사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 매입세액 및 가산세의 정당여부

〇〇세무서장이 2005.6.9. 청구인에게 한 2004년 2기분 부가가치세 84,014,330원의 부과처분은 매입처별세금계산서합계표불성실가산세 15,651,690원 및 영세율등 조기환급신고분에 상당하는 신고불성실가산세 10,380,590원 합계 26,032,280원을 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

청구인은 “〇〇”이라는 상호로 합금철을 수출하는 사업자로서 2004년 2기 과세기간중 주식회사 〇〇엔지컴(이하 “청구외법인”이라 한다)으로부터 원재료인 몰리브데넘을 수입통관 전에 선하증권양수도계약을 체결하여 구입하고, 선화증권양수도가액에 상당하는 3매 공급가액 합계 1,565,168천원의 매입세금계산서(이하 “쟁점1세금계산서”라 한다)와 통관시 세관장으로부터 3매 공급가액 합계 1,745,948천원의 수입세금계산서(이하 “쟁점2세금계산서”라 한다)를 교부받아 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였다. 처분청은 청구인이 하나의 재화를 매입하면서 쟁점1과 쟁점2의 세금계산서를 각각 교부받았고, 쟁점1세금계산서는 사실과 다른 매입세금계산서에 해당하므로 동 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 하여 2005.6.9. 청구법인에게 2004년 2기분 부가가치세 84,014,330원을 경정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.08.24. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 선하증권은 재산적 가치가 있는 권리에 해당되어 이를 양도하는 것은 재화의 공급에 해당하고. 국세청의 기존 예규(서삼 46015-10223. 2002.02.07 및 부가 46015-1529. 1999.6.2)는 선하증권 양도시 부가가치세법 제1조 제1항 의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되고 동 과세표준은 동법 제13조 제1항에서 규정한 공급가액으로 하는 것이며, 동법시행령 제48조 제7항(현 제8항)의 규정은 적용되지 아니하는 것으로 해석하고 있고, 처분청이 과세근거로 한 재정경제부 예규(재소비46015-88, 2003.3.31)는 양수자가 수입통관시 수입세금계산서를 다시 교부받는다는 기존 예규를 변경한 것이 아니라 납세자에게 불리한 이중과세 문제를 해결하고자 납세자 편의 차원에서 새로운 해석을 한 것으로 보아야 한다. 따라서 청구인은 청구외법인이 선하증권 양도시 청구인에게 발행한 쟁점1세금계산서상의 부가가치세를 부담하였고, 청구외법인은 동 세액을 신고. 납부하였으므로 동 매입세액은 공제되어야 한다.

(2) 쟁점1세금계산서상의 매임세액을 불공제하는 경우에는 쟁점1세금계산서는 종전의 예규에 의하여 착오 발행된 것으로 보아야 하고, 과세대상 거래로서 실거래 사실을 알수 있으며. 청구인이 고의로 의무를 불이행한 사실이 없으므로 매입처별세금계산서합계표불성실가산세의 부과는 취소되어야 하며, 신고불성실가산세는 부가가치세법 제22조 5항 에서 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우에만 적용하도록 규정하고 있고. 영세율등 조기환급 신고시에는 적용되는 규정이 없으므로 이 건 과세중 2004년 10월 조기환급 신고분에 대한 신고불성실가산세는 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 부가가치세법시행령 제48조 제8항, 재정경제부예규(재소비46015-88,2003.3.31)에서 보세구역 내에서 재화를 공급하고 그 재화를 공급받은 자가 이를 수입통관하는 경우 그 과세표준계산에 있어 수입재화에 해당하고 세관장이 부가가치세를 징수한 때에는 동 과세표준을 제외한다고 일관되게 규정하고 있는데도, 청구외법인이 선하증권상의 수입재화에 대한 부가가치세 과세표준을 공제하지 아니하고 선하증권 양도금액을 과세표준으로 하여 청구인에게 교부한 쟁점1세금계산서는 공급가액이 과다하게 기재된 세금계산서로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 동 매입세액을 부인한 당초 처분한 정당하다.

