쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

○○○세무서장이 2005.1.10 청구법인에게 한 1999년도 2기분 부가가치세 2,219,020원, 2000년도 1기분 부가가치세 4,308,460원, 2000년도 2기분 부가가치세 4,488,020원, 1999.1.1∼1999.12.31사업연도 법인세 3,336,030원, 2000.1.1∼2000.12.31사업연도 법인세 12,721,090원의 부과처분과 청구법인의 대표이사 양○○○에 대해 상여로 처분한 1999년 귀속 11,082,500원, 2000년 귀속 46,347,400원의 소득금액변동통지는 이를 취소한다.

청구법인은 ○○○에서 도매·일반무역업을 영위하는 사업자로서, 자료상 혐의자로 고발된 ○○○ 김○○○으로부터 1999년도 2기∼2000년 2기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 52,209천원 상당의 매입세금계산서 12매(이하“쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 및 법인세를 신고한 바, 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 해당 부가가치세 매입세액을 공제부인하고 법인소득금액 계산시 거래금액을 손금부인하여, 2005.1.10 청구법인에게 1999년도 2기분 부가가치세 2,219,020원, 2000년도 1기분 부가가치세 4,308,460원, 2000년도 2기분 부가가치세 4,488,020원, 1999.1.1∼1999.12.31사업연도 법인세 3,336,030원, 2000.1.1∼2000.12.31사업연도 법인세 12,721,090원을 결정고지하고, 쟁점세금계산서의 공급대가 상당액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 1999년 귀속 11,082,500원, 2000년 귀속 46,347,400원을 소득금액변동통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.4.4 이의신청을 거쳐 2005. 7. 15 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

○○○ 김○○○과는 1998년부터 월 4백만원 정도의 소액거래를 하였고, 결제는 청구법인이 매출대가로 받은 어음이나 가계수표로 하였으나, 청구법인은 영세업체로서 물품의 판매와 관련한 자금이나 증빙을 관리하기가 어려워 세무사 사무실을 통하여 기장하고 있었으며, 거래시기가 오래되었고 대금결제수단도 청구법인이 직접 발행한 어음이나 수표가 아닌 관계로 대금지급과 관련한 증빙을 제시하기는 어려우나, ○○○ 김○○○이 청구법인과의 실제거래사실을 확인하고 있고 김○○○이 자료상으로 고발되었으나 검찰로부터 무혐의처분되었으며, 청구법인이 원사를 수입하여 염색임가공을 의뢰한 업체는 ○○○ 김○○○이 유일하며 청구법인이 원사를 수입하여 염색가공된 원사로 판매한 사실 등이 확인되므로 임가공염색업자인 김○○○과 청구법인과의 실제 거래사실이 있었음을 알 수 있음에도 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

○○○ 김○○○은 자료상으로 확정되어 고발되었으며, 당초 자료상 조사시 청구법인과의 거래를 실지거래로 확인한 바가 없을 뿐 아니라, 청구법인이 쟁점세금계산서가 실지거래에 의한 세금계산서라는 사실을 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서와 관련한 청구법인과 ○○○ 김○○○간의 실제거래사실을 인정할 것인지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. (1998. 12. 28 개정)

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (1998. 12. 28 개정)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정) 제66조 【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. (1998. 12. 28 개정)

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (1998. 12. 28 개정) 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (1998. 12. 28 개정)

