쟁점매입액이 실물거래가 없는 가공거래인지 여부

심판청구번호 국심2005서 3992(2006.1.31) 【�4,965,620원과 2003사업연도 법인세 8,047,870원의 부과처분은 청구법인이 2004.4.6 부가가치세 매입누락액으로 수정신고한 금액 39,839,999원을 청구법인의 법인소득금액 계산상 손금으로 인정하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 2001.5.16 개업하여 '부동산 매매업' 등을 영위하고 있는 법인으로, 2004.4.6 매출액 62,816천원 및 매입액 39,840천원(공급가액 기준이며, 이하 "쟁점매입액"이라 한다)을 각각 증액하여 2003년 1기 확정분 부가가치세 수정신고를 하였는 바, 처분청은 동 수정신고내역 중 쟁점매입액에 대하여 2004.5.19 거래처 관할 ○○○세무서에 과세자료를 통보하였다가, 2004.12.27 ○○○세무서로부터 '청구법인의 매입처인 주식회사 ○○○(이하 "○○○"라 한다)와 주식회사 ○○○(이하 "○○○"이라 하며, ○○○와 합하여 이하 "쟁점거래처"라 한다)이 쟁점매입액에 대한 매출사실을 부인하고 있다'는 내용의 회신을 받고, 쟁점매입액을 실물거래가 없는 가공매입액으로 보아 관련 매입세액을 불공제하고, 법인소득금액 계산상 손금불산입하여 2005.8.5 청구법인에게 2003년 1기분 부가가치세 4,965,620원과 2003사업연도 법인세 8,047,870원을 결정고지하고, 법인소득금액 계산상 익금산입한 금액 43,823,998원을 대표자 상여처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지서를 발송하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.11.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 부동산 매매업을 영위하고 있는 법인으로 쟁점거래처로부터 ○○○ 택지개발지구 1블럭 ○○○아파트 단지내 상가(이하 "쟁점상가"라 한다) 15개를 매입하여 청구외 송○○○ 등(이하 "개인매수자"라 한다)에게 판매하면서 일부 매출액에 대한 매출신고와 쟁점매입액에 대한 매입신고를 누락하였던 것으로, 청구법인이 쟁점매입액과 관련된 분양대금을 쟁점거래처의 분양을 대행하고, 자금을 관리하는 주식회사 ○○○(이하 "○○○"이라 한다)에 납부한 사실이 청구법인의 계좌 출금내역 등에 의하여 확인되는데도 처분청이 쟁점매입액을 실물거래가 없는 가공매입액으로 보아 관련매입세액을 불공제하고, 법인소득금액 계산상 손금불산입한 것이므로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점거래처로부터 쟁점상가를 일괄매입하여 송○○○등 개인매수자에게 분양하면서 청구법인이 2003.4.30 매입대금을 지급한 쟁점매입액에 대한 매입신고를 누락하여 2004.4.6 수정신고를 한 것이라고 주장하나, 청구법인이 쟁점매입액과 관련하여 매입세금계산서를 수취한 사실이 없고, 쟁점거래처가 청구법인에 대한 매출사실을 부인하고 있으며, 청구법인이 제시한 자료만으로는 실제 매입여부를 확인하기 어려우므로 쟁점매입액을 실물거래가 없는 가공매입액으로 보아 관련매입세액을 불공제하고, 법인소득금액 계산상 손금불산입한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매입액을 실물거래가 없는 가공매입액으로 보아 관련매입세액을 불공제하고, 법인소득금액 계산상 손금불산입한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2003.12.30 법률 제7007호로 개정되기 전의 것) 제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법시행령(2003.12.30 대통령령 제18207호로 개정되기 전의 것) 제60조 【매입세액의 범위】 ② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

