성실공익법인을 판정함에 있어서, 운용소득의 공익목적 사용비율 계산에 대한 당부

○○○세무서장이 2005.3.9. 청구법인에게 한 증여세 1999년도분 406,563,300원, 2000년도분 427,744,090원, 2001년도분 341,548,740원, 2002년도분 334,525,300원 합계 1,510,381,430원의 부과처분은 성실공익법인의 기준이 되는 운용소득의 공익목적 사용비율을 계산함에 있어, 판정대상 사업연도가 1999년도인 경우, 당해 사업연도인 1999년도의 운용소득을 기준으로 하고, 동 운용소득의 공익목적 사용액을 당해 사업연도인 1999년도 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내인 2000년도에 공익목적에 직접 사용한 금액을 합하여 운용소득 대비 사용액의 비율로 계산(판정대상 과세연도가 2000년도 이후인 경우에도 위와 같은 방법으로 계산) 하여 성실공익법인에 해당하는 경우에는 증여세(가산세) 과세대상에서 제외하는 것으로 경정한다.

청구법인은 장학사업 및 학술연구 지원사업을 목적으로 설립된 공익법인으로서, 1996.12.31. 이전에 ○○○회사의 총발행주식 14,900주 중 20%인 2,980주와 주식회사 ○○○의 총발행주식 13,500주 중 20%인 2,700주(○○○회사의 주식 2,980주를 포함하여 이하 "쟁점주식"이라 한다)를 각각 출연받고, 1999.12.31.까지 위 2개 법인 총발행주식의 5%를 초과하는 주식을 처분하지 아니하였다. 처분청은 청구법인이 1999.1.1∼2002.12.31사업연도말 현재 위 2개 법인 총발행주식의 20%를 각각 보유하고 있고, 1999년∼2002사업연도말 청구법인의 운용소득에 대한 공익목적사용비율이 성실공익법인의 기준인 80%(2000년 이후에는 90%)에 각각 미달하여 성실공익법인에 해당하지 아니한다고 보아 쟁점주식 중 총발행주식의 5%를 초과하는 각 주식의 시가에 5%를 곱한 금액을 증여세 가산세로 계산하여 2005.3.9. 청구법인에게 1999년∼2002년도 증여세 1,510,381,430원(1999년도 406,563,300원, 2000년도 427,744,090원, 2001년도 341,548,740원, 2002년도 334,525,300원)을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.5.30. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 1999.12.31. 현재 ○○○에 해당하는지는 당해 연도인 1999년에 발생한 운용소득의 80% 이상을 소득이 발생한 과세기간(1999년) 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내(2000년)에 직접공익목적에 사용하였는지 여부를 기준으로 판단하여야 한다. 즉, 1999.12.31. 현재 ○○○에 해당하기 위해서는 1999년에 발생한 운용소득을 1999년과 2000년에 직접공익목적에 사용할 것을 요구하는 것이 관련법령의 문언의 의미상 명백하므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 보유하고 있는 쟁점주식 중 총발행주식의 5%를 초과하는 주식을 처분해야 할 의무기한인 1999.12.31.까지 ○○○의 요건을 갖추어야 하고, 1999.12.31.까지 ○○○이 되기 위해서는 그 기준인 운용소득의 공익목적사용비율이 80% 이상 동 기한까지 완료되어야 한다. 따라서, 운용소득의 공익목적 사용이 완료되기 위해서는 상속세 및 증여세법시행령 제38조 제5항 의 규정에 따라 1998년도 청구법인의 운용소득을 기준으로 동 운용소득 중 공익목적으로 사용한 1998년과 1999년 사용금액을 합한 금액으로 ○○○의 기준에 해당하는지를 판단○○○하여야 하므로 이 건 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점

○○○의 기준이 되는 운용소득의 공익목적 사용비율을 계산함에 있어, 판정대상 사업연도의 직전사업연도 운용소득을 기준으로 하고, 동 운용소득의 공익목적 사용액을 직전사업연도 또는 당해 사업연도말까지 공익목적에 직접 사용한 금액을 합하여 운용소득 대비 사용액의 비율을 계산하여 과세한 처분의 당부

• 나. 관련법령

(1) 상속세 및 증여세법(1999.12.28. 법률 제6048호로 개정되기 전의 것) 제48조 【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】

② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다.

