경정청구기간의 기준

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 제강업을 영위하는 법인으로 1997년에 ○○○에 연산 40만톤 규모의 ○○○주식회사 ○○○을 착공하여 1999년 5월 완공시까지 총 64,079백만원을 투자하고 1999.1.1～12.31.사업연도(이하 “1999사업연도”라 한다) 법인세 신고시 투자한 기계장치에 대해 공제율이 높은 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것으로 이하 “구조특법”이라 한다) 제26조의 규정에 의한 임시투자세액공제 신청을 하지 않고 구조특법 제24조 제1항 제2호 『생산성향상설비투자세액공제』를 적용하여 3,204백만원의 세액공제를 신청하였다.
• 나. 청구법인은 설비투자 등으로 인하여 1998.1.1～12.31사업연도(이하 “1998사업연도”라 한다) 이후 계속하여 세무상 이월결손금이 발생하여 위 투자에 대하여 투자세액공제를 적용받지 못하다가 이월결손금이 소진된 2003.1.1～12.31사업연도(이하 “2003사업연도”라 한다)에『생산성향상설비투자세액공제』규정에 의거 이월공제 적용을 신청하였다.
• 다. 한편, 청구법인은 1999.8.19. 법원 임의경매를 통하여 ○○○ 주식회사의 ○○○을 19,392백만원에 낙찰받아 취득하였으나 구조특법 제27조에 규정하고 있는 중고설비투자에 대한 세액공제 신청을 하지 아니하였다.
• 라. 또한, 청구법인은 2000년 8월 ○○○공장에 근무하고 있는 근로자의 복지증진을 위하여 국민주택규모 이내에 해당하는 사택 130세대를 구입하여 무주택종업원에게 임대하였으나, 해당 과세기간에 대한 법인세과세표준 신고시 구조특법 제94조상의 근로자복지증진시설 투자세액공제 신청을 하지 아니하였다.
• 마. 청구법인은 2005.3.28. 2003사업연도 법인세 과세표준신고서에 대한 경정청구를 하면서『생산성향상설비투자세액공제(공제율 5%)』를 잘못 적용하여 과소하게 세액공제 신청을 한 것을 이유로 공제율이 높은 임시투자세액공제(공제율 10%)로 경정해 줄 것을 청구하였고, 또한, 당초 투자세액공제 신청을 하지 아니한 ○○○공장 취득 및 근로자복지증진시설 투자와 관련하여 구조특법 제27조 제1항의 규정에 의한 『중고설비투자세액공제(공제율 10%)』와 구조특법 제94조 제1항의 규정에 의한 『근로자복지증진시설 투자세액공제』를 적용해 줄 것을 청구하였다.
• 바. 처분청은 2005.4.7. 위 경정청구에 대하여 법인이 조세특례제한법 제144조 제1항 의 투자세액의 이월공제 규정을 적용받기 위한 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의한 경정청구는 당해 투자한 사업연도를 기준으로 하여 경정청구 기간내에 청구를 하여야 하는 것이므로 청구법인의 경정청구는 이미 그 청구기간이 도과된 경정청구라는 이유로 거부처분하였다.
• 사. 청구법인은 이에 불복하여 2005.5.24. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2002.1.1～12.31사업연도(이하 “2002사업연도”라 한다)까지는 이월결손금으로 세액공제 적용의 여지가 없었으므로 결국 이월결손금이 소진되는 2003사업연도에 세액공제를 적용받을 수 있었고, 2003사업연도에 대한 세액공제에 대한 세액공제신청서를 제출하지 못해 해당 세액공제를 적용받지 못하여 신고하여야 할 세액보다 과다신고 하였으므로 2003사업연도에 대한 과세표준 및 세액을 경정청구를 할 수 있는 것인바, 국세기본법 제45조 의 2 제1항에 의하면 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 과세표준 및 세액의 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있으므로 2003사업연도 기준으로 2년내에 경정청구할 수 있는 것이다.
• 나. 처분청 의견 법인이 조세특례제한법 제144조 제1항 의 투자세액공제의 이월공제 규정을 적용함에 있어서 그 투자한 사업연도에 이월결손금의 공제 등으로 공제한 세액이 발생하지 아니한 경우로서, 당해 사업연도에 세액공제신청서를 제출하지 아니하고 지연제출하거나 당해 사업연도에 적용하였던 투자세액공제조항을 변경하여 적용하고자 하는 경우에는 당해 투자한 사업연도를 기준으로 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의한 경정청구에 의하여 동 이월공제 규정을 적용받을 수 있는 것이므로 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 결손금 누적으로 조세특례제한법상의 투자세액공제를 이월적용하는 경우 국세기본법 제45조 의 2에서 규정하는 경정등의 청구기간은 실제로 투자가 발생한 사업연도를 기준으로 하는 것인지 아니면 실제 투자세액공제를 적용받는 사업연도를 기준으로 하는 것인지 여부.
• 나. 관련법령 국세기본법(2000.12.29. 법률 제6303호로 개정되기 전의 것) 제45조의 2 【경정등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제11조 【기술 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제】① 내국인이 2003년 12월 31일까지 기술 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 5에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항에서 ࡒ연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설ࡓ이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 연구시험용시설로서 대통령령이 정하는 시설

2. 직업훈련용시설로서 대통령령이 정하는 시설

3. 대통령령이 정하는 신기술을 기업화하기 위한 사업용자산

③ 제1항의 규정에 의한 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 당해 투자가 이루어지는 각 과세연도마다 당해 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항의 규정을 적용받을 수 있다.

④ 제3항의 규정에 의한 투자금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑤ 제1항 또는 제3항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 조세특례제한법 제24조 【생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제】① 대통령령이 정하는 내국인이 생산성향상을 도모하기 위하여 다음 각호의 1에 해당하는 시설에 2000년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 5에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법에 관하여는 제11조 제1항·제3항 및 제4항의 규정을 준용한다.

