사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

○○○세무서장이 2004.12.11 청구인에게 한 2003년 제2기분 부가가치세 경정청구 거부처분은 이를 취소합니다.

청구인○○○은 ○○○재건축조합의 거주자들로 ○○○에 빌라 12세대를 재건축하기로 하고, 2002.7.26 건축허가를 받고 주택신축판매를 목적으로 2002.10.1 공동사업자등록○○○을 하고, ○○○재건축공사(이하 "쟁점재건축공사"라 한다)는 주식회사 ○○○(이하 "청구외법인"이라 한다)에 도급을 주어 2003.2.14 착공하여 2003.10.25 완공하였다. 청구인은 쟁점재건축공사와 관련하여 청구외법인으로부터 2003.10.31 발행된 1,550백만원 상당의 세금계산서(이하 "쟁점1세금계산서"라 한다)를 수취하여 2004.1.25 2003년 제2기분 부가가치세 확정신고시 제출하여 79,499,500원을 환급신청하였다. 청구인은 쟁점재건축공사과 관련하여 청구외법인으로부터 2003.10.31 발행·교부된 것으로 기재된 4,950백만원 상당의 세금계산서(이하 "쟁점2세금계산서"라 한다)에 대하여 2004.8.27 처분청에 253,885,500원의 환급을 요구하는 2003년 제2기분 부가가치세 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점2세금계산서를 2003년 제2기 과세기간이 경과한 후에 발행·교부된 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하는 것이 타당하다 하여 2004.12.11 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.3.11 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2003.10.25 ○○○가 준공되자 변경된 공사금액 6,500백만원 전액에 대하여 세금계산서를 교부받아 2003년 제2기 확정신고를 할 예정이었으나, 청구외법인은 자금사정이 악화되고 대부분 관급공사를 수행하는 관계로 부가가치세 등 세금 체납시 공사대금을 수령할 수 없는 등 부도위기에 처하게 되어 부득이 부가가치세를 납부할 수 있는 금액인 쟁점1세금계산서(1,550백만원)와 나머지 금액인 쟁점2세금계산서(4,950백만원)를 분할하여 발행·교부하고 청구외법인의 요구대로 쌍방이 쟁점1세금계산서만 제때에 신고하고 쟁점2세금계산서에 대하여는 청구외법인의 자금사정이 호전되었을 때 추가로 신고하고 청구인은 추후에 경정청구를 하게 되었는 바, 청구인은 재건축한 ○○○ 분양시 부가가치세를 부담해야 하는데 경정청구 거부로 공사비 부분에 대한 부가가치세를 환급받지 못하면 부가가치세는 납부하고 매입세액은 공제받지 못하는 2중의 부가가치세 부담이 되고, 조세를 포탈할 목적이 있었던 것도 아니며, 청구외법인의 일시적인 자금사정 때문에 일부만 신고하고 추후 가산세를 포함하여 납부하겠다는 사정을 들어준 것 뿐인데 분할하여 발행·교부된 쟁점1세금계산서와 쟁점2세금계산서를 일괄신고하지 아니하고 쟁점2세금계산서에 대해 경정청구를 하였다 하여 동 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 경정청구시 제출한 쟁점2세금계산서는 쟁점1세금계산서와 작성시기가 2003.10.31로 동일하나 필체가 서로 다르고, 청구외법인이 부가가치세 환급신고자 현지확인조사를 받은 후에야 청구인이 경정청구를 하였는 바, 청구외법인의 자금사정으로 같은 날짜에 발행된 세금계산서를 사후에 경정청구하기 위해 쟁점2세금계산서를 제때에 신고하지 않았다는 주장은 납득이 되지 아니하며, 관련장부를 제출할 수 있었음에도 이를 제출하지 아니한 것을 보아도 청구외법인의 신고누락에 대한 세액추징이 있자 2003년 제2기 과세기간이 종료된 후에 쟁점2세금계산서를 발행·교부한 것으로 판단되며, 부가가치세법 제17조 제2항 및 같은법 시행령 제60조 제2항에서 재화와 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있는 바, 공급시기가 속한 과세기간 종료 후에 당해 공급시기를 작성일자로 기재한 세금계산서를 교부받아 그 작성일자가 속하는 과세기간분의 매입세액 공제대상으로 제출하는 경우는 사실과 다른 세금계산서 보아야 할 것이므로 쟁점2세금계산서에 대하여 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다○○○.

