쟁점특별퇴직금을 지급한 당해 사업연도의 손금으로 직접 처리할 수 있도록 하는 것이 퇴직급여충당금 설정제도의 취지에 비추어 볼 때 합리적인 것이라 판단되므로, 퇴직급여충당금과 상계하여 손금 불산입한 처분은 잘못이 있음
쟁점특별퇴직금을 지급한 당해 사업연도의 손금으로 직접 처리할 수 있도록 하는 것이 퇴직급여충당금 설정제도의 취지에 비추어 볼 때 합리적인 것이라 판단되므로, 퇴직급여충당금과 상계하여 손금 불산입한 처분은 잘못이 있음
○○세무서장이 2004.9.8. 청구법인에게 한 1999사업연도 법인세 5,275,771,821원, 2000.1.1~2000.6.30사업연도 법인세 7,040,784,104 원, 2000.7.1 ~2000.12.31 사업 연도 법인세 42,494,197,465원, 2001사업연도 법인세 39,798,672,474원, 2003사업연도 법인세 12,249,280,070원의 부과처 분 및 2002사업연도 법인세 5,706,713,044원의 환급처 분은 아래와 같이 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다. 1. 명예퇴직한 직원들에게 지급한 특별퇴직금 8,153,110,680원을 2002사업연도의 손금에 산입하고,
2. 특수관계자에 대한 부동산 임대수입 5,723,501,245원을 1999사업연도에서 2,881, 704,697원, 2000.1.1~2000.6.30사업연도에서 1,420,898,274원, 2000.7.1~ 2000.12.31사업연도에서 1,420,898,274원을 각각 익금에서 차감하며,
3. 시효완성예금 및 시효완성공제금에 대한 익금산입액인 1999사업연도 6,117,403,737원, 2000.7.1~2000.12.31사업연도 8,338,943,087원, 2001사업연도 10,786,822,342원, 2002사업연도 14,728,188,758원 및 2003사업연도 17,801,556,834원에 대하여 일반과소신고가산세를 적용하여 그 세액을 경정합니다.
(1) 청구법인이 2002사업연도중 명예퇴직한 직원들에게 특별퇴직금(이하 “쟁점특별퇴직금”이라 한다) 17,829백만원을 지급하면서 세무상 퇴직급여충당금 잔액이 있음에도 불구하고 동 금액을 전부 영업외비용으로 계상하여 손금에 산입한 사실을 적출하여, 세무상 퇴직급여충당금 잔액 8,153백만원을 2002사업연도에 손금불산입하고 2003사업연도에 동 금액을 손금에 산입하였고,
(2) 청구법인이 최종거래일로부터 5년이 경과되어 상법상 소멸시효가 완성된 수시입출금예금(이하 “쟁점시효완성예금”이라 한다)에 대하여 잔액이 10만원미만인 예금은 시효완성일로부터 6~8년의 기간을 정하여 익금에 산입하고 잔액이 10만원이상 예금은 익금에 산입하지 않은 사실을 적출하여, 청구법인이 쟁점시효완성예금중 익금에 산입하지 아니한 34,754백만원은 상법상 소멸시효가 완성된 해당사업연도에 각각 익금에 산입하였고, 기 익금에 산입한 12,831백만원은 손익귀속시기를 조정하여 해당 사업연도에 각각 익금산입 및 익금불산입하였으며,
(3) 청구법인이 공제기간 만료 후 가입자가 반환청구를 하지 않아 2년이 경과하여 상법상 소멸시효가 완성된 공제금(이하 “쟁점시효완성공제금”이라 한다)을 익금에 산입하지 않은 사실을 적출하여 만기일로부터 2년이 경과한 공제금 9,762백만원과 동 공제금에 대한 배당금 425백만원 합계 10,187백만원을 상법상 소멸시효가 완성된 해당 사업연도(1999사업연도 940백만원, 2000사업연도 1,265백만원, 2001사업연도 1,000백만원, 2002사업연도 3,642백만원, 2003사업연도 3,340백만원)에 각각 익금에 산입하였고, (4) 청구법인이 특수관계에 있는 주식회사 ○○유통(이하 ‘○○유통’이라 한다)에 부동산을 임대하면서 적정임대료에 미달하게 수수하였다고 하여 부당행위계산부인하여 5,723백만원을 해당 사업연도(1999사업연 도 2,881백만원, 2000.1.1~ 2000.6.30 사업연도 1,421백만 원, 2000.7.I ~ 2000.12.31사업연도 1,421백만원)에 각각 익금에 산입하였으며, (5) 청구법인은 2000.7.I~2000.12.31사업연도 및 2001사업연도 결산시 신용계정 상 채권에 대하여 은행업 감독규정 제29조의 규정에 의한 자산건전성분류에 따라 대손충당금을 설정한 경우로서 설정대상 채권을 이중으로 계산하는 등으로 79,812백만원을 과다계상하였고, 차주가 국가 또는 지방자치단체인 채권ㆍ원화콜론ㆍ외화콜론ㆍ은행간 대여금 및 환매조건부매수채권 등(이하 “국가등채권”이라 한다)에 대하여 2001사업연도에는 결산시 대손충당금을 설정하지 않았음에도 세무조정시에는 한도액 계산시 대상채권에 포함함에 따라 9,370백만원을 과다계상하였음을 적출하였으며, 청구법인이 한국자산관리공사에 출연한 부실채권정리기금 18,390백만원에 대하여 2001~2003사업연도에 부실채권정리기금 18,390백만원 전액을 대손충당금으로 설정하며 세무조정시 2001사업연도에 18,390백만원 전액을, 2002사업연도 및 2003사업연도에는 18,390백만원의 2%인 367백만원을 각각 대손충당금 한도액으로 계상하였음을 적출하여 19,125백만원을 해당 사업연도에 각각 손금불산입하였으며, 다음 과세연도에 동 금액을 손금으로 추인하였고, (6) 청구법인이 자산재평가(1999.4.1)하여 1%의 재평가세율을 적용받은 토지를 양도하였으나 재평가토지에 대한 압축기장충당금 54,110백만원을 환입하지 않았음을 적출하여 해당 사업연도(2000.1.1~2000.6.30사업연도 277백만원, 2000.7.1~2000.12.31사업연도 23,843백만원, 2001사업연도 23,788백만원, 2002사업연도 6,201백만원)에 각각 익금에 산입하였고,
(7) 청구법인이 특수관계에 있는 주식회사 ○○축산유통[구 주식회사 ○○유통, 이하 ‘○○유통’이라 한다]에 대한 매출채권을 지연회수한 부분에 대하여 부당행위계산 부인하여 지연이자 상당액 5억원을 익금에 산입하고, 통상적인 회수기간 초과분 매출채권 및 약정회수기간 경과분 매출채권을 실질적인 금전소비대차에 의한 업무무관 가지급금으로 판단하여 지급이자 상당액 9억원을 손금불산입하였으며, ○○유통에 대한 외상매출금 지연회수액에 대하여 설정한 대손충당금 314백만원을 각각 해당 사업연도(2000.7.1~2000.12.31사업연도 214백만원, 2001사업연도 100백만원)에 손금불산입하였고, 청구법인이 각 사업연도말 책임준비금 설정시 직전기말에 설정한 유효공제중 당해 사업연도중 최종거래일로부터 2년이 경과한 공제분에 대한 책임준비금 41,789백만원을 환입하지 않고 당해 사업연도말 유효공제의 책임준비금과 상계한 것을 적출하여 해당 사업연도에 익금에 산입하였으며,
(8) 이외에 1,346억원을 익금에 산입하고, 942억원을 손금불산입하였고,
(9) 상기 조사결과 중 (2)의 쟁점시효완성예금과 (3)의 쟁점시효완성공제금 및 (7)중 책임준비금 미환입에 대한 과세금액에 대하여는 부당과소신고가산세를 적용하도록 하여 조사결과를 처분청에 통보하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점특별퇴직금은 재직기간에 비례하여 지급액이 결정되는 것이 아니고, 기업회계기준에서도 지출한 과세연도에 비용으로 처리하도록 하고 있으므로 쟁점명예특별퇴직금을 지출한 당해 사업연도의 손금으로 계상하는 것이 타당하다.
