사업자등록 전 매입세액으로 본 처분의 당부

심판청구를 기각합니다

청구법인은 비영리법인인 학교법인으로 2002.1.7.∼2004.11.30. 기간중 ○○○(이하 "쟁점부동산"이라 한다)을 임차하여 청구외 주식회사 ○○○에게 전대하였다. 처분청은 미등록사업자 표본점검 결과에 따라 2003.10.9. 청구법인에 대하여 부동산전대업 사업자등록을 직권으로 등록하고, 2002년 1기부터 2003년 1기까지 기간의 임대료수입을 무신고한데 대하여 2003.11.30. 납기로 부가가치세 3건 17,387,210원을 결정고지하고, 2003년 2기분 부가가치세신고시 4,087,504원을 환급신고한데 대하여는 2003.10.9. 사업자등록 이전인 2003년 7월∼2003년 9월 기간의 임대료 관련 매입세액 2,452,500원(이하 "쟁점매입세액"이라 한다)을 사업자등록전 매입세액이라 하여 쟁점매입세액의 공제를 배제하여 2004.12.4. 청구법인에게 2003년 2기분 부가가치세 4,043,970원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.2.28. 이의신청을 거쳐 2005.7.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 사업자등록을 이행하지 아니한데 대하여 미등록가산세를 부과하고 있음에도 불구하고 그와 별개로 사업자등록전 20일 이내의 매입세액에 대하여 공제를 배제하는 것은 이중으로 처벌하는 것이므로 부당하다. 쟁점매입세액은 그 공급시기가 속한 과세기간 내에 교부받은 세금계산서에 의하여 정당하게 신고한 매입세액임에도 사업자등록신청일 이전 거래분이라는 이유로 공제를 배제하였는 바, 이는 사업자등록을 직권으로 등록한 후에 청구법인이 신고한 매출분은 사업자등록 이전 거래분이라 하더라도 전액 인정하여 부가가치세를 과세하면서 매입부분에 대하여만 공제를 부인하는 것으로서 부당하므로 쟁점매입세액을 공제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 사업자등록신청일을 기준으로 20일 이내의 매입세액은 공제되는 것이나, 청구법인의 경우는 신청이 아닌 직권등록이므로 사업자등록일 이전의 매입세액은 공제가 배제되는 것이고, 이와는 별도로 사업자등록을 하지 아니할 경우 미등록가산세를 부과하는 것이다. 사업자등록을 한 사업자가 공급시기 이후에 세금계산서를 수취하였다 하더라도 그 공급시기가 속한 과세기간 내에 교부받은 경우에는 매입세액이 공제되는 것이나, 미등록사업자의 경우까지 공급시기가 속한 과세기간 내에 세금계산서를 교부받으면 매입세액공제를 적용하는 것은 아니므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산을 임대한데 대하여 사업자등록전 매입세액으로 보아 매입세액공제를 배제하고 관련 가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제5조 【등 록】① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다. 부가가치법 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. 부가가치법시행령 제60조【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

⑧ 법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.

⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다. 부가가치법 제22조【가산세】① 사업자가 제5조 제1항에 규정하는 기한내에 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업개시일부터 등록을 신청한 날이 속하는 예정신고기간(예정신고기간이 경과한 경우에는 당해 과세기간)까지의 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점부동산을 2002.1.7.부터 2004.11.30.까지 임대하면서 사업자등록을 하지 아니하여 2003.10.9. 처분청이 직권에 의하여 사업자등록을 하고, 청구법인이 부가가치세 신고한 2003년 2기분 매입세금계산서 5건 공급가액 40,875,000원 중 사업자등록일 전인 2003년 7월∼2003년 9월분 공급가액 24,525,000원의 매입세액 2,452,500원을 공제배제하고 미등록가산세등 관련 가산세를 부과하였음이 확인된다.

(2) 사업자등록전 매입세액공제 배제에 관한 법령은 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 에 규정되어 있고, 미등록가산세 부과에 관한 법령은 부가가치세법 제22조 제1항 에 규정되어 있어 각각 그 과세근거를 달리하고 있고, 이를 중복으로 보아 배제하는 조항이 따로 없으므로 동일한 사유에 의하여 매입세액공제를 배제하면서 동시에 미등록가산세를 부과하는 것이 이중처벌이라는 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 또한, 사업자등록전이라도 사업행위에 따른 매출이 있는 경우에는 실질과세원칙에 따라 그 매출세액을 납부하여야 하는 것이고, 매입세액 역시 전단계매입세액 공제제도의 원리상 공제하는 것이지만 매입세액공제 배제에 관한 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 에 해당하면 당연히 공제가 배제되는 것이며, 사업자등록전의 매입세액을 공제배제하는 경우에 그 과세기간의 매출세액도 과세하지 아니한다는 별도의 법령이 존재하지 아니하는 한 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다. (3) 부가가치세법 제17조 제2항 의 규정은 같은 항 각호의 어느 하나에 해당하더라도 매입세액의 공제를 배제하는 것인 바, 청구법인은 같은 항 1의 2호를 들어 공급시기이후에 세금계산서를 교부받더라도 그 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받으면 매입세액을 공제하여 주어야 하므로 이 건의 경우도 공제를 인정하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 경우는 같은항 5호의 등록전매입세액에 해당하여 매입세액공제가 배제된 것이므로 이에 대한 청구법인의 주장 역시 받아들일 수 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.