청구법인이 ○○○에 발행.교부한 쟁점① 세금계산서와 청구법인이 ○○○로부터 수취한 쟁점② 세금계산서를 가공매출 및 가공매입으로 보아 과세한 처분의 당부
청구법인이 ○○○에 발행.교부한 쟁점① 세금계산서와 청구법인이 ○○○로부터 수취한 쟁점② 세금계산서를 가공매출 및 가공매입으로 보아 과세한 처분의 당부
○○○세무서장이 2005.1.5. 청구법인에게 한 1999년 제2기 부가가치세 444,614,620원, 2000년 1기 부가가치세 249,665,060원, 2001년 제2기 부가가치세 40,000,000원의 부과처분은
(1) 청구법인이 당초 (주)○○○에 교부한 1999년 제2기 2,228,906천원 상당의 매출계산서 및 2000년 제1기 1,303,734천원 상당의 매출계산서에 대하여는 면세매출로 보아 당해 과세기간 과세표준 및 세액을 경정하고,
(2) 나머지 청구는 이를 기각한다.
① 청구법인은 1999.8.20. (주)○○○커뮤니티〔이하 “(주)○○○”라 한다〕와 하드웨어 및 콜센타 소프트웨어 개발용역을 제공하는 계약을 체결하고 1999.8.16.～1999.12.20. 기간동안 (주)○○○에 공급가액 2,889백만원 상당의 매출세금계산서(이하 “쟁점①세금계산서”라 한다)를 교부하여 그 대금을 수령하였고, (주)○○○는 1999.8.16. 청구법인으로부터 공급받은 위 장비 등을 (주)○○○에 공급가액 3,149백만원에 공급하는 계약을 체결한 후 동 대금을 수령하였으며, (주)○○○는 1999.8.11. (주)○○○로부터 공급받은 장비 등을 청구법인에게 공급가액 4,183백만원에 공급하는 것으로 하여 계약을 체결한 후 세금계산서를 교부하고 동 대금을 수령하는 등으로 하여 당해 과세기간 부가가치세를 신고하였다.
② 또한, 청구법인은 (주)○○○와 1999.7.5. 공급가액 980백만원으로 콜센터 서버납품계약을 체결한 후, 1999.7.20. 및 1999.9.30. (주)○○○에 공급가액 980백만원 상당의 매출세금계산서(이하 “쟁점③세금계산서”라 한다)를 교부하고 대금을 수령하는 등으로 하여 당해 과세기간 부가가치세를 신고하였으며, 2000.1.31. ○○○ 사이버증권정보시스템을 검수․완료한 후 동 시스템을 (주)○○○에 공급하였다.
③ 한편, 청구법인은 ○○○ 사이버증권정보시스템의 구축과는 별도로 1999.7.12. (주)○○○와 증권업무본사관리시스템 개발용역을 체결하고, 1999.12.30. 공급가액 310백만원 상당의 매출계산서(이하 “쟁점①계산서”라 한다)를 교부하고 대금을 수령하였으며,
④ 청구법인은 위 ○○○ 사이버증권정보시스템과 관련하여 (주)○○○ 등으로부터 2건의 소프트웨어개발용역을 제공받아 (주)○○○에 제공하고 3,532,640,000원(1999년 제2기 2,228,906천원, 2000년 제1기 1,303,734천원) 상당의 계산서(이하 “쟁점②계산서”라 한다)를 교부하였다.
