조기환급신고와 예정신고당시 이중으로 매입세액공제신고한 경우 가산세 적용 여부

○○○세무서장이 2004.12.23. 청구인에게 2004년 제2기 부가가치세 19,404,740원을 부과한 처분은 매입처별세금계산서합계표기재불성실가산세 9,704,370원은 이를 적용하지 아니하는 것으로 하여 세액을 경정하고 나머지 청구는 이를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2001.12.12. ○○○에서 제조업(전기전자제품)을 개업하여 보안장비 등 전기전자제품을 제조·판매하는 계속사업자이다.
• 나. 청구법인은 사무실 및 제조공장으로 사용할 목적으로 2004. 7.31. ○○○ 주식회사○○○로부터 건물(○○○ 공장 881.09㎡, 이하“공장건물”이라 한다)을 분양받아 2004. 7.14. 계약금과 중도금을 지급하고 2004.7.31. 잔금을 지급한 후 공급가액 합계금액 970,237,000원(이하“쟁점매입금액”이라 한다)의 세금계산서 6매를 교부받아 해당 매입세액을 공제하여 2004.8.25. 2004년 7월분 부가가치세 조기환급신고를 하고, 청구법인은 2004.10.25. 2004년 제2기 부가가치세 예정신고당시 쟁점매입금액을 다시 매입세액공제 하여 부가가치세 155,302,173원을 환급할 것을 신고하였다.
• 다. 처분청은 부가가치세 환급현지확인조사를 실시하여 청구법인이 신고한 부가가치세 환급세액 155,302,173원에서 조기환급신고당시와 예정신고당시 이중으로 매입세액공제대상으로 신고한 쟁점매입금액에 대한 매입세액을 불공제하고 신고불성실가산세 9,702,370원과 매입처별세금계산서합계표기재불성실가산세 9,702,370원을 차감한 나머지금액 38,873,730원만 2004.12.23. 청구법인에게 환급하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2005.3.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 2004년 7월분 조기환급신고당시 쟁점매입금액을 매입세액공제대상으로 신고하였다가 2004년 제2기 예정신고당시 다시 동일한 내용으로 신고한 것은 업무미숙과 전산처리잘못에 기인한 착오신고임이 예정신고당시 과세기간을 2004.7.1.부터 2004.9.30.까지로 표시한 사실, 2004사업연도 청구법인 결산서상에 공장건물의 가액이 이중으로 계상되어 있지 아니한 사실, 예정신고한 후 착오로 기재한 사실을 확인하고 공장건물분양계약서 및 세금계산서를 팩시밀리로 송신한 사실, 조기환급신고한 후 월별 매출금액과 매입금액을 누락하여 이를 포함하여 예정신고하다가 쟁점매입금액을 이중신고한 사실 등으로 입증되는데, 부가가치세법 제22조 제4항 에 매입처별세금계산서합계표상 기재사항이 착오로 기재되었으나 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는 만큼, 매입처별세금계산서합계표기재불성실가산세를 적용하여 해당 금액만큼 부가가치세 환급세액을 차감하여 환급한 처분은 부당하다. (2) 국세기본법 제45조 에서 조기환급신고기한을 법정신고기한으로는 규정하지 아니하고 있으므로 수정신고방법을 준용하여 전체 예정신고기간의 정상적 금액을 기재하고 이미 환급받은 금액은 부가가치세 예정신고서에 별도로 부기하여 기재하면 충분한데, 전산처리하여 예정신고한 이 건은 별도로 부기할 수 없으므로 조기환급받은 사실을 나타내지 아니한 것일 뿐이며 결과적으로 오류가 없는 정당한 예정신고임에도 신고불성실가산세를 적용하여 해당 금액만큼 부가가치세 환급세액을 차감하여 환급한 처분도 부당하다.

• 나. 처분청 의견 매입처별세금계산서합계표상에 공급가액을 과다하게 기재하여 매입세액을 공제받고 부가가치세를 환급받는 경우에는 착오로 인하여 공급가액을 과다기재한 것으로 보지는 아니하는 것이고 청구법인은 2001년 12월 개업하여 부가가치세를 신고한 법인이므로 이미 조기환급신고한 내용은 예정신고대상에서 제외하여야 한다는 부가가치세법 제64조 제2항 제1호 단서규정을 충분히 인식할 수 있었던 것으로 보이며, 또한 쟁점매입금액이 고액인 점 등을 감안하면 청구법인이 단순한 착오로 인하여 이중으로 쟁점매입금액을 매입세액공제대상으로 신고한 것이라는 청구법인 주장은 신빙성이 없고, 한편 부가가치세법 제22조 제5항 에 신고한 환급세액이 신고하여야 하는 환급세액을 초과하는 경우에는 신고불성실가산세를 부과한다고 규정하고 있는 만큼, 쟁점매입금액 해당 매입세액을 불공제하고 이중으로 당해 매입금액을 매입세액공제대상으로 신고한 것에 대한 매입처별세금계산서합계표기재불성실가산세와 신고불성실가산세를 적용하여 해당 금액을 부가가치세 환급세액에서 차감하여 환급한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 월별조기환급신고한 사업용 고정자산 공급가액을 부가가치세 예정신고시 다시 매입처별세금계산합계표에 기재하여 이중으로 신고하자, 신청한 환급세액에서 신고불성실가산세와 매입처별세금계산서합계표기재불성실가산세를 적용한 나머지 금액만 환급한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제22조 【가산세】

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액 (2) 부가가치세법시행령 (가) 제70조의 3【가산세】

③ 법 제22조 제3항 단서 및 제4항 단서에서“대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액”이라 함은 교부하였거나 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액을 말한다. (나) 제64조【예정신고와 납부】

② 법 제18조 제1항 및 제2항 단서의 규정에 의한 부가가치세의 예정신고에 있어서는 재정경제부령이 정하는 다음 각호의 서류를 각 사업장 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 다음 각목의 사항을 기재한 부가가치세예정신고서. 다만, 제73조 제3항의 규정에 의한 신고(영세율 또는 사업설비투자로 인하여 예정신고기한 이전에 이미 신고한 조기환급신고분)에 있어서 이미 신고한 내용은 예정신고대상에서 제외한다.

