피합병법인의 지분법평가이익 및 지분법평가손실 유보금액의 승계가능 여부

○○세무서장이 2004.12.29. 청구법인에게 한 2003.7.1~2004.6.30 사업연도 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구(환급신청세액: 694,001,480원) 거부처분은 동 경정청구내용 중 2001.7.1. 청구법인에 흡수합병된 청구외 (주)○○의 투자유가증권에 대한 지분법평가이익 익금불산입 △유보금액 79,882,406원, 지분법평가손실 손금불산입 유보금액 1,063,438,687원을 합병법인인 청구법인이 승계하고, 그 승계 금액 중 청구법인이 보유한 당해 투자유가증권 중 감자비율(131,040주/150,040주)에 상당하는 금액은 익금 또는 손금산입하여 법인세 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각합니다.

• 가. 청구외 주식회사 ○○○은 2001.7.1. 청구외 주식회사 ○○ 〔이하 “(주)○○” 이라 한다〕을 흡수합병하면서 현재의 상호로 변경한 법인이다.
• 나. (주)○○은 합병되기 전인 1995.7.19. 미합중국 뉴욕에 현지법인인 ○○○INTERNATIONAL ․ INC(이하 "VII회사“ 라 한다)를 설립하였고, VII회사의 4차(2000.2.28~2000.12.18)에 걸친 유상증자 중 1차 유상증자(1백만불)시 신주인수를 포기하는 대신 특수관계회사인 청구외 ○○산업(주)가 참여토록하였고, 2․3․4차 유상증자시에는 ○○산업(주)가 포기한 신주배정주식을 모두 인수하여 VII회사 발행주식 150,040주를 보유하게 되었다.
• 다. (주)○○은 1999사업년도 결산시 VII회사의 장부상 보유주식 90,040주의 취득가액 2,731,618,000원에 대하여 기업회계기준상의 지분법으로 평가한 평가차액 2,009,603,155원을 평가감하면서 102,400,213원은 손익계산서상 지분법평가이익계정으로, 1,363,208,162원은 이익잉여금상 지분법평가손실로, 나머지 748,795,206원은 대차대조표상 자본조정계정의 자본조정감소로 회계처리하고, 세법상 투자유가증권에 대한 지분법평가방법을 인정하지 아니하므로 이에 대한 세무조성으로 위 지분법평가이익 102,400,213원은 익금불산입 △유보처분하고, 지분법평가손실 1,363,208,162원은 손금불산입 유보처분하여 법인세 과세표준을 신고하였다.
• 라. (주)○○은 2000.12.18. 보유중인 VII회사 발행주식 150,040주중 117,040주를 ○○산업(주)에 3년 이내 환매한다는 조건으로 2,106,720,000원에 매각하였고, 한편, 장부가액 대비 부족액 1,724,827,001원을 투자유가증권처분손실로 계상하는 한편, 관련 지분법평가로 인한 1999사업연도 세무조정사항에 대하여도 매각해당비율 만큼 세무조정사항이 실현된 것으로 보아 다시 반대로 세무조정(102,400,213원에 대한 매각해당비율 79,882,406원은 익금산입 유보, 1,363,208,162원에 대한 매각해당비율 1,063,438,687원은 손금산입 △유보)하여 2000사업연도 법인세신고를 하였다.
• 마. 2001.7.1. (주)○○이 청구법인에게 흡수합병되어 소멸되고 2001.10.31. 청구법인은 위 (주)○○이 매각한 VII회사 발행주식 117,040주를 당초 매도가격인 2,106,720,000원에 ○○산업(주)로부터 환매하였고, 2003.7.1. VII회사의 유상감자로 인하여 발행주식 170,040주 중 131,040주가 유상감자되었다.
• 바. ○○세무서장은 2004년 11월 (주)○○의 2000사업연도에 대한 세무조사에서 VII회사의 4차에 걸친 유상증자와 관련하여 (주)○○이 1차 유상증자시 신주 인수포기하고 ○○산업(주)가 인수한 것은 고가 인수로 인한 이익분여로 보아 351,495,749원을 익금가산 유보처분하고, 나머지 3차례 유상증자시 ○○산업(주)가 신주인수포기하고 (주)○○이 고가인수한 것은 부당행위계산부인하여 116,814,357원을 익금 가산 기타처분하고 동시에 손금가산 △유보처분하였다. 또한, (주)○○이 VII회사 주식 117,040주의 3년후 환매조건부매매행위를 매매행위를 가장한 실질적인 자금융통행위로 보아 2000.12.18. 매각당시 감액세무조정하였던 지분법평가이익 △유보 79,882,406원과 지분법평가 손실 유보 1,063,438,687원을 다시 반대로 세무조정하고, 투자유가증권처분손실 1,724,827,001원을 손금불산입 유보처분한 사실을 세무조사결과로 2004.10.25. 청구법인에게 통보하였다.
• 사. 청구법인은 이에 대하여 2003.7.1. 실시한 VII회사의 유상감자로 인하여 청구법인이 보유하고 있던 주식 150,040주 중 131,040주가 감자되어 지분법평가이익 △유보 79,882,406원, 지분법평가손실 유보 1,063,438,687원, 투자유가증권처분손실 유보 1,724,827,001원, 불균등유상증자로 분여받은 이익 유보 351,495,749원 및 분여한 이익 △유보 116,814,357원(차가감 총유보금액 2,943,064,674원, 이하 “쟁점유보금액”이라 한다) 중 감자비율(131,040주/150,040주)에 상당하는 금액 2,570,375,865원을 청구법인의 2003.7.1~2004.6.30. 사업연도의 손금으로 하여 법인세 694,001,480원을 환급하여 줄 것을 2004.10.25. 경정청구하였다.
• 아. 처분청은 (주)○○에 대하여 세무조정하여 처분한 쟁점유보금액은 피합병법인 (주)○○의 청산소득금액계산시 반영되어야 할 금액이라는 의견을 제시하며 2004.12.29. 경정청구를 거부하였다.