2. 출연받은 재산(당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식 등을 취득하는데 사용하는 경우로서 그 취득한 주식 등과 취득당시에 보유하고 있는 주식 등 및 당해 내국법인과 특수관계에 있는 출연자로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등을 합하여 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 경우

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업외에 사용하거나 운용소득중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하는 경우 4의 2. 제3호의 규정에 의한 운용소득을 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호의 규정에 의한 매각대금을 매각한 분부터 3년의 기간 중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우 같은 법(1999.12.28. 법률 제6048호로 개정되어 2000.12.29. 법률 제6301호로 개정되기 전의 것) 제48조 【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다.

2. 출연받은 재산(당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식 등을 취득하는데 사용하는 경우로서 취득하는 주식 등과 다음 각목의 1의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 경우 (1999.12.28. 개정)

• 가. 취득당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등(1999.12.28. 개정)
• 나. 당해 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 당해 공익법인 등외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등(1999.12.28. 개정)

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업외에 사용하거나 운용소득중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하는 경우 같은 법(2000.12.29. 법률 제6301호로 개정된 것) 제48조 【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】 ② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제4호의 2에 해당하는 경우에는 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다.(2000.12.29. 개정)

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다.

2. 출연받은 재산(당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식 등을 취득하는데 사용하는 경우로서 취득하는 주식 등과 다음 각목의 1의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 경우. 다만，제49조 제1항 각호외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 대규모기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인 등이 당해 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2000. 12.29. 단서신설)

• 가. 취득당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등(1999.12.28. 개정)
• 나. 당해 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 당해 공익법인 등외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등(1999.12.28. 개정)

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업외에 사용한 경우(2000.12.29. 개정) 4의2. 제3호의 규정에 의한 운용소득을 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호의 규정에 의한 매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우(2000.12.29. 신설)

(2) 같은 법 제49조(1998.12.28. 법률 제5582호로 개정된 것) 【공익법인 등의 주식 등의 보유기준】 ① 공익법인 등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식 등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 기간까지 당해 발행주식총수 등의 100분의 5(이하 “주식 등의 보유기준”이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인 등의 공익기여도 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등과 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인 등에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20 이하인 경우에는 1999년 12월 31일까지(1998.12.28. 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 주식 등의 보유기준의 계산방법 등 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 같은 법 시행령(1999.12.31. 대통령령 제16660호로 개정되기 전의 것) 제42조 【주식 등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인 등】 ① 법 제49조 제1항 단서전단에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등”이라 함은 당해 공익법인 등의 운용소득중 다음 각호의 1에 해당하는 금액중 큰 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인 등(이하 이 조에서 “성실공익법인 등”이라 한다)을 말한다.

1. 제38조 제4항 제1호의 규정에 의한 금액에서 동항 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액의 100분의 80에 상당하는 금액

2. 재정경제부령이 정하는 출연재산(직접 공익목적사업에 사용한 분을 제외한다)가액의 100분의 5에 상당하는 금액 (1998.12.31. 직제개정)

③ 제1항의 규정에 의한 성실공익법인 등의 판정은 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재를 기준으로 한다. 다만, 최초로 당해 성실공익법인 등을 판정하는 경우에는 법 제49조 제1항 각호의 1에서 규정하는 기간의 종료일로 한다.

④ 제38조 제5항의 규정은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 직접 공익목적사업에 사용한 실적 및 기준금액에 대하여 이를 준용한다. 같은 법 시행령(1999.12.31. 대통령령 제16660호로 개정되어 2000.12.29. 대통령령 제17039호로 개정되기 전의 것) 제42조 【주식 등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인 등】 ① 법 제49조 제1항 단서전단에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등”이라 함은 당해 공익법인 등의 운용소득중 다음 각호의 1에 해당하는 금액중 큰 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인 등(이하 이 조에서 “성실공익법인 등”이라 한다)을 말한다.

1. 제38조 제4항 제1호의 규정에 의한 금액에서 동항 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액의 100분의 90에 상당하는 금액(1999.12.31. 개정)

2. 재정경제부령이 정하는 출연재산(직접 공익목적사업에 사용한 분을 제외한다)가액의 100분의 5에 상당하는 금액(1998.12. 31. 직제개정)

③ 제1항의 규정에 의한 성실공익법인 등의 판정은 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재를 기준으로 한다. 다만, 최초로 당해 성실공익법인 등을 판정하는 경우에는 법 제49조 제1항 각호의 1에서 규정하는 기간의 종료일로 한다.