• 다. 공제세액 및 그 계산근거
• 라. 매출·매입처별세금계산서합계표 제출내용
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조기환급은 각 과세기간 단위별로 하는 환급과는 달리 수출 등에 의하여 영세율이 적용되거나 사업설비의 신설·취득·확장·증설 등에 투자하는 경우 사업자가 부담한 부가가치세를 조기환급하여 자금부담을 덜어주기 위하여 부가가치세법상 환급세액이 확정되기 전에 확정신고 등의 절차에 따라 환급세액이 확정될 때 정산하는 것을 전제로 앞당겨 환급하여 주는 제도이고, 조기환급대상은 영세율이 적용되는 때와 사업설비를 신설·취득·확장 또는 증축하는 경우이며, 조기환급기간은 월별 또는 2월이고, 부가가치세법시행령 제64조 제2항 제1호 에 의하여 사업자가 조기환급신고한 내용은 해당 과세기간에 대한 부가가치세 예정신고대상에서 제외한다.

(2) 청구법인이 제출한 증빙서류인 2004년 7월분 부가가치세 조기환급신고서(2004.8.25.)와 국세통합전산망, 2004년 제2기 부가가치세 예정신고서(2004.10.25.), 쟁점매입금액 관련 공장건물 분양계약서와 세금계산서, 청구법인의 2004사업연도 계정별원장(건물)과 대차대조표 등을 보면 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인이 2004년 7월분 조기환급신고서, 국세통합전산망신고서조회에는 청구법인이 사업설비투자금액인 쟁점매입금액만 매출세액에서 공제하여 신고한 반면 2004년 7월분 매출금액(공급가액 603,074,973원)과 매입금액(공급가액 178,601,038원)은 신고하지 아니하고 청구법인이 개업(2001.12.12.)한 후 처음으로 2004년 7월분 월별조기환급을 신고한 사실 등이 확인된다. (나) 2004년 제2기 부가가치세 예정신고서·공장분양계약서와 세금계산서에는 청구법인이 2004년 7월분 조기환급신고를 하였음에도 2004년 제2기 예정신고서에는 2004.8.1.부터 2004.9.30.까지가 아니라 2004.7.1.부터 2004.9.30.까지로 하며 쟁점매입금액을 중복하여 기재한 사실, 공급자가 에이스종합건설 주식회사이고 공급받는 자는 청구법인이며 거래명세는〈표〉와 같은 내용, 청구법인은 2004사업연도 계정별원장(건물)과 대차대조표에 쟁점매입금액을 정상적으로(중복하지 아니하고) 기장한 사실 등이 나타난다. 〈표〉○○○ (3) 부가가치세법 제22조 제4항 제3호 와 같은법시행령 제70조의 3 제3항에 사업자가 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중에 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 환급세액에서 공제하나, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 가산세를 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.

(4) 청구법인이 2004년 7월분 조기환급신고를 하였음에도 2004년 제2기 부가가치세 예정신고서상 과세기간을 2004.8.1.부터 2004.9.30.까지로 표시하지 아니하고 2004년 7월분까지 포함하여 2004.7.1.부터 2004.9.30.까지로 중복표시하고 월별조기환급신고당시에 누락한 매출금액과 매입금액을 신고한 사실, 청구법인이 처음으로 2004년 7월분 월별조기환급을 신고한 사실, 청구법인이 계정별원장(건물)과 대차대조표에는 쟁점매입금액을 정상적으로(중복하지 아니하고) 기장한 사실 등을 감안하면 청구법인이 자료관리상 부주의와 전산조작미숙 등 업무미숙으로 인한 착오로 월별조기환급신고서상 매입처별세금계산서합계표상에 기재하여 신고한 쟁점매입금액을 부가가치세 예정신고당시에 제출한 매입처별세금계산서합계표에 중복기재하여 신고하였다는 청구법인 주장이 신빙성이 있어 보이고 또한 청구법인이 교부받은 세금계산서에 따라 거래사실이 확인되는데, 그렇다면 쟁점매입금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 매입처별세금계산서합계표기재불성실가산세로 적용하여 청구법인이 신고한 2004년 제2기 부가가치세 환급세액에서 이를 공제하고 환급한 처분은 부당하다고 판단된다.○○○

(5) 다만, 부가가치세법 제22조 제5항 제1호 에 사업자가 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 초과 하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 신고불성실가산세로 하여 환급세액에서 공제한다고 규정하고 있는데, 그렇다면 청구법인이 월별조기환급신고한 쟁점매입금액을 부가가치세 예정신고당시 다시 신고하여 결과적으로 초과하여 환급세액을 신고한 이 건의 경우 청구법인이 초과하여 신고한 쟁점매입금액에 해당하는 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 신고불성실가산세로 보아 신고한 환급세액에서 공제하고 부가가치세를 환급한 처분은 정당하다고 판단된다.○○○

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호와 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.