• 자. 청구법인은 이에 불복하여 2005.3.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 지분법평가이익 익금불산입 △유보금액 79,882,406원, 지분법평가손실 손금불산입 유보금액 1,063,438,687원 및 투자유가증권처분손실 손금불산입 유보금액 1,724,827,001원은 기업회계기준상으로는 매각거래로 보고 회계처리하였으나 세무상으로는 손익의 귀속시기(매각 또는 감자)가 도래하지 않은 자금거래로 보아 세무조정(익금불산입 및 손금불산입)한 것으로 법인세법시행령 제85조 제1항 제2호 규정에 해당하는 항목이다. 그리고 지분법평가이익 익금불산입 △유보금액 79,882,406원, 지분법평가손실 손금불산입 유보금액 1,063,438,687원은 피합병법인 (주)○○의 1999사업연도 결산시 기업회계기준 제59조(투자주식의 평가)의 규정에 따라 평가하여 결산반영하고 법인세 과세표준계산시 세무회계와 기업회계의 차이를 세무조정한 것이므로 기업회계기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액으로 법인세법시행령 제85조 제1항 제3호 단서규정에 해당하는 항목이다. 또한, 처분청이 VII회사의 불균등 유상증자로 인하여 피합병법인 (주)○○이 분여받은 이익(유가증권평가이익)이라 익금가산하고 유보처분한 금액인 351,495,749원은 VII회사 유상증자시 주당평가액보다 고가로 신주발행하여 (주)○○이 신주인수를 포기함으로써 신주인수를 포기한 (주)○○의 기존 보유주식의 가치가 상승한 것이므로 특수 관계있는 주주로부터 이익을 분여받은 것으로 본 것이고 그 만큼 (주)○○의 주식가치가 상승하였으며, VII회사의 불균등유상증자로 인하여 (주)○○이 분여한 이익이라며 손금가산하고 △유보처분한 금액인 116,814,357원은 VII회사 유상증자시 주당평가액보다 고가로 신주발행하여 다른 특수관계있는 주주가 신주인수를 포기하고 그 포기 한 신주를 (주)○○이 인수함으로써 신주인수를 포기한 다른 특수관계인이 보유하고 있는 기존 보유주식의 가치가 상승한 것이므로 특수관계있는 주주에게 이익을 분여한 것으로 본 것이고 그 만큼 (주)○○의 주식가치가 하락한 것이다. 이러한 불균등유상증자로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익 또는 특수관계자에게 분여한 이익은 기업회계와 세무회계의 차이로서 기업회계기준상 장부상으로는 유가증권 취득가액의 증가 또는 감소로 회계처리할 수는 없으나, 법인세법 제41조, 동시행령 제72조 및 동시행규칙 제37조 제2항에서 불균등 유상증자로 인하여 분여받은 이익은 자산(유가증권)의 취득가액에 가산하고, 분여한 이익은 자산의 취득가액에서 차감하도록 규정하고 있어 불균등유상증자로 인한 분여받은 이익(유가증권평가이익) 익금가산 유보금액 351,495,749원과 분여한 이익 손금가산 △유보금액 116,814,357원은 기업회계기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액에 해당되어 법인세법시행령 제85조 제1항 제3호 단서규정에 해당하는 항목이다. 따라서, 쟁점유보금액 2,943,064,674원 중 2003.7.3. 유상감자된 131,040주에 상당하는 금액을 청구법인의 2003.7~2004.6 사업연도의 손금 및 익금으로 산입하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 지분법평가이익 익금불산입 △유보금액 79,882,406원, 지분법평가손실 손금불산입 유보금액 1,063,438,687원 및 투자유가증권처분손실 손금불산입 유보금액 1,724,827,001원은 유가증권매각거래를 실질적인 담보부 차입거래로 보아 발생한 세무조정금액이며, 손익의 귀속연도 와는 아무런 관계가 없으며, 이러한 세무조정사항은 실질적인 피합병 법인의 부채 침 자산으로 인정되어 피합병법인의 자산가치의 평가 및 합병신주식의 교부주식수 산정에 고려되어져야 할 요소로서, 피합병법인의 청산소득금액계산시 피합병법인의 자기자본총액에서 차가감할 항목으로서 합병법인인 청구법인으로 승계할 수 없다. 또한, 법인세법시행령 제85조 제1항 제3호 단서 규정의 “기업회계 기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액” 은 기업회계와 세무회계의 차이로 인한 세무조정금액을 의미하나, 이 건 지분법평가이익 익금불산입 △유보금액 79,882,406원, 지분법평가손실 손금불산입 유보금액 1,063,438,687원 및 투자유가증권처분손실 손금불산입 유보금액 1,724,827,001원은 법인세법 제52조 및 동시행령 제88조의 부당행위계산부인규정을 적용하여 계산한 금액으로 기업회계기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액에 포함되지 아니하므로 청구법인에 승계할 수 없다. VII회사의 불균등유상증자로 인하여 피합병법인 (주)○○이 분여받은 이익 익금가산 유보처분금액 351,495,749원과 분여한 이익 손금가산 △유보금액 116,814,357원은 피합병법인의 청산소득금액계산시 피합병법인의 자기자본총액에서 차가감할 사항으로서 합병법인인 청구법인으로 승계할 수 없으며, 청구법인이 주장하는 바와 같이 법인세법시행령 제85조 제1항 제3호 단서에서 규정하는 기업회계기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액이 아니라 법인세법규정에 의하여 세무조정된 금액이다.