(2) 쟁점시효완성예금의 경우 금융감독기관의 지도하에 시효완성예금 찾아주기운동을 전개하고 있는 점 등을 고려할 때 금융기관인 청구법인의 특성상 시효완성을 주장하는 것은 불가능하고, 인터넷등을 통한 잔액조회등으로 시효가 중단된 것과 구분하기 어려우며, 채무자인 청구법인이 시효소멸을 주장하지 않고 있으므로 쟁점시효완성예금을 상법상 소멸시효가 완성되었다는 이유만으로 익금에 산입한 처분은 부당하다.
(3) 쟁점시효완성공제금의 경우 ○○부에서 인가한 청구법인의 공제규정에서 소멸시효 규정의 적용을 배제하고 있고, 금융기관인 청구법인의 특성상 시효완성을 주장하는 것은 불가능하며, 채무자인 청구법인이 시효소멸을 주장하지 않고 있으므로 쟁점시효완성공제금을 상법상 소멸시효가 완성되었다는 이유만으로 익금에 산입한 처분은 부당하다.
(4) 청구법인이 ○○유통에 대하여 부동산을 저가임대한 것은 ○○부의 승인에 의한 것으로서 조세부담을 부당히 회피하기 위한 것이 아니고, 계약체결시에 임대료가 확정되기 때문에 세법개정으로 인하여 임대료를 변경할 수 없는 것이므로 법령 개정이전의 계약에 대하여 개정법률을 적용하여 부당행위계산부인한 처분은 부당하다.
(5) 청구법인이 결산시 국가등채권에 대하여 대손충당금을 설정하지 않았더라도 처분청이 세무조사에 의하여 결정할 때에는 국가등채권을 대손충당금 설정대상 채권에 포함하여 대손충당금 설정한도액을 계산하여야 하고, 부실채권정리기금에 대한 출연금은 형식상 출연금이라는 외관을 취하고는 있으나 일반적인 채권과 그 본질에 있어서 큰 차이가 없고, 금융감독원이 발간한 은행회계해설에서 일반적인 채권과 동일한 회수가능한 금액으로 평가하도록 규정하고 있으며, 출연시점부터 청구법인이 손실을 부담하도록 관련 법률에 규정되어 있으므로 대손충당금 설정대상 채권으로 보아야 한다. 설령, 국가등채권을 대손충당금 설정대상에 포함시키지 아니하고 한도액을 계산한다 하더라도 금융기관인 청구법인이 자산건전성분류에 의하여 대손충당금을 설정한 금액보다 일반법인과 같은 방법(채권잔액의 2%)에 의하여 계산한 대손충당금한도액이 더 많은 경우에는 일반법인과 같은 방법으로 계산한 금액을 대손충당금 설정한도액으로 보아야 한다.
(6) 비영리법인의 재평가차익은 법인세법상 비영리법인의 과세대상소득에 열거되어 있지 않고, 법인세법상 고정자산처분익은 고정자산의 양도가액에서 장부가액을 공제한 금액으로 이 경우 재평가자산의 장부가액은 당초의 장부가액에 재평가차액을 합산한 금액임을 자산재평가법 제2조 에서 명시하고 있으므로 비영리법인이 재평가한 토지를 양도하는 경우 양도가액에서 취득가액을 차감하여 처분이익을 계산하도록 하는 규정이 없는 이상 법인세법 제3조제2항제5호 의 규정에 의한 고정자산처분수입 계산시에도 재평가차액이 과세대상소득에 포함되지 않는 것이다.
(7) 위 (2)의 쟁점시효완성예금과 (3)의 쟁점시효완성공제금의 경우에는 고의로 과세소득을 누락한 것으로 볼 수 없으므로 일반과소신고가산세를 적용하여야 하고 부당과소신고가산세를 적용한 이건 처분은 부당하다.
(1) 쟁점특별퇴직금의 경우 청구법인의 내부복무규정 등 내부 인사자료와 청구법인이 과거 5개 사업연도에 걸쳐서 계속ㆍ반복적으로 매년 특별퇴직금을 지급한 점 등을 볼 때 청구법인의 특별퇴직금이 우발적이어서 예측이 어렵다는 주장은 타당하지 않고, 국세심판결정례는 명예퇴직자에 대한 자체내부규정이 마련되지 않거나 사업의 일부중단 등으로 명예퇴직자가 일시ㆍ우발적으로 발생한 경우로서 이 청구건과는 전혀 다른 사례이며, 국세청의 새로운 예규(법인세제과-247, 2005.4.13) 가 나오기 전까지는 퇴직으로 지급되는 모든 금액은 퇴직 급 여 충당금과 먼저 상계하여야만 한다고 해석 하였으므로 동예규 이전에 과세한 당초 처분은 정당하다.
(2) 쟁점시효완성예금에 대하여 청구법인의 내부지침에서도 금액에 관계없이 잡수입으로 계상하도록 규정하고 있고, 세법에서는 권리ㆍ의무 확정주의를 취하고 있어 법인세법 시행령에서 규정하는 채무의 소멸은 시효완성의 주장을 요하는 것이 아니라 채무자가 동 채무의 소멸시효를 원용하지 않는다 하더라도 소멸시효가 완성되는 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하는 것이며, 시효중단의 효력은 그 승인의 통지가 상대방에게 도달하는 때에 발생하는 것이므로 인터넷뱅킹 등을 통한 잔액조회가 금융기관이 각 예금자가 잔액조회를 하였다는 사실을 모르고 있다면 승인으로서의 효력은 없다고 보아야 할 것이어서 개연성만을 가지고는 시효중단의 효력을 주장할 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.
(3) 쟁점시효완성공제금에 있어서 청구법인의 공제규정은 ○○부에서 보험업의 표준약관에 기초한 내용의 범위에서 특별히 부당하게 규정하는 것을 방지하기 위하여 적정한지를 인가한 것이지 세부내용에 대한 ○○부의 지시 규정이 아니라 일종의 내부적인 사규이고, 설령 위 공제규정이 종전에 ○○부 인가사항이었다 하더라도 처분과 관련된 사업연도의 경우에는 ○○부의 인가사항에 해당하지 않는 회사 내부 규정으로 전환되었으므로 세법 등 다른 법률에 대응할 수 없으며, 상기 (2)와 같은 이유로 당초 처분은 정당하다.
(4) 법인세법에서 허용되는 최저 임대요율을 3%로 보았던 비업무용 부동산 관련 규정이 1997.12.31자로 삭제되어 1998년 이후 임대차계약 체결시부터는 동 규정을 적용할 수 없는 것이고, 다른 법령에 임대요율에 대한 관련 규정이 없다면 국유재산법상의 임대요율을 적용한 것이 타당하다는 대법원 판례(91누7637, ’92.1.21외 다수)에서 보듯이 1998년 임대계약 체결시부터는 인근 임대 실례가 없어 국유재산법상의 연간 사용료 계산방법을 적정거래가격 산정기준으로 원용할 수 있다 할 것이므로 국유재산법 또는 세법에서 규정한 적정임대료 산정방법에 의거 과세한 당초 처분은 정당하다.
(5) 결산조정사항인 대손충당금을 금융기관인 청구법인이 자산건전성분류에 따른 최소한금액으로 대손충당금을 설정한 경우에 개별 채권이 은행업감독규정상 대손충당금 적림기준을 충족한 이상 세무조정을 통한 대손충당금 설정을 인정할 수 없고, 청구법인이 법인세법 시행령 제61조 2항 단서에 따라 개별채권별로 대손충당금을 설정한 것이므로 결산시 국가등채권에 대하여 대손충당금을 설정하지 않았다면 국가등채권에 대하여 은행업감독규정 제29조제1항 제2호에 따라 대손충당금 “0”으로 설정한 것으로 보아야 하며, 금융기관인 청구법인이 대손충당금 설정방법을 선택하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고한 이상 다른 방법이 당초 신고한 방법보다 한도액을 크게 계산할 수 있다하여 결산조정사항인 대손충당금 설정방법을 변경할 수는 없는 것이다. 또한 부실채권정리기금출연금은 기업회계기준상 기타 투자유가증권으로서 대손충당금 설정대상자산이 아니라 평가손익대상으로 분류되어 있고, 특히 금융감독원 및 전국은행연합회에서 발간한 은행회계해설에도 부실채권정리기금출연금에 대하여 회수예상가액을 산정하여 적절히 평가하도록 규정되어 있음을 볼 때 쟁점부실채권정리기금출연금은 법인세법 및 기업회계기준상에서 대손충당금 설정 대상 채권이 아니므로 당초 처분은 정당하다.
