감사보고서 및 수지결산서등에 의하면 수익 비용등의 금액 모두를 청구법인 단독으로 계상한 것으로 나타나고 있는 등 이익배분 약정이 공동사업지분에 의한 약정으로 보기 어려우므로 이를 재조사하여 그에 따라 경정함이 타당함.
감사보고서 및 수지결산서등에 의하면 수익 비용등의 금액 모두를 청구법인 단독으로 계상한 것으로 나타나고 있는 등 이익배분 약정이 공동사업지분에 의한 약정으로 보기 어려우므로 이를 재조사하여 그에 따라 경정함이 타당함.
○○○세무서장이 2004.11.1. 청구법인에게 한 1999사업연도 법인세 1,169,175,030원의 환급결정 및 2000사업연도 법인세 119,300원, 2001사업연도 법인세 12,947,607,390원, 2002사업연도 법인세 27,457,032,160원의 부과처분은
1. ○○○ 외 3필지에 ○○○아파트를 신축·분양한 사업이 실질적으로 청구법인과 ○○○건설주식회사간의 공동사업인지 청구법인의 단독사업인지 여부 및 공동사업이라면 그 사업지분을 재조사하여 그 결과에 따라 각 과세표준 및 세액 또는 환급세액을 경정하고,
2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인과 ○○○건설은 공동으로 쟁점사업장에 쟁점아파트를 신축·분양하기로 합의하고 총 부지매입비용 중 청구법인이 90%, ○○○건설이 10%를 부담하였으며, 사업을 완료한 후 투자비와 이자(연 13.5%) 및 각종 공과금 등을 공제한 순이익금을 총사업비에 대한 부담비율로 배분하기로 약정하고 상호를 ○○○으로 하여 쟁점사업장에 공동사업자(개인)로 사업자등록을 한 후 이에 기초하여 부가가치세법에 따라 세금계산서를 수수하고 관련 부가가치세를 적법하게 신고·납부하였고, 2000.6.28. 이익금 배분방법을 변경하여 세후 순이익의 500억원까지는 청구법인에게, 500억원을 초과하는 금액은 ○○○건설에 배분하기로 약정하고 청구법인과 ○○○건설이 쟁점사업을 수행한 것이며, 처분청도 공동사업자로 보아 부가가치세 신고납부를 인정한 사실이 있으므로 쟁점사업은 공동사업으로 보아야 하며, 또한 쟁점사업은 ○○○이라는 개인이 신축·분양한 것으로 소득세법 제87조 및 같은 법 시행령 제48조 제11호의 규정을 적용하여야 하고, 이에 의하면 주택신축판매업의 경우 대금청산일, 소유권이전등기일, 실제사용수익일 중 가장 빠른 날에 수입금액을 인식하도록 규정하고 있어 쟁점사업과 관련된 수입금액 인식시기는 대금청산일인 ‘분양대금을 완납한 때’로 보아야 함에도 쟁점사업을 “예약매출”로 보아 작업진행률 기준으로 수익을 인식한 처분은 부당하다.
(2) 쟁점채권의 채무자인 ○○○주식회사는 1998.6.19. 정부의 리스회사정리방침에 따라 퇴출대상리스회사로 발표되어 2000.3.18. 채권기관과 기업개선약정(Work-Out)을 체결하여 감자, 채무면제, 잔여차입금에 대한 만기 및 이자율 재조정을 받고 2001.6.1. 청구법인이 투자를 완료함에 따라 Work-Out이 종료되었으나 2002사업연도에도 거액의 영업손실(323억원)이 발생된 부실기업으로, 이 건과 같이 부실채권을 인수한 경우의 수익인식방법은 법인세법상 이자와 할인액의 수익인식시기인 ‘약정에 의한 지급일’이 아니라 사업소득의 일반적인 손익의 인식기준인 권리의무확정주의에 따라 회수기준으로 수익을 인식하여야 하는 것으로, 이 건의 경우 2002.12.31.까지 회수한 금액은 쟁점할인채권회수액을 포함하더라도 쟁점투자원금에도 미치지 못함에도 ‘약정에 의한 상환일’을 기준으로 쟁점할인채권회수액을 2001사업연도와 2002사업연도분 수입금액으로 하여 과세한 처분은 부당하다.