• 가. 쟁점

(1) 피합병법인의 세무조정잔액인 지분법평가이익 익금불산입 △유보금액 79,882,406원과 지분법평가손실 손금불산입 유보금액 1,063,438,687원을 합병법인인 청구법인이 승계할 수 있는지 여부

(2) 피합병법인의 세무조정잔액인 투자유가증권처분손실 손금불산입 유보금액 1,724,827,001원을 합병법인인 청구법인이 승계할 수 있는지 여부

(3) 피합병법인의 세무조정잔액이 불균등유상증자로 인한 특수관계자로부터 분여받은 이익 익금산입 유보금액 351,495,749원과 특수관계자에게 분여한 이익 △유보금액 116,814,357원을 합병법인인 청구법인이 승계할 수 있는지 여부 나 관련 법령

• 가. 법인세법 제49조 【합병 및 분할시의자산 ․ 부채의 승계 등】 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 이 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인 ․ 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 “피합병법인등” 이라 한다)의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액 등의 처리 및 그 금액 기타 자산 ․ 부채의 합병법인 등에의 승계 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 법인세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제11조 【수익의 범위】 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

9. 제88조 제1항 제8호 각목의 규정에 의한 자본거래로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익 제72조 【자산의 취득가액 등】

① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다. (1998. 12. 31 개정)

4. 현물출자 ․ 합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등: 취득당시의 시가. 다만, 합병 또는 분할(물적 분할을 제외한다)의 경우에는 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 동항 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

3. 제88조 제1항 제1호 및 제8호 나목의 규정에 의한 시가초과액

④ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다.

3. 합병 또는 분할합병(제1항 제4호에 해당하는 경우를 제외한다)으로 인하여 받은 제11조 제9호의 규정에 의한 이익이 있는 경우에는 그 이익을 가산한 금액 제85조 【합병 및 분할시의 자산 ․ 부채의 승계 등】

① 내국법인이 합병하는 경우에 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 다음 각호에 의한다.

1. 압축기장충당금 및 일시상각충당금은 합병법인이 이를 승계할 수 있다.

2. 법 제40조의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도가 도래하지 아니하여 피합병법인의 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속사업연도에 따라 합병법인에게 승계되는 것으로 한다.

