장기보유특별공제 적용시의 보유기간 등

심판청구번호 국심2005서3467(2006. 7. 7) 2005.8.23 청구인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

청구인은 1987.8.19. 서울특별시○○○호 80.23㎡(이하 “기존주택”이라 한다)를 취득하여 거주하다 1989.8.1. 해외이주 하였고, 2004.12.31. 기존주택에 대한 주택재건축정비사업시행인가로 취득한 재건축 아파트입주권(이하 “쟁점분양권”이라 한다)을 주택평형과 동․호수가 확정되지 아니한 상태에서 2005.7.29. 1,180,000천원에 양도하고, 1세대1주택으로 보아 6억원을 초과하는 고가주택 해당분에 대한 양도차익 중 재건축사업시행인가일 전(1987.8.19부터 2004.12.30까지) 발생분에 대하여만 장기보유 특별공제율(50%)을 적용하여 양도소득세 108,842,640원을 신고․납부하였다. 청구인은 2005.8.10 재건축 사업시행인가일(2004.12.31) 부터 쟁점분양권 양도일(2005.7.29)까지 발생한 양도차익 187,074,576원에 대하여도 장기보유특별공제율(50%)을 적용 하여 양도소득세 30,306,080원을 환급하여 줄 것을 경정청구 한데 대하여, 처분청은 2005.8.23 분양권의 양도차익은 장기 보유특별공제 대상이 아니라 하여 경정청구를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.9.12 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법시행령 제155조 제16항 에서 재건축조합의 사업 계획의 승인일 현재 1세대1주택인 자가 기존주택을 제공하고 취득한 분양권을 양도하는 경우로서 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 주택을 취득할 수 있는 권리임에도 1세대1주택으로 보고, 분양권 양도금액을 기준으로 6억원을 초과하는 경우 고가주택으로 판단하여 6억원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세하고 있는 바, 청구인의 경우 위 규정에 의거 1세대1주택으로 의제되고 고가주택에 해당하여 양도소득세를 과세함에 있어 분양권 부분의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 하며, 쟁점분양권 양도일 현재 평형 및 동호수가 확정되지 아니한 상태이므로 기존 주택 면적(80.23㎡)을 기준으로 장기보유특별공제율을 적용 하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제94조 와 동법 제95조 제2항에 의하면, 양도소득금액 계산시 양도차익에서 공제하는 장기보유특별공제액은 등기된 토지 또는 건물로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여만 적용하는 것이므로 재건축 주택의 양도소득 금액 계산시 분양권 부분의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하지 아니한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 부동산을 취득할 수 있는 권리부분의 양도차익에 대해서도 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 ࡒ양도소득세ࡓ라 한다)를 과세하지 아니한다. 1.～2(생략)

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각혹의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) (3) 소득세법 제95조 【양도소득금액】② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다. 1.～2(생략)

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것: 양도차익의 100분의 30[기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50]

③ 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. (단서 생략) (4) 소득세법시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 ࡒ대통령령이 정하는 1세대 1주택ࡓ이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 ࡒ1세대ࡓ라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(단서 생략) (5) 소득세법시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】⑯ 도시재개발법에 의한 재개발조합 또는 주택건설촉진법에 의한 재건축조합의 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일, 그 전에 기존주택이 철거되는 경우에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1 주택으로 본다. (6) 소득세법시행령 제156조 【고가주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 ࡒ가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택ࡓ이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다. (7) 소득세법시행령 제159조 의 2【기준면적 미만 고가주택】법 제95조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 264제곱미터 미만이고 주택에 부수되는 토지의 연면적이 495제곱미터 미만인 주택

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 미만인 주택 (8) 소득세법시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분 계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 양도가액―6억원 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 × ─────── 양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 양도가액―6억원 법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액 × ───── 양도가액 (9) 소득세법 기본통칙 89-12【이민으로 인하여 3년 이상 보유하지 않았을 경우 비과세 여부】① 국내에 1주택만을 소유하던 거주자가 해외이민 등으로 인하여 세대전원이 출국함으로써 비거주자가 된 상태에서 국내의 1주택을 양도하는 경우에는 보유기간에 제한없이 1세대 1주택으로 비과세된다.