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제 신청을 하여야 한다. 조세특례제한법 제26조 【임시투자세액공제】① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 법위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제 신청을 하여야 한다. 조세특례제한법 제27조 【중고설비투자에 대한 세액공제】① 제조업을 영위하는 내국인이 1998년 8월 25일부터 1999년 12월 31일까지 대통령령이 정하는 중고설비에 투자하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 5에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 특수관계자간 거래, 사업양수도 방식에 의한 거래 등 대통령령이 정하는 방법에 의하여 투자하는 경우에는 그러하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 세액공제의 방법에 관하여는 제11조 제1항·제3항 및 제4항의 규정을 준용한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의한 특수관계자 및 사업양수도 방식의 범위 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 조세특례제한법 제94조 【근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제】① 대통령령이 정하는 내국인이 그 종업원의 주거안정 등 복지증진을 위하여 다음 각호의 1에 해당하는 시설을 2000년 12월 31일까지 취득(신축 또는 구입을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)한 경우에는 당해 시설의 취득금액(당해 시설에 부수되는 토지의 매입대금을 제외한다)의 100분의 3에 상당하는 금액을 취득일이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 무주택종업원(출자자인 임원을 제외한다)에게 임대하기 위한 국민주택

3. 영유아보육법에 의한 직장보육시설

4. 장애인노인임산부 등의 편의증진을 위한 시설로서 대통령령이 정하는 시설

② 제1항 제1호의 국민주택과 기타의 주택을 함께 취득하는 경우 또는 제1항 제2호의 기숙사와 기타의 건물을 함께 취득하는 경우에 있어서 공제세액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 조세특례제한법 제144조 【세액공제액의 이월공제】① 제5조, 제10조, 제11조, 제24조 내지 제27조, 제27조의 2, 제62조 제1항·제2항, 제65조 제2항, 제94조, 제103조, 제126조 및 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 4년(제10조의 규정에 의하여 공제할 세액의 경우에는 7년) 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다.

② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제10조, 제11조, 제24조 내지 제27조, 제27조의 2, 제62조 제1항·제2항, 제65조 제2항, 제94조, 제103조, 제126조 및 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 금액과 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액이 중복되는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제금액간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 순차로 공제하되, 제10조의 규정에 의한 세액공제액과 기타의 세액공제액의 발생연도가 같은 경우에는 기타의 세액공제액을 먼저 공제한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 심리자료로 제출한 자료에 의하면 청구법인은 1999사업연도부터 2002사업연도까지 법인세과세소득이 발생하지 아니하여 세액공제를 적용받지 못하였으며, 2003사업연도부터 기 신고 및 제출된 투자세액공제신청에 따라 해당 세액공제를 적용받은 사실을 확인할 수 있다.

○○○

(2) 청구법인이 처분청에 제출한 경정청구서(2005.3.28.)에 의하면 청구법인은 2005.3.28. 처분청에 2003사업연도 법인세신고에 대하여 투자세액공제신청서의 적용오류에 대한 것과 투자세액공제신청서 미제출에 대하여 국세기본법 제45조 의 2에 근거한 경정청구를 한 사실이 확인된다.

(3) 처분청의 경정청구 처리결과 통지서(2005.4.7.)에 의하면 “청구법인의 투자사업연도는 1999사업연도 및 2000사업연도이나 1999사업연도부터 2002사업연도는 이월결손금 공제 등으로 인하여 관련세액공제를 받지 못하였으므로 이월공제가 가능한 시기인 2003사업연도에 대하여 경정청구를 할 수 있다는 주장이나, 위 투자세액공제의 이월공제를 적용함에 있어서, 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의한 경정청구는 당해 투자한 사업연도를 기준으로 적용받을 수 있는 것이므로 청구법인의 경정청구는 이미 그 청구기간이 경과하여 경정의 이유가 없음을 통지합니다”라고 되어 있다.

(4) 세액공제액의 이월공제와 관련된 조세특례제한법 규정을 보면, 기술 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제 등의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 이를 공제하도록 규정되어 있으나(조세특례제한법 제144조 제1항), 국세기본법 제45조 의 2 규정에 의하면 경정청구는 과세표준신고서를 법정신고 기한내에 제출하고 법정신고기한 경과후 2년 이내(2005.7.13. 개정된 국세기본법에 의하면 3년 이내)에 최초신고 및 수정신고한 과세표준과 세액의 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있어, 청구법인이 실제 투자를 한 사업연도에 세액공제신청을 하지 아니하였고 그로부터 2년내에 경정청구를 하지 아니하였다면 이월공제 규정에 의한 세액공제를 받을 수 없다고 할 것이다.

(5) 따라서, 조세특례제한법 제144조 제1항 의 투자세액공제의 이월공제 규정을 적용함에 있어 당해 투자한 사업연도에 이월결손금 등으로 공제할 세액이 발생하지 아니한 경우로서, 당해 사업연도에 세액공제신청서를 제출하지 아니하고 지연제출하였거나 당해 사업연도에 적용하였던 투자세액공제조항을 변경하여 적용받고자 하는 경우에는, 국세기본법 제45조 의 2의 규정상 당해 투자 사업연도를 기준으로 2년내에 경정청구를 한 경우에 한하여 이월공제 규정을 적용받을 수 있다 할 것이다.

(6) 그렇다면, 이 건 투자세액공제와 관련된 경정청구는 실제로 투자를 한 사업연도를 기준으로 해야 할 것으로 판단되며, 따라서 청구법인이 2005.3.28. 청구한 경정청구는 이미 그 청구기간이 도과된 것이어서 청구주장은 이유가 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.