(6) 토지의 재평가차액은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 사업의 부수수익에 해당되고, 수익사업에서 생긴 소득이라 함은 주된 수입금액 뿐만 아니라 이와 직접 관련하여 생긴 부수수익으로 규정하고 있는 것을 볼 때 당연히 익금에 해당한다. 설령, 비영리법인의 과세소득에 재평가차액이 포함되지 않는다 하더라도 고정자산처분익은 비영리법인의 과세소득에 해당하므로 재평가세율 1%가 적용된 이 건 재평가차액은 법인세법 제18조제1호 의 규정에 의한 익금불산입 항목에 해당하지 않으므로 본래 재평가당시에 익금에 산입하여 과세되어야 하나 법인세법 제39조제1항 및 자산재평가법 제33조제1항에 따라 과세시점만 양도시점으로 이연되는 것으로 당초 처분은 정당하다. (7) 쟁점시효완성예금 및 쟁점시효완성공제금의 경우 법인세법에서 익금으로 규정하고 있을 뿐만 아니라 기업회계기준 등에서도 수익으로 계상하도록 하고 있음에도 수익으로 계상하지 않은 것은 법인세법 시행령 제118조 제4항제6 호에서 규정하는 “고의”에 해당하므로 당연히 부당과소신고에 해당하고, 내부규정에서도 금액과 관계없이 쟁점시효소멸예금에 대하여 잡수입으로 계상하도록 되어 있으며, 청구법인외 다른 금융기관에서 쟁점시효완성예금 및 쟁점시효 완성공제금에 대하여 금액과 관계없이 영업외수입으로 계상하고 있음을 볼 때 청구법인이 이를 달리 회계처리 하였다면 이는 법인세법에서 인정하는 기업회계의 관행으로도 볼 수 없으므로 동 신고누락액에 대해 부당과소신고가산세를 적용한 당초 처분은 정당하다. 3, 사실관계 및 판단
(5) 결산조정시 대손충당금을 설정하지 아니한 국가등채권에 대하여 처분청이 대손충당금 한도액을 재계산하여 경정하는 경우 은행업감독규정 제29조제1항제1호에 해당하는 대손충당금을 설정(0.5%)하여 손금에 산입할 수 있는지 여부와 법인세법시행령 제61조제2항 의 규정에 의하여 자산건전성분류에 따 라 계산한 금액이 일반법인의 대손충당금 설정 방법과 같은 방법(채권잔액의 2%)으로 계산한 대손충당금 한도액보다 적은 경우 처분청 결정시 일반 법인의 계산방법에 의하여 한도 액 계산을 할 수 있는지 여부 및 부실채권정리기금출연금이 대손충당금 설정대상채권에 해당되는지 여부
(6) 비영리법인인 청구법인이 재평가세율 1%가 적용된 재평가 토지를 양도하는 경우에 발생한 고정자산 처분익이 익금에 해당되는지 여부 (7) 상기 (2)쟁점시효완성예금 및 (3)쟁점시효완성공제금이 익금에 해당되는 경우 고의로 익금을 누락한 경우 또는 귀속시기 차이로 인한 경우에 해당하여 부당과소신고가산 세 적용대상인지 여부
(1) 쟁점(1) 관련
○ 법인세법 제33조 【퇴직급여충당금의 손금산입】
① 내국법인이 각 사업연도에 임원 또는 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 퇴직급여충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.
② 제1항의 규정에 의하여 퇴직급여충당금을 손금에 산입한 내국법인이 임원 또는 사 용인에게 퇴직금을 지급하는 경우에는 당해 퇴직급여충당금에서 먼 저 지급하여야 한다.
○ 법인세법시행령 제60조 【퇴직급여충당금의 손금산입】
① 법 제33조제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 1년간 계속하여 근로 한 임원 또는 사용인에게 당해 사업연도에 지급한 총급여액(제44조제3항제2호의 규정에 의한 총급여액을 말한다)의 10분 의 1에 상당하는금액을 말한다.
② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 퇴직급여충당금의 누적액은 당해 사업연도종료일 현 재 재직하는 임원 또는 사용인의 전원이 퇴직할 경우에 퇴직급여 로 지급되어야 할 금액의 추계액(제44조의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아니하는 금액을 제외한다)의 100분의 40을 한도로 한다.
○ 법인세법시행규칙 제31조 【퇴직급여충당금의 계산 등】
① 영 제60조제2항에서 “퇴직급여로 지급되어야 할 금액의 추계액”이라 함은 정관 기타 퇴직급여지급에 관한 규정에 의하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 퇴직급여지급에 관한 규정 등이 없는 법인의 경우에는 근로기준법이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
○ 은행업회계처리준칙 23-1 조기명예퇴직자에 지급하는 명예퇴직금은 일반퇴직금과는 달리 근속기간 이외의 요소가 포함되어 퇴직금추계액의 산정에 포함되지 않았기 때문에 퇴직급여지급 규정 여부에 관계없이 퇴직급여충당금과 상계할 수 없으며 당 기 비용으로 처리하여야 한다.
(2) 쟁점(2) 관련
○ 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액
○ 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】
① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요 한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 법인세법 제71조 【임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도】
④ 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법(제43조를 제외한다)ㆍ조세특례제한법및 이 영에서 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사 업연도에 관하여는 재정경제부령으로 정한다.
○ 법인세법시행규칙 제36조 【기타 손익의 귀속사업연도】 영 제71조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 이 규칙에서 별도로 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
○ 법인세법시행령 제62조 【대손금의 범위】
① 법 제34조제2항에서 “대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 상법에 의한 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금
○ 상법 제64조 【상사시효】 상행위로 인한 채권은 본법에 다른 규정이 없는 때에는 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성한다. 그러나 다른 법령에 이보다 단기의 시효의 규정이 있는 때에는 그 규정에 의한다.
(3) 쟁점(3) 관련
○ 상법 제662조 【소멸시효】 보험금액의 청구권과 보험료 또는 적립금의 반환청구권은 2년간, 보험료의 청구권은 1년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성한다.
(4) 쟁점(4) 관련
○ 법인세법시행령 제43조의2 【지급이자의 손금불산입】
• 1998.12.31 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것
① 법 제18조의3제1항제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산 등”이라 한다)을 말한다.
3. 부동산을 이용하여 얻은 수입금액이 부동산 가액의 일정비율에 미달하는 부동산
○ 법인세법 시행규칙 제18조 【지급이자의 손금불산입】
• 1997.12.31 총리령 제675호로 개정되기 전의 것
③ 영 제43조의2제1항 및 동조제3항에서 “비업무용부동산 등” 이라함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.
11. 임대(전세권 또는 지상권설정계약에 의한 부동산의 사용을 포함한다)에 쓰이고 있는 부동산으로서 다음 각목의 1에 해당하는 것
- 가. 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 3에 미달하는 부동산 중 다음의 것을 제외한 부동산
○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】
• 1998.12.28. 법률 제5581호로 개정된 것
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득 금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.
○ 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】
• 1998.12.31 대통령령 제15970호로 개정된 것
① 법 제52조제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.
○ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】
• 1998.12.31 대통령령 제15970호로 개정된 것
① 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.
④ 제88조제1항제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.
1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 다음 각목의 금액 중 큰 금액
- 가. 당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액
- 나. 당해 자산의 감가상각비 및 공과금ㆍ수선비 등 그 자산을 유지ㆍ관리함으로써 발생하는 비용의 합계액
(5) 쟁점(5) 관련
○ 법인세법 제34조 【대손충당금등의 손금산입】
① 내국법인이 각 사업연도에 외상매출금ㆍ대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위안에서 당해사업연도의 소득금 액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.
○ 법인세법시행령 제61조 【대손충당금의 손금산입】
① 법 제34조제1항에 규정하는 외상매출금ㆍ대여금 기타 이에 준하는 채권은 다음 각호의 것으로 한다.
1. 외상매출금: 상품ㆍ제품의 판매가액의 미수액과 가공료ㆍ용역 등의 제공에 의한 사업수입금액의 미수액
2. 대여금: 금전소비대차계약 등에 의하여 타인에게 대여한 금액
3. 기타 이에 준하는 채권: 어음상의 채권ㆍ미수금 기타 기업회계기준에 의한 대손충당금 설정대상이 되는 채권(제88조제1항제1호의규정을 적용받는 시가 초과액에 상당하는 채권을 제외한다)
② 법 제34조제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 당해 사업연도종료일 현재의 제1항의 규정에 의한 외상매출금ㆍ대여금 기타 이에 준하는 채권의 장부가액의 합계액(이하 이조에서 “채권잔액”이라 한다)의 100분의 1(다음 각호의 1에 해당하는 금융기관 등은 100분의 2)에 상당 하는 금액과 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액중 큰 금액을 말한다. 다만, 제1호 내지 제12호, 제21호, 제23호 및 제26호의 금융기관 (제6호 및 제7호의 법인은 신용사업에 한한다)의 경우에는 금융감독위원회가 재정경제 부장관과 협의하여 정하는 대손충당금적립 기준에 따라 적립하여야 하는 금액으로 할 수 있다.