① 청구법인이 (주)○○○에 발행․교부한 쟁점①세금계산서를 가공매출로 보고, 청구법인이 1999.8.20.～9.30. 기간동안 (주)○○○로부터 교부받은 공급가액 4,183백만원 상당의 매입세금계산서 중 3,149백만원 상당의 매입세금계산서(이하 “쟁점②세금계산서”라 한다)를 가공매입으로 보았으며,
② 청구법인이 (주)○○○에 발행․교부한 쟁점③세금계산서를 가공매출로 보고,
③ 청구법인이 (주)○○○에 발행․교부한 쟁점①계산서에 대해서도 가공매출로 보았으며,
④ 청구법인이 면세매출로 신고한 쟁점②계산서에 대하여는 과세 매출분 등으로 하여 2005.1.5. 청구법인에게 1999년 제2기 부가가치세 444,614,620원, 2000년 1기 부가가치세 249,665,060원, 2001년 제2기 부가가치세 40,000,000원을 경정고지하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점①세금계산서 및 쟁점②세금계산서의 가공매출 및 가공매입 여부에 대하여 최종 사용자(고객)를 위한 ○○○ 사이버증권정보시스템을 공급하기 위해서는 자사(自社)가 보유하지 아니한 솔루션(프로그램 등)을 외주하여 자사의 기술과 결합한 1차 완성품을 가공한 후, 1차 가공품을 또 다른 차상위 솔루션을 가진 제2차 업체에게 재공급하는 형태로 거래가 이루어 지며, 이렇게 연쇄적인 이행과정을 거쳐 최종 완성품을 공급받아 최종 사용자(고객)에게 공급하는 것이 IT 업계의 거래관행이다. 청구법인은 ○○○ 사이버증권정보시스템의 주(主)계약자로 선정되었고, 청구법인이 보유하지 못한 (주)○○○ 및 (주)○○○ 등의 장비 및 솔루션을 공급받아 (주)○○○에 공급하는 과정에서 순차적으로 청구법인의 솔루션(interface 등), (주)○○○의 솔루션(CTMP), (주)○○○의 교환기 등을 결합하여 ○○○ 사이버증권정보시스템을 (주)○○○에 공급하였는 바, 이는 (주)○○○ 등의 하드웨어를 청구법인이 매입하여 (주)○○○ 사업장에 설치하면서, 동 장비에 필요한 솔루션 및 교환기 등을 후순위 가공계약에 따라 (주)○○○ 및 (주)○○○가 담당분야별로 장착한 후, (주)○○○의 단계별 검수에 따라 청구법인을 포함한 (주)○○○ 및 (주)○○○ 직원들이 동시에 검수․확인하고 세금계산서를 발행․교부하기 때문에 동일한 날짜에 세금계산서를 교부한 것이다. 따라서, 쟁점①․②세금계산서는 가공매출 및 가공매입이 아니라 실지매출 및 실지매입이므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.
(2) 쟁점③세금계산서의 가공매출 여부에 대하여 청구법인은 본점, 대주주, 대표이사 등의 잦은 변경과 2003년 3월 사업양수도로 2003년 4월 전(全)직원이 새로 채용되었고, 이러한 과정에서 이 건 계약관련 구매확인서 등과 과거의 매출 및 매입관련 자료가 상당부분 분실되었는 바, 외부감사인의 감사조서에 의하면, 이 건 관련 매출대비 매입현황표(프로젝트명: 콜센타시스템 1999.8.11.～1999.10.9.)로 청구법인이 납품한 하드웨어 및 소프트웨어 등의 구입처를 확인할 수 있다. 쟁점③세금계산서의 경우 인원이 추가로 소요되는 개발용역이 아니라 단순한 서버의 납품으로 인건비(11,186천원 3명, 1.14%)의 비중이 매우 낮고, 적요 란에 콜센타 서버납품으로 기재하여야 할 것을 실수로 콜센타의 구축으로 기재하였으며, 청구법인이 제시하는 증빙자료에 의하여 실지거래 사실이 확인됨에도 불구하고 가공거래로 보아 과세함은 부당하다.
(3) 쟁점①계산서의 가공매출 여부에 대하여 이 건은 개발용역 계약서가 존재하고 있고, 외부감사인이 1999사업연도 종료일 현재 (주)○○○에 발송한 채권채무조회서에 의하면, 외상매출금 310,000천원이 확인되고 있고, 2000.1.31. 청구법인의 예금계좌로 동 금액이 입금되었을 뿐만 아니라 거래처 원장에 동 거래내역이 기재되어 있는 등 쟁점①계산서의 경우 실지거래 사실이 확인됨에도 불구하고 이를 가공매출로 보아 과세한 처분은 부당하다.