3. 감가상각, 법 제42조의 규정에 의한 평가 기타 세무조정과 관련하여 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 합병법인에게 승계되지 아니한다. 다만, 기업회계기준에 의한 퇴직급여 충당금의 적립 및 동기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액 기타 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 금액의 승계 등에 관하여 기타 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다. 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우” 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

8. 다음 각목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우

• 나. 법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 증권거래법 제2조 제3항 의 규정에 의한 모집방법으로 배정되는 겨우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우 법인세법시행규칙 제37조 【자산의 취득가액】

② 영 제72조 제2항 및 동조 제4하의 규정에 의하여 취득가액에 포함하거나 가산하는 금액에는 영 제11조 제9호의 금액 중 영 제88조 제1항 제8호 나목 및 다목의 규정에 의하여 분여받은 이익을 포함하다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 피합병법인 (주)○○이 보유하고 있던 VII회사 주식 150,040주 중 117,040주를 2000.12.18. ‘매각후 3년 이내 환매조건’ 으로 ○○산업(주)에 2,106,720천원에 매각하고 이를 다시 합병법인인 청구법인이 2001.10.31. 2,106,720천원에 재취득한 것으로 회계처리한 것에 대하여 (주)○○의 관할관청인 ○○세무서장이 이를 주식매매행위가 아닌 주식을 담보로 한 실질적인 자금융통행위로 보아 동 주식에 대하여 (주)○○이 처분 당시까지 계상하였던 지분법평가손실 1,063,438,687원(117,040주 해당액)을 손금불산입 유보처분하고 지분법 평가이익 102,400,213원(117,040주 해당액)을 익금불산입 △유보처분한 사실과 VII회사의 2003.7.3. 실시한 유상감자로 청구법인이 보유하고 있던 VII회사 주식 150,040주 중 131,040주가 감자된 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. (나) 처분청은 지분법평가손실 손금불산입 유보금액 및 지분법평가이익 익금불산입 △유보금액은 피합병법인인 (주)○○의 청산소득금액계산시 자기자본총액에서 차가감할 항목으로 합병법인인 청구법인이 이를 승계할 수 없다는 의견인데 대하여, 청구법인은 손익의 귀속연도가 도래하지 아니하여 피합병법인의 손금 또는 익금에 해당하지 아니한 금액 및 기업회계기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 손금에 산입하지 아니하거나 익금에 산입하지 아니한 금액에 해당하므로 청구법인이 이를 승계하여야 한다고 주장하고 있다. (다) (주)○○은 2001.7.1. 주식회사 비비안에 흡수합병되기 전에 VII회사 주식을 20% 이상 (170,040주 중 150,040주, 88.2%)을 보유하고 있어 기업회계기준 제59조 규정에 의하여 보유주식인 VII회사 주식 150,040주를 지분법으로 평가한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (라) 지분법은 법인세법상으로는 인정하지 않는 투자유가증권평가 방법이므로, 지분법에 따른 지분법평가손익은 법인의 손금 또는 익금으로 산입할 수 없으며, 세무조정에 의하여 지분법평가손실 손금불산입한 유보금액과 지분법평가이익 익금불산입한 △유보금액은 당해 투자유가증권이 처분 또는 감자시 손금산입하거나 익금산입하여야 할 세무조정항목이다. (마) 따라서, 피합병법인인 (주)○○의 지분법평가손실 손금불산입유보금액 1,063,438,687원 및 지분법평가이익 익금불산입 △유보금액 102,400,213원은 법인세법시행령 제85조 제1항 제3호 단서 규정에 의하여 합병법인인 청구법인이 이를 승계할 수 있고, 동 승계금액은 합병시 (주)○○으로부터 인계받은 VII회사 주식(150,040주)이 처분 또는 감자되는 시점에 손금 또는 익금산입하여야 하므로 지분법평가손실 손금불산입 유보금액 1,063,438,687원 및 지분법평가이익 익금불산입 △유보금액 102,400,213원 중 2003.7.3. 