조세특례제한법상 투자세액공제를 적용할 수 있는지 여부

○○세무서장이 2004.12.14 청구법인에게 한 법인 1999사업연도분 1,918,143,870 원, 2000사업연도분 2,609,022,300원, 2001사업연도분 3,204,514,210원, 2002 사업연도분 5,359,184,560원, 2003사업연도분 6,694,391,340원 합계 19,785,256,280 원의 부과처분은

(1) 청구법인이 <표1>과 같이 투자한 <별지1>기재 목록의 시설투자에 대하여 조세특례제한법 제11조, 제25조, 제25조의 2의 규정에 의한 투자세액공제요건중 추가로 확인이 필요한 부분에 대한 조사를 실시한 후 그 요건이 충족되는 시설투자에 대하여는 세액공제를 적용하여 각 사업연도별 세액을 경정한다. <표1> 기타 시설투자 및 공제세액 내역 (단위: 원) 사업연도 시설투자내역 투자금액 공제세액 2000 에너지절약시설 10,920,000 546,000 (계) 10,920,000 546,000 2001 공해방지시설 22,100,000 663,000 연구시험용시설 82,000,000 4,100,000 (계) 104,100,000 4,763,000 2002 공해방지시설 263,080,000 7,892,400 에너지절약시설 2,323,022,070 232,302,207 연구시험용시설 4,767,525,924 476,752,592 (계) 7,353,627,994 716,947,199 2003 공해방지시설 1,699,800,000 50,994,000 에너지절약시설 2,747,571,800 274,757,180 연구시험용시설 7,651,344,007 765,134,401 (계) 12,098,715,807 1,090,885,581 (합계) 19,567,363,801 1,813,141,780

(2) 청구법인이 보유한 재평가대상 자산중 실존사실이 확인되는 자산에 대한 감가상각비 1999사업연도분 2,543,134,547원, 2000사업연도분 1,866,058,527원, 2001사업연도분 1,380,175,645원, 2002사업연도분 740,633,926원, 2003사업연도분 477,844,553원을 손금에 산입하고, 청구법인의 해외판매법인 파견직원에 대한 인건비 2000사업연도분 393,376,491원, 2001사업연도분 1,386,014,769원, 2002사업연도분 1,148,756,182원, 2003사업연도분 4,463,332,872원을 손금에 산입하며, 청구법인이 보유한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○물류센타(○○공장, 대지 37,779㎡, 건물 15,245.73㎡)에 대한 감가상각비 2000사업연도분 247,472,068 원, 2001사업연도분 226,178,055원을 손금에 산입하여 각 사업연도분 과세표준 및 세액을 경정한다.

(3) 청구법인이 보험차익으로 취득한 자산중 건물가액은 12,863,878,000원으로, 기계장치가액은 37,757,742,002원으로 하고, 대체할 자산가액은 2003사업연도분 실제복구투자금액이 아닌 2002사업연도분 예상복구투자금액을 기준으로 하여 일시상각충당금 한도액을 재계산한다.

(4) 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 고무타이어 및 튜브제조업을 영위하는 사업체로, ○○지방국세청장은 2004년 10월 청구법인에 대한 조사결과, 청구법인이 부당하게 임시투자세액공제 신청을 하였고, 손금불산입 대상제반 경비를 손금에 산입하는 등 적정하지 못한 회계처리를 하였다하여, 2004.12.14 청구법인에게 <표2>와 같이 법인세를 경정고지하였다. <표2> 법인세 경정고지내역 (단위: 원) 세 목 과세기간 고지세액 납부기한 법인세 1999사업연도 1,918,143,870 2004.12.31 〃 2000사업연도 2,609,022,300 〃 〃 2001사업연도 3,204,514,210 〃 〃 2002사업연도 5,359,184,560 〃 〃 2003사업연도 6,694,391,340 〃 (합계) 19,785,256,280 〃 청구법인은 이에 불복하여 2005.3.11 이 건 심판청구를 제기하였다.

<쟁점(1)에 대하여>

(1) 처분개요 처분청은 청구법인이 조세특례제한법 제26조 의 규정에 의한 임시투자세액공제 적용대상이 아닌 자산에 대하여 세액공제신청을 하였다 하여, <표3>과 같이 임시투자세액공제를 부인하고 이 건 과세한 사실이 경정결의서, 문답서 등 처분청의 심리자료에 의하여 확인되고, 청구법인이 투자한 시설이 임시투자세액공제 적용대상자산에 해당되지 아니하는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. <표3> 임시투자세액공제 신청 및 부인액 (단위: 원) 사업연도 시설투자금액 세액공제 신청액 세액공제 부인액 1999 6,703,890,890 670,389,089 36,565,000 2000 25,776,467,578 1,804,352,730 147,605,570 2001 68,521,607,545 6,852,160,755 611,246,810 2002 59,387,627,695 5,938,762,770 2,236,688,885 2003 62,670,504,833 8,227,364,045 3,162,236,604 (합계) 223,060,098,541 23,493,029,389 6,194,342,869

(2) 청구법인 주장 및 처분청 의견 (가) 청구법인 주장 조세특례제한법 제11조, 제25조, 제25조의 2의 규정에 의한 투자세액공제 관련규정은 납세자의 협력의무를 규정한 것에 불과한 것으로 요건이 충족되기만 하면 세액공제를 적용하여야 하는 것이며, 이는 대법원의 판례에서도 널리 인정하고 있는 바, <표1>과 같이 각 사업연도별로 시설투자를 한 사실과 세액공제 요건이 충족되는 사실이 관련 증빙들에 의하여 객관적으로 입증되므로 이에 대하여 임시투자세액공제의 적용을 할 수 없다면 조세특례제한법상 투자세액공제 관련규정에 따라 기타의 공제항목별로 세액공제를 적용함이 타당하다. (나) 처분청 의견 청구법인은 임시투자세액공제가 배제되자 기타의 투자세액공제로 전환하여 줄 것을 요청하였는 바, 기타의 투자세액공제로 전환요청한 부분은 이 건 부과처분과는 무관하고 당초 처분의 적정성 여부에 영향을 미치지 아니하므로 심판청구의 심리대상이 되지 아니한다. 또한, 처분청은 이 건 세무조사 당시 임시투자세액공제 관련부분의 적정성 여부만을 검토하였을 뿐, 임시투자세액공제가 배제된 부분이 기타(공해방지시설, 에너지절약시설, 연구시험용시설)의 투자세액공제 적용대상이라고 조사ㆍ확인한 사실이 없고 세액공제요건이 충족되는지 여부를 조사ㆍ확인된 바도 없으므로, 청구법인이 임시투자세액공제가 배제된 부분이 기타의 투자세액공제 적용대상에 해당된다는 확신이 있다면 이에 대한 적법한 검증과정을 거치거나 다른 법적인 구제절차를 강구하여야 할 것이므로 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

(3) 심리 및 판단 (가) 쟁점 임시투자세액공제의 적용을 배제한 처분의 당부(임시투자세액공제가 배제된 부분중 세액공제 요건이 충족되는 부분에 대하여 기타의 투자세액공제로 전환하여야 한다는 청구주장의 당부) (나) 관련법령

○ 조 세특례제한법 제11조【연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제】

① 내국인이 2003년 12월 31일까지 연구 및 인력개발 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 5에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항에서 "연구 및 인력개발 또는 신기술의 기업화를 위한 시설"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 연구시험용시설로서 대통령령이 정하는 시설

2. 직업훈련용시설로서 대통령령이 정하는 시설

3. 대통령령이 정하는 신기술을 기업화하기 위한 사업용자산

⑤ 제1항 또는 제3항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법시행령 제10조 【연구시험용시설의 범위 등】

① 법 제11조제2항제1호에서 "대통령령이 정하는 시설"이라 함은 연구개발을 위한 연구·시험용시설로서 재정경제부령이 정하는 것을 말한다.