(4) 쟁점②계산서의 과세매출 여부에 대하여 (주)○○○와 청구법인은 ○○○ 사이버증권정보시스템 및 ○○○종합증권시스템 공급계약을 체결하고 사이버증권정보시스템 구축을 위하여 (주)○○○ 등에 기술개발을 위탁하여 동 시스템을 개발․납품하였으며, 청구법인은 주(主)계약자(발주자)로서 위 시스템 및 종합증권시스템의 프로그램개발을 수행하였다. 청구법인이 (주)○○○ 등에 위탁한 개발용역은 ○○○ 사이버증권정보시스템 등의 구축과 관련된 것으로서 현장에서 수행되는 것이고, 이러한 개발과정에서 (주)○○○ 등의 직원 및 업무협조 등을 통하여 위 시스템 등의 시험 등을 한 것일 뿐, 당해 용역은 (주)○○○ 등이 완제품으로 개발하여 청구법인에게 납품한 후 청구법인이 다시 (주)○○○에 납품한 것이 아니라, 청구법인이 (주)○○○ 등의 일부 인력을 지원받아 독립된 자격으로 청구법인의 책임 하에 프로그램 용역을 개발하여 납품하였으므로 쟁점②계산서 관련 용역은 부가가치세법시행령 제35조 제2호 의 규정에 의한 면세용역에 해당한다.
(1) 쟁점①세금계산서 및 쟁점②세금계산서의 가공매출 및 가공매입 여부에 대하여 청구법인은 (주)○○○, (주)○○○ 등으로부터 ○○○ 사이버증권정보시스템 구축을 위하여 장비(하드웨어) 등을 납품받아 (주)○○○의 사업장에 납품하였음에도, 동 장비 등을 청구법인이 (주)○○○에 납품하고 (주)○○○는 다시 (주)○○○에 납품하는 것으로, (주)○○○는 다시 청구법인에게 납품하는 것처럼 계약서를 각각 작성한 후 세금계산서를 같은 날에 세 번으로 나누어 발행․교부하였는 바, 그 대금의 지급도 3개 법인이 1999.12.27. 동일한 날 은행계좌에 입금하고 계약일자도 1999.8.20.→1999.8.16.→1999.8.11.로 원 구매처인 (주)○○○ 등으로부터 납품도 완료되지 아니한 상황에서 자금의 증빙을 갖추는 방법으로 실물거래 없이 세금계산서만을 수수하였다. 이는 사전에 매입․매출의 흐름표를 작성한 후, 치밀하게 계획을 세워 거래를 모의하는 등 코스닥 등록을 목적으로 매출을 부풀리기 위한 허위의 거래이므로 당초 처분은 정당하다.
(2) 쟁점③세금계산서의 가공매출 여부에 대하여 이 건 공급계약서에 의하면, 납품확인서, 공급된 서버의 구매내역이 없고 서버의 공급계약임에도 세금계산서에는 사이버증권정보시스템(콜 센타) 구축계약으로 기재하여 교부하였으며, 청구법인의 경우 ○○○ 사이버증권정보시스템 구축을 하면서 동시에 (주)○○○의 콜센타를 구축할 수 없는 불가능한 상황이므로 쟁점③세금계산서를 가공매출세금계산서로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.
(3) 쟁점①계산서의 가공매출 여부에 대하여 (주)○○○가 제출한 이 건 관련 공급계약서에 의하면, 청구법인과 (주)○○○ 등과의 공급계약서를 모방한 것이고, 2000.1.31. 대금을 수령하였다고 하나 실지는 1999.12.30. (주)○○○에 3억원을 지급한 것으로 영수증 처리하였는 바, 청구법인은 콜센타 개발의 전문업체로서 업무전산관리시스템을 개발할 능력이 없는 업체일 뿐만 아니라 동 시스템을 별도로 외주한 사실도 없으므로 쟁점①계산서를 가공매출로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.
(4) 쟁점②계산서의 과세매출 여부에 대하여 청구법인이 (주)○○○에 제공한 용역은 ○○○ 사이버증권정보시스템 구축을 위하여 장비 등을 납품하면서 동 장비에 장착하여 제공된 개발용역이며, 청구법인이 직접 수행하지 아니하고 (주)○○○ 등에게 개발용역을 외주․발주하여 ○○○ 사이버증권정보시스템시스템이 정상 가동되는 것을 조건으로 완제품을 납품받아 (주)○○○에 제공한 것에 불과하며, 이는 부가가치세법 제12조 및 같은 법 시행령 제35조 제2호의 규정에 의한 독립된 자격으로 용역을 공급한 것에 해당되지 아니하므로 당초 처분은 정당하다. 또한, 부가가치세 과세대상인 사이버증권정보시스템 구축(재화 공급)에 부수되어 제공되는 프로그램 개발용역으로 주된 재화의 공급에 포함되는 것이므로 부가가치세 과세대상에 해당한다.