유상감자된 131,040주에 상당하는 금액을 2003.7.1~2004.6.30사업연도의 손금 및 익금으로 인정하여야 하는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) (주)○○은 2000.12.18. VII회사발행주식 150,040주 중 117,040주를 ○○산업(주)에 ‘매각 후 3년 이내 환매조건’으로 2,106,720천원에 매각하고 1,724,827,001원의 투자유가증권처분손실을 계상한데 대하여 (주)○○의 관할세무서장인 ○○세무서장이 이를 주식매매행위가 아닌 주식을 담보로 한 실질적인 자금융통행위로 보아 투자유가증권처분손실 1,724,827,001원을 손금불산입하고 유보처분한데 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. (나) 처분청은 투자유가증권처분손실 손금불산입 유보금액은 법인세법 제52조 및 동시행령 제88조의 부당행위계산부인규정을 적용하여 부인된 금액으로서 법인세법시행령 제85조 제1항 제2호 및 제3호 단서규정에 해당하지 아니하며 피합병법인인 (주)○○의 청산소득금액계산시 자기자본총액에 차기감할 항목으로 합병법인인 청구법인에게 인계할 수 없다는 의견인데 대하여, 청구법인은 손익의 귀속연도가 도래하지 아니하여 피합병법인의 손금에 해당하지 아니한 금액에 해당하므로 청구법인에 인계되어야 한다고 주장하고 있다. (다) 피합병법인인 (주)○○이 ○○산업(주)에 2000.12.18.에 3년후 환매조건부로 매매하였던 관계회사주식 117,040주를 당초 매각하였던 가액 2,106,720천원에 2001,10,31. 합병법인인 청구법인이 재취득(환매)한 것은 그 실질이 주식을 담보로 한 자금차입거래로 판단되는바, 사실이 그러하다면 (주)○○이 특수관계법인인 ○○산업(주)와 통정하여 가공의 손실을 계상한 것이어서, 처분청은 (주)○○과 ○○산업(주)간의 사법상의 거래를 부인한 것이 아니라 그 거래의 세법상의 효과를 부인한 것이고, 따라서 117,040주의 기업회계상의 관계회사주식 장부가액은 그 실질이 (주)○○이 매각당시 계상하였던 2,106,720천원으로 보아야 하며, 청구법인이 계상한 투자유가증권처분손실 1,724,827,001원을 처분청이 부인함으로 인해 발생한 세무조정 유보금액 1,724,827,001원은 법인세법시행령 제85조 제1항 제3호 단서규정에 의한 기업회계기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 손금에 산입하지 아니한 세무조정사항으로 볼 수 없으며, 또한, 동 유보금액은 합병이전에 손익의 귀속시기가 도래하지 아니하여 합병후 손익의 귀속시기가 도래함으로 인하여 합병당시에 청구법인에게 인계되는 세무조정사항으로도 볼 수 없다고 판단된다. (라) 따라서 피합병법인 (주)○○의 투자유가증권처분손실 손금불산입 유보금액 1,724,827,001원은 청구법인이 승계할 수 없는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 본다. (가) VII회사의 2000.2.28. 1차 유상증자시 고가발행되어 (주)○○이 증자포기하고 ○○산업(주)가 인수하여 결과적으로 (주)○○이 ○○산업(주)로부터 분여받은 이익 351,495,749원을 법인세법시행령 제11조 제9호 규정에 의하여 익금가산 유보처분하고, VII회사의 2000.10.13. 2차 유상증자, 2000.10.24. 3차 유상증자 및 2000.10.30. 4차 유상증자시 고가발생되어 ○○산업(주)가 증자포기하고 (주)○○이 인수하여 결과적으로 (주)○○이 특수관계자에게 분여한 이익 116,814,357원을 법인세법 제52조 부당행위계산부인규정에 의하여 익금가산 기타처분 및 동 금액을 손금가산 △유보처분한데 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. (나) 처분청은 불균등유상증자로 특수관계자로부터 분여받은 이익유보금액과 특수관계자에게 분여한 이익 △유보금액은 피합병법인인 (주)○○의 청산소득금액계산시 자기자본총액에 차가감할 항목으로 합병법인인 청구법인이 이를 승계할 수 없다는 의견인데 대하여, 청구법인은 기업회계기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 손금에 산입하지 아니하거나 익금에 산입하지 아니한 금액에 해당하므로 청구법인이 이를 승계하여야 한다고 주장하고 있다. (다) 불균등유상증자로 특수관계자로부터 분여받은 이익과 특수관계자에게 분여한 이익 △유보금액은 법인세법시행령 제11조 제9호 및 법인세법 제52조 부당행위계산부인규정에 의하여 익금가산 및 손금가산된 금액으로서, 합병시의 자산 ․ 부채의 승계요건을 규정하고 있는 법인세법시행령 제85조 규정에서 열거하고 있지 않은 세무조정 항목이다. (라) 따라서 피합병법인 (주)○○의 불균등유상증자로 특수관계자로부터 분여받은 이익 유보금액 351,495,749원과 특수관계자에게 분여한 이익 △유보금액 116,814,357원은 청구법인이 이를 승계할 수 없는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.