④ 제38조 제5항의 규정은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 직접 공익목적사업에 사용한 실적 및 기준금액에 대하여 이를 준용한다. 같은 법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제17039호로 개정된 것) 제42조 【주식 등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인 등】 ① 법 제49조 제1항 단서 전단에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등”이라 함은 당해 공익법인 등의 운용소득(제38조 제5항의 규정에 의한 운용소득을 말한다)의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인 등(이하 이 조에서 “성실공익법인 등”이라 한다)을 말한다.(2000.12.29. 개정)

1. 삭 제(2000.12.29.)

2. 삭 제(2000.12.29.)

③ 제1항의 규정에 의한 성실공익법인 등의 판정은 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재를 기준으로 한다. 다만, 최초로 당해 성실공익법인 등을 판정하는 경우에는 법 제49조 제1항 각호의 1에서 규정하는 기간의 종료일로 한다.

④ 제38조 제6항의 규정은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 직접 공익목적사업에 사용한 실적 및 기준금액에 대하여 이를 준용한다.(2000.12.29. 개정)

(4) 같은 법 시행령(1999.12.31. 대통령령 제16660호로 개정되기 전의 것) 제38조 【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】④ 법 제48조 제2항 제3호에서 "대통령령이 정하는 기준금액" 이라 함은 제1호의 규정에 의하여 계산한 금액에서 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 말한다.(1996.12.31. 개정)

1. 당해 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(법 제48조 제2항 제4호의 규정에 의한 출연재산 매각금액을 제외하고, 법인세법 제29조 제1항 의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 포함한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액(1998.12.31. 개정)

2. 당해 소득에 대한 법인세 또는 소득세·농어촌특별세·주민세 및 이월결손금(1996.12.31. 개정)

⑤ 법 제48조 제2항 제3호의 규정에 의한 직접 공익목적사업에 사용한 실적은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 당해 과세기간 또는 사업연도와 직전 2과세기간 또는 사업연도와의 3년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있다.(1996.12.31. 개정) 같은 법 시행령(1999.12.31. 대통령령 제16660호로 개정되어 2000.12.29. 대통령령 제17039호로 개정되기 전의 것) 제38조 【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】④ 법 제48조 제2항 제3호에서 "대통령령이 정하는 기준금액" 이라 함은 제1호의 규정에 의하여 계산한 금액에서 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액의 100분의 70에 상당하는 금액을 말한다.(1999.12.31. 개정)

1. 당해 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(법 제48조 제2항 제4호의 규정에 의한 출연재산 매각금액을 제외하고, 법인세법 제29조 제1항 의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 포함한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액(1998.12.31. 개정)

2. 당해 소득에 대한 법인세 또는 소득세·농어촌특별세·주민세 및 이월결손금(1996.12.31. 개정)

⑤ 법 제48조 제2항 제3호의 규정에 의한 직접 공익목적사업에 사용한 실적은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 당해 과세기간 또는 사업연도와 직전 2과세기간 또는 사업연도와의 3년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있다.(1996.12.31. 개정) 같은 법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제17039호로 개정된 것) 제38조 【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】④ 법 제48조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우" 라 함은 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 당해 매각대금중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다.(2000.12.29. 신설)

⑤ 법 제48조 제2항 제4호의 2에서 운용소득과 관련된 “대통령령이 정하는 기준금액”이라 함은 제1호의 규정에 의하여 계산한 금액에서 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액(이하 이 항에서 “운용소득”이라 한다)의 100분의 70에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "사용기준금액" 이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 차감한 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다. (2000.12.29. 개정)

1. 당해 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(법 제48조 제2항 제4호의 규정에 의한 출연재산 매각금액을 제외하고, 법인세법 제29조 제1항 의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 당해 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액(2000.12.29. 개정)

2. 당해 소득에 대한 법인세 또는 소득세·농어촌특별세·주민세 및 이월결손금(2000.12.29. 개정)

(5) 상속세 및 증여세법(1999.12.28. 법률 제6048호로 개정된 것) 제78조 【가산세 등】④ 세무서장 등은 공익법인 등이 제49조 제1항 각호의 1에 규정된 기한경과후 동항의 규정에 의한 주식 등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 동항 각호의 1에 규정된 기한의 종료일 현재(동항 단서의 규정을 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 주식 등에 대하여 매년말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다. 같은 법 부칙(1999.12.28 법률 제6048호) 제1조 【시행일】이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제78조 제4항의 개정규정은 공포일부터 시행한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 세법상 공익법인은 법인세법상 비영리법인 중 상속세 및 증여세법시행령 제12조 각 호에 열거된 공익사업을 영위하는 법인을 말하고, 청구법인은 상속세 및 증여세법시행령 제12조 제5호 에 규정하는 공익법인에 해당된다.