(3) 청구법인은 ○○○건설과 쟁점사업장에서 공동으로 아파트를 신축분양하는 사업을 하기로 합의하고 공동사업자등록을 신청하였고, 이에 처분청도 개인인 ‘○○○’이라는 상호로 공동사업자등록증을 교부함에 따라 쟁점사업장을 거주자로 보고 쟁점사업과 관련한 수익인식을 소득세법 제87조 및 같은 법 시행령 제48조 제11호의 규정에 따라 분양대금을 완납한 때로 인식한 것이고, 또한 쟁점할인채권회수액에 대하여는 권리의무확정주의에 근거하여 회수원가법에 의하여 수익을 인식하여 신고한 것이므로, 청구법인에게 과소신고·납부에 대한 어떠한 고의·과실이 존재하거나 세법에서 정한 납세자의 의무이행을 게을리 한 사실이 없고, 청구법인으로서는 공동사업자의 손익을 인식함에 있어 현행의 조세법 체계상 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있으므로, 처분청이 쟁점사업과 관련하여 법인세법 시행령 제69조 제2항 의 규정에 따라 작업진행률기준으로 공사수익의 인식 및 쟁점할인채권회수액을 각 회수하기로 약정한 날로 수익을 인식하면서 그 차액에 대하여 가산세 14,686,118천원(이하 “쟁점가산세”라 한다)을 과세한 처분은 부당하다.
(1) 청구법인의 쟁점아파트 신축·분양에 대하여 1998.12.24. ○○○건설과 합작계약을 체결하고 ○○○건설이 1999.7.16. 토지매입대금의 10%인 11,861,780천원을 부담한 사실은 있으나 2000.5.17. 동 토지의 매입원금과 이자 1,342,493천원을 회수한 바 있고, 청구법인은 발주자로서 ○○○건설과 2000.5.31. 도급계약을 체결한 바 있으며, 2000.6.28. 체결한 합작사업기본계약서 제8조에 의하면 청구법인은 시행자의 지위이고, ○○○건설은 사업의 설계, 시공, 분양을 맡은 시공자의 지위라고 명시하고 있는 사실과 이익분배약정도 1998.12.24. 당초 합작사업에 관한 약정서에는 순이익금을 총사업비에 대한 부담비율로 배분하는 것으로 하다가 2000.6.28. 체결한 합작사업기본계약서에서는 순이익금이 450억원에 미달시 ○○○건설이 미달금액을 보상하고, 450억원 이상 500억원 이하일 때에는 순이익금 전부를 청구법인에게 배분하며, 500억원을 초과하는 부분은 ○○○건설에게 배분하는 것으로 변경한 사실과 이익배분을 한 사실이 없는 점 등으로 볼 때 청구법인과 ○○○건설이 공동사업자의 지위에서의 동업계약이 아니고 실질적으로는 성과급적 도급계약인 단독사업으로 판단되고, 쟁점사업은 법인세법상 “예약매출”에 해당하는 것이므로 작업진행률기준에 따라 손익을 인식하여 과세한 이 건 처분은 정당하다. (2) 법인세법 제43조 에서 익금과 손금의 귀속사업연도에 대하여 규정하고 있으므로 기업회계기준보다 우선적용하여야 하는 것이며, 법인세법 제40조 제1항 및 같은 법 시행령 제70조, 소득세법 시행령 제45조 에서 채권할인액에 대한 귀속시기에 대하여는 ‘약정에 의한 상환일’로 보도록 명백하게 규정하고 있으며, 청구법인은 2001.10.31. ○○○주식회사의 조정안을 받아들여 쟁점투자원금과 쟁점채권할인액을 구분하여 상환약정을 체결하고 동 약정에 따라 쟁점할인채권회수액을 실제로 회수하였으므로 ‘약정에 의한 상환일’을 쟁점할인채권회수액의 손익 귀속시기로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.
(3) 청구법인이 쟁점사업과 관련하여 세무신고당시 적용가능했던 관련예규○○○를 보면, 법인과 개인이 공동으로 사업자등록을 하였을 경우에도 법인 지분에 대해서는 법인세법에 따라 소득금액을 계산하는 것으로 명백하게 해석한 바 있음에도 이를 이행하지 아니한 것은 관련 법규의 해석에 대한 의무이행을 불이행한 귀책사유가 청구법인에게 있다 할 것이며, 쟁점사업과 관련된 수익과 비용 전부가 청구법인에게 귀속되었으므로 청구법인의 해당사업연도 법인세를 경정결정한 것은 실질과세원칙에 부합하며, 또한 가산세 중 납부불성실가산세의 경우 그 기간계산은 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 미납부세액에 대한 지연이자적 성질의 금액이 포함되어 있다고 할 수 있으므로 법인세를 과소신고·납부한 청구법인에게 쟁점가산세를 부과한 처분은 정당하다.