(2) 청구인이 사실과 다른 세금계산서를 근거로 부가가치세를 신고하였으므로 동 공급가액에 대한 신고불성실가산세 및 매입처별세금계산서합계표불성실가산세의 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 청구인이 통관전에 보세구역 내에 있는 재화의 선하증권을 매입하여 선하증권공급자와 세관장으로부터 각각 매입세금계산서를 교부받은 경우 선하증권공급자로부터 교부받은 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당되는지 여부

② 사실과 다른 세금계산서라 하여 청구인에게 매입처별세금계산서합계표제출불성실가산세의 부과와 조기환급 신고분에 상당하는 신고불성실 가산세 부과가 부당한지 여부

• 나. 관련 법령

(1) 쟁점① 관련 부가가치세법 제13조 〔과세표준〕① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다) 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 ④ 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 관세의 과세가격과 관세. 특별소비세. 주세. 교육세. 교통세 및 농어촌특별세의 합계액으로 한다. 같은 법 시행령 제48조 〔과세표준의 계산〕 ⑧ 사업자가 보세구역내에서 보세구역 이외의 국내에 재화를 공급하는 경우에 당해 재화가 법 제8조에 규정하는 수입재화에 해당되어 세관장이 법 23조 제3항의 규정에 의하여 부가가치세를 징수한 때에는 공급가액 중 법 제13조 제4항에 규정하는 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다(2000.12.29개정). 󰊏 보세구역내의 사업자가 보세구역 이외의 국내에 재화를 공급하는 경우에 당해 재화가 법 제8조에 규정하는 수입재화에 해당하는 때에는 공급가액중 법 제13조 제4항에 규정하는 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다. <신설 1977.12.30, 1982.12.31> 같은 법 기본통칠 6-14-7 〔보세구역에 대한 부가가치세 적용〕

① 보세구역(자유무역지역 및 관세자유지역 포함)에 관련된 부가가치세법 적용은 다음과 같이 한다.

2. 동일한 보세구역 내에서 재화를 공급하거나 용역을 제공하는 것은 재화의 공급 또는 용역의 제공에 해당한다.

(2) 쟁점② 관련 부가가치세법 제18조 〔예정신고와 납부〕 ①사업자는 각 과세기간중 다음에 규정하는 기간(이하 “예정신고기간” 이라 한다)의 종료후 25일(외국법인의 경우에는 50일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하거나 개시하고자 하는 자에 대한 최초의 예정신고기간은 사업개시일 또는 제5조 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 날로부터 그날이 속하는 예정신고기간의 종료일까지로 한다. 제1기분 예정신고기간: 1월 1일부터 3월 31일까지 제2기분 예정신고기간: 7월 1일부터 9월 30일까지

