[요지] 실질적으로 쟁점 세금계산서는 정당한 세금계산서라 인정되는바 이를 매출누락으로 본 것은 부당하다는 사례 2. 사업개시일 20일 이내에 사업자등록을 하지 아니하였다 보아 미등록가산세를 적용한 것은 부당함
[요지] 실질적으로 쟁점 세금계산서는 정당한 세금계산서라 인정되는바 이를 매출누락으로 본 것은 부당하다는 사례 2. 사업개시일 20일 이내에 사업자등록을 하지 아니하였다 보아 미등록가산세를 적용한 것은 부당함
[주 문]
○○세무서장이 2005.4.13. 청구법인에게 한 부가가치세 2004년 2기분 67,470,830원의 환급거부처분(본점법인)과 70,881,870원의 부과처분(지점법인)은
1. 496,950,644원을 수입금액에 산입하고 101,674,021원을 매출세액에서 공제하여 본점법인의 과세표준 및 세액을 경정하고,
2. 496,950,644원을 수입금액에서 제외하고 2004.7.5.∼2004.7.19. 기간중 발생한 공급가액을 재조사하여 이에 대한 미등록가산세를 제외하여 지점법인의 과세표준 및 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요 청구법인은 1997.7.1.부터 부동산업(점포임대) 및 서비스업(영화상영 및 게임장 운영)을 영위하는 법인(이하 "본점법인"이라 한다)으로, 서울특별시 종로구 ○○동2가 41-9 대지 901.8㎡ 위에 지상건물 5,153.53㎡(지하6층, 지상9층, 이하 "쟁점 건물"이라 한다)을 신축하여 2004.6.18. 사용승인서를 교부받고, 쟁점 건물을 사업장으로 하여 2004.8.12. 지점(이하 "지점법인"이라 한다)으로 사업자등록(사업개시일: 2004.7.5.로 기재)을 하고, 2004년 2기 과세기간중 쟁점 건물의 신축공사와 관련된 공급가액 합계 1,016,740,230원의 세금계산서(이하 "쟁점 세금계산서"라 한다)를 본점법인이 수취하고 동 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세신고(환급신청)를 하였다. 처분청은 본점법인이 쟁점 건물의 사용승인일 이후에 수취한 쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제하고, 지점법인의 수입금액을 본점법인의 수입금액으로 하여 부가가치세 과세표준으로 신고한 496,950,644원(이하 "쟁점 ①금액"이라 한다)을 본점법인의 과세표준에서 제외하는 대신 지점법인의 매출누락으로 보아 지점법인의 과세표준에 산입하는 한편, 쟁점 ①금액과 지점법인이 과세표준으로 하여 신고한 877,104,666원(이하 "쟁점 ②금액"이라 한다)의 합계금액 1,374,055,310원(이하 "쟁점 금액"이라 한다)을 지점법인의 사업자등록신청일 이전의 수입금액이라 하여 쟁점 금액에 대한 미등록가산세를 적용하여 2005.4.13. 청구법인에게 아래 (표 1)과 같이 부가가치세 2004년 2기분 67,470,830원의 환급거부처분(본점법인)과 70,881,870원의 부과처분(지점법인)을 하였다. (표 1) 본점법인 및 지점법인에 대한 부과처분 내역 (단위: 원) 구분 본점법인 지점법인 공급가액 환급거부세액 경정내역 공급가액 고지세액 경정내역 매출세액 △496,950,644 △49,695,064 지점매출분 과세표준 제외 496,950,644 49,695,064 지점매출분 과세표준 산입 매입세액 1,016,740,230 101,674,023 공급시기 이후 수취분 불공제
• -
• 가산세액
• -
• 496,950,644 (매출누락분) 877,104,666 (지점신고분) 1,374,055,310 13,740,553 지점법인의 사업자등록전 공급가액에 대한 미등록 가산세 (합계)
• 67,470,830
• - 70,881,875
• 청구법인은 이에 불복하여 2005.6.20. 이건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 본점법인에 대한 환급거부처분과 관련하여, 쟁점 세금계산서는 실제 공급시기와 일치하는 정당한 세금계산서에 해당되므로 동 매입세액을 공제하여 67,470,830원을 환급하여야 한다.
