사회간접자본시설 무상공급의 부가가치세 영세율 거부처분 당부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 철도청장과 ○○○○○○ 주식회사외 1개 법인이 1998.11.18. 국유철도의운영에관한특례법(이하󰡒철도특례법󰡓이라 한다)에 의거 추진되는 ○○역세권개발 1단계(민자역사) 사업추진협약에 따라 1999.1.16. 출자회사로 설립된 법인으로서, ○○역의 역무시설(이하󰡒쟁점시설물󰡓이라 한다)을 건설하여 2003.12.24. 건설교통부장관으로부터 준공전 사용허가를 받고, 동 시설물 가액 46,780,808,006원을 철도청에 무상으로 공급하는 것으로 하여 세금계산서를 발행하였으며, 2003.12.28.부터 역무시설을 관리운영하고 있다. 청구법인은 2003년 제2기 부가가치세 확정신고시에는 쟁점시설물의 공급은 조세특례제한법(이하 󰡒조특법󰡓이라 한다) 제105조 제1항 제3호의 2의 규정에 의한 부가가치세 영세율 적용대상에 해당하지 않는 것으로 보아 매출과세표준을 46,804,208,006원으로, 매입과세표준을 55,799,682,061원으로 하여 환급세액을 899,548,415원으로 신고하였다가, 2005.2.21. 조특법 제105조 제1항 제3호의 2의 규정에 의한 부가가치세 영세율 적용대상에 해당하는 것으로 보아 당초 신고한 매출과세표준 46,804,208,006원 중 쟁점시설물 공급가액 46,780,808,006원에 대하여 영세율을 적용하여 부가가치세 4,678,080,801원을 환급하여야 한다고 경정청구를 하였다. 처분청은 청구법인의 위 부가가치세 경정청구에 대하여, 청구법인이 사회간접자본시설에대한민간투자법(이하󰡒민간투자법󰡓이라 한다) 제13조의 규정에 의한 사업시행자로 지정받은 자에 해당하지 아니하고, 단순히 사회간접자본시설을 기부채납한 사업자에 해당하므로 쟁점시설물의 공급이 영세율 적용대상에 해당하지 아니한다 하여 2005.3.28. 경정청구를 거부하는 처분을 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.5.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 철도특례법에 근거하여 쟁점시설물을 건설하였으나, 청구법인이 민자역사 사업시행자로 선정된 절차나 내용이 민간투자법 제13조 의 사업시행자 요건과 본질적으로 동일하며, 청구법인은 쟁점시설물을 건설하여 건설교통부장관으로부터 준공확인필증을 교부받고 철도청에 무상으로 공급한 것은 조특법 제105조 제1항 제3호의 2에서 명시하고 있는 부가가치세법상 영세율 적용대상 요건을 모두 충족하고 있어 쟁점시설물의 공급이 영세율 적용대상에 해당함에도 처분청이 부가가치세율 10%를 적용하여 신고 ․ 납부한 부가가치세의 환급을 요구하는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 사회간접자본시설을 국가 및 지방자치단체에 공급하는 경우에는 조특법 제105조 제1항 제3호의 2의 규정에 의하여 부가가치세 영세율이 적용되는 것이나, 청구법인은 민간투자법 제13조 의 사업시행자에 해당하지 아니하므로 처분청이 이 건 부가가치세의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 민간투자법에 의한 사업시행자에는 해당되지 아니하나 철도특례법에서 정한 절차에 따라 사회간접자본시설(쟁점시설물)을 건설하여 철도청에 무상으로 공급한 것에 대하여 부가가치세 영세율 적용을 거부한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 구 조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정된 것) 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 3의 2. 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 것) 제105조【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 3의 2. 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제2조 제7호 의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역

(2) 사회간접자본시설에대한민간투자법(2003.7.29. 법률 제6955호로 개정된 것) 제4조【민간투자사업의 추진방식】 민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

1. 사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식 사회간접자본시설에대한 민간투자법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. 󰡒사회간접자본시설󰡓이라 함은 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 당해 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서, 다음 각목의 1에 해당하는 시설을 말한다.

• 오. 철도산업발전기본법 제3조 제2호 의 규정에 의한 철도시설

7. 󰡒사업시행자󰡓라 함은 공공부문외의 자로서 제13조의 규정에 의한 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인을 말한다. 사회간접자본시설에대한 민간투자법 제13조 【사업시행자의 지정】

① 민간투자사업을 시행하고자 하는 자는 제10조 제3항의 규정에 의하여 고시된 시설사업기본계획에 따라 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업계획을 작성하여 이를 주무관청에 제출하여야 한다.

② 주무관청은 제1항의 규정에 의하여 제출된 사업계획을 대통령령이 정하는 바에 따라 검토 ․ 평가한 후 사업계획을 제출한 자 중 협상대상자를 지정하여야 한다.

③ 주무관청은 제2항의 규정에 의하여 지정된 협상대상자와 총사업비 및 사용기간 등 사업시행의 조건 등이 포함된 실시협약을 체결함으로써 사업시행자를 지정한다. 이 경우 대통령령이 정하는 일정요건에 해당하는 사업시행자 지정에 관한 사항은 사전에 심의위원회의 심의를 거쳐야 한다.

④ 제3항의 규정에 의하여 사업시행자로 지정된 자는 관계법률의 규정에 의한 사업시행자로 본다.

