보상금이 과세대상인 건물의 공급의 대가인지 아니면 건물의 이전보상금인지 여부

○○○세무서장이 2005.2.5. 청구인에게 한 2002년 2기분 부가가치세 127,941,410원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 1999.2.18. 취득하여 튜브제조업을 영위하던 ○○○ 소재 공장건물(2,984.42㎡, 이하 "쟁점공장건물"이라 한다) 및 부속토지(5,028㎡)가 2002.1.8. ○○○에 편입됨에 따라 2002.12.31. ○○○에 쟁점공장건물 및 부속토지를 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제75조 제1항 [(구)토지수용법 제49조 제1항]에 의하여 협의양도하였다. 처분청은 쟁점공장건물 및 부속토지의 보상금 3,832,378,150원(보상금내역서상 토지 2,989,146,000원, 건물 843,232,150원) 중 건물분 보상금 843,232,150원(이하 "쟁점보상금"이라 한다)을 사업용 자산인 쟁점공장건물의 양도에 따른 공급의 대가로 보아 2005.2.5. 청구법인에게 2002년 2기분 부가가치세 127,941,410원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.4.28. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 택지개발사업지구에 편입된 쟁점공장건물은 ○○○로부터 (구)토지수용법 제49조 제1항에 의하여 수용되었고, ○○○가 쟁점공장건물을 소유권이전 등기한 것은 당초 청구법인이 철거하는 조건으로 수용되었으나, 보상금 지급일로부터 건물철거일 사이에 압류 또는 가등기 등의 제한물권이 설정되는 경우 공익사업 실현에 문제가 발생하므로 이를 방지하고자 건물 철거전에 미리 소유권이전등기한 것이고 실제로도 청구법인이 이를 철거하였다. 따라서 쟁점공장건물은 청구법인이 철거하는 조건으로 수용된 후 사실상 청구법인이 철거하였고, 동 보상금인 쟁점보상금은 이전보상금이므로 이에 대하여 부가가치세를 과세함은 부당하므로 취소하여야 한다. 또한, ○○○가 쟁점공장건물 및 부속토지를 수용한 목적이 택지개발용지를 확보하기 위한 것일 뿐 동 공장건물을 과세사업에 사용하기 위한 것이 아니므로 재화의 공급으로 보는 것은 잘못된 처분이다.
• 나. 처분청 의견 매수자인 ○○○가 쟁점공장건물을 감정평가하여 그 보상금을 지급하였고 멸실됨이 없이 소유권을 이전한 것을 알 수 있으므로 이를 사업용 고정자산의 양도로 보아 쟁점보상금에 대하여 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점보상금이 부가가치세 과세대상인 건물의 공급의 대가인지 아니면 건물의 이전보상금인지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. 같은 법 시행령 제14조 【재화공급의 범위】① 법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

4. 공매·경매·수용·현물출자 기타 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것

(2) 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률(2002.2.4. 법률 제6656호로 제정된 것) 제75조 【건축물등 물건에 대한 보상】① 건축물·입목·공작물 기타 토지에 정착한 물건(이하 “건축물등”이라 한다)에 대하여는 이전에 필요한 비용(이하 “이전비”라 한다)으로 보상하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 물건의 가격으로 보상하여야 한다.

1. 건축물등의 이전이 어렵거나 그 이전으로 인하여 건축물등을 종래의 목적대로 사용할 수 없게 된 경우

2. 건축물등의 이전비가 그 물건의 가격을 넘는 경우

3. 사업시행자가 공익사업에 직접 사용할 목적으로 취득하는 경우

(3) (구) 토지수용법(2002.2.4. 법률 제6656호로 폐지된 것) 제25조 【협의와 재결의 신청】① 기업자는 제16조의 규정에 의한 사업인정의 고시가 있은 후 그 토지에 관하여 권리를 취득하거나 소멸시키기 위하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 토지소유자 및 관계인과 협의하여야 한다. 같은 법 제49조 【이전료의 보상과 물건의 수용】① 수용 또는 사용할 토지에 정착하였거나 또는 공익사업에 공용되는 기업자소유의 토지에 정착한 타인의 입목·건물 기타의 물건은 이전료를 보상하고 이를 이전하게 하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 이전으로 인하여 물건이 분할되어 그 전부를 이전하지 아니하면 종래의 목적에 사용하기 곤난할 때에는 소유자는 그 물건 전부의 이전료를 청구할 수 있다.

③ 물건의 이전이 현저히 곤난하거나 이전으로 인하여 종래의 목적에 사용할 수 없게 될 때에는 소유자는 그 물건의 수용을 청구할 수 있다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 이전료가 그 물건의 가격을 초과하는 경우에는 기업자는 그 물건의 수용을 청구할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 2005년 1월 2003년 등기분 법인양도자료(과세자료)를 처리하면서 청구법인이 양도한 쟁점공장건물에 대하여 매매계약일 이후인 2003.1.6. ○○○가 소유권이전등기를 하였고 조사일 현재 멸실신고가 되지 않은 점 등에 비추어 쟁점보상비를 부가가치세 과세대상인 사업용 자산의 양도대가로 보아 이 건 과세하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 이에 대하여 청구법인은 쟁점공장건물이 청구법인이 철거하는 조건으로 ○○○에 협의수용되었고, 동 건물분 보상금인 쟁점보상금은 이전보상금에 해당하므로 이를 재화의 공급으로 보아 과세함은 부당하다는 주장이다.