(2) 지점법인에 대한 부과처분과 관련하여, 지점법인의 실질적인 개업일은 2004.7.5.이 아니라 2004.7.20.이므로 이 날부터 2004.9.30.(예정신고기간)까지의 공급가액에 대하여만 미등록가산세를 적용하여야 한다.
(1) 쟁점 건물의 신축공사와 관련된 용역의 공급시기는 사용승인일인 2004.6.18.이므로 2004.9.30. 수취한 쟁점 세금계산서는 공급시기 이후에 수취한 사실과 다른 세금계산서에 해당되어 동 매입세액을 불공제하여 67,470,830원의 환급을 거부한 처분은 정당하다.
(2) 지점법인의 사업개시일인 2004.7.5.로부터 20일 이내에 사업자등록을 하지 아니하였으므로, 사업개시일부터 등록을 신청한 날(2004.8.12.)이 속하는 예정신고기간(2004.9.30.)까지 발생한 지점법인의 공급가액에 대하여 미등록가산세를 적용한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 쟁점 세금계산서를 공급시기 이후에 수취한 것으로 보아 동 매입세액을 불공제하여 환급을 거부한 처분(본점법인)의 당부
(2) 지점법인의 사업개시일을 2004.7.5.로 보고 20일 이내에 사업자등록을 하지 아니하였다 하여 쟁점 금액에 대하여 미등록가산세를 적용한 처분(지점법인)의 당부
② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.
③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부받은 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. 부가가치세법시행령 제22조(용역의 공급시기) 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. (단서생략)
1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때
2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때
3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때
4. 제49조의 2 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 부가가치세법 제17조(납부세액)
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (쟁점 (2) 관련법령) 부가가치세법 제5조(등록)
① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일로부터 20일 이내에 사업장관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다. 부가가치세법시행규칙 제3조(개업일의 기준) 부가가치세법 제5조 제1항에 규정하는 사업개시일은 다음 각호의 규정에 의한다.
3. 기타의 사업에 있어서는 재화 또는 용역의 공급을 개시하는 날 부가가치세법 제22조(가산세)
① 사업자가 제5조 제1항에 규정하는 기한 내에 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업개시일부터 등록을 신청한 날이 속하는 예정신고기간(예정신고기간이 경과한 경우에는 당해 과세기간)까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.
(1) 본점법인은 지점법인의 수입금액 496,950,644원을 본점법인의 과세표준에 포함하고 쟁점 세금계산서상 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2004년 2기분 부가가치세 174,761,950원의 환급신청을 한 사실이 부가가치세신고서에 의하여 확인된다.
(2) 처분청은 지점법인의 수입금액 496,950,644원을 본점법인의 과세표준에서 제외하고, 쟁점 건물의 사용승인일인 2004.6.18.을 용역의 공급시기로 보고 본점법인이 2004년 2기중에 수취한 쟁점 세금계산서를 공급시기 이후에 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제하여 67,470,830원의 환급을 거부한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.
(3) 청구법인은 쟁점 건물의 신축공사는 공사변경계약에 따라 2004.9.30.까지 계속하여 시공되었는바, 신축공사가 실질적으로 최종 완공된 2004.9.30.을 공급시기로 보아야 하므로 쟁점 세금계산서는 정당한 것이라고 주장하면서 현장작업일지, 노임대장, 변경계약서 등의 증빙을 제시하고 있어 이에 대하여 살펴본다. (가) 처분청의 심리자료에 의하면, 처분청은 청구법인이 쟁점 부동산에 대하여 2004.6.18. 사용승인을 받고 2004.7.5. 영화시사회를 개최하였으며 2004.7.8. 개관하여 영업을 개시한 사실이 있다 하여 쟁점 건물의 신축공사가 사실상 2004년 1기 과세기간중에 완료된 것으로 보아 쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이건 과세한 것으로 나타난다. (나) 청구법인이 제시한 현장작업일지, 노임대장, 변경계약서 등에 의하면, 청구법인은 쟁점 건물의 신축공사와 관련된 사용승인일(2004.6.18.) 이후인 2004.9.30.까지 추가공사가 계속하여 이루어진 사실이 다음과 같이 확인된다.