(3) 법인세법(2003.12.30 법률 제7005호로 개정되기 전의 것) 제19조【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제66조 【결정 및 경정】 ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(4) 법인세법시행령(2003.12.30 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것) 제19조【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품의 원료에 대한 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 제106조 【소득처분】 ① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다. (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2004.4.6 매출액 62,816천원과 쟁점매입액 39,840천원을 각각 증액하여 2003년 1기 확정분 부가가치세 수정신고를 하였는 바, 처분청은 동 수정신고내역 중 쟁점매입액을 실물거래가 없는 가공매입액으로 보아 관련매입세액을 불공제하고, 법인소득금액 계산상 손금불산입하여 청구법인에게 이 건 부가가치세와 법인세를 과세하였다. 청구법인의 2003년 1기분 부가가치세 수정신고 및 경정내역

○○○

(2) 이에 대하여 청구법인은 쟁점상가의 시공회사이자 각 지분의 1/2을 보유한 쟁점거래처(○○○와 ○○○)로부터 2002.10.16 쟁점상가 15개를 총분양금액 2,151백만원에 매입하여 기재의 쟁점상가 매입 및 매출내역과 같이 송○○○등 개인매수자들에게 분할하여 판매하고, 이에 대하여 위 의 당초신고분과 같이 부가가치세 신고를 하였으나, 실제 현금 수수내역이 장부상 현금 수수내역과 일치하지 아니하여 청구법인이 법인세 신고당시 작성한 매입 및 매출처 원장과 ○○○에 지급한 대금지급영수증 및 개인매수자로부터 받은 대금수령영수증 등을 대사하는 과정에서, 일부 매출액과 쟁점매입액에 대한 매출 및 매입신고가 누락된 사실을 발견하고 2004.4.6 수정신고를 한 것이라고 주장하면서, 청구법인이 법인세 신고당시 작성한 매입처 및 매출처 원장과 2003년 1기분 부가가치세 신고서, 청구법인이 쟁점거래처로부터 쟁점상가를 분양받을 당시 쟁점거래처의 분양대행회사인 ○○○과 작성한 쟁점상가 분양에 관한 합의서, 청구법인이 개인매수자에게 쟁점상가를 판매할 당시 ○○○신탁과 함께 작성한 권리의무승계계약서와 ○○○신탁에 대한 분양대금 납부내역 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 제시한 합의서 및 상가분양대금 납부내역, 권리의무승계계약서 등에 의하면, 청구법인이 쟁점상가를 매입하여 매출한 내역은 기재의 쟁점상가 매입 및 매출내역과 같다.

1. 쟁점상가의 총공급대금은 2,151백만원이고, 이 중 토지가격은 58.5%인 1,258,335천원이며, 건물가격은 41.5%인 892,665천원(건물가액 811,513,636원, 부가가치세 81,151,364원)인 것으로 확인된다.

2. 쟁점상가 15개 중 9개는 계약금만 납부한 상태에서 1차 중도금 납부일(2003.1.30) 이전에 분양이 완료되었으나, 나머지 6개는 2차 중도금(2003.4.30)까지 청구법인이 납부한 상태에서 3차 중도금 납부일(2004.8.30) 이전에 분양이 완료되었다.

3. 이 과정에서 청구법인은 2002.10.16 계약금 215,100,000원, 2003.1.30 1차 중도금 139,206,200원, 2003.4.30 2차 중도금 139,206,200원 합계 493,512,400원을 쟁점거래처의 분양대행사인 ○○○에 납부하였고, 이를 개인매수자들에게 매입원가에 일정이윤을 더한 금액 670,282,000원에 판매(권리의무승계)하면서, 권리의무승계일 이후의 중도금 및 잔금은 각 개인매수자들이 납부하기로 하였다. (나) 청구법인이 수정신고한 부가가치세 매출누락액 및 쟁점매입액의 산출내역은 다음과 같다.