① 청구법인이 (주)○○○에 발행․교부한 쟁점①세금계산서와 청구법인이 (주)○○○로부터 수취한 쟁점②세금계산서를 가공매출 및 가공매입으로 보아 과세한 처분의 당부
② 청구법인이 (주)○○○에 발행․교부한 쟁점③세금계산서를 가공매출로 보아 과세한 처분의 당부
③ 청구법인이 (주)○○○에 발행․교부한 쟁점①계산서를 가공매출로 보아 과세한 처분의 당부
④ 청구법인이 (주)○○○에 제공한 ○○○ 사이버증권정보시스템 개발용역(쟁점②계산서관련 거래)의 부가가치세 면세해당 여부
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 ࡒ필요적 기재사항ࡓ이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 제21조 【경 정】① 사업장 관할세무서장사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.
2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때
3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때
② 사업장 관할세무서장사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다. (단서 생략) (3) 부가가치세법 제1조 【과세대상】① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.
④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다. (4) 부가가치세법시행령 제3조 【부수재화 또는 용역의 범위】법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역
2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역 (5) 부가가치세법 제12조 【면 세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
13. 저술가작곡가 기타 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역 (6) 부가가치세법시행령 제35조 【인적용역의 범위】법 제12조 제1항 제13호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(수개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각호에 규정하는 용역으로 한다.
2. 개인법인 또는 법인격 없는 사단재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역 (라) 학술연구용역기술연구용역과 전자계산조직을 이용한 시스템분석을 통하여 공급하는 프로그램 개발용역 (7) 국세기본법 제14조 【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득수익재산행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. (8) 국세기본법 제16조 【근거과세】① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.
③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다.
(1) 처분청이 조사한 ○○○ 사이버증권정보시스템 구축과 관련된 세금계산서 및 그 대금의 흐름내역은 다음과 같다. (가) 청구법인은 1999.7.21. (주)○○○시스템〔이하 “(주)○○○”라 한다)와 장비(HP 등) 공급계약을 공급가액 1,165,988천원에 체결하고, 동 장비를 (주)○○○의 사업장에 납품한 후, 1999.9.15. 및 1999.9.30. 2매의 세금계산서를 수취하였으며, 그 대금은 1999.9.15. 및 1999.10.28. 2차에 걸쳐 청구법인의 금융계좌로 송금받았다. 또한, 청구법인은 (주)○○○과 공급가액 1,093,437천원 상당의 장비(SUN 등)를 공급받은 것으로 하여 1999.7.16. 공급계약을 체결하고 1999.9.9. (주)○○○의 사업장에 동 장비를 납품한 후, 1999.9.22. 이에 대한 세금계산서를 수취하였고 1999.9.22. 동 금액에 상당하는 대금을 (주)○○○의 금융계좌로 송금하였다. (나) 청구법인은 (주)○○○와 1999.8.20. 공급가액 2,959,000천원(실제는 클레임 70,000천원 제외한 2,889,000천원)의 장비(하드웨어) 및 콜센타 개발용역(소프트웨어)관련 공급계약을 체결하고 1999.8.16.～1999.12.15. 기간동안 4회에 걸쳐 세금계산서(쟁점①세금계산서)를 발행․교부하고 그 대금은 1999.12.27. (주)○○○로부터 금융계좌로 송금받았다. (주)○○○는 청구법인으로부터 공급받은 장비 등을 1999.8.16. 공급가액 3,149,000천원에 (주)○○○에 공급하는 것으로 하여 매매계약을 체결하고 1999.8.20.～1999.11.15. 기간동안 4회에 걸쳐 세금계산서를 발행․교부하였으며, (주)○○○는 (주)○○○에서 공급받은 위 장비 등을 다시 1999.8.11. 4,183,000천원(공급가액)으로 다시 청구법인에 공급하는 매매계약을 체결하였으며, 1999.8.20.～1999.9.30.까지 3회에 걸쳐 이에 상당하는 세금계산서를 청구법인에게 발행․교부하였으며, 청구법인은 대금명목으로 지체상금 71,471천원과 매매계약 변경으로 인한 271,326천원을 차감한 4,258,502천원(공급대가)을 (주)○○○의 금융계좌로 송금하였다. (다) 청구법인과 (주)○○○는 아래 <표1>과 같이 ○○○ 사이버증권정보시스템에 대한 공급계약을 체결하고 1999.7.31.～2000.1.31. 기간동안 위의 과정을 거쳐 ○○○ 사이버증권정보시스템을 2001.1.31. 공급하였으며, 1999.7.31.～2000.3.31. 기간동안 5회에 걸쳐 세금계산서(4매) 및 계산서(3매)를 발행․교부하고, 그 대금은 1999.7.12.～1999.12.24.까지 3회에 걸쳐 동 금액을 수령하였다.