⑥ 법 제11조의 규정에 의한 투자세액공제를 받고자 하는 자는 투자완료일이 속하는 과세연도(동조제3항의 규정을 적용받고자 하는 경우에는 당해 투자가 이루어지는 각 과세연도를 말한다. 이하 제21조제3항, 제22조제2항, 제24조제3항 및 제121조제2항에서 같다)의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제25조 【특정설비투자에 대한 세액공제】

① 내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 시설중 산업정책상 필요하다고 인정하여 대통령령이 정하는 시설에 2003년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법에 관하여는 제11조제1항·제3항 및 제4항의 규정을 준용한다.

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법시행령 제22조 【특정설비투자의 범위】

① 법 제25조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 시설"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 시설을 말한다.

2. 대기환경보전법에 의한 대기오염방지시설, 소음·진동규제법에 의한 소음·진동방지시설 및 방음·방진시설, 오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률에 의한 축산폐수처리시설과 오수처리시설, 수질환경보전법에 의한 수질오염방지시설, 폐기물관리법에 의한 폐기물처리시설, 자원의절약과재활용촉진에관한법률에 의한 재활용 시설, 해양오염방지법에 의한 방제시설 및 석유사업법에 의한 석유정제시설중 탈황시설 및 고압가스안전법에 의한 특정설비(고압가스를 충전하기 위한 설비를 포함한다)로서 재정경제부령이 정하는 것(이하 "공해방지시설"이라 한다)

② 법 제25조제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 투자완료일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서를 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법시행규칙 제13조 【특정설비의 범위】

① 영 제22조제1항제2호에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 <별표4>의 공해방지시설을 말한다. <별표4>

1. 집진시설ㆍ폐가스처리시설 및 비산먼지억제시설: 대기환경보전법에 의한 가스ㆍ먼지ㆍ매연ㆍ악취 등 배출시설에서 배출되는 오염물질, 휘발성 유기화합물질 및 비산먼지로 인한 대기오염을 방지하기 위한 시설

○ 조세특례제한법 제25조 의 2【에너지절약시설투자에 대한 세액공제】

① 내국인이 대통령령이 정하는 에너지절약시설에 2002년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법에 관하여는 제11조제1항·제3항 및 제4항의 규정을 준용한다.

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법시행령 제22조 의 2【에너지절약시설의 범위】

① 법 제25조의2제1항에서 "대통령령이 정하는 에너지절약시설"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 시설을 말한다.

1. 에너지이용합리화법에 의한 에너지절약형 시설(대가를 분할상환한 후 소유권을 취득하는 조건으로 동법에 의한 에너지절약전문기업이 설치한 경우를 포함한다) 등으로서 재정경제부령이 정하는 시설

② 법 제25조의2제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 투자완료일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법시행규칙 제13조 의 2【에너지절약시설의 범위】

① 영 제22조의2 제1항제1호에서 "재정경제부령이 정하는 시설"이라 함은 <별표8의3>의 에너지절약시설을 말한다. <별표 8의 3>

• 가. 에너지발생 및 공급시설

(1) 보일러: 증발량이 시간당 0.5톤 이상인 것으로서 에너지 사용효율을 10퍼센트 이상 향상시키거나, 석유환산기준으로 연간 100킬로리터 이상의 에너지절약을 가능하게 하는 것(기존시설을 개체하는 것에 한한다)

(3) 고효율인증기자재: 에너지 이용합리화법 제13조 의 규정에 의한 특정에너지사용기자재중 동법에 의한 에너지관리공단의 이사장이 고효율에너지기자재로 인증한 다음의 제품

1. 고효율유도전동기

2. 형광램프

3. 형광램프용안정기

4. 전구식형광등기구

5. 형광램프용고조도반사갓

6. 조도자동조절조명기구 (다) 사실관계 및 판단

1. 청구법인은 1999~2003사업연도중 223,060,098,541원 상당의 시설투자를 하고 이에 대하여 임시투자세액공제를 신청하였으나 처분청은 조세특례제한법 제26조 의 규정에 의한 임시투자세액공제 적용대상이 아닌 자산에 대하여 세액공제를 신청하였다 하여 <표3>과 같이 임시투자세액공제를 부인한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

2. 청구법인은 처분청이 <표3>과 같이 이 건 임시투자세액공제를 부인하여야 한다면, <표1>과 같이 연구 및 인력개발을 위한 시설투자, 공해방지를 위한 시설투자 및 에너지절약을 위한 시설투자에 대한 투자세액공제(이하 “기타의 투자세액공제”라 한다)로 공제항목을 변경하여 세액공제를 적용하여야 한다고 주장하면서 <별지1>기재 목록의 시설투자와 관련된 내부품의서, 투자심의위원회검토서, 외자전표, 세금계산서, 송장, 검수합격서 등의 증빙을 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 3) 조세특례제한법 제11조 제5항, 조세특례제한법 제25조제2항, 조세특례제한법 제25조의2 제2항 에서 투자세액공제를 적용받기 위하여 공제신청을 하도록 규정한 취지는 납세의무자로 하여금 세액공제신청에 필요한 증빙서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하고(대법원85누695, 1986.3.11: 대법원92누17273, 1993.5.25, 같은 뜻), 특히, 조세특례제한법상 특정설비의 투자에 대하여 세액공제를 부여하고자 하는 조세특례제한법상 투자세액공제제도의 입법취지가 납세의무자에게 세액공제 혜택을 부여함으로써 제조업 등의 특정설비의 투자를 촉진하고자 하는 데 있는 점을 감안할 때, 조세특례제한법 제11조 제5항, 조세특례제한법 제25조 제2항, 조세특례제한법 제25조 의 2 제2항에서 세액공제 요건이 충족된다면 당연히 세액공제를 적용하여야 하고 반드시 납세자의 세액공제신청이 있어야만 세액공제가 적용되는 것은 아니라 할 것이므로, 이 건의 경우 청구법인이 투자한 시설이 비록 임시투자세액공제 적용대상에 해당되지는 아니한다 하더라도 당해 투자시설이 조세특례제한법상 기타의 투자세액공제 적용대상에 해당한다면 이에 대하여는 해당 항목별로 투자세액 공제를 적용함이 타당한 것으로 판단된다(국심2005구2799, 2006.6.30, 같은 뜻).

4. 그러하다면, 청구법인이 실지로 투자하였다고 주장하는 <별지1> 기재 목록의 투자시설이 조세특례제한법 제11조, 제25조, 제25조의 2의 규정에 의한 투자세액공제요건에 해당되는지 여부를 재조사하여 그 요건이 충족되는 시설투자에 대하여는 각 공제항목별로 세액공제를 적용한 후 각 사업연도별 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단한다. <쟁점(2)에 대하여>

(1) 처분개요 처분청은 청구법인이 1998년 1월 및 2000년 7월 두 차례에 걸쳐 외부감정평가기관인 ○○감정원을 통하여 자산재평가를 실시하였는 바, 자산재평가 대상자산 중 감정평가내역서에 “소재불명자산, 멸실자산, 확인불능자산(이하 ”불명자산“이라 한다)” 등의 사유로 재평가대상에서 제외되었던 장부가액 9,663,642,586원 상당의 자산에 대한 각 사업연도별 감가상각비 7,850,263,618원을 <표4>와 같이 손금부인한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다. <표4> 불명자산에 대한 감가상각비 손금부인액 (단위: 원) 사업연도 감가상각비 손금부인액 1999 2,866,762,535 2000 2,065,065,348 2001 1,507,526,192 2002 836,741,422 2003 574,168,121 (합계) 7,850,263,618