② 해외이주신고를 한 자가 양도하는 경우에는 납세보증서등을 제출하고 출국예정일까지 세대전원이 출국하는 경우에는 제1항의 규정을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점분양권이 소득세법시행령 제155조 제16항 에 의해 1세대1주택으로 의제되고 고가주택에 해당하여 양도소득세를 과세함에 있어 분양권 부분의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 하고, 쟁점분양권이 분양면적이 확정되지 않은 상태에서 양도하였으므로 기존 주택면적을 기준으로 장기보db특별공제율을 적용하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구인이 기존주택에서 1987.8.21부터 1989.8.1까지 거주하다가 해외이주로 세대전원이 출국하여 비거주자가 된 상태에서 국내 1주택인 쟁점분양권을 양도한 사실에 대해서는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다. (나) 양도자산의 종류에 관하여 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) 제1항에서는 제1호에 토지 또는 건물, 제2호의 가목에 부동산을 취득할 수 있는 권리를 구분 규정하여 부동산과 쟁점분양권은 각각 서로 다른 양도자산임을 명시하고 있으나, 같은법시행령 제155조 제16항에서는 1세대1주택자인 재건축조합원이 기존주택을 제공하고 당해조합을 통하여 취득한 분양권은 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고, 1세대1주택 으로 본다고 규정하여 분양권을 1세대1주택으로 의제할 수 있도록 규정하고 있으므로 1세대1주택인 분양권의 양도가액이 6억원을 초과하는 경우, 이를 고가주택으로 판단하여 6억원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세하고 있는 바, 쟁점분양권과 같이 1세대1주택으로 의제되고 고가 주택에 해당되어 양도소득세를 과세하는 경우에는 장기보유특별공제를 함에 있어서도 분양권을 주택으로 의제하여 주택과 동일한 보유기간에 해당하는 장기보유특별공제율을 적용 하는 것이 타당하다 할 것이다. (다) 또한, 소득세법 기본통칙 제89-12조 제1항에서 “국내에 1주택만을 소유하던 거주자가 해외이민 등으로 인하여 세대전원이 출국함으로써 비거주자가 된 상태에서 국내의 1주택을 양도하는 경우에는 보유기간에 제한없이 1세대1주택으로 비과세된다”고 규정하고 있으므로 쟁점분양권도 1세대 1주택으로 비과세 대상에 포함된다. (라) 한편, 쟁점분양권 양도일 현재 평형 및 동․호수가 확정되지 않아 쟁점분양권의 분양면적을 알 수 없다고 할 수 있으나, 청구인이 쟁점 분양권 양도전인 2004.2.23에 44평형(135.70㎡)의 배정을 신청하였고, 쟁점분양권 양도일(2005.7.29) 이후인 2005.11.29.에 쟁점분양권의 주택분양 면적이 44평형으로 확정된 것으로 보아 쟁점분양권은 전용면적 149㎡이하의 주택분양권으로 볼 수 있다 할 것이므로 장기보유특별공제율은 양도차액의 100분의 50을 적용하는 것이 합리적이라 할 것이다.

(2) 위의 내용을 종합하여 보면, 쟁점분양권은 1세대1 주택으로 의제되어 비과세가 적용된다 할 것이므로 6억원을 초과하는 부분의 양도차익에 대해서만 양도소득세 과세대상이 되고, 장기보유특별공제는 기존주택 취득일부터 쟁점분양권 양도일까지의 양도차익에 대하여 적용되며, 쟁점분양권의 주택 분양면적은 44평형으로 볼 수 있어 기준면적 미만의 고가주택에 해당하므로 장기보유특별공제율은 100분의 50을 적용함이 적법하다고 할 것인 바, 처분청이 청구인의 경정 청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으 므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.