(1) 쟁점아파트의 신축·분양사업을 공동사업이 아닌 청구법인의 단독사업으로 본 처분의 당부
(2) 수입금액을 법인세법에 의한 작업진행률 기준으로 인식하여 과세한 처분의 당부
(3) 쟁점할인채권회수액을 투자원금회수와 관련없이 ‘상환약정일이 속하는 사업연도의 이자수익’으로 인식하여 과세한 처분의 당부
(4) 손익의 인식차이로 발생한 과소신고·납부에 대하여 쟁점가산세를 부과한 처분의 당부
(1) 쟁점ⓛ,②와 관련한 법령
○ 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】
① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 법인세법 시행령 (2003.11.29. 대통령령 제18146호로 개정되기 전의 것) 제69조 【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】
① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.
○ 소득세법 제39조 【총수입금액과 필요경비의 귀속연도 등】
① 거주자의 각 연도의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 연도로 한다.
③ 거주자가 각 과세기간의 소득금액을 계산함에 있어서 총수입금액과 필요경비의 귀속연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.
○ 소득세법 제43조 【공동소유 등의 경우의 소득분배】
① 제87조에 규정하는 공동사업장에 대한 소득금액계산에 있어서는 당해 공동사업장을 1거주자로 본다.
② 사업자가 자산을 공유 또는 합유하거나 공동으로 사업을 경영하는 경우에는 그 지분 또는 손익분배의 비율에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 거주자별로 그 소득금액을 계산한다.
○ 소득세법 제87조 【공동사업장에 대한 소득금액계산 등의 특례】
① 다음 각호의 1의 소득이 있는 공동사업을 경영하는 장소(이하 “공동사업장”이라 한다)에 대하여는 당해 소득이 발생한 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다.
③ 공동사업장에 대하여는 당해 공동사업장을 1사업자로 보아 제160조 제1항 및 제168조의 규정을 적용한다.
④ 공동사업을 경영하는 자가 당해 공동사업장에 관한 제168조 제1항 및 제2항에 규정하는 사업자등록을 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 공동사업자, 그 지분 또는 손익분배의 비율, 대표자 기타 필요한 사항을 사업장소재지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.
⑤ 공동사업장에 대한 소득금액의 신고ㆍ결정ㆍ경정 또는 조사 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 소득세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제48조 【사업소득의 수입시기】 사업소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각호에 규정하는 날로 한다.
1. 상품(주택신축판매업의 경우의 주택과 부동산매매업의 경우의 부동산을 제외한다)ㆍ제품 또는 기타의 생산품(이하 “상품 등”이라 한다)의 판매 그 상품 등을 인도한 날
5. 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 호에서 “건설 등”이라 한다)의 제공 용역의 제공을 완료한 날(목적물을 인도하는 경우에는 목적물을 인도한 날). 다만，계약기간이 1년 이상인 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 작업진행률(이하 "작업진행률" 이라 한다)을 기준으로 하여야 하며, 계약기간이 1년 미만인 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 작업진행률을 기준으로 할 수 있다.
11. 제1호 내지 제10호의2에 해당하지 아니하는 자산(주택신축판매업의 경우의 주택과 부동산매매업의 경우의 부동산을 포함한다)의 매매 (1998. 12. 31. 신설) 대금을 청산한 날. 다만，대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전에 관한 등기 또는 등록을 하거나 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 등기ㆍ등록일 또는 사용수익일로 한다.
○ 민법 제703조 【조합의 의의】 ⓛ 조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.
(2) 쟁점③과 관련한 법령
○ 법인세법 시행령 제70조 【이자소득 등의 귀속사업연도】
① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 이자 등의 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각호와 같다.
1. 법인이 수입하는 이자 및 할인액(이하 이 항에서 “이자 등”이라 한다): 소득세법 시행령 제45조 의 규정에 의한 수입시기에 해당하는 날(한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인의 경우에는 실제로 수입된 날로 하되, 선수입이자 등을 제외한다)이 속하는 사업연도. 다만, 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자 등(법 제73조의 규정에 의하여 원천징수되는 이자 등을 제외한다)을 당해 사업연도의 수익으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 익금으로 한다.
2. 법인이 지급하는 이자 등: 소득세법 시행령 제45조 의 규정에 의한 수입시기에 해당하는 날이 속하는 사업연도. 다만, 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자 등을 당해 사업연도의 손금으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 손금으로 한다.
○ 소득세법 시행령 제45조 【이자소득의 수입시기】 이자소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각 호에 규정하는 날로 한다.
