면세사업을 위한 기부채납시설물의 건설용역과 관련하여 거래징수당한 매입세액을 불공제한 처분의 당부
면세사업을 위한 기부채납시설물의 건설용역과 관련하여 거래징수당한 매입세액을 불공제한 처분의 당부
심판청구를 기각합니다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2004.12.31.자로 개정된 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 마목 및 부칙 제23조의 규정에 의하여 청구법인이 ○○○시설 건설과 관련하여 건설용역을 공급한 사업자들에게 거래징수 당한 부가가치세 상당액은 영세율거래로 정정하여 35,129,358,285원을 반환받았으나, 도시철도건설용역에 해당되지 아니하는 것으로 본 차량, 설계용역, 감리용역, 사업관리용역 등과 관련된 매입세액 11,700,170,350원은 반환받지 못하였는 바, 2004.12.31. 개정전 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 의 2의 규정에 의하면, 청구법인의 ○○○시설을 영세율적용 대상(과세거래)으로 규정하고 있으며, 차량, 설계용역, 감리용역, 사업관리용역도 ○○○시설과 관련된 매입에 해당되므로 청구법인이 거래징수 당한 관련 매입세액을 불공제함은 부당하다.
(2) 청구법인은 2002.7.19. ○○○로부터 ○○○의 설계용역 및 ○○○ 건설용역을 위탁받아 이를 건설업체에 도급을 주었는 바, 이와 관련된 매출 및 매입은 모두 부가가치세 과세거래에 해당되므로 수급업자로부터 용역을 제공받고 거래징수 당한 매입세액(2002년 제2기 297,838,660원, 2003년 제2기 161,104,570원, 2004년 제1기 133,376,540원, 합계 592,319,870원)은 당연히 청구법인의 매입세액으로 공제되어야 한다.
(3) 가산세는 납세자가 정당한 이유없이 신고, 납세 등 의무를 위반한 경우 부과되는 행정상의 제재로서 납세자에게 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것인 바, 이 건의 경우 2004.12.31. 개정전 조세특례제한법 제105조 제1항 제3의 2호 규정에 의하면, ○○○시설이 영세율적용대상으로 해석된다는 점에서 청구법인이 ○○○시설 건설과 관련하여 지급한 매입세액을 공제하여 신고한 데 대하여 청구법인에게 귀책사유가 없다 할 것이므로 청구법인이 부당하게 환급신고한 것으로 보아 신고납부불성실가산세 및 세금계산서합계표미제출가산세 등을 가산하여 부과처분은 부당하다.
(1) 부가가치세법제12조 제1항 제6호 규정에 의하면, 여객운송용역은 부가가치세 면세사업에 해당되며, 예외적으로 조세특례제한법 제105조 제1항 에서 민간투자법 제2조 제7호 에 의한 사업시행자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역에 대하여는 영의 세율을 적용하는 것으로 규정하고 있는 바, 청구법인이 제공받은 차량매입비 및 사업관리 용역은 청구법인이 기부채납하는 도시철도건설과 관련된 용역에 해당하지 아니하며, 설계용역 및 감리용역은 건설용역이 아니라 사업서비스업종에 해당되므로 조세특례제한법 제105조 제1항 에 규정하는 영세율 적용대상이 되지 아니하므로 차량, 설계용역, 감리용역, 사업관리용역 등과 관련하여 거래징수 당한 매입세액을 환급하여 달라는 청구주장은 타당하지 아니하다.
(2) 청구법인은 ○○○의 설계용역 및 ○○○ 건설용역 등 위·수탁 거래부분에 관련된 매입세액은 적법한 환급대상이라고 주장하나, 관련 매입세액을 산정할 수 있는 명확한 증빙서류 등을 제시하지 못하고 있어 청구주장을 받아들이기 어렵다.
(3) 처분청은 청구법인이 면세사업자에 해당된다하여 매입세액을 불공제하였는 바, 청구법인이 주장하는 바와 같이 청구법인이 기부채납하는 ○○○시설이 영세율대상이라 하더라도 동 철도시설의 건설용역도 영세율적용대상이므로 일반세금계산서를 교부받을 수 없는 것이며, 기타 차량매입, 설계·감리용역 등은 철도시설건설과 무관하거나 사업서비스용역에 해당되므로 매입세액불공제한 당초처분은 정당하며, 신고납부불성실가산세 적용을 배제할 특별한 사유가 없다.
