청구법인이 실제 쟁점세금계산서의 공급가액에 해당하는 운송용역을 제공받았는지 여부

○○○세무서장이 2005.2.10. 청구법인에게 한 법인세 32,787,190원(2001사업연도분 18,485,220원, 2002사업연도분 14,301,970원)의 부과처분과 101,074,600원(2001년분 45,243,000원, 2002년분 55,831,600원)을 대표이사 권○○○에게 상여처분하여 소득금액변동통지한 처분은 이를 취소한다.

청구법인은 2001사업연도와 2002사업연도에 ○○○ 주식회사로부터 공급가액 53,935,000원인 11매의 매입세금계산서(이하 "쟁점1세금계산서"라 한다)를 교부받고, ○○○ 주식회사로부터 공급가액 37,951,000원인 8매의 매입세금계산서(이하 "쟁점2세금계산서"라 한다)를 교부받아 법인세 신고시 그 공급가액을 손금에 산입하였다.

○○○세무서장은 ○○○ 주식회사를 조사하여 자료상으로 고발하고, 처분청에 쟁점1세금계산서를 과세자료로 통보하였으며, ○○○세무서장은 ○○○ 주식회사를 조사하여 자료상으로 고발하고, 처분청에 쟁점2세금계산서를 과세자료로 통보하였다. 처분청은 쟁점1세금계산서와 쟁점2세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 가공매입세금계산서로 보고 그 공급가액을 손금부인하여 2005.2.10. 청구법인에게 법인세 32,787,190원(2001사업연도분 18,485,220원, 2002사업연도분 14,301,970원)을 경정하고, 쟁점세금계산서의 공급대가 101,074,600원(2001년분 45,243,000원, 2002년분 55,831,600원)을 대표이사 권○○○에게 상여처분하여 소득금액변동통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.5.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2001.5.1.∼2002.12.31.기간중 화물운송업자인 한○○○으로부터 실제 공급가액 184,621,000원의 화물운송용역을 제공받고, 한○○○ 명의의 공급가액 92,735,000원의 매입세금계산서와 ○○○ 주식회사 명의의 쟁점1세금계산서, ○○○ 주식회사 명의의 쟁점2세금계산서를 교부받은 후 그 공급대가를 전액 계좌이체방식으로 한○○○에게 지급하였으므로 쟁점세금계산서를 발행한 ○○○ 주식회사와 ○○○ 주식회사가 자료상에 해당된다고 하더라도 그 공급가액은 전액 손금에 산입되어야 한다.
• 나. 처분청 의견

○○○세무서장과 ○○○세무서장은 각각 ○○○ 주식회사와 ○○○ 주식회사를 조사하여 실물거래없이 세금계산서만 수수한 자료상으로 확인하고 관할경찰서장에게 자료상으로 고발하였으며, 청구법인이 ○○○ 주식회사 명의계좌와 ○○○ 주식회사 명의계좌에 송금한 금액은 입금즉시 출금되어 쟁점세금계산서의 공급대가인지 여부가 불분명하므로 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 그 공급가액을 손금부인한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 한○○○으로부터 실제 쟁점세금계산서의 공급가액에 해당하는 운송용역을 제공받았는지 여부
• 나. 관련법령 법인세법 제19조 【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 같은 법 제66조 【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구법인은 1993.9.13. 설립되어 제조업체로부터 수출물품의 운반용역을 수주받아 화물운송회사를 통하여 용역을 제공하는 법인으로 2001.5.1.∼2002.11.30. 기간중 아래 <표>와 같이 ○○○ 주식회사와 ○○○ 주식회사로부터 거래내역을 운송용역으로 기재한 쟁점1세금계산서와 쟁점2세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제받고, 법인세 신고시 그 공급가액을 손금에 산입하였다.