1. 법 제16조 제1항 제13호의 규정에 의한 이자와 할인액 약정에 의한 상환일. 다만, 기일전에 상환하는 때에는 그 상환일
(3) 쟁점④와 관련한 법령
○ 법인세법 제76조 【가산세】
① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다.
1. 제60조의 규정에 의한 신고가 없거나 제112조의 규정에 의한 장부의 비치ㆍ기장의무를 이행하지 아니한 경우에는 납세지 관할세무서장이 결정한 산출세액(적정유보초과소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)의 100분의 20에 상당하는 금액(그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 7에 미달하거나 산출세액이 없는 때에는 그 수입금액의 1만분의 7에 상당하는 금액). 다만, 신고하지 아니한 소득금액이 50억원을 초과하는 경우에는 그 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액(그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 10에 미달하거나 산출세액이 없는 경우에는 그 수입금액의 1만분의 10에 상당하는 금액)으로 한다.
2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액
- 가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 호에서 “부당과소신고금액”이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10 미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다.
- 나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. 다만，산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.
3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우(제29조 제4항ㆍ제56조 제4항 및 조세특례제한법에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다)에는 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액에 대하여 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율과 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 고지일까지의 기간 등을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액
○ 소득세법 제87조 【공동사업장에 대한 소득금액계산 등의 특례】
② 제81조 제5항 및 제7항 내지 제10항과 제158조에 규정하는 가산세로서 공동사업장에 관련되는 세액은 당해 공동사업을 경영하는 각 거주자의 지분 또는 손익분배의 비율에 의하여 배분한다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점ⓛ에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인과 ○○○건설은 쟁점사업에 대하여 개업일을 1999.6.7.로 하고 상호를 ‘○○○’으로 하여 처분청에 공동사업자(개인사업자)등록을 신청하였고, 처분청은 이를 받아들여 〈표1〉에서와 같이 법인이 아닌 개인으로 하여 공동사업자등록증을 교부하였으며, 청구법인은 쟁점사업과 관련하여 ‘○○○’명의로 세금계산서를 수수하고 부가가치세를 신고납부한 사실이 사업자등록증 및 국세청의 사업자기본사항조회서 및 부가가치세신고서에 의해 확인되고 있으며, 처분청은 청구법인에 대한 조사결과, 청구법인과 ○○○건설이 사실상 쟁점사업을 경영하거나 수행한 사실이 없고, ○○○건설이 2000.5.17. 출자한 쟁점사업장 토지매수대금을 중도에 회수하여 사실상 출자가 없었다는 사실을 조사하여 ○○○건설은 쟁점사업의 시공사에 불과하므로 쟁점사업은 공동사업이 아닌 청구법인의 단독사업으로 보고 과세한 것으로 확인된다. <표1> 청구법인의 공동사업자등록 교부현황 유형 상호 사업자등록번호 업종 공동사업지분 일반과세 (개인)
○○공제회