6. 농업협동조합법에 의한 농업협동조합중앙회
○ 은행업감독규정 제29조
① 금융기관의 대손충당금 적립기준은 다음과 같다.
1. 금융기관은 결산시(분기별 가결산을 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 결산일 현재 은행계정 및 종합금융계정의 대출채권, 금융리스채권, 금융리스선급금 및 여신 성가지급금에 대하여 건전성 분류결과에 따라 다음 각목에서 정하는 금액을 대손충당금으로 적립하여야 한다.
- 가. “정상”분류 자산의 100분의 0.5 이상
- 나. “요주의”분류 자산의 100분의 2 이상
- 다. “고정”분류 자산의 100분의 20 이상
- 라. “회수의문”분류 자산의 100분의 50 이상
- 마. “추정손실”분류 자산의 100분의 100
2. 제1호의 규정에도 불구하고 차주가 대한민국 정부 또는 지방자치단체인 자산과 “정상”으로 분류된 대출채권 중 콜론, 환매조건부채권매수, 은행간대여금, 은행간외화대여금에 대하여는 대손충당금을 적립하지 아니할 수 있다.
(6) 쟁점(6) 관련
○ 법인세법 제1조 【정의】
2. “비영리법인”이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다.
- 나. 사립학교법 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주·사원 또 는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인을 제외한다)
○ 법인세법 시행령 제1조 【정의】 법인세법 제1조제2호 나목에서 “대통령령이 정하는 조합법인 등”이라 함은 다음 각호의 법인을 말한다.
1. 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합과 그 중앙회
○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리 내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.
② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업 ”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것
2. 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익
3. 소득세법 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금
4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 제1호 내지 제5호 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것
○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】
① 법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조제2항제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다.
1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)ㆍ조경 및 관련서비스업 외의 농업
2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)과 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 기술용역사업에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소(이하 “본점 등”이라 한다)가 있는 비영리외국법인이 국내에서 영위하는 기술용역사업
초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 사업
4. 보건 및 사회복지사업 중 사회복지사업법에 의한 사회복지사업
5. 연금 및 공제업 중 다음 각목의 사업
의료보험법 및 국민의료보험법에 의한 의료보험사업과 산업재해보상보험법에 의한 산업재해보상보험사업
7. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역 중 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업
8. 기타 제1호 내지 제7호와 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업
② 법인세법 제3조 제2항 제5호 에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 장관에 규정된 고유목적사업 (제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지∙관리 등을 위한 관람료∙입장수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.
③ 법인세법 제3조 제2항 제6호 에 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 소득세법 제46조제1항 의 규정에 의한 채권 등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것을 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권 등의 매각익에서 채권 등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다.
○ 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액(도급금액∙판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준에 의한 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다). 다만, 법 제66제3항 단서의 규정에 의하여 추계하는 경우 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입금액은 금융기관의 정기예금 이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 이자율(이하 “정기예금이자율”이라 한다)을 적용하여 계산한 금액으로 한다.
2. 자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액
6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액
7. 손금에 산입한 금액 중 환입된 금액
8. 이익처분에 의하지 아니하고 손금으로 계상된 적립금액
9. 제88조제1항 제8호 각목의 규정에 의한 자본거래에 인하여 특수관계자로부터 분여 받은 이익
10. 제1호 재지 제9호외의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액
○ 법인세법 시행령 제19조 【손비의 법위】 법 제19조제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용
2. 양도한 자산의 양도 당시의 장부가액
8. 대손금(부가가치세매출세액 미수금으로서 회수할 수 없는 것 중 부가가치세법 제17조의2 의 규정에 의한 대손세액공제를 받지 아니한 것을 포함한다)
10.제세공과금
11. 영업자가 조직한 단체로서 법인이거나 주무관청에 등록된 조합 또는 협회에 지급한 회비
12. 광산업의 탐광비(탐광을 위한 개발비를 포함한다)
13. 보건복지부장관이 정하는 무료진료권 또는 새마을진료권에 의하여 행한 무료진료의 가액 13의2. 한국표준산업분류에 의한 음∙식료품의 제조업∙도매업 또는 소매업을 영위하는 내국법인이 당해 사업에서 방생한 잉여식품을 국가 또는 지방자치단체에 잉여식품활용사업자로 등록한 자 또는 잉여식품활용사업자가 지정하는 자에게 무상으로 기증하는 경우 그 기증한 잉여식품의 장부가액(이 경우 그 금액은 제35조제1호의 규정에 의한 기부금에 포함하지 아니한다)
14. 업무와 관련 있는 해외시찰∙훈련비
15. 초∙중등교육법에 의하여 설치된 근로청소년을 위한 특별학급 또는 산업체부설 중∙고등학교의 운영비
16. 제1호 내지 제15호외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액
○ 법인세법 시행규칙 제1조 【수익사업의 범위】 법인세법 시행령 제2조 제1항 본문의 규정에 의한 사업은 그 사업 활동이 각 사업연도의 전 기간에 걸쳐 계속하여 행하여지는 사업 외에 상당기간에 걸쳐 계속적으로 행하여지거나 정기적 또는 부정기적으로 상당회수에 걸쳐 행하여지는 사업을 포함하는 것으로 한다.
○ 자산재평가법 제2조 【정의】
① 이 법에서 “재평가”라 함은 법인 또는 개인의 기업에 소속된 자산을 현실에 적합한 가액으로 그 장부가액을 증액하는 것을 말한다.
② 이 법에서 “평가액”이라 함은 대차대조표(대차대조표를 비치하지 아니한 경우에는 재산목록 또는 이에 준하는 장부서류 이하 같다)에 계상된 자산의 장부가액을 말한다. 이 경우 자산의 상각액을 그 자산의 장부가액에서 직접 감액하지 아니하고 감가상각누계액으로 계상하고 있을 때에는 그 감가상각누계액을 공제한 가액을 평가액으로 하고, 법인세법 제36조 ∙제37조∙제38조∙제44조∙제46조∙제50조, 소득세법 제31조 ∙제32조 또는 조세특례제한법 제23조 의 규정에 의하여 손금 또는 필요경비로 산입된 금액을 당해 고정자사의 장부가액에 계상하지 아니한 때에는 그 상당액을 장부가액에 합산한 가액을 평가액으로 한다.
③ 이 법에서 “재평가액”이라 함은 법인 또는 개인의 자산을 재평가함으로써 평가액이 증액되는 경우의 증액된 후의 평가액을 말한다.
○ 자산재평가법 제11조 【비과세법인】 재평가를 한 법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 재평가세를 부과하지 아니한다.
1. (생략)
2. 민법 제32조 의 규정에 의하여 설립된 법인, 사립학교법 제10조 의 규정에 의하여 설립된 학교법인. 다만, 대통령령이 정하는 자산에 대하여는 그러하지 아니한다.
○ 재산재평가법 제4조의2【비과세법인의 과세대상자산】 법 제11조 제2호 단서에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 민법 제32조 의 규정에 의하여 설립된 법인의 자산으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 말한다.
1. 법인세법 제3조 제2항 제1호 의 사업에 사용하는 자산
2. 법인세법 제3조 제2항 제6호 의 수입을 얻기 위하여 사용하는 자산
3. 재평가일 현재 고유목적에 직접 사용한지 3년이 경과되지 아니한 자산
○ 자산재평가법 제15조 【재평가신고】
① 이 법은 재평가를 한 자가 재평가일로부터 90일내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 재평가신고서에 대차대조표∙감정평가서∙재평가액 및 재평가차액에 관한 계산서와 그 부속서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출한 경우에 한하여 이를 적용한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 대통령령이 정하는바에 의하여 납세지 관할세무서장의 신고기한 연장승인을 얻은 경우에는 그러하지 아니한다.
○ 자산재평가법 제33조 【재평가차액 등에 관한 소득계산의 특례】.① 재평가차액은 법인세법 또는 소득세법의 규정에 의한 소득금액계산상 익금 또는 수입금액에 산입하지 아니한다. 다만, 제13조제1항 제1호의 규정에 의한 토지의 재평가차액은 법인세법에 의한 소득금액계산상 익금에 산입하되, 동법이 정하는 바에 의하여 당해 재평가차액에 상당하는 금액을 손금에 산입할 수 있다.