○○○ (나) ○○○세무서장은 ○○○ 주식회사를 조사하여 2000.10.1.∼2002.6.30. 기간중 공급가액 2,470,639,000원의 가공매출세금계산서와 공급가액 1,730,526,000원의 가공매입세금계산서를 수수한 사실을 확인하고, 2003.4.12. ○○○ 주식회사를 ○○○경찰서장에게 자료상으로 고발하였으며, 그 과정에서 청구외 한○○○을 추가조사하여 청구법인외 13개업체에 공급가액 244,990,000원의 운송용역을 제공한 후 ○○○ 주식회사 명의로 같은 공급가액의 위장매출세금계산서(이하"쟁점위장매출세금계산서"라 한다)를 교부한 사실을 확인받고, 그 중 일부인 쟁점1세금계산서를 처분청에 자료상자료로 통보하였다. (나) ○○○세무서장은 ○○○ 주식회사를 조사하여 2001.11.10.∼2003.3.31. 기간중 공급가액 6,358,627,000원의 가공매출세금계산서와 공급가액 3,604,960,000원의 가공매입세금계산서를 교부받은 사실을 확인하고, 2003.8.14. ○○○경찰서장에게 자료상으로 고발한 후 처분청에 쟁점2세금계산서를 자료상자료로 통보하였다. (다) 처분청은 쟁점1세금계산서와 쟁점2세금계산서를 가공매입세금계산서로 보아 공급가액을 손금불산입하여 법인세를 과세하고, 그 공급대가를 대표이사 권○○○에게 상여처분하여 소득금액변동통지하였다. (라) 이러한 사실은 청구법인과 처분청이 제출한 ○○○ 주식회사와 ○○○ 주식회사에 대한 자료상 조사서와 고발서, ○○○세무서장이 작성한 한○○○에 대한 문답서와 쟁점위장매출세금계산서명세, ○○○세무서장의 과세자료통보내역, 청구법인의 2001사업연도 및 2002사업연도분 법인세 경정결의서와 소득금액변동통지서등에 의해 확인되며, 청구법인이 한○○○으로부터 쟁점세금계산서의 공급가액에 해당하는 운송용역을 실제 공급받았는지 여부외에는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 판 단 (가) 처분청은 청구법인에게 쟁점세금계산서를 교부한 ○○○ 주식회사와 ○○○ 주식회사가 자료상으로 고발되었으므로 쟁점세금계산서의 공급가액을 가공원가로 보아 손금부인함이 타당하다고 보았으나, 처분청이 제출한 이들에 대한 자료상 조사서 및 고발서는 이들이 쟁점세금계산서를 가공으로 발행한 사실을 입증하는 증빙일 뿐 청구법인이 쟁점세금계산서의 공급가액에 해당하는 운송용역을 실제 제공받지 아니하였음을 직접적으로 입증하는 증빙은 아니라고 보여지므로 청구법인이 쟁점세금계산서의 공급가액에 해당하는 실거래사실을 객관적으로 입증하는 경우에는 쟁점세금계산서의 공급가액은 운송원가로 손금산입하도록 하는 것이 타당하다고 하겠다. (나) 청구법인은 운송업자 한○○○으로부터 184,621,000원의 운송용역을 제공받고 그 일부인 92,735,000원을 한○○○명의의 매출세금계산서로 교부받고 나머지를 쟁점세금계산서로 교부받았다고 주장하고 있는 바, 한○○○ 명의의 세금계산서는 정당한 세금계산서로 인정되어 다툼이 없고, 쟁점1세금계산서에 대하여는 ○○○세무서장이 ○○○ 주식회사에 대한 자료상조사시 운송업자 한○○○이 청구법인에게 쟁점1세금계산서의 공급가액에 해당하는 운송용역을 제공한 후 ○○○ 주식회사로부터 쟁점1세금계산서를 발행받아 청구법인에게 교부한 사실을 확인받았고, 한○○○은 이 건 심판청구과정에서 다시 청구법인에게 쟁점1세금계산서와 쟁점2세금계산서의 공급가액에 해당하는 용역을 실제 공급하였음을 확인하고 있으며, 청구법인이 제출한 한○○○의 운송일보상에도 쟁점세금계산서서의 공급가액에 해당하는 거래내역이 기재되어 있음이 확인되고, 또한, 한○○○은 2005.10.20. 쟁점2세금계산서의 공급가액에 대한 부가가치세를 수정신고하면서 2000년제1기분 2,472,270원, 2000년제2기분 4,104,460원 합계 6,576,730원을 자진납부하고, 2005.10.24. 쟁점1세금계산서의 공급가액에 해당하는 부가가치세 2001년제1기분 2,489,760원, 2001년제2기분 5,375,050원, 2002년제1기분 2,296,570원 합계 10,161,380원을 자진납부하였음이 확인되는 점등으로 보아 한○○○으로부터 쟁점세금계산서의 공급가액에 대한 운송용역을 공급받았다고 하는 청구법인의 주장은 신빙성이 인정된다. (다) 청구법인은 쟁점세금계산서의 공급대가를 한○○○에게 직접 지급하였다고 주장하고 있는 바, 청구법인 명의의 ○○○은행계좌○○○의 금융거래내역에 의하면 청구법인은 쟁점1세금계산서의 공급대가 59,328,500원을 아래 <표1>과 같이 ○○○ 주식회사명의의 ○○○은행계좌○○○에 계좌이체방식으로 송금하고, ○○○ 주식회사가 다시 인터넷방식으로 한○○○ 및 그의 처인 주○○○에게 송금한 사실이 확인되고 있으며, 쟁점2세금계산서의 공급대가 41,746,100원은 아래 <표2>와 같이 계좌이체방식으로 ○○○ 주식회사에 송금되었고 그 후 청구법인에게 반환된 사실이 확인되지 아니한다.

○○○ (라) 따라서, 청구법인은 한○○○으로부터 쟁점세금계산서의 공급가액에 해당하는 운송용역을 제공받고 실제 그 공급대가를 한○○○에게 지급하였다고 인정되므로 한○○○에게 쟁점세금계산서의 공급가액에 해당하는 소득세를 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 쟁점세금계산서의 공급가액을 운송원가로 손금산입하여 이 건 법인세 부과처분을 취소하고, 그 공급대가를 대표이사 권○○○에게 상여처분하여 소득금액변동통지한 처분은 취소함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.