○○사업단 -- 건설업, 아파트주택신축 청구법인90% 현대건설10% (나) 1998.12.24. 청구법인이 쟁점사업에 대하여 ○○○건설과 체결한 ‘○○○부지 합작사업에 관한 약정서’의 주요내용을 보면, 토지매입대금으로 청구법인이 90%, ○○○건설이 10%를 각 부담하기로 하고, 투자자금은 아파트 및 상가를 분양하여 자금의 여유가 있을 때 양 당사자가 협의하여 단계별로 회수하기로 하며(제3조, 제4조), 이익분배는 사업완료후 투자비와 이자(금리 13.5% 적용 포함) 및 각종 비용과 제세공과금을 공제한 순이익금에서 총사업비에 대한 부담비율로 배분하고(제5조), 합작사업의 주체는 청구법인으로 하고, 시공 및 설계, 분양에 관한 사항은 청구법인과 ○○○건설이 별도로 수의계약을 체결하여 청구법인의 통제하에 ○○○건설과 협의하여 시행하며, 대표권은 청구법인이 갖는 것(제6조, 제7조)으로 약정하였다가 2000.6.28. 당초 약정내용의 일부를 변경하여 토지매입비는 청구법인이 90%, ○○○건설이 10%를 부담하여 청구법인 단독명의로 취득 및 소유권 이전등기하며, 투입된 사업비의 상환(회수)은 분양수입금이 입금된 날로부터 10일 이내에 입금된 분양수익금으로 상환하되, 원금 및 금융이자도 포함하여 상환하기로 하고(제5조, 제6조), 합작사업에 관하여 청구법인은 대표권을 가지며 사업자의 지위로서 ○○○건설과 제반사항을 협의하여 시행하고, ○○○건설은 사업의 설계, 시공, 분양을 맡은 수급자의 지위로, 순이익금이 450억원 미만일 경우 그 순이익금 전부를 청구법인에게 배분하고 ○○○건설은 450억원에 미달한 금액을 보상하며, 450억원 이상 500억원 이하일 때는 전부를 청구법인에게 배분하고, 500억원 이상일 경우 500억원을 청구법인에게 배분하며, 500억원을 초과한 부분은 ○○○건설에게 배분하는 것(제8조 및 제3조)으로 일부내용을 변경하여 ‘○○○ 부지개발에 관한 합작사업기본계약’을 체결한 것으로 확인된다. (다) 청구법인은 위 약정에 따라 1999.7.16. 토지매입대금의 10%인 11,861,780천원을 대여받아 토지를 단독명의로 취득한 후 2000.5.31. 청구법인을 발주자로 ○○○건설을 수급자로 하는 쟁점아파트신축공사 도급계약서(도급금액 341,829백만원, 착공일 2000.2.16.)를 체결하였으며, 청구법인과 ○○○건설이 쟁점사업에 투자한 원금 및 이자의 회수내역을 보면, 〈표2〉와 같이 1999사업연도에 투자한 토지매입대금 및 관련이자는 2000사업연도말까지 청구법인과 ○○○건설 모두가 전액을 회수하고, 2001사업연도 이후부터 ○○○건설은 쟁점사업과 관련된 공사비를 전혀 부담하지 아니하고 청구법인만이 매년 쟁점사업 수행을 위한 자금을 투자하여 투자원금과 이자를 매년 회수하였으며, 쟁점아파트 보존등기도 청구법인이 단독으로 등기한 것으로 청구법인의 장부(보조원장), ○○○에서 ○○○건설에 통보한 투자비 및 이자상환내역서, 처분청의 조사서 등에 나타난다. <표2> 쟁점사업과 관련되 투자금과 이자 회수내역 (단위: 백만원) 구분 투자내역 투자금 회수 내역 청구법인
○○건설 청구법인
○○건설 원금 이자 계 원금 이자 계 1999 101,349 11,862 902 2,948 3,850 2000 62,727 101,065 8,941 110,006 11,862 1,342 13,204 2001 64,044 97,995 6,102 104,097 2002 28,888 55,709 485 56,194 2003 134,089 134,258 134,258 총계 391,097 11,862 389,620 18,476 408,096 11,862 1,342 13,204 (라) 청구법인의 쟁점사업과 관련된 회계 및 세무처리내역을 보면, 쟁점아파트신축분양사업 전체를 작업진행률을 적용하여 산출한 자산·부채 및 수익·비용 등의 금액(쟁점사업과 관련하여 ○○○건설 지분이라고 주장하는 10%를 포함) 모두를 청구법인 단독으로 계상한 사실이 청구법인의 2000사업연도부터 2002사업연도까지의 ‘연결재무제표에 대한 감사보고서’에 나타나고 있으나 청구법인은 쟁점아파트분양 및 공사가 시작된 1999사업연도부터 완공 및 입주가 완료되기 직전 사업연도인 2002사업연도까지 세무상 수익과 비용을 인식하지 아니하고 신고누락한 것으로 확인된다. (마) 위 사실을 종합하여 살피건대, 공동사업이라 함은 민법상의 조합계약에 의하여 2인 이상이 그 지분 또는 손익분배의 비율, 대표자 기타 필요한 사항 등을 정하여 공동으로 출자하여 공동으로 사업을 경영하며 당사자 전원이 그 사업의 성공 여부에 대하여 이해관계를 가지는 것을 말하며, 당해 조합원간의 실질적인 공동사업 여부는 동 사업이 공동경영되는지 여부와 이익의 분배방법 및 비율이 정해져 있는지 등에 따라 판단할 사항으로, 청구법인과 ○○○건설은 사업지분을 90%와 10%로 각 정하여 공동으로 쟁점사업장에 쟁점아파트를 신축·분양하기로 합의하고 상호를 ‘○○○’으로 하여 쟁점사업장에 공동사업자(개인)로 사업자등록을 한 후 이에 기초하여 부가가치세법에 따라 세금계산서를 수수하고 관련 부가가치세를 신고·납부하였으나, 청구법인이 쟁점사업장 부지매입대금의 10%에 상당하는 금액을 ○○○건설로부터 융통하여 청구법인 단독명의로 쟁점사업장 부지를 취득한 사실, 이로부터 10개월 후인 2000사업연도에 ○○○건설에게 위 융통한 금액의 원금과 이자를 지급함에 따라 ○○○건설이 쟁점사업과 관련하여 출자한 금액이 없게 된 사실과 1998.12.24. 이익분배방법을 투자지분율배분방식에서 2000.6.28. 