② 사업장 관할세무서장은 제1항의 규정에 불구하고 개인사업자에 대하여는 각 예정신고기간마다 직전 과세기간에 대한 납부세액(제32조의 2 제1항 또는 조세특례제한법 제124조 및 동법 제125조의 규정의 의하여 납부세액에서 공제 또는 경감한 세액이 있는 경우에는 그 세액을 차감한 금익으로 하며. 제21조의 규정에 의한 결정 또는 경정과 국세기본법 제45조 및 동법 제45w의 2의 규정에 의한 수정신고 및 경정청구에 의한 결정이 있는 경우에는 그 내용이 반영된 금액으로 한다)의 2분의 1에 상당하는 금액을 결정하여 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 예정신고기한내에 징수한다. 다만. 징수하여야 할 금액이 10만원 이하인 경우에는 이를 징수하지 아니하며, 대통령령이 정하는 개인사업자는 제1항의 규정에 따라 신고 할 수 있다. 같은 법 제19조 〔확정신고와 납부〕① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료후 25일(외국법인의 경우에는 50일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 같은 법 제22조 〔가산세〕 ④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제1호의 2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구인은 원재료인 몰리브데넘을 보세구역내에서 청구외법인으로부터 수입통관 전에 선하증권양도도계약을 체결하여 구입하고. 선하증권양수도가액에 상당하는 쟁점1세금계산서와 통관시 세관으로부터 쟁점2세금계산서를 중복으로 교부받아 부가가치세 신고시 각각 매입세금계산서로 제출하여 매출세액에서 공제하였다. (나) 처분청은 보세구역내의 사업자가 보세구역 내에서 재화를 공급하고 그 재화를 공급받은 자가 이를 수입하여 재화의 공급이나 수입이 모두 부가가치세 부과대상이 되는 경우 그 재화의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 공급받은 자의 수입에 대한 부가가치세 과세표준을 제외한 나머지 금액이 되는 것으로 보아 청구인이 청구외법인과 세관장의로부터 중복하여 교부받은 쟁점1,2세금계산서 중 청구외 법인으로부터 교부받은 쟁점1세금계산서는 사실과 다른 매입세금계산서라고 하여 매입세액을 불공제하여 이 건 과세하였음이 심리자료에 의하여 확인된다. (다) 청구인은 국세청의 기존 예규(서삼 46015-10223. 2002.2.7 및 부가 46015-1529. 1999.6.2)의 규정에 의하여 보세구역 내에서의 거래는 선하증권을 양도양수할 때와 통관할 때 모두 세금계산서를 교부하는 것으로 알고 이중으로 세금계산서를 교부받은 것일 뿐이고, 개정된 재정경제부 예규(재소비 46015-88, 2003.3.31)도 납세자의 편의를 위하여 세금계산서 중복발행을 해제하여 준 것이므로 매입세금계산서를 중복으로 교부받았다 하여 쟁점1세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수는 없다는 주장이다. (라) 관련 예규해석을 살펴보면, 국세청 부가 46015-1529(1999.6.2)는 사업자가 수입물품에 대한 선하증권을 양도하는 경우에는 부가가치세법 제1조 제1항 의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것이고, 이 경우 과세표준은 동법 제13조 제1항에서 규정한 공급가액으로 하는 것이며 동법시행령 제48조 제7항의 규정은 적용되지 아니하는 것으로 해석하였으나, 그 이후에 생산된 재정경제부 예규(재소비 46015-88, 2003.3.31)는 사업자가 수입물품에 대한 선하증권을 양도(수입물품이 보세구역에 도착하기 전에 양도하는 경우를 포함한다)하고 당해 선하증권을 양수한 자가 수입통관하는 경우 부가가치세 과세표준 계산은 당해 물품이 부가가치세법시행령 제48 제8항의 규정에 의하여 부가가치세법 제8조 에 규정하는 수입재화에 해당되어 세관장이 법 제23조 제3항의 규정에 의하여 부가가치세를 징수한 때에는 공급가액 중 법 제13조 제4항에 규정하는 금액은 과세표준에 포함하지 아니하는 것으로 규정하고 있다. (마) 살피건대, 이 청구건과 관련하여 2000.12.29. 개정된 부가가치세법시행령 제48조 제8항 에는 사업자가 보세구역내에서 보세구역 이외의 국내에 재화를 공급하는 경우에 당해 재화가 같은 법 제8조에 규정하는 수입재화에 해당되어 세관장이 법 제23조 제3항의 규정에 의하여 부가가치세를 징수한 때에는 공급가액 중 법 제13조 제4항에 규정하는 금액은 과세표준에 포함하지 아니하도록 분명하게 규정하고 있고, 재정경제부 예규(재소비46015-88, 2003.3.31)에서도 이를 명확하게 해석하고 있음에도 청구인이 2003.1.1. 이후의 거래에 대하여 종전 예규에 준하여 쟁점1세금계산서를 교부받은 것은 사실과 다른 세금계산서를 교부받은 것에 해당하는 것이므로 처분청이 쟁점1세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 불공제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (기) 이 건 부가가치세 과세표준 및 세액 결정결의서에 의하면, 처분청은 쟁점1세금계산서상의 매입세액을 불공제하는 한편, 매입처별세금계산서합계표불성실가산세 및 신고불성실가산세를 과세하였음이 확인된다. (나) 먼저, 쟁점1세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세에 대하여 살펴보면, 사업자가 보세구역내에서 보세구역 이외의 국내에 재화를 공급하는 경우에 당해 재화가 부가가치세법 제8조 의 규정하는 수입재화에 해당외어 세관장이 같은 법 23조 제3항의 규정에 의하여 부가가치세를 징수한 때에는 공급가액 중 같은 법 제13조 제4항에 규정하는 금액을 제외한 잔액을 과세표준으로 하여 같은 법 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하여야 하는 것이며. 재화의 공급가액중 재화의 수입에 대한 부가가치세 과세표준을 제외한 잔액이 없는 때에는 세금계산서 교부의무가 없는 것인 바(국세청 서삼 46015-10204, 2003.2.6. 같은 뜻), 청구인이 청구외 법인으로부터 수취한 쟁점1세금계산서는 처음부터 세금계산서합계표 제출의무가 없는 거래에 해당하므로 부가가치세법상 세금계산서합계표 제출의무가 있음을 전제로 하여 이를 이행하지 아니하거나 사실과 다르게 기재하는 등 그 의무이행을 불성실하게 하는 경우 적용되는 부가가치세법 제22조 제3항 및 제4항에 규정하는 세금계산서합계표불성실가산세 적용대상이 된다고 볼 수는 없다 할 것이다(국심 2005광2230, 2006.5.1. 같은 뜻). (다) 다음은, 신고불성실가산세 중 영세율등조기환급신고분에 상당하는 가산세(10,380,590원)에 대하여 보면, 사업자가 부가가치세법시행령 제73조 제3항 의 규정에 의하여 영세율등 조기환급기간의 환급세액을 초과하여 환급세액을 신고한 경우 당해 기간의 조기환급신고세액중 초과하여 신고한 환급세액에 대하여는 신고불성실가산세는 적용되지 아니하는 것이므로(국세청 부가22601-1800, 1992.12.3. 같은 뜻), 동 가산세의 부과가 잘못된 처분이라는 청구인의 주장은 타당한 것으로 판단된다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유가 있으므로 국세 기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다