○○○ (라) 처분청은 쟁점①세금계산서를 가공매출로 보고, 청구법인이 (주)○○○로부터 수취한 4,183,000천원 상당의 매입세금계산서 중 (주)○○○의 교환기(1,034,000천원)를 제외한 나머지 3,149,000천원 상당을 가공매입으로 보아 과세한 것에 대하여, 청구법인은 위와 같이 단계별로 공급계약을 체결한 후 완제품을 공급받아 납품하는 것이 IT업계의 거래관행이라고 하면서 위의 거래는 실지거래이고 (주)○○○의 교환기에는 (주)○○○의 솔루션(프로그램)인 CTMP가 장착되어 납품되었다고 주장한다.
(2) 청구법인이 ○○○ 사이버증권정보시스템을 공급한 것에 대하여 위와 같이 세금계산서를 단계별로 발행․교부하여야 할 것인지(청구법인 주장), 아니면 각 업체들이 장비 및 솔루션을 청구법인을 통해 직접 (주)○○○의 사업장에 납품한 것인지(처분청 의견) 이에 대하여 본다. 이 건 조사관련 자료에 의하면, 각 업체들이 보유한 장비 등을 (주)○○○의 사업장에 직접 납품하였고, 동 장비에 장착되는 솔루션(프로그램) 등을 납품하는 업체들은 (주)○○○의 사업장에서 자사의 솔루션을 직접 각 장비에 장착하여 납품한 것으로 조사되어 있으며, 그 당시 청구법인의 대표이사로 재직하던 최○○○이 이 건과 관련된 심판청구○○○ 심리시 우리 심판원을 방문하여 진술한 내용에 의하면, 처분청이 조사한 내용과 같이 각 업체들이 장비 및 솔루션을 (주)○○○에 직접 납품한 후 각 업체들이 (주)○○○의 사업장에서 각 업체와 관련된 작업을 수행한다고 진술한 바 있다. 그렇다면, (주)○○○ 등의 HP 등 장비에 청구법인의 솔루션이 장착되어 (주)○○○ 및 (주)○○○를 통해 (주)○○○의 솔루션 및 (주)○○○의 교환기가 장착되는 과정을 거쳐 최종 제품으로 완성된 후, 다시 청구법인을 통해 (주)○○○에 납품되는 것이 아니라, (주)○○○, 청구법인, (주)○○○, (주)○○○ 등 각 업체들이 각 업체들이 보유한 장비 및 솔루션을 (주)○○○의 사업장에 직접 납품한 후 청구법인이 최종 제품(○○○ 사이버증권정보시스템)을 완성하여 (주)○○○에 납품하였다고 봄이 상당하며, 그럴 경우 쟁점①세금계산서 및 쟁점②세금계산서는 가공거래(CTMP의 공급가액은 사실과 다른 세금계산서로서 위장거래임)에 해당하므로 처분청이 쟁점①세금계산서 및 쟁점②세금계산서를 가공거래로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
- 라. 쟁점②에 대하여
(1) 청구법인은 (주)○○○와 1999.7.5. 콜센터 서버 납품계약을 공급가액 980백만원에 체결한 후, 1999.7.20. 및 1999.9.30. 쟁점③세금계산서를 발행․교부하고 대금을 수령한 것에 대하여 처분청은 쟁점③세금계산서의 거래를 가공거래로 보아 이 건 부가가치세를 과세하였다.