(1) 기부채납시설물인 ○○○ 건설과 관련하여 제공받은 건설용역 중 차량, 설계용역, 감리용역, 사업관리용역과 관련하여 거래징수 당한 매입세액을 불공제한 처분의 당부
(2) 과세사업인 위·수탁거래분과 관련하여 거래징수 당한 매입세액을 불공제한 처분의 당부
(3) ○○○ 건설관련 매입세액을 불공제에 따른 신고납부불성실가산세 부과처분의 당부
6. 여객운송용역(단서 생략) (2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자와 관련된 매입세액을 포함한다) (3) 부가가치세법 시행령 제58조 【위탁판매 등의 경우 세금계산서 교부】② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부하여야 한다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다. (4) 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다(이하 생략). (2004.12.31. 개정전 법률)
3. 국가·지방자치단체 또는 도시철도법의 적용을 받는 도시철도공사 (부산교통공단법에 의한 부산교통공단을 포함한다)에 직접 공급하 는 도시철도건설용역 3의 2. 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호 의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동 법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역(2001.12.29. 개정) (2004.12.31. 법률 제7322호로 개정후 법률)
3. 다음 각목의 1에 해당하는 자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역
(6) 사회간접자본시설에대한 민간투자법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1.“사회간접자본시설”이라 함은 각종 생산활동의 기반이 되는 시 설, 당해 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서, 다음 각목의 1에 해당하는 시설을 말한다.
7. "사업시행자"라 함은 공공부문외의 자로서 제13조의 규정에 의한 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인을 말한다.
(7) 사회간접자본시설에대한 민간투자법 제4조 【민간투자사업의 추진방식】민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.
1. 사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또 는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리 운영권을 인정하는 방식
2. 사회간접자본시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식
(1) 기부채납시설물인 ○○○ 건설과 관련하여 제공받은 건설용역 중 차량, 설계용역, 감리용역, 사업관리용역과 관련하여 거래징수 당한 매입세액을 불공제한 처분의 당부에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 ○○○시설 건설과 관련하여 2001년 제1기∼2004년 제1기 기간동안 제공받은 건설용역에 대한 대가를 지급하면서 거래징수 당한 부가가치세 매입세액 48,850,128,460원을 당해 과세기간의 부가가치세 신고 시 공제대상 매입세액에 포함하여 환급신고하고 48,115,370,098원의 부가가치세를 환급받은 사실이 있으며, 처분청은 2005.4.1. 위 ○○○시설 건설관련 매입세액을 전액 불공제 처분하였다. (나) 청구법인은 2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 조세특례제한법 제105조 및 같은 법 부칙 제23조 규정에 의하여 청구법인에게 ○○○시설 건설용역을 제공한 건설회사로부터 건설용역 대가에 대하여 영의 세율을 적용한 수정세금계산서를 교부받고 당초 거래징수 당한 부가가치세 35,129,358,285원을 반환받았으나, 거래상대방이 부가가치세를 거래징수하고 일반세금계산서를 교부한 차량구입비, 설계·감리용역비, 사업관리용역비 대가에 대하여는 위 건설용역의 경우와 달리 영의 세율을 적용한 수정세금계산서를 교부받지 못함에 따라 관련 매입세액 11,700,170,350원을 받지 못하였는 바, 이를 매입세액으로 공제하여 줄 것을 주장하고 있다. (다) 부가가치세법 제17조 제2항 제호의 규정에 의하면, 면세사업과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제가 허용되지 아니하는 바, 청구법인은 여객운송용역을 제공할 목적으로 설립되어 도시철도를 건설 중에 있으므로 면세사업을 영위하는 것으로 봄이 타당하다. (라) 청구법인은 2004.12.31. 