① 건축공사의 경우 당초 공사기간은 2003.3.24.∼2004.4.20.로, 공사금액은 4,370,000천원(부가가치세 별도)으로 계약하였으나 공사변경계약에 따라 공사기간을 2003.3.24.∼2004.9.30.로, 공사금액을 5,335,967천원으로 각각 변경한 사실이 확인되는바, 처분청은 이에 대하여 추가공사는 당초 도급공사에서 제외된 외부입면 및 철골공사이므로 별도의 공사로 보고 있으나, 당초 공사도급계약서상 특수조건 제7조에 외부입면 및 철골공사는 설계확정 후 물량을 정산하여 공사금액을 조정하도록 약정되어 있는 점에 비추어 볼 때, 추가공사는 당초 도급공사에서 제외된 별도의 공사라기 보다는 추가적으로 계속 이루어진 공사로 봄이 사실관계에 합당한 것으로 보인다.
② 기계설비공사의 경우 당초 공사기간은 2003.5.26.∼2004.4.20.로, 공사금액은 1,220,000천원(부가가치세 별도)에 계약하였으나 2004.9.30. 공사변경에 따라 공사기간을 2003.3.24.∼2004.9.30.로, 공사금액을 1,298,272천원으로 각각 변경한 사실이 확인되는바, 처분청은 이에 대하여 당초 공사도급계약서상의 공사만료일에 변경계약을 체결하지 아니하고 5개월이 지나서야 변경계약을 체결한 것으로 보아 실지로 추가공사를 한 것이 아니라 공사대금만 증액하여 정산한 것에 불과한 것으로 보고 있으나, 당초 공사도급계약서상 공사기성지급조건에 수급자가 공사기성청구서를 작성하여 감리회사에 제출하면 감리회사의 감리를 거쳐 청구법인이 승인을 하여야만 기성고의 지급이 가능하게 약정되어 있고, 실제로도 청구법인은 쟁점 건물의 신축공사와 관련된 사용승인일 이후에도 추가적으로 공사를 계속하여 시공한 사실이 현장작업일지, 노임대장 등의 자료와 증빙에 의하여 확인되고 있는 점에 비추어 볼 때, 단지 영화관을 개관하였다는 사실만으로 쟁점 건물의 신축공사가 완전히 종료되었다고 단정할 수 없다 하겠고 쟁점 부동산의 신축공사가 2004년 1기 과세기간중에 완료된 것으로 보기는 어렵다 하겠다.
③ 한편, 처분청도 위와 같이 쟁점 부동산의 신축공사가 사용승인일 이후에도 계속하여 이루어졌음을 인정한 사실이 이건 과세전적부심사결정서에 나타난다. (다) 살피건대, 처분청은 쟁점 건물의 신축공사와 관련된 용역의 공급시기를 2004년 1기 과세기간중인 2004.6.18.(사용승인일)로 보고 2004.9.30. 수취한 쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이건 과세하였으나, 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점 건물의 신축공사는 사용승인일 이후에도 계속하여 진행되어 실질적으로 2004.9.30.에 최종 완공된 것으로 보이므로 쟁점 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라기 보다는 정당한 세금계산서로 봄이 타당하다 하겠다. 또한 쟁점 ①금액은 본점법인의 과세표준에 포함하여 이미 신고된 사실이 있으므로 이를 매출누락으로 볼 수는 없다 할 것이다. (쟁점 (2)에 대하여)
(1) 처분청은 지점법인의 사업개시일을 2004.7.5.로 보고 이 날로부터 20일 이내에 사업자등록을 하지 아니하였다 하여 쟁점 금액에 대하여 미등록가산세를 적용한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.