(3) 철도산업발전기본법(2003.7.29. 법률 제6955호로 제정된 것) 제3조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

2. 󰡒철도시설󰡓이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 시설(부지를 포함한다)을 말한다.

• 가. 철도의 선로(선로에 부대되는 시설을 포함한다), 역시설(물류시설 ․ 환승시설 및 편의시설 등을 포함한다) 및 철도운영을 위한 건축물 ․ 건축설비 철도산업발전기본법 부칙(법률 제6955호,2003.7.29.) 제1조【시행일】 이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 철도청장과 ○○○○○○ 주식회사외 1개 법인은 1998.11.18. 철도특례법에 의거 추진되는 ○○역세권개발 1단계(민자역사) 사업추진협약에 따라 출자회사를 설립하여 민자역사의 건설 및 운영을 담당하게 하고 역무시설은 준공과 동시에 철도청에 무상으로 귀속시키기로 한 사실이 ○○역세권개발 1단계(민자역사) 사업추진협약서 등에 나타난다.

(2) 청구법인은 위 협약에 따라 1999.1.16. 출자회사로 설립되어 ○○역의 역무시설을 건설한 후 2003.12.24. 건설교통부장관으로부터 준공전 사용허가를 받아 쟁점시설물을 관리운영하였고, 2005.4.26. 준공확인을 받은 사실이 건설교통부장관이 발행한 준공전사용허가필증, 준공확인필증 및 ○○역장의 ○○민자역사 역무시설 사용 관련 공문사본 등에 나타난다.

(3) 청구법인은 쟁점시설물을 철도청에 무상으로 공급하고 쟁점시설물 가액에 10%의 부가가치세를 적용하여 2003년 제2기 부가가치세 확정신고를 하였다가, 쟁점시설물 공급은 조특법 제105조 제1항 제3호의 2의 규정에 의한 부가가치세 영세율 적용대상이라 하여 쟁점시설물 가액에 상당하는 부가가치세 환급을 요구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 이를 거부한 사실이 경정청구 거부통지서 등 심리자료에 의하여 확인된다. 청구법인은 쟁점시설물의 공급은 사회간접자본시설에 해당하고 당시 민간투자법에는 관련규정이 없어 할 수 없이 철도특례법에 규정된 절차에 따랐으나 동 절차는 민간투자법에 규정된 절차와 본질적으로 동일하므로 영세율이 적용되어야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 청구법인이 민간투자법에 의한 사업시행자로 지정받은 자에 해당되지 아니하여 영세율이 적용되지 아니한다고 하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 구 조특법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정된 것, 이하󰡒구조특법󰡓이라 한다) 제105조에 의한 영세율이 적용되기 위해서는 󰡐 민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식󰡑으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 사회간접자본시설 등 이어야 하는데, 민간투자법 제4조 제1호 는 󰡐사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식󰡑이라고 규정하고 있는 바, 청구법인이 쟁점시설물을 철도청에 무상으로 공급한 것은 위 방식에 해당하는 것으로 보이기는 하나, 위 규정은 민간투자법이 규정한 󰡐사업시행자󰡑(제2조 제7호)의 개념을 전제로 하고 있으므로 위 규정의 해석상 민간투자법 제4조 제1호 에 의한 방식으로 공급하는 모든 경우가 이에 해당하는 것이 아니라 민간투자법이 규정한 󰡐사업시행자󰡑가 공급하는 경우에 한하여 영세율이 적용되어야 할 것이다. (나) 또한, 구 조특법 105조에 의한 영세율이 적용되기 위해서는 민간투자법이 규정한 방식으로 국가나 지방자치단체에 공급하는 󰡐사회간접자본시설󰡑이어야 하는데, 민간투자법이 사회간접자본시설에 대한 정의 규정을 두어 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 당해 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설 중에서 특히 민간투자법이 정한 시설을 사회간접자본시설로 보고 있는 점에 비추어 볼 때, 여기서 󰡐사회간접자본시설󰡑이라 함은 일반적으로 사회간접자본시설에 해당한다고 여겨지는 시설들을 말하는 것이 아니라 민간투자법에 의한 사회간접자본시설을 의미한다고 할 것인 바, 이러한 점에서 구 조특법 제105조 제3호의 2가 민간투자법에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 등이라고 규정한 것은 이와 같은 취지를 보다 명확하게 하기 위한 것이라고 판단된다. (다) 한편, 조특법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 것) 제105조 제1항 제3호의 2는 영세율 적용대상을 󰡐 민간투자법 제2조 제7호 의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역󰡑이라고 규정하고 있는데, 이와 같이 개정되기 이전에도 그와 같은 경우에만 영세율 적용대상으로 보아 과세하여 온 점 등에 비추어 볼 때, 동 규정은 그와 같은 법리를 보다 명확히 한 것으로 보인다(대법원 2006두11187, 2006.10.26. 참조).

(4) 위의 내용을 종합하여 보면, 구 조특법 제105조 제1항 제3호의 2가 규정한 영세율은 󰡐민간투자법에 의한 사업시행자가 동법에 의한 방식으로 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설󰡑에 대하여서만 적용된다고 판단되므로, 처분청이 쟁점시설물의 공급에 대하여 영세율을 적용하지 아니하고 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

이 건 심판청구는 국세심판관합동회의 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.