이전 조세특례제한법 제105조 제1항 제3의 2호 규정에서 기부채납하는 사회간접자본시설에 대하여는 영의 세율을 적용하는 것으로 규정하고 있는 점을 들어 청구법인이 기부채납할 예정인 ○○○ 건설과 관련된 매입세액은 공제대상매입세액이라고 주장하고 있으나, 부가가치세가 면제되는 도시철도운송업을 영위할 청구법인이 경전철시설을 건설하여 지방자치단체에 기부채납하고 동 시설을 무상으로 면세사업에 사용할 것이라면 기부채납 당시 면세전용되는 것으로 봄이 타당하므로 면세와 관련된 전단계의 매입세액은 공제받지 못할 매입세액으로 봄이 타당하다. (마) 따라서, 청구법인이 ○○○ 건설과 관련하여 거래징수 당한 전단계의 매입세액을 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에 규정하는 면세사업관련 매입세액으로 보아 관련매입세액을 불공제한 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(2) 다음으로 과세사업인 위·수탁거래분과 관련하여 거래징수 당한 매입세액을 불공제한 처분의 당부에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 ○○○로부터 ○○○ 및 ○○○ 건설용역을 수탁받아 건설용역을 제공하고, 이와 관련하여 청구법인이 매출 및 매입세금계산서를 수수하였는 바, 청구법인이 수탁받아 ○○○에 제공하는 위 설계용역 및 건설용역은 부가가치세 과세거래에 해당되므로 수급업자로부터 용역을 제공받고 거래징수 당한 매입세액은 매입세액공제가 가능함에도 처분청은 일률적으로 매입세액을 불공제하여 592,319,870원(2002년 제2기 297,838,660원, 2003년 제2기 161,104,570원, 2004년 제1기 133,376,540원)을 과다하게 결정하였다고 주장하고 있다. (나) 청구법인의 부가가치세 신고상황을 살펴보면, 2002년 제2기 이후 이 건 위·수탁거래와 관련하여 14,660,231,810원을 매입하여 14,688,590,449원을 매출한 것으로 신고하면서 9,602,700천원을 영세율매출로 신고한 것으로 확인되는 바, 청구법인이 이 건 위·수탁거래와 관련하여 957,433,791원의 부가가치세를 환급받은 것으로 보인다. (다) 위·수탁 거래의 경우, 부가가치세법상 세금계산서 교부방법은 부가가치세법 시행령 제58조 제2항 에서 공급자가 위탁자를 공급받는 자로 하여 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여 세금계산서를 교부하는 것으로 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 청구법인이 수취한 세금계산서는 용역공급자가 직접 위탁자인 ○○○을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부하여야 하는 것으로 청구법인의 매출과 매입으로 계상할 수 없는 것으로 판단된다. (라) 사실이 이러하다면, 청구법인의 매입·매출이 아닌 수탁거래에 대하여 청구법인이 매출세금계산서를 영의 세율을 적용하여 교부하고, 매입세금계산서는 청구법인 명의로 일반매입세금계산서를 수취하여 부당하게 환급신고한 것으로 보이므로 이와 관련된 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.
(3) 이 건 매입세액을 불공제함에 있어서 신고납부불성실가산세 등의 적용을 배제할 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 건설중인 ○○○시설이 기부채납이 예정된 사회간접자본시설로서 2004.12.31. 개정전 조세특례제한법제105조 제1항 제3의 2호에서 영세율 적용대상으로 규정하고 있으며, 사회간접자본시설의 기부채납행위는 부가가치세 과세대상이며 당해 시설공사 관련매입세액은 공제가능하다는 예규(○○○)가 있었다는 점에서 청구법인이 관련매입세액을 공제하여 신고한데 대하여 귀책이 없으므로 신고납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. (나) 그러나, 여객운송용역은 부가가치세법상 면세사업에 해당되며, 면세사업과 관련된 매입세액은 매출세액에서 불공제한다고 명확히 규정되어 있을 뿐 아니라 면세사업을 위한 기부채납은 면세사업에 부수되는 재화의 일시적·우발적 공급에 해당되어 부가가치세가 면제되고 관련매입세액은 공제대상이 아니다는 예규(○○○)가 있었다는 점에서 이에 따르지 아니하고 관련매입세액을 공제하여 신고한데 대하여 청구법인의 귀책이 없다고 보기 어려운 것으로 판단된다. (다) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 의하여 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이며(○○○), 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인의 귀책이 없다고 보기도 어려우므로 신고납부불성실가산세 등을 부과한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.