(2) 공익법인의 주식보유에 대한 제한은 공익법인이 동일종목의 주식을 과다하게 보유하기보다는 보유주식을 우량종목 주식 등으로 대체하여 분산 보유하는 것이 주식투자에 따른 위험도도 낮아지게 되고, 공익법인이 지주회사화되는 폐해도 방지할 수 있다는 입법취지에 따라, 1996.12.31. 현재 공익법인이 특정법인의 주식 5%를 초과하여 20%까지 보유하고 있는 경우에는 3년(1999.12.31.까지)내에 그 초과분을 다른 주식으로 대체하여 보유하거나 처분토록하는 5% 초과 보유주식 매각의무기준을 1996.12.31. 상속세 및 증여세법 개정시 신설하였다.

(3) ○○○의 기준이 되는 운용소득의 공익목적 사용비율을 계산함에 있어, 판정대상 과세연도의 직전사업연도 운용소득을 기준으로 하고, 동 운용소득의 공익목적 사용액을 직전사업연도 또는 당해 사업연도말까지 공익목적에 직접 사용한 금액을 합하여 운용소득 대비 사용액의 비율을 계산하여 과세한 처분의 당부에 대하여 살펴본다. (가) 상속세 및 증여세법 제49조 제1항 을 보면, "공익법인 등이 1996.12.31. 현재 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식 등을 보유하고 있는 경우"에는 "당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식 등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20 이하인 경우에는 1999.12.31.까지" 기한을 명시하여 "5%를 초과하여 보유하지 아니하도록 한다"고 규정하면서, 단서규정에서는 "직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인 등의 공익기여도 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등과 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인 등에 대하여는 그러하지 아니하다."라고 규정하고 있는 바, 청구법인은 1996.12.31. 이전에 각각 쟁점주식을 출연받아 상속세 및 증여세법 제49조 의 제1항 제1호에 규정된 1999.12.31.까지 2개의 특정법인 총발행주식의 5%를 초과하는 쟁점주식을 매각하지 아니하였으나, 위 단서규정에 의하여 청구법인이 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인" 즉 "성실공익법인"에 해당하는 경우에는 쟁점주식의 매각의무에서 제외되므로 청구법인이 성실공익법인에 해당하는지를 먼저 가려야 할 것이다. (나) ○○○의 요건에 대하여 규정한 상속세 및 증여세법시행령 제42조, 같은 법 시행령 제38조 제4항 및 제5항을 보면, 상속세 및 증여세법시행령 제42조 에서 ○○○이라 함은 운용소득의 80%(2000년 이후에는 90%) 이상을 직접공익목적에 사용하는 것을 요건으로 하고 있고, 같은 법 시행령 제38조 제4항 각호에서 운용소득이라 함은 당해 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액에서 소득에 대한 법인세 등을 차감한 금액을 말하고, 같은 조 제5항에서 직접 공익목적사업에 사용한 실적은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적을 말하고 있다. (다) 상속세 및 증여세법시행령 제42조 제3항 에서 "제1항의 규정에 의한 ○○○ 등의 판정은 ○○○ 등의 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재를 기준으로 한다. 다만, 최초로 당해 ○○○ 등을 판정하는 경우에는 법 제49조 제1항 제1호에서 규정하는 기간의 종료일(1999년 12월 31까지)로 한다"라고 규정하고 있는 점과 위 상속세 및 증여세법시행령 제38조 제4항 의 규정내용에 비추어 보면, ○○○의 기준이 되는 운용소득의 공익목적 사용비율을 계산함에 있어, 판정대상 과세연도가 1999년도인 경우, 당해 사업연도인 1999년도의 운용소득을 기준으로 하고, 동 운용소득의 공익목적 사용액을 당해 사업연도인 1999년도 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내인 2000년도에 공익목적에 직접 사용한 금액을 합하여 운용소득 대비 사용액의 비율로 계산(판정대상 과세연도가 2000년도 이후인 경우에도 위와 같은 방법으로 계산)하여야 할 것이다.

(4) 따라서, 처분청이 ○○○의 기준이 되는 운용소득의 공익목적 사용비율을 계산함에 있어, 판정대상 과세연도의 직전사업연도 운용소득을 기준으로 하고, 동 운용소득의 공익목적 사용액을 직전사업연도 또는 당해 사업연도말까지 공익목적에 직접 사용한 금액을 합하여 운용소득 대비 사용액의 비율로 계산하여 청구법인을 성실공익법인에 해당하지 아니한다 하여 이 건 증여세(가산세)를 부과한 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.