○ 자산재평가법 제13조 【세율】
① 재평가세는 제12조의 규정에 의한 과세표준이 되는 금액에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액의 합계액으로 한다.
1. 제5조 제1항 제2호의 규정에 의한 토지(1983년 12월 31일 이전에 취득한 토지로서 1984년 1월1일 이후 재평가를 실시하지 아니한 토지를 최초로 재평가하는 경우 당해 토지를 제외한다)의 재평가차액에 상당하는 과세표준에 대하여는 100분의 1
○ 법인세법 제39조 【토지의 재평가차액상당액의 손금산입】
• 2001.12.31, 법률 제6558호로 삭제되기 전의 것
① 내국법인이 자산재평가법에 의하여 토지를 재평가한 경우 그 재평가액 중 동법 제13조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지의 재평가 차액에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 재평가일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.
○ 법률 제6558호 부칙 제21조【토지의 재평가차액상당액의 손금산입에 관한 경과조치】 이 법 시행 당시 종전의 제39조의 규정에 의하여 손금에 산입한 금액의 익금산입 등에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
○ 법인세법 시행령 제67조 【토지의 재평가차액상당액의 손금산입】
• 2001.12.31 대통령령 제17457호로 삭제되기 전의 것
① 법 제39조제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 개별토지별로 당해 토지의 재평가액 중 재평가차액에 상당하는 금액으로 한다.
② 제64조 제3항 제2호∙제4항 제2호 및 제5항의 규정은 제1항의 규정에 의한 재평가차액에 상당하는 금액의 손금산입 및 익금산입에 관하여 이를 준용한다.
○ 법인세법 시행령 제64조 【국고보조금의 손금산입】
③ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 당해 사업용자산별로 다음 각 호의 구분에 따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.
1. 감가상각자산: 일시상각충당금
2. 제1호 외의 자산: 압축기장충당금
④ 제3항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 일시상각충당금과 압축기장충당금은 다음 각 호의 방법으로 익금에 산입한다.
2. 압축기장충당금은 당해 사업용 자산을 처분하는 사업연도에 이를 전액 익금에 산입할 것
⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 당해 사업용 자산의 일부를 처분하는 경우의 익금산입액은 당해 사업용 자산의 가액 중 일시상각충당금 또는 압축기장충당금이 차지하는 비율로 안분 계산한 금액에 의한다.
(7) 쟁점(7) 관련
○ 법인세법 제76조 【가산세】
① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. (단서 생략)
2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액
- 가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1이상이고 대통령령이 정하는 부당과소 신고금액(이하 이 호에서 “부당과소 신고금액”이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액.(단서생략)
- 나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소 신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. (단서생략)
○ 법인세법 시행령 제118조 【과소신고 금액의 계산 등】
④ 법 제76조제1항 제2호 각목에서 “대통령령이 정하는 부당과소 신고금액”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 금액을 말한다.
3. 법 또는 조세특례제한법에 의한 준비금∙충당금의 손금산입, 비과세 또는 소득공제의 적용대상이 되지 아니하는 법인이 이를 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만, 손금산입한도액을 초과하는 금액을 제외한다.
4. 손익의 귀속사업연도를 법 또는 조세특례제한법과 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만, 기업회계기준에 의하여 정당하게 계상한 것으로서 세무조정에 의하여 익금에 산입한 금액을 제외한다.
6. 기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 명예 퇴직자에 대하여 자체 내부복무 규정인 직원퇴직금 규정에 따라 특별퇴직금을 지급하면서 당해 특별퇴직금을 지급한 해당 사업연도의 손금으로 계상하였다. (나) 이에 처분청은 특별퇴직금은 퇴직급여충당금과 먼저 상계하여야 한다고 보아, 세무상 퇴직급여충당금이 있는 2002사업연도에 지급한 명예퇴직금 17,828,983,973원중 퇴직급여충당금 8,153,110,680원을 2002사업연도에 손금불산입하고 2003사업연도에 동금액을 손금에 산입하였다. (다) 살피건대, 쟁점특별퇴직금은 과거 근속기간에 따라 지급되는 통상적인 퇴직금과는 별도로 지급된 것으로서, 지급액 산정에 있어서 근속기간 이외의 요소가 포함되어 있고 쟁점특별퇴직금의 지급내역을 볼 때 연도별로 상당한 차이가 있는 점 등을 감안할 때 퇴직금 추계액에 이를 미리 반영하여 퇴직급여충당금을 계상할 수 없는 성격의 비용이라 할 것이어서 통상적인 퇴직금과 같이 기 설정 된 퇴직급여충당금에서 먼저 지급하여서는 아니 되고 오히려 쟁점특별퇴직금을 지급한 당해 사업연도의 손금(특별손실)으로 직접 처리할 수 있도록 하는 것이 퇴직급여충당금 설정제도의 취지에 비추어 볼 때 보다 합리적인 것이라고 판단된다(국심2001서2990, 2002.6.29 및 국심2003서137, 2003.5.12. 같은 뜻). 또한, 국세청장이 명예퇴직금을 퇴직급여충당금과 상계하여야 한다고 해석하다가 재정경제부 유권해석(법인세제과-247, 2005.4.13)에 따라 이후에 당해 사업연도의 손비처리가 가능한 것으로 유권해석을 변경(서면2팀-633, 2005.5.2)한 점을 볼 때 상가 유권해석은 납세자에게 유리한 유권해석으로 종전의 유권해석을 바로 잡은 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점특별퇴직금을 퇴직금여충당금과 상계하여 손금불산입한 처분(처분청이 쟁점특별퇴직금을 손금불산입한 사업연도의 다음 과세연도에 손금산입한 것을 경정하는 것을 별론)은 잘못이 판단된다.