(2) 법인세법시행령(2002.12.30 법률 제17826호로 개정되기 전의 것) 제106조 【소득처분】 ① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. (1998. 12. 31 개정)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고， 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다. (1998. 12. 31 개정) (3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. (1995. 12. 29 개정)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22 신설)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료를 토대로 하여 이 건 과세처분 경위를 살펴본다. (가) ○○○세무서장은 쟁점세금계산서의 발행자인 ○○○ 김○○○을 자료상 조사대상자로 선정하여 2004년 8월에 세무조사를 실시하였으나, ○○○에서 ○○○라는 상호로 섬유염색가공업을 영위하였던 김○○○은 1997.8.30 개업하여 세무조사를 실시하기 전인 2001.10.10 폐업하였고, 김○○○의 사업장이 2000.10.22 화재로 전소되어 장부 등이 모두 소실된 바 있어, ○○○세무서장은 과세근거가 될 수 있는 김○○○의 사업과 관련한 장부나 증빙 등을 적출하지 못한 것으로 나타나고 있다. (나) 이에 따라, ○○○세무서장은 김○○○이 2004.8.4 ○○○세무서에 출석하여 진술한 내용과 김○○○의 사업기간 중의 부가가치세 신고내용을 토대로 김○○○이 보은섬유를 개업한 이후의 매출처에 대해 실제거래와 관련한 소명자료제출을 우편으로 안내하였고, 해당 거래처들이 제시한 증빙을 자체적으로 분석하여 ○○○ 김○○○이 매출처와 가공거래를 하였는지 여부를 판단한 사실이 ○○○세무서장의 ○○○ 김○○○에 대한 조사복명서에 의하여 확인된다. (다) 위와 같이 ○○○세무서장은 ○○○ 김○○○이 섬유염색가공업을 하면서 61개업체에게 3,259백만원의 가공세금계산서를 발행한 것으로 판단하고, ○○○의 총 거래업체 68개업체중 가공매출처로 61개업체를 확정하여 거래처의 사업장관할 세무서장에게 과세자료로 통보하였는 바, 청구법인은 위와 같이 ○○○세무서장이 ○○○ 김○○○의 가공매출처로 본 61개업체에 포함되어 있으며, ○○○세무서장은 ○○○의 매출처로부터 거래와 관련한 금융증빙의 제시가 없거나 기한내에 소명서를 제출하지 않은 경우에 이를 모두 가공거래로 판단한 것으로 나타나고 있고, 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 판단한 사유도 청구법인이 거래와 관련한 금융증빙을 제시하지 못한 점인 것으로 확인된다. (라) ○○○세무서장은 ○○○ 김○○○의 부가가치세 신고내용 중 정상매출을 1.2%만 인정하고 나머지 매출은 모두 가공(93.9%)이나 위장(4.9%)매출로 판단하고 있으며, 정상매입은 6.6%만 인정하고 나머지는 모두 가공매입으로 판단하고 있는 바, 그 판단의 근거를 살펴보면, 김○○○의 진술내용과 거래처로부터 소명받은 세금계산서 수취경위확인서를 분석하여 판정하였다는 내용이나 김○○○의 진술서상으로는 ○○○세무서장이 위와 같은 가공거래규모를 판단할 수 있는 객관적인 근거는 확인되지 않으며, ○○○세무서장은 위와 같은 조사내용에 의하여 ○○○ 김○○○을 ○○○지방검찰청에 조세범처벌법위반혐의로 고발하고 쟁점세금계산서를 위장·가공혐의자료로 처분청에 통보하였고 처분청은 이에 따라 과세한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 이에 대하여 청구법인은 2000년까지 김○○○에게 아크릴 및 혼방 소모사의 염색임가공을 의뢰하여 납품받아 판매하였고, 당시 섬유업체는 소액결제의 경우 어음이나 가계수표로 결제하는 것이 관행이었으며, 청구법인 역시 판매대금으로 받은 어음이나 수표로 결제하였으나, 청구법인이 직접 발행한 어음이나 가계수표가 아니어서 이를 입증하기가 어려울 뿐, ○○○ 김○○○과는 쟁점세금계산서상의 거래를 정상적으로 하였음에도 불구하고 처분청이 거래일로부터 5년이상 장기간이 경과한 후에야 금융자료를 제시하지 못한다는 사유로 쟁점세금계산서상의 거래를 가공거래로 보아 과세하는 것은 부당하다는 주장이다.