(3) ○○○는 국세심판원의 사실조회에 대하여 쟁점보상금(843,232,150원)은 수용토지에 정착된 건물의 지장물이전보상금이고 그 외에도 청구법인의 신청에 의하여 기계장치 이전에 따른 휴업 및 이전보상금으로 433,600,000원을 2003.3.19. 및 2004.9.30. 2회에 나누어 보상한 사실을 회신○○○하고 있고, 청구법인에게도 이미 쟁점보상금을 (구)토지수용법 제49조 제1항에 의한 지장물 등의 자진철거를 조건으로 한 이전에 따른 손실보상금이라고 회신하였음이 관련 문서○○○에 의하여 확인된다.

(4) 건물분 등기부등본에 의하면, ○○○가 2002.12.30. 공장용지 협의취득을 등기원인으로 하여 2003.1.6. 청구법인으로부터 쟁점공장건물의 소유권을 이전등기하여 심리일 현재까지 멸실되지 아니한 것으로 나타나는 바, 이에 대하여 ○○○는 보상금 지급일 이후부터 철거전까지 제3자로부터 압류·가등기 등 제한물권이 설정되는 등 공익사업 시행에 많은 어려움이 있기 때문에 쟁점건물을 이전등기하였으나 사실상 청구법인에 의하여 2004년 9월 자진철거되었고 택지개발지구내 아직까지 철거되지 아니한 일부 건물들이 철거완료되는 즉시 멸실신고할 예정인 것으로 회신○○○하고 있다.

(5) 청구법인과 ○○○간 체결된 용지매매계약서(2002.12.31)에는 청구법인이 쟁점보상금 등 매매대금을 수령함과 동시에 토지 등을 ○○○에 인도하고 쟁점공장건물 등의 지장물을 철거하거나 사업지구 밖으로 이전하기로 약정되었는 바(계약서 2조 및 2조, 철거 및 이전시기는 특정되어 있지 아니함), 이에 대하여 양도자인 청구법인이 쟁점공장건물 등의 지장물을 철거하기로 한 수용조건임을 ○○○가 확인(2004.10.27)하고 있고 실제로도 청구법인이 계약당시인 2003.1.17. 쟁점보상금 중 422,000,000원만을 지급받은 후 2004년 9월 자진철거 완료하여 나머지 잔금 421,232,150원을 2004.9.30. 수령한 사실이 ○○○가 청구법인에게 보낸 계고장(2004.8.12), 회신문(2005.7.6, 2005.6.30) 및 ○○○간의 건축물철거계약서(2004.9.23) 등의 심리자료에 의하여 확인된다.

(6) 한편, 쟁점공장건물은 청구법인의 사업장 중 하나인 ○○○으로서 1999.1.1. 개업하여 열수축 튜브 등을 제조하다가 건물철거시점인 2004.9.30. 폐업신고되었고, 동 사업장의 사용가능 기계장치 등은 분사차원에서 종업원인 김○○○ 외8명에게 임대(임대기간 2004.8.1∼2009.7.31)하였음이 청구법인과 ○○○공장 튜브사업부 종업원 대표 김○○○간 기본합의서(2004.4.20)에 의하여 알 수 있다.

(7) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 사업자가 국가 또는 지방자치단체의 도시계획사업으로 수용대상인 재화(면세재화 제외)를 당해 도시계획사업 시행자에게 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 양도하는 경우에는 부가가치세법 제6조 제1항 의 규정에 의하여 재화의 공급으로서 부가가치세가 과세되는 것이나, 당해 수용대상 재화를 도시계획사업시행자에게 공급하지 아니하고 당해 재화의 소유자 책임하에 이전을 위하여 철거를 하고 당해 재화의 철거로 인한 특별한 손실에 대한 보상금을 그 도시계획사업 시행자로부터 받는 경우에는 부가가치세가 과세되지 않으며○○○, (구)토지수용법 제49조 제1항 및 공공용지의취득 및손실보상에관한특례법의 규정에 의하여 토지에 정착된 건물, 기타의 물건에 대하여 그 이전료를 보상받는 경우 동 보상금은 건물 등의 공급에 대한 대가에 해당되지 아니하므로 부가가치세가 과세되지 않는 것인 바○○○, 이 건 쟁점보상금은 (구)토지수용법의 대체입법으로 2002.2.4. 제정된 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률에 의한 지장물이전보상금으로 확인되고 있고, 청구법인이 당초 매매계약조건에 따라 쟁점공장건물 등의 지장물을 자진 철거한 사실 등에 비추어 볼 때 처분청이 쟁점보상비를 과세재화인 건물의 공급대가로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.