(2) 청구법인 주장 및 처분청 의견 (가) 청구법인 주장 청구법인은 자산총액이 약 1조 8,900억원(1999사업연도 기준)에 이르는 상장법인으로, 이 중 유형자산 총액만도 약 1조 300억원에 이르고 있는 바, 비록, 자산재평가 당시 감정평가서에 불명자산이라고 기재하여 재평가대상에서 제외된 사실이 있다 하더라도 청구법인의 자산규모가 매우 방대한 점에 미루어 볼 때 이를 실지로 존재하지 아니하는 가공자산으로 보아 이에 대한 감가상각비를 전액 손금부인한 처분은 부당하며, 처분청이 불명자산이라고 본 자산은 실지로는 엄연히 존재하고 있는 것으로, 청구법인이 외부전문감정기관인 △△감정평가법인에 감정평가를 의뢰하여 2005.1.31부터 2005.2.25까지 감정한 결과를 보고한 감정평가서에 의하면, 처분청이 가공자산이라고 본 자산중 장부가액 7,974,626,329원 상당의 자산은 실지로 존재하는 사실이 객관적으로 확인되고, 또한, 장부가액 334,790,502원 상당의 자산은 정당하게 폐기처분된 사실이 감정평가서, 품의서 및 전표 등 객관적인 증빙에 의하여 구체적으로 확인되므로, 적어도 재감정평가결과 작성된 감정평가서에 의하여 실존사실이 확인된 자산에 대한 감가상각비는 손금으로 인정되어야 한다. (나) 처분청 의견 청구법인은 ○○감정원의 감정평가서를 근거로 재평가신고를 하였는 바, 공인된 감정평가서의 자산실사내용을 지금에 와서 부인할 수는 없는 것이며, 영리법인인 감정평가법인의 입장에서 재평가의뢰대상 자산을 모두 찾아내어 감정평가를 많이 하면 할수록 감정건수별로 평가수수료(수익)가 많아지므로 굳이 실존사실이 확인되는 자산을 소재불명자산이라고 판정하였을리는 만무한 것으로 보이며, 청구법인은 자산재평가로 거액의 평가차익을 보았음에도 지금에 와서 조세상 불리하다 하여 당초의 감정평가 내용을 부인할 수는 없는 것으로, 자산재평가시에는 감정평가 결과를 시인하였다가 청구법인에게 불리한 처분청의 부과처분이 있자 당초의 감정평가 결과를 부인하는 청구법인의 주장은 일관성이 결여된 것이다. 또한, 처분청은 방대한 자산에 대하여 자산코드별로 당초 취득자료 및 변경이력을 확인하고자 하였으나 조사대상 사업연도인 2001년, 2002년 귀속보다 상당기간 과거자료(1990사업연도 이전)를 확보할 수 없었던 불가피한 사유로 불명자산의 이력에 대하여 건건이 확인할 수가 없었는 바, 대차대조표상 유형자산으로 등재된 기계설비중 외부감정기관이 실시한 자산재평가시 확인이 불가능한 것으로 조사된 자산은 실지로 존재하지 아니하는 가공자산으로 보아야 한다.

(3) 심리 및 판단 (가) 쟁점 자산재평가시 ○○감정원의 감정평가서에 불명자산으로 분류되어 재평가대상에서 제외된 자산을 가공자산이라 하여 이에 대한 감가상각비를 부인한 처분의 당부 (나) 관련법령

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (다) 사실관계 및 판단

1. 처분청은 1998년 1월 및 2000년 7월에 외부감정평가기관인 ○○감정원을 통하여 자산재평가를 실시한 자산중 감정평가내역서에 “내역미상, 소재불명, 확인불능자산”(이하 “불명자산”이라 한다)이라 하여 재평가대상에서 제외된 장부가액 9,663,642,586원 상당의 자산을 실지로 존재하지 아니하는 가공자산으로 보고 청구법인이 계상한 <표4>의 감가상각비를 손금부인한 사실이 경정결의서에 의하여 확인된다.

2. 청구법인은 처분청이 불명자산이라고 본 자산은 모두 실지로 존재하는 자산들로, 청구법인이 외부전문감정기관인 △△감정평가법인에 감정을 의뢰하여 △△감정평가법인이 2005.1.31부터 2005.2.25까지 감정한 결과를 청구법인에게 제출한 감정평가서에는 처분청이 가공자산으로 본 장부가액 7,974,626,329원 상당의 자산은 감정평가일 현재 실지로 존재하는 것으로 확인되고, 또한, 장부가액 334,790,502원 상당의 자산은 정당하게 폐기처분된 것으로 내부품의서 및 전표 등 관련 증빙에 의하여 확인되므로 실지 존재사실이 확인된 자산에 대한 감가상각비는 손금으로 인정하여야 하고, 정당하게 폐기된 자산에 대한 감가상각비는 폐기시점까지 손금으로 인정하여야 한다고 주장하면서 △△감정평가법인의 감정평가서, 관련장부 및 증빙 등을 제시하고 있다.

3. 처분청은 이 건 심판청구에 대한 답변서에서 “세무조사 이후 외부감정기관의 참여하에 객관적인 절차에 따른 자산실사를 통하여 멸실 등에 대한 사유를 명확히 밝히고 멸실유형에 따라 적정하게 회계처리를 하여야 한다”는 입장을 표명하였는 바, 상장법인인 청구법인이 보유한 방대한 유형자산의 실존여부에 대하여 구체적인 조사 및 확인과정을 거치지 아니한 상태에서 불명자산을 모두 실존하지 아니하는 가공자산으로 추정하여 이에 대한 감가상각비를 손금부인한 사실을 알 수 있다.

4. 처분청은 ○○감정원이 1998년 및 2000년에 자산재평가를 실시하면서 ‘내역미상’ ‘확인불능’, ‘소재불명’ 등의 사유로 재평가대상에서 제외한 자산에 대하여 가공자산으로 간주하여 해당자산의 감가상각비를 부인하였으나, 청구법인이 제시한 증빙에 의하면 처분청이 가공자산으로 추정한 불명자산은 다음과 같이 실지로는 존재하고 있는 사실이 나타난다.

• 가) ○○감정원의 감정평가서상 ‘내역미상’으로 기재되어 재평가대상에서 제외된 자산의 실존여부에 대하여 살펴보면,

○○감정원의 감정평가서(3/6, 기감-114-1111)중 기계기구 및 공작물 평가명세표 (감10-3, 제320쪽)에는 분류기호 제1186호 C-STAGE 성형기(자산코드 D930

809. 23개의 내역이 불분명하다하여 ‘내역미상’이라고 기재하고, 이를 재평가대상에서 제외한 사실이 나타난다. 그러나, 청구법인의 2000사업연도분 결산보고서(제47기, 고정자산감가상각명세서) 제104쪽에는 위 기계장치의 당초 취득가액이 12,759,612,059원으로 계상되어 있고, 감가상각누계액을 차감한 장부가액은 861,128,829원으로 계상되어 있는 사실이 나타난다. 또한, △△감정평가법인이 이 건 세무조사일 이후 실시한 감정평가 결과 청구법인에게 제출한 감정평가서(△△공장 2/3, 미래8501-1111호)중 기계기구 및 공작물 평가명세표(제285쪽)에는 분류기호 970호 C-STAGE 성형기(전산화작업에 의한 새로운 자산코드40001044)에 대한 세부내역(생산규격, 제작사, 생산수량) 및 감정금액(1,720,500,000원)이 명시되어 있음을 알 수 있다.

