천원(160평×2,100천원)이고, 기존결제금액이 324,500천원이라고 기재되어 있다.

(16) 이○○○이 작성한 건축공사대금 지급확인서(2005.9.8)에 의하면 쟁점공사와 관련하여 이○○○이 체납법인에게 실제 지급한 공사대금은 335,500천원이고, 2003.10.7자 정산액 19,912천원을 포함하면 355,412천원이라는 내용이 기재되어 있다.

(17) 위와 같은 사실관계 하에서 청구인은 쟁점공사의 도급금액(368백만원)에서 하도급금액(336백만원)을 대응원가로 인정하여 체납법인의 법인세를 경정하고 상여처분 금액에서 차감한 후의 세액을 기준으로 납부통지하여야 한다고 주장하고 있어 살펴본다. (가) 먼저 쟁점공사의 도급금액(매출누락액)과 관련하여, 처분청은 체납법인이 수정신고시 제출한 변경쟁점공사도급계약서의 도급금액 333,000천원(부가가치세 포함)을 기준으로 쟁점공사의 매출누락액을 산정하였으나, 심판청구시 새롭게 제시하는 당초쟁점공사도급계약서에는 도급금액이 368백만원으로 기재되어 있고, 이○○○이 체납법인에게 발송(2003.8.14)한 내용증명우편에 의하면 이○○○이 체납법인에게 평당 2,300천원에 도급을 주었고, 체납법인은 박○○○에게 평당 2,100천원에 하도급을 주었다는 내용이 기재되어 있는데 이 건 건물의 면적이 530.76㎡로서 약 160평인 점을 감안할 때 이는 쟁점공사의 도급금액이 368,000천원(160평☓230만원)이고 하도급금액이 336,000천원(160평☓210만원)인 사실을 확인할 수 있으며, 박○○○이 이○○○에게 작성해 준 통합계산서(2003.3.5) 및 체납법인의 현금출납장상의 입․출금 내역 등을 살펴보더라도 쟁점공사의 도급금액(체납법인의 매출누락액)은 333백만원이 아닌 368백만원이라고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점공사의 하도급금액을 매출누락액에 대한 대응원가로 인정할 수 있는지와 관련하여 살펴보면, 박○○○이 작성한 영수증, 내용증명우편 등에 의하면 체납법인이 박○○○에게 평당 2,100천원(하도급금액 336백만원)으로 쟁점공사를 하도급을 준 사실이 나타나고, 체납법인의 원시장부로 보이는 현금출납장 및 영수증 등에 의하면 쟁점공사와 관련하여 박○○○에게 324,500천원이 실제로 지급된 것으로 나타나며, 체납법인과 이○○○간의 내용증명우편, 잔금청산을 위한 확인서 등에 의하면 박○○○이 부담하여야 할 인부 식대 및 하자보수공사비 등 19,912천원을 체납법인이 부담하여 위 금액을 하도급금액에서 차감을 한 것으로 나타나는 점 등을 미루어볼 때, 체납법인은 박○○○에게 쟁점공사를 336백만원에 하도급을 준 것으로 판단되어 위 금액을 매출누락액에 대한 대응원가로 인정하여야 할 것으로 판단된다.

(18) 따라서, 쟁점공사와 관련된 수입누락액을 368백만원(공급대가 기준)으로 보아 당초 과세시 수입누락액으로 본 금액과의 차액을 추가로 익금산입(그 차액에 대하여 부가가치세를 과세하는 것은 별론임)하고, 이에 대응하는 부외원가는 336백만원(공급대가 기준)을 손금에 산입하여 법인세를 경정하고, 또한 위 수입누락액으로 부외원가를 지급하였다고 인정되므로 368백만원에서 336백만원을 차감한 잔액에 대하여만 청구법인의 대표이사에 대한 상여처분하여 이 건 근로소득세를 경정한 후, 나머지 세액에 대한 체납액을 기준으로 청구인에게 납부통지하는 것이 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.