(2) 처분청이 조사한 청구법인의 쟁점③세금계산서관련 거래내역을 보면 아래 <표2>와 같다.
○○○
(3) 처분청은 쟁점③세금계산서에 대하여 가공거래라는 의견이고, 청구법인은 위 <표2>의 거래내역과 같이 실지거래라고 주장하므로 이에 대하여 본다. 청구법인은 쟁점③세금계산서상 거래의 경우, 콜센타 구축이 아니라 콜센타의 서버 납품계약이므로 추가인원이 소요되지 아니하는 거래라고 주장하나, 처분청이 조사한 내역에 의하면 이 건 세금계산서에 콜센타 구축 계약으로 기재되어 교부하였고 청구법인이 (주)○○○의 콜센타 구축(○○○ 사이버증권정보시스템)외에 별도의 콜센타 구축을 할 수 있는 여력이 있다고 보기 어려운 점, 청구법인의 (대체)전표상에도 콜 센타 구축계약으로 기재되어 있는 점, 청구법인이 납품하였다고 주장하는 서버의 구매내역이 전혀 없는 점, 납품확인서 및 납품처가 없는 것으로 조사된 점 등에 비추어 청구법인이 (주)○○○에 콜센타 구축용역 또는 콜센타 관련 서버 등을 공급하였다고 보기 어려우므로 쟁점③세금계산서상의 거래를 가공거래로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
- 마. 쟁점③에 대하여
(1) 청구법인이 1999.7.12. (주)○○○와 증권업무본사관리시스템 개발용역을 체결하고 1999.12.30. 공급가액 310백만원 상당의 계산서(쟁점①계산서)를 교부하고 대금을 수령한 것에 대하여 처분청은 쟁점①계산서상의 거래를 가공거래로 보아 과세하였다.
(2) 처분청이 조사한 청구법인의 쟁점①계산서관련 거래내역을 보면 아래 <표3>과 같다.
○○○
(3) 쟁점①계산서상의 거래를 가공거래로 볼 것인지, 아니면 실지거래로 볼 것인지 이에 대하여 본다. 청구법인은 이 건 개발용역 관련 공급계약서가 존재하고 있고, 대금을 실제로 지급받았음에도 불구하고 가공거래(매출)로 봄은 부당하다고 주장하나, 처분청이 조사한 바에 의하면, 청구법인은 콜센타 구축을 전문으로 하는 업체이고, 이 건과 같은 업무전산관리시스템 개발을 할 수 있는 능력이 없다고 조사된 점, 청구법인이 동 업무전산관리시스템 구축을 위하여 별도로 외주용역을 주어 납품받은 사실이 없는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점①계산서 상당의 용역을 (주)○○○에 공급하였다고 보기는 어려우므로 쟁점①계산서상의 거래를 가공거래로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
- 바. 쟁점④에 대하여
(1) 이 건 ○○○ 사이버증권정보시스템 구축과 관련하여 청구법인이 (주)○○○에 매출한 내역은 아래 <표4>와 같다.
○○○
(2) 청구법인은 위 <표4>의 면세분에 대하여 매출계산서를 교부하였고, 위 면세분 외에 2000.3.20. (주)○○○와 ○○○의 종합증권정보시스템 개발용역을 계약금액 2,276,000천원(면세)에 체결한 후, 2000.3.27. 910,400천원 상당의 매출계산서를 교부하고 동 대금을 수령한 후, 부가가치세 면세로 당해 과세기간 부가가치세를 신고한 것에 대하여 처분청은 아래 <표5>와 같이 청구법인의 면세 신고분을 과세로 전환하여 당해 과세기간 부가가치세를 부과하였다.