(2) 청구법인은 지점법인의 실질적인 사업개시일은 2004.7.5.이 아니라 본점법인이 서울특별시 종로구 △△동 133-1로 이전한 2004.7.20.이므로 2004.7.20.부터 2004.9.30.까지의 공급가액에 대하여만 미등록가산세를 적용하여야 한다고 주장하고 있다.
(3) 살피건대, 처분청은 지점법인이 2004.7.5. 영화시사회를 개최한 점, 본점법인이 2004.8.2. 서울특별시 종로구 △△동 133-1로 사업장 이전신청을 한 점, 지점법인이 2004.8.12. 사업자등록신청시 사업개시일을 2004.7.5.자로 기재한 점 등을 들어 지점법인이 2004.7.5.부터 미등록사업을 영위한 것으로 보았으나, 미등록가산세는 부가가치세 과세사업자가 사업개시일로부터 20일 이내에 사업자등록의무를 불이행한 경우 등록신청일이 속하는 예정신고기간(예정신고기간이 경과한 경우에는 당해 과세기간)까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산 또는 환급세액에서 공제하는 것으로서 그 취지는 사업자로 하여금 사업자등록의무를 성실히 이행하도록 하여 부가가치세제의 안정적이고 효율적인 운영을 꾀하고자 하는 것인바, 청구법인이 2004.8.12. 지점법인의 사업자등록신청시 2004.7.5.을 사업개시일로 기재한 사실은 있으나, 청구법인의 등기부등본에는 본점소재지의 변경일이 2004.7.20.로 기재되어 있는 점에 비추어 볼 때, 지점법인의 실질적인 사업개시일은 2004.7.5.이라기 보다는 2004.7.20.로 봄이 사실관계에 합당하다 하겠다. 또한, 본점법인이 2004.1.26.∼2006.1.25. 기간중 서울특별시 종로구 ○○동2가 21-1 ○○프라자 4층(107평)을 임차보증금 130,000천원, 월세 2,500천원에 임차하기로 하는 임대차계약을 체결한 사실이 있다는 이유만으로 동 장소에 본점법인의 사업장이 전부 이전한 것으로 단정할 수는 없으며, 지점법인이 쟁점 건물에서 발생한 영화관 상영수입 및 부대수입을 본점법인에 귀속시켜 부가가치세를 이미 신고한 바 있고, 처분청의 조사결과 매출누락 등 조세를 탈루하였다고 인정할 만한 사실이 확인되지 아니한 점에 비추어 볼 때, 지점법인은 부가가치세 신고의무를 성실하게 이행한 것으로 보이며, 2004.7.5. 이전부터 본점법인의 사업장으로 지점법인의 사업자등록이 이미 되어 있었던 점을 모아 보면, 단지 2004.8.12. 쟁점 건물에 대하여 지점법인의 사업자등록신청시 사업개시일을 2004.7.5.로 기재하였다는 사실만으로 이 날부터 지점법인이 미등록사업을 영위한 것으로 보아 미등록가산세를 부과한 것은 동 가산세 제도의 입법취지를 고려할 때 과도한 처분으로 보이고, 처분청도 이건 미등록가산세 부과처분의 부당성을 인정한 사실이 과세전적부심사결정서에 나타난다. 따라서 처분청이 2004.7.5.∼2004.9.30. 기간중 발생한 공급가액을 전액 지점법인의 귀속분으로 보아 이에 대하여 미등록가산세를 부과한 이건 처분은 잘못이 있다 하겠으므로 쟁점 ①금액을 지점법인의 과세표준에서 제외하고 쟁점 ②금액 중 2004.7.5.∼2004.7.19. 기간중의 공급가액을 재조사하여 이에 대하여는 미등록가산세를 제외함이 타당한 것으로 판단된다.
4. 결론 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.