체결된 ‘○○○ 부지개발에 관한 합작사업 기본계약서’에 의한 세후 순이익의 500억원까지는 청구법인에게, 500억원을 초과하는 금액은 ○○○건설에 배분하기로 변경하였고, 동 약정내용대로 청구법인이 ○○○건설에게 이익을 배분한 것인지에 대한 객관적인 자료제시가 없어 실질적인 손익분배비율을 정확히 알 수 없는 점, ‘○○○ 부지개발에 관한 합작사업 기본계약서’ 제8조(사업자의 지위)에 의하면 청구법인은 대표권과 시행자의 지위를, ○○○건설은 수급자의 지위를 갖는 것으로 약정되어 있고, 청구법인이 ○○○건설과 쟁점아파트신축공사 도급계약을 체결하면서 청구법인을 발주자로, ○○○건설을 수급자로 한 점, 청구법인의 ‘연결재무제표에 대한 감사보고서 및 수지결산서’에 의하면 쟁점아파트신축분양사업 전체를 작업진행률을 적용하여 산출한 자산·부채 및 수익·비용 등의 금액(쟁점사업과 관련하여 ○○○건설 지분이라고 주장하는 10%를 포함) 모두를 청구법인 단독으로 계상한 것으로 나타나고 있는 등 2000.6.28. 체결된 이익배분 약정이 공동사업지분에 의한 약정이라기보다는 쟁점사업의 이익을 극대화하기 위한 성과급적 도급계약으로 보이는 점이 있어 쟁점사업이 실질적으로 청구법인과 ○○○건설간의 공동사업인지 청구법인의 단독사업인지 여부와 그 이익배분기준인 공동사업지분이 불분명하므로 처분청이 이를 재조사하여 그에 따라 과세표준 및 세액 또는 환급세액을 경정하는 것이 필요하다고 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점사업에서 발생한 수입금액을 소득세법 시행령 제48조 제11호 의 완성기준(잔금청산일)에 따라 2002년도말 현재까지 분양이 완료된 세대가 없어 2002사업연도까지 손익을 인식하지 아니하다가 2003사업연도부터 수입금액을 〈표3〉과 같이 인식하여 청구법인과 ○○○건설에 각 분배하고 청구법인이 분배받은 소득금액을 법인세 신고시 각 해당 사업연도의 익금에 산입하여 신고한 사실이 청구법인의 소득금액조정합계표와 쟁점사업의 과세소득 및 소득분배액 계산서에 나타난다. <표3> 소득금액 산정내역 (단위: 백만원) 구분 소득금액 산정내역 배분 총수입금액 필요경비 소득금액 청구법인 현대건설(주) 203 524,217 468,426 55,791 55,795 -93 204 64,232 58,957 5,275 4,888 1,094 2005 2,772 3,508 -736 6,170 -507 계 591,221 530,891 60,330 66,853 494 (나) 처분청은 청구법인이 쟁점아파트 신축분양과 관련된 수익인식시기를 소득세법상 완성기준(대금청산일 기준)으로 하여 회계처리한 것을 부인하고, 법인세법 시행령 제69조 제2항 에서 규정한 “예약매출”에 해당한다고 보아 작업진행률을 적용하여 〈표4〉와 같이 각 사업연도의 익금 및 손금을 산입하여 과세한 것으로 나타난다. <표4> 2002사업연도까지의 작업진행률에 의한 익금 및 손금산입 내역 (단위: 백만원) 구분 익금산입 손금산입 고지세액 (천원) 계정과목 금액 계정과목 금액 1999사업연도 분양수익 5,880 분양원가 6,674 -1,169,175 2000사업연도 분양수익 60,457 분양원가 49,700 119 2001사업연도 분양수익 159,730 분양원가 111,608 12,947,607 2002사업연도 분양수익 187,838 분양원가 137,514 27,457,032 합계 413,905 305,496 39,235,583 (다) “예약매출”에 의한 용역제공과 관련하여 법인세법과 소득세법상 손익인식기준에 대하여 살펴보면, 법인세법 시행령 제69조 제1항 에서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날)이 속하는 사업연도로 하도록 하고, 제2항에서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 제1항의 규정에 불구하고 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 것으로 규정하고 있다. 또한, 소득세법 시행령 제48조 (사업소득의 수입시기)에 의하면, 제5호에서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함)의 제공에 대한 사업소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 ‘용역의 제공을 완료한 날(목적물을 인도하는 경우에는 목적물을 인도한 날)’이라고 규정하고 있고, 다만 계약기간이 1년 이상인 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 작업진행률(이하 "작업진행률" 이라 한다)을 기준으로 하여야 하며, 계약기간이 1년 미만인 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 작업진행률을 기준으로 할 수 있으며, 제11호에서는 제1호 내지 제10호의 2에 해당하지 아니하는 자산(주택신축판매업의 경우의 주택과 부동산매매업의 경우의 부동산을 포함한다)의 매매의 경우는 ‘대금을 청산한 날’로 규정하고 있다. (라) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 공동사업자의 경우 구성원이 법인인 경우에는 법인세법이 적용되는 것으로, 쟁점아파트는 아파트신축·분양사업의 일환으로 2000.2.16. 