• 나) ○○감정원의 감정평가서상 ‘확인불능’으로 기재되어 재평가대상에서 제외된 자산의 실존여부에 대하여 살펴보면,

○○감정원의 감정평가서(2/6, 기감-114-1111)중 기계기구 및 공작물 평가명세표(감10-3, 제17쪽)에는 분류기호 제100호 보일러(자산코드 D960696) 1식의 내역이 불분명하다 하여 ‘확인불능’이라고 기재하고 이를 재평가대상에서 제외한 사실이 나타난다. 그러나, 청구법인의 2000사업연도분 결산보고서(제47기, 고정자산감가상각명세서) 제26쪽에는 위 기계장치의 당초 취득가액이 384,140,000원으로 계상되어 있고, 감가상각누계액을 차감한 장부가액은 317,665,500원으로 계상되어 있는 사실이 나타난다. 또한, △△감정평가법인이 이 건 세무조사일 이후 실시한 감정평가 결과 청구법인에게 제출한 감정평가서 △△공장 1/3, 미래(8501-1111호)중 구축물평가명세표(제17쪽)에는 분류기호 94호 보일러(자산코드 32000008)에 대한 세부내역(제작사, 사양) 및 감정가액(337,500,000원)이 명시되어 있음이 나타난다.

• 다) ○○감정원의 감정평가서상 ‘소재불명’으로 기재되어 재평가대상에서 제외된 자산의 실존여부에 대하여 살펴보면,

○○감정원의 감정평가서(3/6, 기감-114-1111)중 기계기구 및 공작물 평가명세표(감10-3, 제431쪽)에는 분류기호 제1820호 TRIPLE EXTRUDER(자산코드 D970025) 2개의 내역이 불분명하다 하여 ‘소재불능’이라고 기재하고 이를 재평가대상에서 제외한 사실이 나타난다. 그러나, 청구법인의 2000사업연도분 결산보고서(제47기, 고정자산감가상각명세서) 제143쪽에는 위 기계장치의 당초 취득가액이 195,414,013원으로 계상되어 있고, 감가상각누계액을 차감한 장부가액은 119,495,357원으로 계상되어 있는 사실이 나타난다. 또한, △△감정평가법인이 이 건 세무조사일 이후 실시한 감정평가 결과 청구법인에게 제출한 감정평가서(△△공장 3/3, 미래8501-1111호)중 기계기구 및 공작물 평가명세표(제480쪽)에는 분류기호 제1729호 TRIPLE EXTRUDER(자산코드 42000596)에 대한 세부내역(제작사, 유지보수내역) 및 감정가액(75,020,000원)이 명시되어 있음이 나타난다. <표5> 불명자산에 대한 재감정결과 (단위: 원) 구 분 장부가액 (1999.1.1기준) 건수 재감정결과 폐기대상 자 산 334,790,502 23 품의서, 전표 등 관련증빙에 의하여 폐기사실 확인됨 323,426,402 362 폐기사실 확인되지 아니함 실사대상 자 산 7,974,626,329 134 청구법인의 결산서, 미래감정평가법인의 감정평가결과 실존사실 확인됨 1,030,799,353 100 실존사실 확인되지 아니함 (합계) 9,663,642,586 619

5. 살피건대, 처분청은 ○○감정원의 감정평가서에 불명자산으로 기재되어 재평가대상에서 제외된 자산을 가공자산으로 추정하여 이 건 과세하였으나, 처분청은 불명자산의 실존여부에 대한 구체적인 사실조사 및 확인과정을 거쳐 불명자산이 실제로 존재하지 아니하는 가공자산임을 입증한 사실이 없고, 처분청의 스스로 인정한 바와 같이 청구법인이 불명자산에 대하여 공인된 감정기관의 감정을 거쳐 그 실존사실이 확인되는 경우에는 불명자산을 가공자산으로 보아서는 아니될 것인 바, 이 건의 경우 불명자산중 장부가액 7,974,626,329원 상당의 자산은 <표5>와 같이 실지로 존재하고 있는 사실이 청구법인의 결산서와 △△감정평가법인의 감정평가서에 의하여 나타나고, 청구법인은 실지로 존재하는 자산에 대하여 감가상각비를 계상하여 온 사실이 확인됨에도 처분청이 ○○감정원의 감정평가서에 불명자산이라고 표기되어 재평가대상에서 제외된 자산을 실지로 존재하지 아니한다는 의미의 가공자산으로 추정하여 동 자산에 대한 감가상각비를 전액 손금부인한 처분은 사실조사가 미진한 것으로 보인다. 따라서 불명자산중 실존사실이 결산보고서, 감정평가서 등에 의하여 확인되는 <별지2>기재 목록의 자산에 대한 <표6>의 감가상각비는 손금으로 인정하는 것이 타당한 것으로 판단된다. <표6> 실존자산에 대한 손금산입대상 감가상각비 내역 (단위: 원) 사업연도 감가상각비 손금부인액 (처분청 입장) 감가상각비 손금산입액 (청구법인 주장) 1999 2,866,762,535 2,543,134,547 2000 2,065,065,348 1,866,058,527 2001 1,507,526,192 1,380,175,645 2002 836,741,422 740,633,926 2003 574,168,121 477,844,553 합계 7,850,263,618 7,007,847,198 <쟁점(3)에 대하여>

(1) 처분개요 청구법인은 2002.3.11 □□공장내 정련공정설비의 화재발생으로 보험금을 수령한 후 2003.6.30 동 보험금으로 당해 설비에 대체하는 설비복구를 완료하고, 대체취득자산에 대한 감가상각비를 일시상각충당금과 상계하지 아니하고 전액 손금으로 계상한 사실이 법인세 신고서에 나타나고, 처분청은 보험차익으로 취득한 대체취득자산에 대하여 실제취득금액을 기준으로 대체자산가액을 산정한 후 이를 기준으로 일시상각충당금 한도액을 계산하고 한도초과액을 손금부인하여 이 건 과세하였다.

(2) 청구법인 주장 및 처분청 의견 (가) 청구법인 주장 보험차익으로 취득한 자산에 대한 일시상각충당금을 설정함에 있어 대체자산가액 산정시 대체중인 자산의 건설 가계정상의 금액을 이기하는 과정에서 단순히 실무적인 오류가 발생하였는 바, 견적서 및 세금계산서에 의하여 확인되는 바와 같이 1,922,950천원은 기계장치가 아닌 건물가액으로 분류되어야 하므로 자산가액 계상오류가 확인된 부분을 수정하여 재계산하고, 실제복구투자금액이 아닌 예상복구투자금액을 기준으로 대체자산가액을 산정하여 일시상각충당금 한도액을 재계산하여야 한다. (나) 처분청 의견 청구법인은 대체자산가액 산정시 실무상 오류를 주장하나 법인세 신고시 제출된 세무조정계산서상 금액과 상이하고 세무조사 당시 확인되지 아니한 사항에 대하여는 이를 수용할 수 없고 심판청구의 대상도 될 수 없는 것으로 사료되므로 경정청구절차를 거쳐 재조사 및 확인을 통하여 재확인하여야 할 사항이다. 또한, 청구법인이 제출한 세무조정계산서에 기재된 금액과 상이한 2002년 기준의 예상복구투자금액을 적용하여 대체취득자산가액을 산정하여야 한다는 주장은 보험차익으로 취득한 자산을 한도로 일시상각충당금을 설정하여 손금으로 인정하고자 하는 세법의 취지에 맞지 않는 것이므로 이를 받아들일 수 없다.