(2) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 최종거래일로부터 5년이 경과한 수시입출금 예금에 대하여 잔액이 1만원 미만인 경우에는 최종거래일로부터 6년 이상, 잔액이 1만원 이상 5만원 미만인 경우에는 최종거래일로부터 7년 이상, 잔액이 5만원 이상 10만원 미만인 경우에는 최종거래일로부터 8년 이상 거래가 중단된 때에 익금에 산입하였고, 잔액이 10만원 이상인 경우에는 최종거래일로부터 5년이 경과하였어도 익금으로 계상하지 않았다. (나) 이에 처분청은 최종거애일로부터 5년이 경과한 수시입출금예금 중 청구법인이 익금에 산입하지 아니한 예금은 해당 사업연도에 각각 익금산입 하였고, 청구법인이 최종거래일로부터 5년이 경과한 수시입출금예금 중 잔액 10만원 미만인 예금에 대하여는 6~8년을 기준으로 익금으로 계상한 것 중 손익의 귀속시기가 다른 것에 대하여 손익 귀속시기를 조정하여 각각 익금산입 및 손금산입 하였다. (다) 청구법인은 최종거래일로부터 5년이 경과하여 소멸시효가 완성된 예금과 관련하여 “거래중지계좌에 편입되지 않은 수시입출식예금은 최종거래일에서 5년이상 경과하여 시효가 완성된 예금을 잡이익으로 처리한다”라는 내부규정이 있지만, 상기 내부규정에도 불구하고 금융기관의 공공성 및 특수성∙국민재산(예금)의 보호∙금융감독원의 협조요청(은감금 9120-997, 2003.8.28) 등에 따라 거래중지계좌 중 10만원 미만예금과 별단예금 등 일부만을 잡수입으로 계상하였다는 주장이다. (라) 금융감독원의 ⌜휴면예금 처리에 대한 업무협조 요청(은감금9120-00997, 2003.8.28.)⌟ 내용을 보면, 금융감독원은 은행권의 휴면예금 금액이 증가함에 따라 은행이 예금자 보호에 소홀하다는 사회적 비판이 야기될 소지가 있는 것으로 판단하여 휴면예금 찾아주기 운동에 적극 협조하여 줄 것을 각 금융기관에 요청하였고, 더불어 잡이익 편입업무의 합리적 운영을 비롯한 각 은행의 휴면예금 감축방안을 금융감독원에 제출하도록 요청한 사실이 있는바, “휴면예금 감축을 위한 협조요청⌟이라는 문서에 의하면 소멸시효완성계좌의 잡이익편입업무를 합리적으로 운영함에 있어서 잡이익처리 금액의 상한선을 합리적으로 설정∙운영하는 등 소멸시효 완성을 이유로 기계적인 잡이익편입을 지양하고, 일정 금액이상 계좌의 잡이익편입시 예금주에게 서면통지” 하는 내용을 담고 있음이 확인된다. 또한, 금융감독원은 청구법인의 소멸시효완성예금관련 회계처리에 대한 질의에 대하여 “상법상 소멸시효가 완성된 예금이라 하더라도 예금거래의 공공성, 동종업계의 관행, 감독당국의 지침 등으로 인해 사실상의 예금지급의무를 부담하고 있다면, 동 예금을 상법상 소멸시효 완성시점이 아닌 실질적으로 부담하는 예금지급의 경제적 의무가 소멸되었다고 추정되는 시점에 수익으로 인식(10만원이상의 예금 포함)하는 것이 타당합니다. 이 경우 예금지급에 대한 경제적 의무가 사실상 소멸되었다고 추정되는 시점은 예금 잔액의 규모, 예금청구기간, 과거의 예금지급실적 및 은행의 예금지급정책 등을 종합적으로 고려하여 결정하여야 합니다.”라고 회신(회제이 8360-418, 2004.9.15)하였다. (마) 청구법인은 인터넷뱅킹 및 폰뱅킹을 통해 잔액조회가 이루어진 자료를 비치 보관하거나 제시하지 않고 있고, 예금거래기본약관에는 소멸시효로 인한 잡수입 처리에 대하여 정하지 않고 있다. (바) 이에 대해 처분청은 청구법인을 비롯한 국민은행 등 각 금융기관은 시효완성예금의 잡수익 처리와 관련하여 자체내부규정을 마련하여 시행하여 오고 있고, 청구법인의 경우 거래중지계좌에 편입되지 않은 수시입출식예금은 최종거래일로부터 5년이상 경과하여 시효가 완성된 예금은 잡이익으로 처리하는 내부규정이 있으며, 국민은행∙한미은행 등도 최종거래일 또는 만기일로부터 5년이 경과하여 시효가 완성된 예금은 5년이 경과한 해당월 말일에 잡이익으로 편입하도록 규정하고 있고 실제로도 소멸시효가 완성되면 바로 수익으로 인식하고 있음이 확인된다는 주장이다. (사) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합적으로 살피건대, 청구법인은 쟁점시효완성예금에 대하여 소멸시효의 완성사실 자체만으로 곧바로 채무면제익에 해당한다고 볼 수 없다는 주장이나, 쟁점시효완성공제금은 상법상 소멸시효 5년이 적용된다 할 것이고, 세법상 대손제도를 보면 소멸시효가 완성되면 그대로 대손을 인정하고 있는 점 으로 볼 때, 세법상 소멸시효제도는 채무자가 동 채무의 소멸시효를 원용하지 않는다 하더라도 소멸시효의 완성만으로 동 채무는 소멸하고 채무자에게 채무면제익이 발생한다고 보는 것이 타당하다고 할 것이고(국심2000서577, 2000.8.28), 인터넷을 통한 잔액조회가 가능하도록 한 조치만으로는 특정 채권자에게 승인의 의사를 표시한 것으로 보기 어려우며, 인테넷 잔액확인의 구체적인 증빙제시도 없기 때문에 그 의사가 채권자에게 도달하였다고 볼 수도 없다 할 것이다. 또한, 금융감독기관의 협조요청에 의하여 쟁점시효완성예금을 소멸시효 완성된 후 예금주의 요청에 의하여 다시 환급해 준다고 하더라도 금융감독기간의 협조요청이 세법에 우선하여 적용되지 않는다 할 것이어서 처분청이 쟁점시효완성예금에 대하여 최종거래일로부터 5년이 경과하여 소멸시효의 완성일이 속하는 사업연도에 익금산입한 처분은 타당하다고 판단된다.
(3) 쟁점(3)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 공제기간 만료후 가입자가 반환청구를 하지 않아 2년이 경과하여 상법상 소멸시효가 만료된 쟁점시효완성공제금을 익금에 산입하지 않았고, 처분청에 상기 쟁점시효완성공제금 및 동 공제금에 대한 배당금을 상법상 소멸시효가 완성된 해당 사업연도에 각각 익금에 산입하였다. (나) ○○법 제58조의2의 규정에 의한 청구법인의 공제규정은 2000.6.30이전까지는 ○○부장관의 인가를 받았으나, 2000.7.1 ~ 2005.6.30 기간동안에는 보고사항으로 변경되었고, 2005.7.1이후에 다시 인가사항으로 변경되었음이 확인되고, 청구법인의 공제규정에서는 만기공제금에 대하여 공제수익자가 2년이내에 지급청구를 하지 않은 경우에 지급하지 아니할 수 있도록 하는 규정의 적용을 배제하고 있다. (다) 금융감독원의 보험업감독업무시행세칙의 표준약관에서는 “보험금청구권, 보험료 또는 환급금반환청구권 및 배당금청구권은 2년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성됩니다”라고 규정되어 있다. (사) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합적으로 살피건대, 청구법인은 쟁점시효완성공제금에 대하여 소멸시효의 완성사실 자체만으로 곧바로 채무면제익에 해당한다고 볼 수 없다는 주장이나, 쟁점시효완성공제금은 상법상 소멸시효가 2년이 적용된다 할 것이고, 세법상 대손제도를 보면 소멸시효가 완성되면 그대로 대손을 인정하고 있는 점으로 볼 때, 세법상 소멸시효제도는 채무자가 동 채무의 소멸시효를 원용하지 않는다 하더라도 소멸시효의 완성만으로 동 채무는 소멸하고 채무자에게 채무면제익이 발생한다고 보는 것이 타당하다고 판단된다(국심2000서577, 2000.8.28.). 또한, 청구법인이 ○○부로부터 인가 받았다고 주장하는 공제규정은 일종의 내부적인 사규로서 이 규정은 세법에 우선할 수는 없다 할 것이고, 이 공제규정이 과거 ○○부의 인가사항이었다 하더라도 이 사건 처분과 관련된 사업연도의 경우에는 ○○부의 인가사항에 해당하지 않는 청구법인의 내부규정에 불과하여 세법상 구속력을 갖는 규정이라고 보기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점시효완성공제금 및 동 공제금의 배당금에 대하여 소멸시효의 완성일이 속하는 사업연도에 익금산입한 처분은 타당하다고 판단된다.