(3) 청구법인의 제시증빙과 위 과세경위를 종합하여 쟁점세금계산서의 실지거래를 인정할 수 있는지 여부를 살펴본다. (가) ○○○ 김○○○은 2004.11.24 청구법인에게 임가공물품을 공급하고 쟁점세금계산서를 발행한 사실을 ○○○지검 413호에서 진술하였으며, 이와 같은 내용이 사실임을 확인하는 사실확인서를 제출하고 있고, 청구법인은 쟁점세금계산서의 거래기간인 1999년∼2000년도에 청구법인이 원사를 수입한 수입신고서와 국내수출업체로부터 수취한 내국신용장을 제시하고 있는 바, 수입신고서상 Raw White의 표시는 염색이 되지 않은 순수원사로 조사되고 있고, 내국신용장에 표시된 Dyed in Hank는 염색된 섬유를 의미하는 것으로 조사되고 있는 바, 이와 같은 사실에 비추어 청구법인은 염색가공되지 않은 원사를 수입하여 염색된 원사를 수출업자에게 납품한 사실을 인정할 수 있고, 따라서 청구법인이 원사의 염색을 위하여 염색임가공업체와 거래한 사실을 인정할 수 있다 하겠다. (나) 쟁점세금계산서의 거래기간인 1999∼2000년도 중 청구법인의 부가가치세 신고서상 매입처별세금계산서 합계표를 살펴보면, 청구법인이 매입세금계산서를 교부받은 거래처중 염색임가공업을 영위하는 업체는 쟁점세금계산서의 공급자인 ○○○ 김○○○이 유일한 것으로 나타나고, 청구법인은 물품의 입·출고 내역을 기록한 1999년∼2000년도의 수기장부를 제출하고 있는 바, 동 장부상 일자별 출고내역에는‘○○○’이라는 표시가 수차례 기록되어 있으며, 청구법인은 동 기록이 청구법인의 창고에서 입·출고된 섬유의 수량 및 반출처 등이 표시된 것으로서 염색임가공을 위하여 ○○○로 출고된 원사의 경우는 보은으로 표시한 것이라는 주장인 바, 장부원본의 보존상태나 기록내용 및 지질 등에 비추어 동 장부가 조작되거나 급조된 것으로 보이지는 않으므로 청구주장이 신빙성이 있는 것으로 판단된다. (다) ○○○지방검찰청에서는 ○○○세무서장이 조세범처벌법위반혐의로 김○○○을 고발한 사건에 대하여 2005.1.12 혐의없음으로 처분한 사실이 ○○○지방검찰청의 피의사건 처분결과 통지서에 의하여 확인되는 바, ○○○지방검찰청의 수사결과보고서에 의하면, 청구법인을 포함한 26개업체와 김○○○의 거래에 대하여 수사한 바, 동업체들과의 가공거래사실을 김○○○이 부인하고 있고, 김○○○과의 거래업체들이 제시한 증빙과 진술내용 등이 김○○○이 진술한 내용과 부합하는 반면, 세무서의 고발내용외에는 달리 혐의를 입증할 증거가 없는 사실 등을 들어 혐의없음으로 처분함이 타당하다는 내용이다. (라) 2000년도 중 ○○○ 김○○○으로부터 15,200천원의 갑종근로소득을 수령한 사실이 ○○○세무서장이 발행한 소득금액증명원에 의하여 확인되는 청구외 이○○○는 1999년과 2000년 중 ○○○에서 종업원으로 재직할 당시 청구법인의 직원인 최○○○과 염색작업투입 및 출고계산시 대금수수 등 실무처리를 하였던 사실이 있음을 확인하는 내용의 사실확인서를 제출하고 있다. (마) 위의 사실관계를 종합하여 살펴보면, ○○○세무서장이 ○○○ 김○○○에 대하여 세무조사를 실시하였으나, ○○○의 사업장이 화재로 전소되고 폐업한 후에 이루어진 세무조사인 관계로 장부나 증빙의 적출이 전무한 상태에서 세무공무원의 자체적인 판단에 의하여 가공거래여부를 결정한 것으로서 그 과세근거가 불충분하여 근거과세원칙에 합당하지 않은 측면이 있고, 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련한 금융자료를 제시하지는 못하고 있다 하더라도 청구법인의 주장과 같이 매출대금으로 수취한 소액의 수표나 어음을 기장하지 않고 거래대금으로 지급하는 경우에는 이를 구체적으로 입증할 수 있는 방법이 마땅치 않은 것이 사실이며, 청구법인이 제시한 증빙에 의하면, 청구법인이 원사를 수입하여 ○○○를 통하여 염색가공후에 이를 재판매한 것으로 나타나고 있을 뿐 아니라, 청구법인이 제시한 제반증빙에 의하여 청구법인과 ○○○ 김○○○과의 실제 거래가 있었던 사실을 인정할 수 있으므로 쟁점세금계산서는 청구법인과 ○○○ 김○○○간의 실제거래에 의하여 발행된 정당한 세금계산서로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.