(3) 심리 및 판단 (가) 쟁점 보험차익으로 취득한 자산에 대한 일시상각충당금 손금산입한도액 계산시 자산구분상 실무상 오류를 인정하여 이를 경정하고, 예상복구투자금액을 기준으로 대체자산가액을 산정하여야 한다는 주장의 당부 (나) 관련법령

○ 법인세법 제38조 【보험차익으로 취득한 고정자산가액의 손금산입】

① 내국법인이 고정자산의 멸실 또는 손괴로 인하여 보험금을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 멸실한 고정자산에 대체하여 동일한 종류의 고정자산을 취득하거나 손괴된 고정자산을 개량(그 취득한 고정자산의 개량을 포함한다)하는 경우 당해 고정자산의 가액중 그 고정자산의 취득 또는 개량에 사용된 보험차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

② 제36조제2항 및 제3항의 규정은 보험차익으로 고정자산을 취득·개량하는 경우의 손금산입 등에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 제36조제2항중 "1년"은 "2년"으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 지급받은 보험금과 보험금으로 취득·개량한 고정자산의 명세서(제2항의 경우에는 보험차익의 사용계획서)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제36조 【국고보조금 등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입】

① 내국법인이 보조금의예산및관리에관한법률 또는 지방재정법 그밖에 대통령령이 정하는 법률에 의하여 보조금 등의 자산(이하 이 조에서 "국고보조금등"이라 한다)을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 대통령령이 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)의 취득 또는 개량에 사용한 경우 당해 사업용자산의 가액중 그 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금등에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

② 국고보조금등을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용자산을 취득 또는 개량하지 아니한 내국법인이 그 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 1년이내에 이를 취득 또는 개량하고자 하는 경우에는 제1항의 규정을 준용하여 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 "사용된"은 "사용하고자 하는"으로 본다.

○ 법인세법시행령 제66조 【보험차익의 손금산입】

① 법 제38조제1항의 규정에 의한 동일한 종류의 고정자산은 멸실한 고정자산에 대체하여 취득한 고정자산으로서 그 용도나 목적이 멸실한 고정자산과 동일한 것을 말한다.

② 법 제38조제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 개별고정자산별로 당해 고정자산의 가액중 그 취득 또는 개량에 사용된 보험차익에 상당하는 금액으로 한다. 이 경우 당해 고정자산의 가액이 지급받은 보험금에 미달하는 경우에는 보험금중 보험차익외의 금액을 먼저 사용한 것으로 본다.

③ 제64조제3항제1호·제4항제1호 및 제5항의 규정은 제2항의 규정에 의한 보험차익에 상당하는 금액의 손금산입 및 익금산입에 관하여 이를 준용한다.

④ 법 제38조제1항 및 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 보험차익상당액손금산입조정명세서(보험차익사용계획서)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 법인세법시행령 제64조 【국고보조금등의 손금산입】

③ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 당해 사업용자산별로 다음 각호의 구분에 따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

1. 감가상각자산: 일시상각충당금

④ 제3항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 일시상각충당금과 압축기장충당금은 다음 각호의 방법으로 익금에 산입한다.

1. 일시상각충당금은 당해 사업용자산의 감가상각비(취득가액중 당해일시상각충당금에 상당하는 부분에 대한 것에 한한다)와 상계할 것. 다만, 당해자산을 처분하는 경우에는 상계하고 남은 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 당해 사업용자산의 일부를 처분하는 경우의 익금산입액은 당해 사업용자산의 가액중 일시상각충당금 또는 압축기장충당금이 차지하는 비율로 안분계산한 금액에 의한다. (다) 사실관계 및 판단

1. 청구법인은 2002.3.11 □□공장내 정련공정설비의 화재발생과 관련된 보험금을 수령하고 2003.6.30 동 보험금으로 당해 설비에 대체하여 복구를 완료하고 전체자산을 기준으로 보험차익으로 대체취득한 자산에 대한 일시상각충당금 손금산입 한도액을 <표7>과 같이 산정하였고, 2002년에 투자한 자산중 2003년에 본자산으로 대체된 건물분에 대한 감가상각비를 일시상각충당금과 상계하지 아니하고 손금으로 계상하였는 바, 관련법령에 따라 멸실된 개별고정자산을 기준으로 일시상각충당금을 설정하여야 한다는 점에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

2. 처분청은 개별자산을 기준으로<표8>과 같이 일시상각충당금 손금산입 한도액을 산정하였는 바, 처분청은 <표9>와 같이 일시상각충당금 손금산입 한도초과액에 대하여 손금부인한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다. <표7> 청구법인이 계산한 일시상각충당금 손금산입 한도액 (전체자산기준) (단위: 원) 구 분 대체한 자산가액 (A) 대체할 자산가액 (B) 계 (A+B) 대체자산에 소요되는 보험차익 손금산입 한도액 건 물 10,940,928,000 3,113,813,000 14,054,741,000 3,370,661,977 3,370,661,977 기계장치 39,680,592,002 1,734,273,998 41,414,866,000 15,156,847,986 15,156,847,986 (합계) 50,621,520,002 4,848,086,998 55,469,607,000 18,527,509,963 18,527,509,963 대체할자산가액(B): 예상복구투자금액(2002년 기준)을 적용 <표8> 처분청이 계산한 일시상각충당금 손금산입 한도액 (개별자산기준) (단위: 원) 구분 대체한 자산가액 (A) 대체할 자산가액 (B) 계 (A+B) 대체자산에 소요되는 보험차익 손금산입 한도액 건물 10,940,928,000 88,808,230 11,029,736,230 345,657,207 345,657,207 기계장치 39,680,592,002 408,467,930 40,089,059,932 15,057,452,141 15,057,452,141 (합계) 50,621,520,002 497,276,160 51,118,796,162 15,403,109,348 15,403,109,348 대체할자산가액(B): 실제복구투자금액(2003년 기준)을 적용 <표9> 2002사업연도분 일시상각충당금 손금부인액 (단위: 원) 구 분 손금산입액 (청구법인) 손금산입 한도액 손금부인액 (처분청) 건 물 3,370,661,977 345,657,207 3,025,004,770 기계장치 15,156,847,986 15,057,452,141 99,395,845 (합 계) 18,527,509,963 15,403,109,348 3,124,400,615

2. 먼저, 일시상각충당금 손금산입 한도액 계산시 대체중인 자산의 건설 가계정상의 금액을 본계정인 건물로 구분하여 이기하는 과정에서 실무자의 단순한 실수로 1,922,950,000원을 기계장치가액으로 분류하였으므로 동 금액을 건물가액으로 분류하여 재계산하여야 한다는 청구법인의 주장에 대하여 살펴본다.

• 가) 처분청은 청구법인이 제시한 건물분 대체취득가액은 법인세 신고시 제출한 세무조정계산서상의 금액과 상이하므로 신뢰할 수 없다 하여 이 건 과세한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.
• 나) 청구법인이 제시한 <별지3>기재 목록의 개별자산취득 관련 내부품의서, 전표, 증빙 등에 의하면, 청구법인이 주장하는 바와 같이 개별자산별로 2002사업연도분 건설 가계정을 사용하여 일시상각충당금 한도액을 계상하였으나, 2003사업연도중에는 건설 가계정을 건물이라는 본계정과목으로 재분류하여 이기하는 과정에서 1,922,950,000원을 건물가액이 아닌 기계장치가액으로 기재한 사실이 나타난다.
• 다) 살피건대, 청구법인은 자산규모가 무려 1조 8,000억원에 이르는 방대한 규모를 가지고 있는 점에 비추어 볼 때 계정과목을 재분류하여 이기하는 과정에서 실무자들의 단순한 실수로 건물가액을 기계장치가액으로 잘못 기재하였다는 청구법인의 주장은 일리가 있어 보이므로 건물가액을 12,863,878,000원으로 정정하여 일시상각충당금 손금산입 한도액을 재계산함이 타당한 것으로 판단된다.

