지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례

심판청구를 기각합니다.

청구인은 2004.1.17. ○○○시장에게 ○○○택지개발사업지구 편입토지인 ○○○를 보상금액 1,544,063천원에 양도(협의수용)하고, 동 부동산소재지가 양도일 현재 주택투기지역으로 지정되어 있어서 쟁점주택과 쟁점토지 중 보상자료상 현황지목이 대지인 520㎡에 대하여는 실지거래가액, 나머지 토지면적인 1,794㎡에 대하여는 기준시가에 의하여 양도차익 1,018,285천원을 산정하여 2004.3.31. 2004년 귀속분 양도소득세 219,607,160원을 예정신고·납부하였다. 처분청은 2004년 10월 청구인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점토지 전체를 쟁점주택의 부수토지로 조사하고 쟁점주택 및 쟁점토지 전체의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 1,292,962천원으로 산정하고 2004.11.9. 2004년 귀속분 양도소득세 69,218,600원을 경정고지하였다. 이에 대하여 청구인은 2005.2.1. 쟁점주택 및 쟁점토지를 조세특례법 제85조 의 지정지역내 공익사업용 부동산에 해당하는 것으로 보아 동 양도소득을 기준시가에 의하여 경정하여야 한다는 양도소득세 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2005.3.7. 쟁점주택이 고가주택에 해당한다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.5.18. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

○○○택지개발사업지구 편입토지에 속한 쟁점주택 등은 주택투기지역지정일 및 택지개발예정지구지정일 이전에 취득하였다가 부득이하게 수용당한 부동산으로서 2004.12.31. 신설된 조세특례제한법 제85조 의 규정에 따라 쟁점주택 등의 양도소득세를 기준시가에 의하여 과세하여야 함에도 처분청이 수용주택을 고가주택에 해당한다는 이유로 청구인의 경정청구를 받아들이지 아니하는 것은 동 법령취지에 반하는 부당한 처분이므로 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제85조 의 신설규정은 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 양도하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2 및 같은 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에도 불구하고 기준시가에 의할 수 있다는 규정이어서 소득세법 제96조 제1항 제1호 에서 정한 고가주택 실지거래가액 과세규정과는 별도의 규정일 뿐만 아니라 고가주택의 양도에도 적용한다는 명문규정이 없으므로 청구인이 쟁점주택 등의 양도소득을 기준시가에 의하여 경정하여야 한다는 경정청구를 기각한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 고가주택인 쟁점주택 및 부수토지의 양도에 대하여 조세특례제한법 제85조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)의 규정에 의한 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여야 한다는 경정청구가 타당한지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 신설된 것) 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 같은 법 부칙(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정된 것) 제1조 【시행일】 이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다. (이하 단서규정 생략) 제12조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례】 제85조의 개정규정은 이 법 시행후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다. (2) 소득세법 제96조 【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

1. 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

2. 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우

3. 제104조 제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우

4. 취득후 1년 이내의 부동산인 경우

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 6의 2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우 같은 법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다..

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다. 같은 법 제89조 【비과세 양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 같은 법 시행령 제156조 【고가주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 1993.4.20. 쟁점주택을, 1980.12.19. 쟁점토지를 각각 취득하였고 동 주택 등이 고가주택의 범위에 해당하며, ○○○구의 지정지역 지정일이 주택은 2003.10.20, 주택외는 2004.2.26.이며, ○○○택지개발사업지구는 그 예정지구 지정일이 2001.12.26.인 사실 등이 토지 및 건축물관리대장, 국세청의 지정지역자료, 건설교통부고시 ○○○등의 자료에 의하여 확인되며 이에 대하여 당사자간 다툼이 없다.

(2) 청구인은 쟁점주택이 고가주택에 해당하지만 투기지역지정일 및 택지개발예정지구지정일 이전에 취득하였다가 수용당한 부동산이므로 2004.12.31. 신설된 조세특례제한법 제85조 의 규정을 적용하여 실지거래가액에 의하여 과세한 당초 처분을 기준시가에 의하여 경정하여야 한다는 주장이다.

(3) 2004.12.31. 신설된 조세특례제한법 제85조 의 규정은 소득세법 제96조 제1항 6호 의 2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 택지개발예정지구 지정고시일 등의 이전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 등에 의하여 당해 사업시행자에게 양도하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 규정하고 있다.

(4) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 고가주택의 양도 및 취득가액에 대하여는 소득세법 제96조 제1항 제1호 및 제97조 제1항 등에서 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있는 반면, 조세특례제한법 제85조 의 규정에서는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2에서 규정한 지정지역내의 부동산을 택지개발예정지구 지정고시일 등의 이전에 취득하여 2006.12.31. 이전에 공익사업시행자에게 양도하는 경우에 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 규정하고 있어서 소득세법 제96조 제1항 제1호 에서 규정한 고가주택에 대하여는 조세특례제한법 제85조 의 적용대상으로 명시하지 않고 있다. 따라서 지정지역내 고가주택에 대하여는 조세특례제한법 제85조 의 규정을 적용할 수 없으므로 공익목적 양도와 관계없이 소득세법 제96조 제1항 단서의 규정에 의하여 실지거래가액에 의하여 과세된다고 할 것이어서 처분청이 청구인의 양도소득세 경정청구를 받아들이지 아니한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.