(4) 쟁점(4)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 ○○○유통및 가격안정에 관련법률에 의한 ○○○유통회사인 ○
○유통을 설립ㆍ운영하고 있고, 청구법인이 소유하고 있는 부동산 중 일부를 위 ○○유통에 임대하고, 부동산가액의 3%에 상당하는 금액을 임대료로 지급받았다. (나) 이에 처분청은 청구법인이 특수관계에 있는 ○○유통에 대해 부동산을 임대함에 있어서 법인세법시행령 제89조제4항제1호 에서 규정한 〃적정임대료〃 이상을 받았어야 한다고 주장하면서, 1998.1.1이후 임대계약 체결시부터는 비업무용부동산에 대한 지급이자의 손금불산입 규정이 삭제되어 다른 법령에 임대요율에 대한 관련 규정이 없다면 국유재산법상의 임대요율(토지는 개별공시지가, 건물은 감정평가법인의 평가액의 5%)을 적용하여야 하고, 1999.1.1이후부터는 법인세법시행령 제89조제4항제1호 의 개정으로 적정임대료(자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액) 산정 규정을 적용하도록 개정되었다 하여, 청구법인이 ○○유통으로부터 2000.1.1~6.30사업연도와 2000.7.1~12.31사업연도에 부동산가액의 3% 상당액만을 임대료로 지급받은 것에 대하여 부당행위계산부인하여 그 차액을 익금에 산입하였다. (다) 청구법인이 ○○유통으로부터 2001사업연도 및 2002사업연도에도 부동산가액의 3%를 임대료로 수취하였으나, 국세청장 고시 정기예금이자율이 7.5%에서 5.8%로 인하되어 청구법인이 임대료로 수취한 부동산가액의 3% 해당금액이 부동산가액의 50%를 정기예금이자율 5.8%로 계산한 가액보다 더 많기 때문에 추징되지 않았고, ○○유통의 지사무소인 “○○점, ○○점, ○○문화센터”의 임대차계약기간이 ○○점은 1999.8.31, ○○점은 1999.8.31, ○○문화센터는 2000.7.31로 만료되어 그 다음 기간에 대한 임대차계약체결시 토지는 개별공시지가의 5%, 건물은 지방세법상의 과세시가표준액의 10%를 수취하였던 관계로 2000.1.1~2000.6.30사업연도 및 2007.1~2000.12.31사업연도 상기 지사무소에 대한 임대료에 대하여는 부당행위계산부인을 하지 않았다. (라) 청구법인의 질의에 따라 ○○부장관이 청구법인에 보낸 공문(시장51160-10146, 2000.11.1)에 의하면, ○○부가 양재ㆍ창동○○○○ 물류센터 운영주체 변경승인시 임대료는 법인세법상의 최저임대료(3%) 등을 감안하여 관련법령상 최저 임대요율을 적용토록 승인한바 있으므로, 귀회가 양재ㆍ창동 물류센터를 (주)○○유통에 임대하면서 받은 ‘임대요율 부동산 가액의 3%’는 ○○부가 기 통보한 유정51160-409(97.10.11)호의 ‘관련법령상 허용되는 최저 임대요율’에 포함된다고 되어 있다. (마) 처분청은 쟁점부동산에 대하여 1998사업연도는 국유재산법에 의한 임대요율을, 1999.1.1부터는 법인세법시행령 제4항제1호 가목의 규정에 의하여 임대료를 시가로 보아야 한다는 의견이다. 살피건대, 청구법인은 ○○협동조합법상 목적사업의 일환으로 주무부처인 ○○부의 지휘를 받아 비업무용부동산으로 판정되지 아니할 만큼의 임대수입금액 수준인 최저임대료를 수취한 것으로 보이고, 비업무용부동산의 판단기준인 최저임대료에 대한 규정이 1997.12.31. 삭제되었다고 하나 우리 국세심판원에서는 1998년 귀속 임대료에 대하여 정부가 임대료를 쟁점부동산가액의 3%(최저임대료) 수준으로 하라고 적시하지는 아니하였으나 청구법인이 정부관계부처의 지시에 따라 통상가격보다 낮은 가격(최저임대료)으로 쟁점부동산을 임대한 것이어서 정당한 사유가 있다고 보아 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우에 해당되지 아니한다고 인정하여 부당행위계산부인 대상이 아니라고 결정(국심2001서1053, 2002.5.24외 다수 같은 뜻)한 바 있으며, 부당행위 여부는 계약당시의 법인세법 규정에 따르는 것으로 국유재산법 등 다른 법률에 의하여 판단할 사항이 아니라고 할 것이고, 청구법인과 ○○유통은 쟁점부동산에 대하여 1998.9.17. 이전부터 2000.12.31. 까지 임대차계약을 체결하였으므로 쟁점부동산의 임대료(부동산가액의 3%)는 1998.9.17. 이전에 이미 확정되었다고 봄이 타당하여 계약체결시점에서 청구법인이 수취한 임대료는 위에서 보듯이 시가로 인정되므로 처분청이 임대차계약 기간인 1999년~2000년 귀속 임대료에 대해서도 저가 임대하였다 보아 부당행위계산부인규정을 적용하는 것은 타당하지 아니하다고 판단된다.
(5) 쟁점(5)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 신용계정에 대하여 2000.7.1~2000.12.31 사업연도 및 2001사업연도 결산시 대손충당금을 설정하면서 법인세법 시행령 제61조 제2항 단서 및 은행업감독규정 제29조 제1항에 따라 건전성분류를 하여 대손충당금을 설정한 경우로서, 청구법인은 2000.7.1~2000.12.31 사업연도의 경우 결산시 국가등채권을 대손충당금 설정을 위한 자산건전성분류 개별채권명세에 포함하지 아니하였고, 법인세 신고시 대손충당금 한도액을 계산하면서 대손충당금 설정 대상채권 명세에 포함하지 아니하였으며, 2001사업연도의 경우에 결산시 국가등채권을 대손충당금 설정을 위한 자산건전성분류 개별채권명세에 포함하지 아니하였으나 법인세과세표준 신고시에는 대손충당금 한도액을 계산하면서 대손충당금 설정대상채권에 포함하여 대손충당금 시부인조정을 하였다. 또한, 청구법인은 한국자산 관리공사소관인 부실채권정리기금에 출연한 18,390,000천원에 대하여 2001~2003사업연도 결산시 부실채권정리기금출연금 18,390,000천원 전액을 대손충당금으로 설정하였고, 세무조정시 대손충당금 한도액을 2001사업연도에는 18,390,000천원 전액을, 2002사업연도 및 2003사업연도에는 18,390,000천원의 2%인 367,800천원을 각각 한도액으로 계상하였다. (나) 이에 처분청은 청구법인이 신용계정에 대하여 자산건전성분류에 의한 대손충당금 설정 한도액을 계산하면서 이중계산 등으로 과다하게 계산하였고, 2001사업연도의 경우에는 결산시 국가등채권에 대하여 대손충당금을 적립하지 않았음에도 법인세 신고시 대손충당금 설정 한도액을 계산함에 있어서는 대손충당금 설정대상채권에 포함한 사실을 적출하였으며, 부실채권정리기금출연금에 대하여도 대손충당금을 설정한 사실을 적출하여 대손충당금 설정한도액을 초과하는 금액에 대하여 2000.7.1~2000.12.31사업연도 및 2001~2003사업연도에 각각 익금산입하였고 다음 사업연도에 동 금액을 각각 손금으로 추인하였다. (다) 부실채권정리기금은 1997.11.23. 금융기관의 부실채권을 인수하여 효율적으로 정리함으로써 금융기관의 유동성과 건전성을 제고하기 위하여 한국자산관리공사 내에 설치된 것으로서, 동 기금의 운용기간은 2007.11.22까지이고, 기금채권 및 차입금의 상환과 인수 자산의 정리 등이 완료된 다음 기금의 잔여재산을 출연자에게 반환하고, 한국자산관리공사 경영관리위원회에 결산 보고하는 때에 만료하도록 되어 있다. 또한, 금융감독원이 발간한 은행회계해설에 따르면 부실채권정리기금출연금에 대하여는 회수예상가액을 산정하여 적절히 평가하도록 되어 있다. (라) 관련 법령을 살펴보면, 법인세법 제34조제1항 에는 내국법인이 각 사업연도에 외상매출금ㆍ대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 법위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제61조제2항 본문에서 법인세법상 대손충당금의 손금 범위를 금융기관의 경우에는 당해 사업연도종료일 현재 외상매출금ㆍ대여금 기타 이에 준하는 채권의 장부가액의 합계액인 채권잔액(이하“채권잔액”이라 한다)의 1%에 상당하는 금액과 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액중 큰 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 항 단서에서 금융기관의 경우(청구법인의 경우에는 신용사업에 한함)의 경우에는 금융감독위원회가 재정경제부장관과 협의하여 정하는 대손충당금적립 기준에 따라 적립하여야 하는 금액으로 할 수 있다고 규정하고 있다. 한편, 은행업감독규정 제29조제1항에서는 금융기관의 대손충당금 적립기준을 정하면서, 제1호에서 결산시 대출채권 등에 대하여 건전성 분류결과에 따라 정상에서 추정손실까지 5단계로 분류하여 0.5%~100%의 대손충당금을 적립하도록 규정하고 있고, 같은 항 제2호에서 제1호의 규정에 불구하고 차주가 대한민국 정부 또는 지방자치단체인 자산과 〃정상〃으로 분류된 대출 채권중 콜론, 환매조건부채권매수, 은행간대여금, 은행간외화대여금에 대하여는 대손충당금을 적립하지 아니할 수 있다고 규정하고 있다. (마) 청구법인은 결산시 국가등채권에 대하여 대손충당금을 설정하지 않았더라도 처분청이 세무조사에 의하여 결정할 때에는 국가등채권을 대손충당금 설정대상 채권에 포함하여 대손충당금 설정 한도액을 계산하여야 한다는 주장이다. 살피건대, 세법에서 감가상각비 등이 법인의 선택 또는 판단에 따라 인위적으로 비용으로 계상되는 사항이고, 충당금ㆍ준비금 등은 권리ㆍ의무확정주의의 원칙상 아직 확정되지 않은 의무에 대해 특별히 손금으로 인정하고 있는 사항들이므로 법인의 결산을 확정함에 있어 내부의사결정에 의해 손비로 회계처리를 하였을 때에 한하여 당해 사업연도의 손금으로 산입할 수 있도록 하는 것이다. 그렇다면, 청구법인이 2000.7.1~2000.12.31 사업연도 및 2001사업연도 결산시 신용계정에 대하여 대손충당금을 설정하면서 법인세법 시행령 제61조 제2항 단서 및 은행업감독규정 제29조 제1항에 따라 건전성분류를 하여 개별채권별로 대손충당금을 설정한 경우로서 국가등 채권을 대손충당금 설정대상채권 명세에 포함하지 않음으로써 국가등 채권에 대하여 대손충당금을 설정하지 않았다면 법인세법상 대손충당금 한도액 계산시에도 국가등 채권은 대손충당금 설정대상에서 제외되어야 한다고 판단된다. 또한, 금융기관인 청구법인이 자산건전성분류에 의하여 대손충당금을 설정한 금액보다 일반법인과 같은 방법인 채권잔액에 의하여 계산한 대손충당금한도액이 더 많은 경우에는 일반법인과 같은 방법으로 계산한 금액을 대손충당금 설정한도액으로 보아야 한다는 주장에 대하여도 상기 이유와 같이 청구주장이 타당하지 않다고 판단된다. (바) 부실채권정리기금출연금의 경우, 부실채권정리기금출연금은 법인세법 및 기업회계기준상 대손충당금 설정대상채권이 아니라 할 것이므로 청구법인의 부실채권정리기금출연금에 대하여 대손충당금을 부인한 처 분은 타당하다고 판단된다.