3. 다음으로, 실제복구투자금액이 아닌 예상복구투자금액을 기준으로 대체할 자산가액을 산정한 후 일시상각충당금 손금산입한도액을 재계산하여야 한다는 주장에 대하여 살펴보면, 처분청은 예상복구투자금액이 아닌 실제복구투자금액을 기준으로 하여 대체할 자산가액을 산정한 후 <표8>과 같이 일시상각충당금 손금산입한도액을 계산하였는 바, 전시 관련법령에는 일시상각충당금 손금산입 한도액 계산시 대체할 자산가액은 예상복구투자금액을 기준으로 하도록 규정하고 있으므로 이 건 일시상각충당금 손금산입 한도액계산시 대체할 자산가액은 예상복구투자금액을 기준으로 <표10>과 같이 일시상각충당금 손금산입 한도액을 재계산하고 대체할자산가액과 실제 대체한자산가액과의 차액인 1,102,054,770원(1,190,863,000원-88,808,230원)은 <표11>와 같이 2003사업연도분 익금에 산입하는 것이 타당한 것으로 판단된다. <표10> 일시상각충당금 손금산입 한도액 재계산내역 (단위: 원) 구 분 대체한 자산가액 (A) 대체할 자산가액 (B) 계 (A+B) 대체자산에 소요되는 보험차익 손금산입 한도액 건 물 12,863,878,000 1,190,863,000 14,054,741,000 3,370,661,977 3,370,661,977 기계장치 37,757,642,002 37,757,642,000 15,057,452,141 15,057,452,141 (합계) 50,621,520,002 1,190,863,000 51,812,383,000 18,428,114,118 18,428,114,118 대체한자산가액(A)의 건물가액은 10,940,928천원에서 12,863,878천원으로 증가(기계장치가액으로 기재된 1,922,950천원이 건물가액으로 재분류됨 대체할자산가액(B)는 손금산입 한도액 산정시점인 2002년의 예상복구투자금액을 기준으로 산정 <표11> 2003사업연도분 익금에 산입할 금액 (단위: 원) 구 분 손금산입액 한도초과액 손금산입액 (2002사업연도) 익금산입액 (2003사업연도) 건 물 3,025,004,770 3,025,004,770 1,102,054,770 기계장치 99,396,131 0 0 (합 계) 3,124,400,901 3,025,004,770 1,102,054,770 <쟁점(4)에 대하여>

(1) 처분개요 처분청은 청구법인의 해외판매법인(○○, △△, □□ 등)중 ○○생산법인에서 근무한 직원들의 인건비만을 손금으로 인정하고 나머지 판매법인에 파견된 박○○ 외 73명에 대한 인건비는 이들이 청구법인을 위한 업무를 수행하지 아니한 것으로 보아 전액 손금부인한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인 주장 및 처분청 의견 (가) 청구법인 주장 청구법인은 소속직원을 해외판매법인에 파견하여 현지법인의 경영을 지도, 감독하고, 현지의 주요동향(청구법인이 중요한 의사결정과정에서 필요한 제반사항을 관리하고 발생가능한 문제점을 사전에 파악하여 대처하기 위한 목적)을 보고하는 업무를 부여하는 등 청구법인의 업무를 대신하여 수행하도록 하였고 위 업무는 합작법인에 투자한 청구법인이 할 수 있는 통상적, 일상적 업무 범위내의 것으로 이와 같은 사실은 제출된 증빙들에 의하여 입증되고, 파견직원이 청구법인을 대신하여 청구법인에게 상품과 부품의 수입을 요청하고 현지인력의 근태, 생산, 자금, 영업, 일반관리업무를 관리, 감독하는 업무를 수행하고 있음을 확인할 수 있는 바, 내국법인이 출자한 해외현지법인에 사용인을 파견하여 현지법인의 생산과 경영등을 지원하게 하면서 인건비를 부담하는 경우에는 당해 비용은 당해 사용인이 사실상 내국법인 업무에 종사하는 것으로 인정되는 때에는 손금에 산입할 수 있는 것이므로, 해외판매법인에 파견된 직원이 청구법인을 대리하여 청구법인의 업무인 합작법인 관리업무 등에 종사하는 것으로 인정되는 이상 당해 파견직원에게 지급한 인건비는 당연히 손금에 산입하여야 한다. (나) 처분청 의견 청구법인은 해외판매법인에 파견하여 근무하는 직원의 업무중에는 해외마케팅 관련자료 및 해외시장정보 등을 청구법인에게 제공하는 역할이 있기 때문에 청구법인의 업무에 직접적으로 종사하는 것이라고 주장하나, 해외판매법인의 경우에는 청구법인이 출자하여 설립하였지만 독립된 별개의 법인으로 파견직원의 업무는 청구법인이 100% 출자한 현지법인의 주주로서 수행하는 업무일 뿐, 파견직원에게 별도의 역할이 있다는 주장은 타당성이 없으며, 해외판매법인에 파견된 직원이 청구법인의 업무에 종사하였다는 구체적인 증거도 없으므로 현지법인 파견직원에 대한 인건비를 손금부인한 처분은 정당하다.

(3) 심리 및 판단 (가) 쟁점 해외판매법인에 파견된 직원에 대한 인건비를 업무무관비용으로 보아 전액 손금부인한 처분의 당부 (나) 관련법령

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

(다) 사실관계 및 판단

1. 처분청은 2000사업연도부터 2003사업연도까지 청구법인이 해외판매법인에 파견된 직원에게 지급한 인건비를 업무무관비용이라 하여 <표12>와 같이 전액 손금부인한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다. <표12> 해외판매법인 파견직원에 대한 인건비 부인액 (단위: 원) 사업연도 해외판매법인 파견직원에 대한 인건비 손금부인액 2000 393,376,491 2001 1,386,014,769 2002 1,148,756,182 2003 1,535,185,430 합계 4,463,332,872

2. 청구법인은 청구법인의 해외판매법인에 파견된 직원에 대한 인건비는 청구법인의 본사업무를 대신하여 수행한 직원들에게 지급된 비용이므로 당연히 손금으로 인정하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

3. 청구법인이 제시한 사업연도별 근로소득원천징수, 근로소득원천징수영수증, 급여지급명세, 내부결재(기안)서류, 해외판매법인에 근무하는 직원이 청구법인에 보고한 서류(연간보고서)에는 청구법인이 직원들을 해외판매법인에 파견하여 기본급, 직책수당, 연장수당, 월차수당, 해외파견수당, 상여금 등을 지급하고 근로소득으로 원천징수납부한 사실이 나타나고, 해외판매법인에 파견된 직원들은 청구법인을 대신하여 청구법인에게 시장수요예측, 마케팅, 제품관련 정보제공, 가격정보제공, 사후품질관리업무 등을 수행하고 자금, 영업, 일반관리 등 관리감독업무를 수행하고 있는 것으로 판단된다.