○○○
(3) 처분청은 청구법인이 (주)○○○ 등에 위 개발용역을 외주․발주하여 완제품을 납품받아 공급한 것이므로 독립된 자격으로 용역을 공급한 것이 아니며 또한 주된 부가가치세 과세대상인 ○○○ 사이버증권정보시스템 구축(재화의 공급)에 부수되어 제공되는 프로그램 개발용역으로서 주된 재화의 공급에 포함되는 것이므로 쟁점②계산서상의 거래는 부가가치세가 면세되는 거래가 아니라 과세대상이라는 의견이고, 청구법인은 이 건 개발용역은 재화(하드웨어)의 공급과는 별도로 프로그램 개발용역을 제공한 것으로서 청구법인이 독립된 자격으로 (주)○○○와 용역공급계약을 체결하고 (주)○○○ 등의 인력 등을 일부 지원받아 청구법인의 주도로 사이버증권정보시스템을 개발하여 (주)○○○에 제공하였으므로 이 건 용역거래는 부가가치세 면세대상이라고 주장한다.
(4) 청구법인과 (주)○○○ 간에 체결한 ○○○ 사이버증권정보시스템 개발을 위한 용역계약서 및 처분청이 과세근거로 제시하는 청구법인과 (주)○○○ 간에 작성한 ○○○ 사이버증권정보시스템 개발을 위한 용역계약서를 비교하면 아래 <표6>과 같다.
○○○
(5) 처분청이 청구법인에 대한 세무조사시 징취한 청구법인과 (주)○○○ 간에 체결한 이 건 관련 시스템개발용역 계약서에 첨부된 용역 내역에 의하면 아래 <표7>과 같다.
○○○
(6) 위 <표7>과 관련된 7월～12월별 투입현황에 의하면, 사이버증권정보시스템 개발의 업무내역은 영업업무, 본사업무, 영업지원 등의 업무개발을 위하여 연인원 229명이 투입되는 것으로 되어 있고, 사이버증권 트레이딩시스템 개발의 업무내역은 트레이딩 화면 설계, 투자정보 데이터베이스 개발 등을 위하여 연인원 14.2인이 투입되는 것으로 되어 있는 등 업무개발 내역 및 투입인원이 구체적으로 기재되어 있다.
(7) 처분청은 쟁점②계산서관련 거래가 주된 부가가치세 과세대상인 ○○○ 사이버증권정보시스템 구축(재화의 공급)에 부수되어 제공되는 프로그램 개발용역으로 주된 재화의 공급에 포함되므로 부가가치세가 면세되는 거래가 아니라 과세대상이라는 의견이나, 위 <표4>, <표6>, <표7>에서 보듯이 장비(HP 등 하드웨어)와 별도로 프로그램 개발용역을 공급하는 것으로 용역공급계약을 체결하였고, 용역결과 산출물들이 장비(하드웨어)운영과 관련된 것이 아니라 업무전산화 등을 위한 것으로 되어 있는 점에 비추어 장비에 부수되어 공급되는 용역으로 보기는 어렵다.
(8) 또한, 처분청은 청구법인과 (주)○○○간에 체결한 용역공급계약서 및 청구법인과 (주)○○○간에 체결한 용역공급계약서상의 계약내용이 ○○○의 사이버증권정보시스템 개발용역서로 되어 있는 점 등을 이유로 청구법인이 (주)○○○에 위 개발용역을 외주․발주하여 완제품을 납품받아 (주)○○○에 납품한 것으로서 청구법인이 독립된 자격으로 용역을 공급한 것이 아니므로 부가가치세 과세대상에 해당한다는 의견이나, 청구법인이 콜센타 구축을 전문으로 하는 업체인 점과, 청구법인과 (주)○○○간의 용역계약금액이 2,622,240천원 및 2,276,000천원인 반면 청구법인과 (주)○○○간의 용역계약금액은 1,350,000천원(51.4%) 및 457,600천원(20.1%)에 불과한 점 등을 감안할 때, 청구법인이 (주)○○○으로부터 완제품을 공급받아 (주)○○○에 납품하였다고 보기보다는 (주)○○○의 일부 인력을 지원받아 청구법인의 책임 하에 이 건 프로그램 용역을 개발하여 납품하였다고 보여지므로 쟁점②계산서 관련 용역은 부가가치세과세대상이 아니라 부가가치세법시행령 제35조 제2호 의 규정에 의한 면세용역으로 봄이 타당하다고 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점②계산서상의 거래를 부가가치세 과세대상으로 보고 과세로 전환하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.