(6) 쟁점(6)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 수익사업을 영위하는 비영리법인으로서 1999.4.1자로 자산재평가법에 의하여 자산재평가를 실시한 후 자산재평가세를 신고ㆍ납부하였다. (나) 청구법인은 자산재평가법 제13조 제1항 제1호 에서 규정한 토지의 평가차액에 대하여 법인세법상 비영리법인의 과세소득의 범위에 포함되는 것으로 해석하여 2000.3.24. 1999사업연도 법인세 신고시 토지재평가차액에서 재평가세를 차감한 금액 499,084,049,460원을 익금에 산입하여 기타로 소득처분하는 한편, 같은 금액을 압축기장충당금 499,084,049,460원으로 하여 손금에 산입하고 유보로 소득처분하여 신고하였다. 그 후 청구법인은 2000.5.25. 재평가차액에서 재평가세를 차감한 금액인 499,084,049천원과 손금산입(유보)한 압축기장충당금 499,084,049천원을 각각 감액하는 한편, 재평가차액 505,333,635천원을 익금산입(기타)하고 이에 상당하는 압축기장충당금 505,333,635천원을 손금산입(△유보)하여 수정신고를 하였다. 또한, 청구법인은 2002.8.23. 1999사업연도 대손충당금에 관한 심판청구결정에 따른 1999사업연도 법인세를 추가로 납부할 사유가 발생하여 이에 대한 수정신고를 하면서, 재평가차액은 비영리법인의 과세소득에 해당되지 않는다고 하여 청구법인이 2000.5.25. 법인세과세표준 수정신고시 익금산입한 재평가차액 505,333,635,256원과 손금산입한 압축기장충당금 505,333,635,256원을 전액 제거하였다. (다) 이에 처분청은 청구법인이 2000~2002사업연도중 재평가토지를 양도하였음에도 불구하고, 해당 사업연도 법인세 과세표준신고시 압축기장충당금 환입에 대한 세무조정을 누락하였다고 하여 54,109,915천원을 각각 해당사업연도의 익금에 산입하였다. (라) 처분청은 청구법인이 심판 청구시 법인세 과세대상소득에서 제외되는 재평가세율 3%가 적용된 자산이 포함되어 있다는 주장을 받아들여 2006.7.6. 2000.1.1~2000.6.30 사업연도 법인세 277,146,000원, 2002사업연도 법인세 626,582,980원을 감액 경정하여 직권 시정하였다고 통보하였다. (마) 법인세법령을 살펴보면, 비영리내국법인의 과세소득은 법인세법 제3조제2항 에서 규정하고 있는 수익사업에서 생기는 소득에 한한다고 규정하고 있고, 비영리내국법인의 수익사업 범위에 재평가차액은 포함된다는 규정은 없으나, 같은 항 제5호에서 고정자산의 처분으로 생기는 수입은 과세소득으로 열거하고 있다. 또한, 법률 제6558호(2001.12.31)로 삭제되기 전의 구 법인세법 제39조제1항 에서 토지의 재평가차액에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다고 규정하고 있고, 대통령령 제17457호(2001.12.31)로 삭제되기 전의 구 법인세법시행령 제67조제1항 에서는 손금에 산입한 토지재평가차액을 개별토지별로 손금에 산입하도록 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서는 재평가차액의 손금산입 및 익금산입에 대하여 법인세법시행령 제64조제3항제2호 ㆍ제4항제2호 및 제5항의 규정을 준용하도록 하고 있고, 같은 법 시행령 제64조제3항제2호에서는 감가상각자산 외의 자산은 압충기장충당금으로 처리하며, 같은 조 제4항에서는 손금으로 계상한 압축기장충당금은 당해 사업용 자산을 처분하는 사업연도에 이를 전액 입금에 산입할 것이라고 규정하고 있다. (바) 법인세법에 나타난 과세체계를 살펴보면, 법인세법 제1장 총칙중 제1조에서 내국법인ㆍ비영리내국법인ㆍ외국법인 및 비영리외국법인을 정의하면서, 제1호에서 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인을 내국법인으로, 제2호에서 민법 제32조 의 규정에 의하여 설립된 법인의 비영리내국법인의 요건을 규정하여 정의하고 있다. 같은 법 제2조에서는 내국법인 및 외국법인을 구분하여 납세의무를 부여하고 있고, 제3조에서는 비영리내국법인의 경우 각사업연도의 소득을 수익사업에서 생기는 소득으로 규정하면서 고정자산의 처분으로 생기는 수입을 수익사업 소득의 범위에 포함하고 있다. 제2장에서는 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세에 대한 계산방법을 규정하고 있고, 별도로 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세에 대한 계산방법에 대하여는 별도로 규정되어 있지 아니하다. (사) 살피건대, 비영리내국법인의 경우에 고정자산의 처분으로 생기는 수입이 과세소득으로서 수익사업 소득의 범위에 포함되어 있으므로 각 사업연도의 소득금액에 해당한다 할 것이고, 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 비영리법인에게만 적용되는 별도의 규정이 없는 한 일반내국법인과 동일한 과세체계에서 각 사업연도의 소득금액을 계산하여야 할 것이므로, 청구법인의 주장과 같이 아무런 근거 없이 특정 조항은 비영리내국법인인 청구법인에게 적용되고 또 다른 특정 조항은 청구법인에게 적용하지 않아야 한다는 주장은 타당하지 않다 할 것이다. 그렇다면, 처분청이 청구법인이 재평가토지를 양도한 해당 과세연도에 압축기장충당금을 익금에 환입하여 과세한 처분은 타당하다고 판단된다. (7)쟁점(7)에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 1999~2003사업연도에 대한 법인세과세표준 및 세액 경정시 청구법 인이 쟁점(2) 쟁점시효완성예금 및 쟁점(3) 쟁점시효완성공제금을 익금에 산입하지 않고 과소 신고한 것에 대해 부당 과소신고 가산세를 적용하여 과세하였다. (나) 살피건대, 청구법인은 쟁점시효완성예금 및 쟁점시효완성공제금을 시효가 완성된 과세연도에 익금에 산입하지 않았으나, 쟁점시효완성예금의 경우 시효완성예금에 관한 금융감독원의 협조요청과 청구법인의 시효완성예금 찾아주기 운동 및 예금주인 고객이 지급을 요청하는 경우 청구법인이 이를 거절할 수 없는 점 등 금융기관인 청구법인의 특성상 고의로 익금을 누락한 경우로 보여지지 아니하고, 쟁점시효완성공제금의 경우 청구법인이 쟁점시효완성공제금에 대하여 소멸시효를 적용하지 않는다는 청구법인의 공제규정을 ○○부장관에게 보고하거나 인가받는 점과 상기 쟁점시효완성예금과 같은 금융기관인 청구법인 특성상 고의로 익금을 누락한 것으로 보여지지 아니하므로 쟁점시효완성예금 및 쟁점시효완성공제금에 대하여는 부당 과소신고 가산세를 적용할 것이 아니라 일반 과소신고 가산세를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 사건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호와 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다..
결정 내용은 붙임과 같습니다.