4. 한편, 이 건 심판청구 심리과정에서 중국판매법인에 근무하는 파견직원 박○○는 ○○타이어 중국판매법인에서 과장으로 근무하였으며, 판매법인에는 본부장(한국 직위는 부사장급), 상무보(한국내 직위는 이사대우급), 차장, 과장, 대리, 사원 등 대략 15명 내외이다. 판매법인 소속 임직원의 역할은 ○○현지공장(○○성 ○○소재 공장 및 △△성 △△시 소재 공장 등 2개 제조법인)에 대한 관리, 감독기능과 시장조사 및 각종 행정사항에 대한 처리 등이며, 본사에서는 지역적으로 떨어져 있는 제조공장에 대한 관리 등을 할 수가 없어 해외판매법인을 설립한 것이고, 판매법인 소속 임직원들은 제조공장에 대한 관리, 감독 등의 역할을 수행하지만 이러한 일들은 제조공장을 위한 것이 아니고 한국내 본사가 수행할 역할을 대신하는 것에 불과하다. 따라서 판매법인에 근무하는 임직원들은 체제비(주택임차료, 일일경비 등 소액전도금)만을 판매법인으로부터 받고 주된 급여는 한국내 본사로부터 직접 받아왔는 바, ○○현지에 있는 판매법인 소속 임직원들은 판매법인이나 제조공장(2개)을 위해 각종 업무를 수행한 것이 아니라 한국내 본사에서 수행할 일을 대신 수행한 것이라는 점을 이해하여 주시기 바랍니다. 좀 더 구체적으로 말하자면 ○○내 시장동향이나 관련 정보를 매월 1회씩 △△에서 열리는 간부회의시 한국에서 출장오는 사장단 및 임직원들께 보고하여 왔고 그러한 사실들은 이미 제출되어 있는 내부결재 서류들에 의하여 구체적으로 나타난다.“고 진술하였는 바, 청구법인이 제시한 임원들의 여권사본, 해외판매법인에 파견된 직원들이 청구법인 본사의 사장단 및 임원들에게 보고한 업무보고서 등에 의하면 의견진술인의 진술내용은 신빙성이 있는 것으로 판단된다.

5. 살피건대, 내국법인이 출자한 해외판매법인에 사용인을 파견하여 현지법인의 생산과 경영 등을 지원하게 하면서 인건비를 부담하는 경우 당해 비용은 당해 사용인이 사실상 내국법인의 업무에 종사하는 것으로 인정되는 때에는 손금에 산입할 수 있고 사실상 내국법인의 업무에 종사하는 것인지 여부는 실질내용에 따라 판단할 사항인 바, 이 건의 경우 위에서 살펴본 바와 같이 해외판매법인에 파견된 직원들은 청구법인을 대신하여 해외현지법인에 대한 관리감독 업무를 수행한 것으로 인정되므로 당해 업무는 청구법인의 업무와 관련이 있는 것으로 보아 해외판매법인에 파견된 직원에게 지급한 인건비는 손금에 산입하는 것이 타당한 것으로 판단된다.(국심2004서0723, 2005.8.23, 같은 뜻) <쟁점(5)에 대하여〉

(1) 처분개요 청구법인은 “산업입지 및 개발에 관한 법률”에 의해 2002.10.2 ○○도청으로부터 △△지방산업단지 준공인가를 받고, 2002.12.16 토지 6필지 4,986.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 기부 체납한 후 기부체납가액 355,000,000원을 기부금으로 보아 손금에 산입하여 법인세 신고를 하였다. 처분청은 청구법인이 △△군청에 쟁점토지를 기부체납한 것은 자신의 사업과 관련하여 토지의 일부를 기부한 것이므로 기부체납가액을 기부금으로 볼 수 없다 하여 손금부인하고 잔여 토지에 대한 자본적지출로 보아 토지의 취득가액에 가산하여 이 건 과세하였다.

(2) 청구법인 주장 및 처분청 의견 (가) 청구법인 주장 청구법인은 지방자치단체의 요구에 의하여 도로용으로 무상기부한 쟁점토지를 기부체납하였으므로 이를 사용수익기부 자산으로 보거나 법인세법 제18조 제2항 제1호 의 기부금으로 보아야 한다. 특히, 쟁점토지는 잔여 토지와 연관성 없는 부분으로 공익 목적에 적합한 토지에 대하여 반대급부없이 국가에 기부한 것으로 잔여토지의 가치가 증가할 수 있도록 도로를 정비하거나 배수로를 설치하는 등의 작업을 수행하지도 아니하였으므로 쟁점토지의 기부체납으로 인하여 잔여토지의 가치 또는 효용이 높아졌다고 볼 수 없음에도 이를 토지에 대한 자본적지출로 보아 과세한 처분은 부당하므로 기부금으로 보아 손금산입하여야 한다. (나) 처분청 의견 청구법인이 △△공장 소재지 관할 지방자치단체인 △△군청에 토지를 기부체납한 것은 △△공장의 신축과 관련된 인허가 조건이며, 당해토지의 기부로 인하여 잔여토지의 가치 또는 효용이 증가되었으므로 이는 공장신축용 부지의 자본적지출로 회계처리함이 타당하다.

(3) 심리 및 판단 (가) 쟁 점 △△공장 산업단지 준공인가시 기부체납된 쟁점토지가액을 준공인가조건에 필수되는 비용으로 보아 △△공장부지의 취득가액에 산입한 처분의 당부 (나) 관련법령

○ 법인세법 제24조 【기부금의 손금불산입】

① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다)중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 사업연도의 소득금액(제2항의 규정에 의한 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)

2. 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입되는 기부금과 제13조제1호의 규정에 의한 결손금의 합계액

② 제1항 및 제29조의 규정은 다음 각호의 기부금에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 다음 각호의 기부금을 합한 금액이 당해 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1호의 결손금을 차감한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, 기부금품모집 규제법의 적용을 받는 기부금품은 동법 제5조 제2항의 규정에 의하여 접수하는 것에 한한다.

2. 국방헌금과 국군장병 위문금품의 가액

3. 천재·지변으로 생기는 이재민을 위한 구호금품의 가액

③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아니한 지정기부금의 손금산입한도액 초과금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 각 사업연도에 이월하여 이를 손금에 산입한다. (다) 사실관계 및 판단

1. 처분청은 청구법인이 “산업입지 및 개발에 관한 법률”에 의해 2002.10.2 ○○도청으로부터 △△지방산업단지 준공인가를 받고, 2002.12.16 토지 6필지 4,986.3㎡를 기부체납하고, 355,000,000원을 기부금으로 처리한 데 대하여, 청구법인이 △△군청에 토지를 기부체납한 것은 사업과 관련하여 토지의 일부를 정부에 기부한 것으로 보아, 기부금처리를 부인하고 잔여토지에 대한 자본적지출로 보아 토지의 취득가액에 가산하도록 한 사실이 경정결의서 및 심리자료에 의하여 확인된다.

2. 청구법인은 △△공장 준공인가후 산업단지 조성시 발생한 부득이한 지목변경 등으로 기존의 농로와 배수로가 일부 소실, 변경되어 주민들의 경작 및 통행에 도움을 주고 지역사회에 수익금의 일부를 환원하기 위한 공익적인 목적으로 반대급부없이 국가에 기부체납한 것이므로 이를 기부금으로 보아 손금산입하여야 한다고 주장한다.

3. 살피건대, 2002.10.2 준공인가서에 부속된 허가공문(충남천단58350-1111)의 붙임서류인 준공인가서 협의의견(조치계획)상기부체납토지 조성내용에 쟁점토지가 기술되어 있는 점, 청구법인의 내부품의서에 의하면 △△공장 준공인가를 받기위해 지출한 비용임이 확인되는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 △△공장 소재지관할 지방자치단체인 △△군청에 토지를 기부체납한 것은 △△공장신축과 관련한 인허가조건의 이행으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서, 공익적인 목적으로 반대급부없이 쟁점토지를 국가에 기부체납하였다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. <쟁점(6)에 대하여>

(1) 처분개요 처분청은 청구법인이 □□공장의 생산중단 이후의 감가상각비를 업무와 관련없는 유휴설비에 대한 감가상각비로 보아〈표13〉과 같이 손금부인하여 이 건 과세하였다. 〈표13〉□□공장에 대한 감가상각비 손금부인액 사업연도 감가상각비 손금부인액 2000 247,472,068 2001 226,178,055 2002 -473,650,123 (단위: 원)