착공하여 2003.12.31. 사용승인된 아파트로서 이와 관련된 용역제공은 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간인 계약기간이 1년 이상인 건설ㆍ제조 기타 용역으로 법인세법 시행령 제69조 제2항 에 규정된 “예약매출”에 의한 용역제공에 해당하고, 계약기간이 1년 이상인 “예약매출”에 의한 용역제공에 대한 법인세법과 소득세법상 손익인식기준은 목적물의 건설 등을 완료한 정도인 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하도록 규정하고 있는 점 등으로 볼 때 처분청이 쟁점사업과 관련하여 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금을 법인세법 시행령 제69조 제2항 에 규정된 작업진행률을 적용하여 산출한 금액으로 하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2001.6.1. 채권기관으로부터 ○○○주식회사에 대한 채권 266,460백만원을 141,224백만원에 취득하고, 〈표5〉와 같이 2001.8.7. 30,000백만원을 회수한 후의 채권원금 111,224백만원과 채권할인액(이자부분 69,936백만원)에 대하여 2001.10.31. ○○○주식회사와 다음과 같이 변경채무상환약정을 체결하였다.
1. 채권금액의 상환(제4조 및 제5조) 잔여채권에 대하여 〈표5〉와 같이 매 분기말 분할상환 또는 매년 균등분할상환하기로 하고, 다만, 매 분기말 최초 균등분할상환은 2001.9.30.로 하고, 매년 균등분할상환은 2001.12.31.로 한다.
2. 이자율 및 이자기간(제6조) ⓛ 매 분기말 분할상환채권에 대한 이자율은 연 10.2%로 확정하기로 하고, 이자기간은 2001.6.1.부터 2001.9.30.까지의 기간 및 그 후에 도래하는 매 3개월의 기간을 말하며, ② 매년 균등분할상환채권에 대한 이자율은 연 0.5%로 확정하기로 하고, 이자기간은 2001.6.1.부터 2001.12.31.까지의 기간 및 그 후에 도래하는 매 1년 기간으로 한다. <표5> 투자원금 상환계획 지금일 쟁점투자원금 쟁점채권할인액 원금 이자 합계 원금 이자 합계 2001.6.30. 1,200 1,200 2001.9.30. 9,269 3,138 12,407 2001.12.31. 9,269 2,599 11,868 8,742 204 8,946 2002.3.31. 9,269 2,363 11,632 2002.6.30. 9,269 2,127 11,396 2002.9.30. 9,269 1,890 11,159 2002.12.31. 9,269 1,654 10,923 8,742 306 9,048 2003년 37,072 4,254 41,326 8,742 262 9,004 2004년 18,538 709 19,247 8,742 218 8,960 2005년 8,742 175 8,917 2006년 8,742 131 8,873 2007년 8,742 87 8,829 2008년 8,742 44 8,786 총계 111,224 19,934 131,158 69,936 1,427 71,363 (단위: 백만원) (나) 청구법인이 부실채권에 대한 회수원가법에 의하여 쟁점채권의 회수금액이 선순위상환채권인 쟁점투자원금인 141,221백만원에 이를 때까지 채권할인액의 회수금액인 17,484백만원(2001사업연도분 8,742백만원, 2002사업연도분 8,742백만원)을 채권투자원금의 회수로 회계처리하고, 2003.9.29. 쟁점투자원금을 초과하여 회수한 금액부터 이자수익으로 하여 회계처리한 것에 대하여 처분청은 쟁점채권할인액을 2001.10.31. ○○○주식회사와 체결한 변경채무상환약정서상 ‘받기로 약정한 날이 속하는 사업연도’를 손익귀속시기로 보아 2001사업연도 8,742,011천원, 2002사업연도 8,742,011천원을 청구법인의 소득금액계산시 익금에 산입하여 각 법인세를 과세한 것으로 나타난다. (다) 법인세법 시행령 제70조 제1항 에 의하면, 법인이 수입하는 이자 및 할인액은 소득세법 시행령 제45조 의 규정에 의한 ‘수입시기에 해당하는 날이 속하는 사업연도’로 규정하고 있고, 같은 법에 의하면 이자소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 이자와 할인액은 ‘약정에 의한 상환일’을 수입시기로 규정하고 있다. (라) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점채권은 부실채권으로 원가회수법을 적용하여 원금을 초과하여 회수하는 분부터 투자수익으로 계상하여야 한다고 주장하나, 법인세법에서 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 규정하고 