• 가. 쟁점 쟁점2세금계산서를 과세기간이 경과한 후에 발행·교부된 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제16조 【세금계산서】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】 ① 법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다. 1의 2. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표수취명세서를 국세기본법시행령 제25조 의 3의 규정에 의하여 경정청구서와 함께 제출하여 제70조에 규정하는 경정기관이 경정하는 경우

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인○○○은 ○○○재건축조합의 거주자들로 빌라를 재건축하기로 하고 2002.7.26 건축허가를 받고, 2002.10.1 주택신축판매(총 12세대중 조합원지분외 6세대는 판매목적)를 사업목적으로 하여 공동사업자등록○○○을 하고, 쟁점재건축공사는 청구외법인에 도급을 주어 2003.2.14 착공하여 2003.10.25 ○○○(총 12세대, 연면적 3,583.26㎡)를 완공한 것으로 집합건축물대장 등에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점재건축공사와 관련하여 청구인과 청구외법인간에 작성된 도급계약서를 보면, 2002.11.6 작성된 계약서에는 공사기간은 2002.12.3∼2003.9.1, 도급금액은 5,870백만원(부가가치세 포함)으로 되어 있었으나, 2003.9.30 변경된 계약서에는 공사기간은 2002.12.1∼2003.10.31, 도급금액은 7,150백만원(부가가치세 포함)으로 변경된 것으로 나타나며 동 도급금액에 대하여는 다툼이 없다.

(3) 청구외법인은 관할 ○○○세무서장으로부터 2004년 제1기 확정 부가가치세 환급신고자 현지확인조사(기간 2004.8.9∼2004.8.12)를 받았는 바, 그 조사내용을 보면, 청구외법인은 쟁점재건축공사를 2003.10.25 완료하였으므로 2003년 제2기 확정 부가가치세신고시 공사금액 6,500백만원(공급가액)에 대하여 매출세금계산서를 발행하여 매출과세표준에 포함하여 신고하여야 하나 1,550백만원(공급가액)만 신고하였으며, 4,950백만원(공급가액)으로 발행된 매출세금계산서는 부가가치세 신고시 누락하였으나 2004년 3월 2003사업연도분 법인세 신고시에는 4,950백만원을 수입금액에 포함하여 신고하였다고 사실확인(2004.8.13)하고 있고, 청구외법인과 조사공무원간에 2003.8.13 작성된 문답서에는 쟁점재건축공사에 대한 세금계산서 발행, 부가가치세 신고를 어떻게 하였는가에 대한 질문에, 청구외법인은 공사완료시까지 조합원지분외에 분양이 되지 아니하여 공사대금을 받지 못하였으며 도급금액 전액에 대하여 세금계산서를 발행하여 부가가치세를 신고하면 세금을 납부할 수 없어 1,550백만원 1매와 4,950백만원 1매를 발행하여 이중 1,550백만원만 부가가치세 신고를 하였으며, 1,550백만원만 부가가치세신고를 한 이유에 대한 질문에, 청구외법인은 주로 관급공사(2003년도중 쟁점재건축공사가 유일한 민간공사임)를 하여 입찰시마다 국세증명서를 제출해야하기 때문에 도급금액 전액에 대하여 매출세금계산서를 발행하여 부가가치세를 신고하면 부가가치세를 납부할 수 없어 부가가치세를 납부할 수 있는 일부 발행분(1,550백만원)만 신고하였으며, 2003사업연도분 법인세신고시 부가가치세 신고누락한 공사금액(4,950백만원)을 수입금액으로 신고한 이유에 대한 질문에, 청구외법인은 관급공사를 하기 때문에 매출실적을 사실대로 신고하여야 하며 법인세신고까지 누락할 수 없어 신고하였다고 진술한 것으로 나타나며, ○○○세무서장은 청구외법인이 신고누락한 4,950백만원(쟁점2세금계산서상의 금액)에 대해 2004.10.1 청구외법인에게 2003년 제2기분 부가가치세 680,625천원을 결정고지한 사실이 조사복명서, 확인서, 문답서, 결정결의서 등에 의하여 확인된다.