(2) 청구법인 주장 및 처분청 의견 (가) 청구법인 주장 감가상각자산의 범위를 판단함에 있어, 자산을 사업에 사용하는지의 여부는 실질과세원칙에 따라 해당 자산을 실제 사업에 사용하는지에 따라 판단하여야 할 것이므로, 공부상 표기된 목적으로 사용하고 있지 않더라도 회사의 사업을 위하여 사용되고 있다면 감가상각자산에 포함되어야 할 것이며, 제출된 보험사 보상공문(수재사고)서류를 보면, 청구법인이 생산중단시점인 2000년 11월부터 철거시점인 2002.12.26일 사이인 2001.7.15에 청구법인이 당해 건물 내부에 실질적으로 재고자산을 보관하였고, 수재사고로 인하여 보험 목적물 중의 하나인 재고자산에 피해를 보았음을 확인할 수 있으므로, 공부상 변경이 없다고 하여 실제로 창고로 사용하였음에도 불구하고 사업에 사용하지 않은 자산으로 보아 감가상각비를 부인한 처분은 부당하다. (나) 처분청 의견 청구법인이 □□공장의 가동을 중단한 것에 대하여는 처분청도 관련 의사결정서류 및 공부상증빙에 의하여 확인하였으나, 생산중단후 건물철거시까지의 기간 중 쟁점 □□공장건물을 물류창고로 용도변경하여 사용하였다는 주장은 건물대장 등 관련 공부 및 내부관리서류, 자산대장에서 객관적으로 확인 할 수 없는 사항으로 청구법인의 주장을 수용할 수 없으며, 청구법인내에서 조차 자산관리시 용도변경 품의 및 창고수불등과 관련한 담당직원의 근무자료, 제품수불자료 등 유휴자산이 아님을 입증할 수 있는 객관적인 근거자료를 제시하지 못하였는 바, 처분청이 생산중단후 공장건축물 철거시까지의 기간을 유휴자산으로 판정하여 유휴자산에 대한 감가상각비를 손금불산입하는 것은 타당하다.

(3) 심리 및 판단 (가) 쟁점

□□공장 생산중단 후 공장철거시까지 계상한 감가상각비에 대하여 유휴자산에 대한 감가상각비로 볼 수 있는지 여부 (나) 관련법령

○ 법인세법 제23조 【감가상각비의 손금불산입】

① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상(결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다)한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산으로 한다

○ 법인세법시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】

② 감가상각자산은 다음 각호의 자산을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

1. 사업에 사용하지 아니하는 것(유휴설비를 제외한다) (다) 사실관계 및 판단

1. 처분청은 청구법인의 □□공장 생산중단 이후의 감가상각비를 유휴설비에 대한 감가상각비로 보아 〈표14〉와 같이 손금 부인한 사실이 경정결의서 및 심리자료에 의하여 확인된다.

2. 청구법인이 제시한 ○○화재보험 주식회사의 손해보상공문(손사 제5324-1111, 2001.8.6, 보험금지급안내) 및 △△△손해사정주식회사의 손해사정보고공문(제01402-S, 2001.8.3) 등에 나타나는 조사보고 내용을 살펴보면, 청구법인이 생산중단시점인 2000년 11월부터 철거시점인 2002.12.26일 사이인 2001.7.15에 청구법인이 당해 건물내부에 실질적으로 재고자산을 보관하였고, 2001.7.14~7.15사이에 발생한 집중호우로 수재가 발생하여 보험목적물 중 하나인 재고자산(타이어, 타이어휠, 튜브, 밧데리, 브레이크패드)이 침수되는 피해를 본 사실이 확인되는 바, □□공장은 비록 생산시설로 사용되지는 아니하였다 하더라도 물류창고로 사용되었다는 청구법인의 주장이 신빙성이 있으므로 동 자산에 대한 감가상각비를 손금산입 하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 〈쟁점(7)에 대하여〉 (1)처분개요 청구법인은 생산공장중 하나인 ○○○공장의 건물일부(이하“쟁점건물”이라 한다)를 폐기처분하고 폐기처분된 쟁점건물의 장부가액 및 철거비용 357,452,180원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 폐기손실로 회계처리한 데 대하여, 처분청은 쟁점금액을 토지에 대한 자본적지출로 보아 손금부인하여 이 건 과세하였다.

(2) 청구법인 주장 및 처분청 의견 (가) 청구법인 주장 청구법인의 생산공장으로 사용중이던 쟁점공장의 폐기당시에는 정상적으로 가동중이었는 바, 기존건축물을 용도변경∙개량∙확장 및 증설 목적으로 정상적으로 폐기한 경우 이와 관련된 폐기자산의 장부가액 및 철거비용은 기존건축물에 대한 수익적지출로 보아야 하므로, 폐기처분된 쟁점건물의 장부가액 및 철거비용을 토지에 대한 자본적 지출로 보아 아파트건설용 분양용지의 취득원가에 산입한 처분은 부당하다. (나) 처분청 의견 청구법인이 쟁점공장을 2000년 2월에 철거하고 이와 관련된 비용을 2000년 3월 폐기손실로 계상하였는 바, 이는 이미 아파트 신축분양이 예정되어 있는 상태에서 공장부지를 아파트건설용 신축부지로 전환하는 과정의 일환이라고 보아야 하므로 아파트건설사업을 목적으로 공장건물을 폐기하였음이 명백한 바, 쟁점금액을 토지에 대한 자본적 지출로 보아 취득원가에 산입한 처분은 정당하다.

(3) 심리 및 판단 (가) 쟁점 폐기처분된 쟁점건물의 철거비용을 토지에 대한 자본적 지출로 볼 수 있는지 여부 (나) 관계법령

○ 법인세법시행령 제31조 【즉시상각의 의제】

⑦ 시설의 개체 또는 기술의 낙후로 인하여 생산설비의 일부를 폐기한 경우에는 당해 자산의 장부가액에서 1천원을 공제한 금액을 폐기일이 속하는 사엽연도의 손금에 산입할 수 있다. (다) 사실관계 및 판단

1. 청구법인은 2000년 2월에 쟁점건물을 폐기하고 폐기된 쟁점건물의 장부가액(취득가액) 및 철거비용 357,452,180원(쟁점금액)을 수익적지출(폐기손실)로 회계처리(손금산입)한 사실이 법인세 신고서에 의하여 확인된다.

2. 처분청은 청구법인이 쟁점건물의 부속토지를 다른 용도인 아파트건설용 신축부지로 개발하기 위하여 쟁점건물을 폐기처분한 것이므로 쟁점금액은 토지에 대한 자본적지출로 보아 폐기손실을 손금부인하여 이 건 과세한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

3. 청구법인은 쟁점건물은 생산공장으로 정상적으로 가동중이었고, 건물철거와 관련된 장부가액 및 철거비용은 수익적지출로 보아야 한다고 주장하고 있으자, ○○감정원의 감정평가서(2000.7.1기준)에는 쟁점건물의 부속토지는 아파트건설용 신축부지로 공장가동이 이미 중단된 상태라고 명시되어 있어 쟁점건물이 생산공장으로 가동중이었다는 청구법인의 주장은 사실과 다르고, 2000년 3월 이전인 1999년 6월 쟁점건물 부속토지위에 아파트를 신축분양하기 위하여 시공사인 △△건설 주식회사와 아파트건설과 관련된 공사가계약을 체결한 사실과 2000년 3월에는 관할 관청에 아파트분양사업계획승인 신청서를 제출한 사실이 나타나는 점 등을 모아볼 때, 청구법인이 쟁점건물의 폐기당시 쟁점건물의 부속토지가 아파트 건설용 신축부지로 전환할 예정이었다는 사실을 몰랐다고 보기는 어렵다 할 것이므로, 이미 아파트분양이 예정되어 있는 상태에서 쟁점건물을 철거하고 쟁점금액을 폐기손실로 회계처리한 데 대하여 처분청이 쟁점금액을 손금부인하고 토지에 대한 자본적지출로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호ㆍ제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.