1. 매출누락액: 62,815,900원

• 내 역: 2003.5.6 박○○○에게 판매(권리의무승계)한 103호의 건물분 매출액

• 계산근거: 위 103호의 총매출액 166,500,000원×건물분 41.5%×공급가액 100/110

2. 쟁점매입액: 39,839,999원 (○○○ 및 ○○○ 각 1/2씩)

• 내 역: 2003.5.6 및 2003.6.2 박○○○ 및 박○○○에게 판매(권리의무승계)한 301호 및 501호에 대하여 2003.4.30 납부한 2차 중도금에 대한 건물분 매입원가

• 계산근거: 위 103호와 105호에 대하여 2003.4.30 납부한 2차 중도금 105,600천원(61,400천원+44,200천원)×건물분 41.5%×공급가액 100/110 (아래 참조) 2차 중도금 관련 부가가치세 매입누락액 산정내역

○○○ (다) 위 계산근거에 따라 청구법인의 2003년 1기분 부가가치세 매입세액의 계산근거가 되는 건물분 공급가액을 계산해 보면, 총 105,037,405원〔총분양대금 납입액 278,412,400원(2003.1.30 납부한 1차 중도금 139,206,200원 + 2003.4.30 납부한 2차 중도금 139,206,200원)×건물분 41.5%×공급가액 100/110〕으로 계산된다(수정신고서상 총매입액 105,437,397원, 40만원은 세무사 기장료). (라) 그런데, 청구법인의 당초 부가가치세 신고내역을 살펴보면, 2003.1.30 납부한 6개 상가의 1차 중도금 139,206,200원과 관련하여서는 공동사업자인 ○○○와 ○○○으로부터 각각 공급가액 26,259,351원 합계 52,518,702원 상당의 매입세금계산서를 수취한 것으로 신고하였으나, 2003.4.30 납부한 2차 중도금 139,206,200원과 관련하여서는 ○○○와 ○○○으로부터 각각 공급가액 6,339,351원 합계 12,678,702원 상당의 세금계산서(B101∼B104호분)만 수취하고, 103호와 105호의 공급가액 39,840,000원(○○○ 및 ○○○ 각 1/2인 19,920,000원씩)에 대하여는 매입세금계산서를 수취하지 못하여 이에 대한 부가가치세 신고를 누락한 것으로 확인된다. (마) 우리심판원에서 ○○○에 확인한 바, 청구법인의 쟁점상가 분양대금 납부내역 및 권리의무승계내역은 기재의 쟁점상가 매입 및 매출내역과 같으며, 위 103호와 및 105호에 대하여 청구법인이 2003.4.30 납부한 2차 중도금과 관련된 세금계산서는 중도금을 납부한 자를 청구법인이 아니라 청구법인으로부터 권리의무를 승계받은 개인 박○○○과 박○○○로 착오하여 교부하지 아니하였다고 답변하고 있다. (마) 위에서 살펴본 바와 같이, 청구법인이 쟁점거래처로부터 쟁점상가를 매입하여 개인매수자에게 판매하는 과정에서 2003.5.6 박○○○에게 권리의무를 승계해 준 103호와 2004.6.2 박○○○게 권리의무를 승계해 준 105호의 2차 중도금의 납부와 관련하여 쟁점거래처로부터 쟁점매입액에 대한 매입세금계산서를 수취하지 못하여 당초 부가가치세 신고당시 관련매입세액을 공제받지 못하였을 뿐, 실제 매입사실이 확인되고, 쟁점매입액에 대한 청구법인의 수정신고 내용이 정당하다고 보여지므로 쟁점매입액은 청구법인의 손금으로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다. 다만, 위 부가가치세법 제17조 제2항 1의2호의 규정에 의하면, 실제 매입거래가 있었다 하더라도 매입세금계산서를 교부받지 아니한 경우, 그 매입액에 대한 매입세액은 공제하지 아니하는 것이므로 쟁점매입액에 대한 매입세액은 청구법인의 매출세액에서 공제하기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 쟁점상가 매입 및 매출내역

○○○