매입세액은 부가가치세가 거래징수 되었다는 것을 전제로 매출세액에서 공제하는 것으로, 경락으로 취득한 재화에 대하여 전소유자로부터 세금계산서를 교부받았다 하더라도 경락금액에 부가가치세가 포함되어 있지 않으므로 매입세액으로 공제할 수 없음
매입세액은 부가가치세가 거래징수 되었다는 것을 전제로 매출세액에서 공제하는 것으로, 경락으로 취득한 재화에 대하여 전소유자로부터 세금계산서를 교부받았다 하더라도 경락금액에 부가가치세가 포함되어 있지 않으므로 매입세액으로 공제할 수 없음
심판청구를 기각합니다.
청구법인은 1993년에 개업하여 식음료 등의 제조 및 도·소매업을 영위하는 법인으로 2002.2.15. 청구외 주식회사 ○○○(업종: 수퍼마켓, 이하 “공급자”라 한다)이 사업용 자산으로 소유하던 건물 및 유체동산(이하“쟁점자산”이라 한다)을 ○○○법원의 임의경매를 통해 17,225,000,000원(이하“경락가액”이라 한다)에 낙찰받은 후, 2002.10.15.(이하 “경락가액 납입일”이라 한다)에 경락가액을 완납하고 쟁점자산을 취득하였다. 경락가액은 공급자의 채권자인 ○○○주식회사, ○○○시 등에 배분되었으며, 공급자는 경락가액 납입일에 폐업신고를 하면서 경락가액을 공급가액(15,659,090,909원)과 부가가치세(1,565,909,091원)로 구분하여 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행하고 부가가치세 신고를 하였으나 부가가치세 납부는 하지 아니하였다. 청구법인은 부가가치세 조기환급신고를 하여 2002.12.9. 쟁점자산의 취득에 대한 매입세액 1,565,909,091원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 환급받았으나, 처분청은 2002.12.14. 경락가액에 부가가치세가 포함되지 않은 것으로 입장을 변경하여 쟁점매입세액을 경정·고지하였고, 이에 청구법인이 2003.3.10. 이의신청을 제기하자 2003.3.12. 직권으로 위 과세처분을 취소하였다가, 다시 쟁점매입세액을 공제하는 것이 정당하지 않다는 ○○○)가 시행되기 이전에는 2001.3.31.자 재정경제부 예규(○○○) 및 다수의 국세청 예규에 의하여 “사업용 자산이 경매에 의해 공급되는 경우 경락가액에 부가가치세가 구분 표시되지 않거나 부가가치세 포함 여부가 불분명한 경우에는 경락가액에 부가가치세가 포함된 것이며, 동 자산에 대하여 사업자가 세금계산서를 발행한 경우에 경락자는 매입세액을 공제받을 수 있다”고 해석하고 있으므로, 쟁점자산의 공급일인 경락가액 납입일(2002.10.15.)은 변경 후 예규의 시행일 이전에 해당하여 쟁점매입세액을 공제받을 수 있는 것으로 보아야 한다. 또한, 변경 후 예규의 시행일 이전에 경매에 의해 공급된 다수의 사업용 자산의 경우 매입세액 공제를 인정하면서 쟁점자산의 공급에 대해서만 이를 인정하지 않는 것은 과세의 형평성에 부합하지 않으며, 처분청에서 이 건 과세근거로 제시한 다수의 대법원 판례, 국세심판례 및 감사원 심사결정례는 불복청구 사건에 대한 개별적인 효력을 가진 것이므로 일반적인 해석의 근거가 되는 재정경제부 및 국세청 예규에 우선하여 적용되는 것으로 볼 수 없다.
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. (이하 생략)
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. … 교부받은 세금계산서에 … 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. (이하 생략) 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】
③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
(1) 청구법인은 2002.2.15. 쟁점자산을 ○○○법원의 임의경매를 통해 경락받고 공급자로부터 경락금액의 110분의 10에 상당하는 부가가치세 1,565,909,091원(쟁점매입세액)원이 기재된 세금계산서를 교부받아 부가가치세 조기환급신고를 한 후 2002.12.9. 쟁점매입세액을 환급받았고, 처분청은 경락가액에 부가가치세가 포함되지 않았으므로 쟁점매입세액을 공제하는 것이 정당하지 않다는 ○○○ 감사지적에 따라 쟁점매입세액을 불공제하여 이 건 과세하였다.