있는 경우에는 법인세법의 규정을 적용하는 것인바, 법인세 시행령제70조 및 소득세법 시행령 제45조 에서 채권의 할인액은 약정에 의한 상환일을 수입시기로 규정하고 있으므로 쟁점채권의 할인액에 대하여 청구법인과 ○○○주식회사간에 상환일과 상환금액을 약정하고 있는 이 건의 경우 동 상환약정서상 쟁점채권할인액의 상환일이 속하는 사업연도에 동 상환액을 익금산입하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(4) 쟁점④에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점사업에 대한 수입금액을 인도기준 및 쟁점할인채권회수액을 회수기준으로 인식하여 신고한 반면 처분청은 쟁점사업에 대한 수입금액을 작업진행률에 따라 인식하고 쟁점할인채권회수액을 약정상 이자수령 약정일을 기준으로 조정하는 등 하여 1999사업연도부터 2002사업연도까지 〈표6〉과 같이 손익의 귀속시기를 달리하여 경정결정하면서 쟁점가산세 14,686,118천원(세금계산서 미교부가산세 1,879천원, 부당과소신고가산세 8,023,316천원, 납부불성실가산세 6,660,923천원)을 부과한 것으로 나타난다. <표6> 가산세 결정내역 (단위: 천원) 구분 1999 사업연도 2000 사업연도 2001 사업연도 2002 사업연도 계 익금 산입 분양수익적출 18,740,494 107,274,658 247,911,884 117,716,256 491,643,292 투자수익적출 0 0 8,742,012 8,742,012 17,484,024 소 계 18,740,494 107,274,658 256,653,896 126,458,268 509,127,316 관련 가산세 미교부 0 294 786 799 1,879 부당과소신고 0 0 2,191,281 5,832,035 8,023,316 미납부 3,451,268 3,209,655 6,660,923 가산세 계 0 294 5,643,335 9,042,489 14,686,118 (나) 법인세법 제76조 제1항 제2호 에 의하면 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준신고에 있어서, 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우 가산세를 부과하는 것으로 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제118조 제4항 제4호 에 의하면 기업회계기준에 의하여 정당하게 계산한 것으로서 세무조정에 의하여 익금에 산입한 금액을 제외한 ‘손익의 귀속사업연도를 법인세법 또는 조세특례제한법과 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액’은 부당과소신고금액으로 보고 가산세를 적용하도록 하고 있다. (다) 또한, 법인세법 제76조 제1항 제3호 에 의하면 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준신고기한(또는 중간예납기한)까지 법인세(법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액을 포함)를 납부하지 않았거나 미달되게 납부한 경우에 미납부가산세를 부과하는 것으로 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제119조 제3항 및 같은 법 시행규칙 제60조에 의하면 ⓛ 법인세신고서를 제출하지 아니하고 법인세액만을 납부(미달하게 납부한 때에는 제외)한 경우와 ② 법인세법 또는 다른 법률에 의하여 법인세가 비과세되거나 전액 면제되는 소득만이 있는 법인의 경우를 제외하고는 미납부가산세가 부과되는 것으로 규정하고 있다. (라) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것이나○○○ 부가가치세법상의 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세의 납세의무자를 파악하고 그 과세자료를 확보하려는데 입법취지가 있는 것으로서, 이는 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 소관 세무서장에게 소정의 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립되는 것이고, 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과한 것으로○○○ 청구법인이 비록 쟁점사업과 관련하여 ○○○건설과 공동으로 개인사업자등록을 하였더라도 그 구성원이 법인인 경우에는 법인세법을 적용하여 각 사업연도의 소득금액을 계산하는 것임에도 수입시기에 관한 적용대상 관계법령을 소득세법으로 잘못 오해한 귀책사유는 청구법인에게 있다 할 것이므로○○○, 처분청이 소득금액의 귀속연도의 차이로 인한 부당과소신고금액과 미달납부세액 등에 대하여 쟁점가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.