(4) 청구인은 쟁점1세금계산서(1,550백만원)는 2003년 제2기분 부가가치세 확정신고시 제출하여 79,499,500원을 환급받았으나, 쟁점2세금계산서(4,950백만원)는 이 때에 제출하지 아니하고 2004.8.27 2003년 제2기분 부가가치세 경정청구를 하면서 제출하였으며, 처분청은 쟁점1세금계산서와 쟁점2세금계산서의 작성시기가 2003.10.31로 동일한 것으로 되어 있으나 필체가 다르고, 청구인이 쟁점2세금계산서가 쟁점 1세금계산서와 같은 시기에 발행되었음을 입증할 수 있는 다른 증빙자료를 제시하지 못하고 있다 하여 쟁점2세금계산서를 공급시기가 속한 과세기간이 경과한 후에 발행된 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 사실이 경정청구복명서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(5) 살피건대, 쟁점2세금계산서에 대하여 청구인은 쟁점재건축공사용역의 공급시기에 적법하게 발행·교부된 세금계산서이나 청구외법인의 자금사정 때문에 부득이 쟁점1세금계산서와 쟁점2세금계산서로 분할하여 발행되었을 뿐이므로 매입세액공제가 되어야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 최소한 2003년 제2기 과세기간중에 발행되어야 하나 동 과세기간이 경과한 후에 발행된 것이어서 매입세액이 공제될 수 없다고 주장하고 있는 바, 청구외법인은 쟁점2세금계산서에 대해 2003년 제2기 부가가치세 확정신고시에는 신고누락하였으나 2004년 3월 2003사업연도분 법인세신고시에는 쟁점2세금계산서상의 금액 4,950백만원을 수입금액에 포함하여 신고하였으므로 청구외법인이 당초부터 동 금액을 신고누락하기 위해 쟁점2세금계산서를 발행하지 아니한 것으로는 보이지 아니하고, ○○○세무서장의 청구외법인에 대한 세무조사시 징취한 청구외법인의 대표이사 박○○○의 문답서 내용에 의하면, 쟁점1세금계산서와 쟁점2세금계산서는 같은 날에 발행된 것으로 나타나고, 청구외법인은 대부분 관급공사를 하기 때문에 체납된 세금이 없어야 하나 분양예정인 6세대가 쟁점재건축공사가 완료된 후에도 분양이 되지 아니하여 공사대금을 받지 못하는 등 자금사정이 악화되어 부득이 납부할 수 있는 부가가치세 범위내의 쟁점1세금계산서만 신고하였다는 청구주장이 이유가 있어 보이고, 청구인은 분양예정인 6세대중 1세대가 2005.2.2 처음으로 분양되어 2005.7.25 부가가치세 42,857,570원을 신고·납부한 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점2세금계산서는 쟁점재건축공사용역의 공급시기에 적법하게 발행된 세금계산서로 판단된다. 따라서, 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 및 같은법 시행령 제60조 제1항 제1호의 2에서 '법 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 등의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이나, 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 등을 국세기본법시행령 제25조 의 3의 규정에 의하여 경정청구서와 함께 제출하여 제70조에 규정하는 경정기관이 경정하는 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것'이라고 규정하고 있으므로 청구인이 쟁점2세금계산서에 대해 처분청에 경정청구한 데 대하여, 처분청이 쟁점2세금계산서를 매입세액공제대상이 되지 아니하는 '사실과 다른 세금계산서'로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다