(2) 부가가치세 납부세액 또는 환급세액은 사업자가 거래상대방으로부터 징수한 부가가치세(매출세액)에서 거래상대방으로부터 징수당한 세액(매입세액)을 차감하는 방법으로 계산하는 것이며, 매입세액은 부가가치세가 거래징수되었다는 것을 전제로 하여 매출세액에서 공제하는 것이므로, 비록 청구법인이 경락부동산의 전소유자로부터 부가가치세를 거래징수당한 것으로 작성된 세금계산서를 교부받아 신고하였다 하더라도, 실질적으로 부가가치세를 거래징수당하지 아니한 경우에는 당해 매입세액의 공제는 허용되지 아니하는 것이라 할 것이다. 민사소송법 제615조, 제631조, 제728조의 각 규정에 의하면 집행법원이 부동산을 경매에 붙이고자 할 때에는 반드시 감정인에게 이를 평가하게 하고, 그 평가액을 참작하여 최저경매가격을 정하여야 하며, 이와 같이 결정된 최저경매가격은 경매 부동산의 매수대금 최저액을 결정하는 기준이 되는 것이므로 경락대금에 그 부동산의 경락에 대한 부가가치세가 포함되어 있는지의 여부는 그 평가서의 내용을 살펴보면 이를 알 수 있는 바, 경락부동산의 감정평가서상에 건물의 평가액으로 기재되어 있으므로 쟁점경락금액에 부가가치세가 포함되었다고 볼 수 없고, 쟁점경락대금 이외에 부가가치세로 별도로 거래징수당한 사실을 뒷받침하는 증빙자료가 없다.
(3) 재정경제부장관은 2001.3.31.사업자의 사업용자산이 경매에 의하여 공급되는 경우 부가가치세 과세표준은 경락대금에 공급가액과 부가가치세가 별도로 구분표시되어 있지 않거나 부가가치세의 포함여부가 불분명한 경우에는 경락대금에 부가가치세가 포함된 것으로 보는 것이며, 동 재화에 대하여 경매기관 또는 사업자가 세금계산서를 교부한 경우 세금계산서를 교부받은 자는 자기의 매출세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다고 예규회신(○○○)하였다가, 2003.3.3. 이를 번복하여경락대금에 부가가치세가 포함되지 아니한 것으로 보아 교부받은 세금계산서의 매입세액은 공제받을 수 없다고 예규회신(○○○)하였는 바, 청구법인은 쟁점건물의 경락시점이 위 새로운 해석의 시행일 전인 2002.10.15.이므로 새로운 해석을 적용한 이 건 처분은 신의성실의 원칙 및 소급과세금지원칙에 위배된다는 것이므로 이를 살펴본다. 살피건대, 2001.3.31.자 예규 시행이전부터 대법원 판례(○○○), 국세심판원의 심판결정(○○○) 및 감사원의 심사결정(○○○) 등은 2003.3.3.자 예규내용대로 일관되게 판시하고 있는 사실에 비추어 볼 때, 일회적인 재정경제부장관의 예규 회신만으로는 과세관청이 경락대금에 부가가치세가 포함된 것으로 보아 교부받은 세금계산서의 매입세액을 공제하는 것으로 확립된 공적견해를 표명하였다고 인정할 수는 없다 할 것이므로 신의성실의 원칙을 위배하였다고 보이지 아니한다. 그리고 앞서 본 바와 같이 대법원 및 국세심판원 등의 일관된 견해 표명 등에 비추어 볼 때에 경락대금에 부가가치세가 포함된 것으로 보아 교부받은 세금계산서의 매입세액을 공제한다는 재정경제부장관의 2001.3.31자 예규의 내용이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌다고 할 수 없어 이 건 처분이 소급과세금지원칙을 위배하였다고 볼 수도 없다 할 것이므로 2001.3.31자 예규의 내용에 따라 쟁점매입세액을 공제받을 수 있는 것으로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(○○○).
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.