시방서에 의한 금액을 기준으로 공통매입세액을 안분하여 계산한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 ○○○번지 소재의 4층 주택 및 상가의 겸용건물(이하 "쟁점건물"이라 한다)에서 목욕탕을 운영하다가 쟁점건물을 리모델링하면서 든 공사비용에 대한 매입세액을 공제하여 부가가치세 환급신고를 하였다. 처분청은 청구인이 2003년 제2기 및 2004년 제1기 환급신청시 3층 주택부분(자가사용)에 대한 매입세액 불공제분에 대한 안분계산이 적정하지 못한 것으로 보아 이를 건물 전체면적부분에서 주택이 차지하는 면적부분으로 안분계산하여 2004.5.9 청구인에게 2003년 제2기분 부가가치세 4,791,540원을 고지하고 2004년 제1기분 부가가치세 3,129,680원을 환급부인하였다가 이 건 이의신청결과에 따라 시공업체인 주식회사 ○○○(이하 "○○○"이라 한다)이 공사한 시방서에 의한 금액을 기준으로 안분계산을 다시하여 2004.12.1. 2003년 제2기분 부가가치세 4,481,100원으로 재경경(310,437원 경정감)하고 2004년 제1기분 부가가치세 2,648,170원을 환급부인하는 것으로 재경정(환급부인 481,506원 경정감) 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.8.6 이의신청을 거쳐 2005.2.7 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청이 매입세액 안분계산의 근거로 삼은 ○○○의 자료들은 건축주인 청구인이 전혀 보지 못한 자료로서 정확한 공사비로 인정할 수 없어 현재 소송진행중이므로 위 자료를 기준으로 매입세액을 안분계산하여 고지 및 환급부인한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 실지소요된 공사비에 따라 매입세액을 안분계산하여야 한다고 주장하면서 제시한 시방자재시공서 및 집계표 등을 검토한 바, 청구인이 제시한 위 자료의 금액들은 계약변경전의 금액이고 외부공사와 전기설비공사가 과세사업으로 공하였는지가 불분명하여 안분계산 기준으로 하기는 불합리 하고 시공사인 ○○○의 시방서를 검토한 바, 동 시방서 금액은 2004.6.21 설계변경계약된 금액으로서 총공사비가 585,850천원 주택전용부분은 34,385천원 공통경비 96,552천원으로 확인되고 ○○○이 부가가치세 신고한 내역과도 일치하므로 처분청이 시공사인 ○○○의 시방서 금액을 기준으로 매입세액을 안분계산하여 고지 및 환급부인한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 전체공사비중 주택부분에 대한 공사비를 시공업체가 시공한 시방서에 의한 금액을 기준으로 하여 공통매입세액을 안분계산계산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】 ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관 면세공급가액 련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액 부가치세법시행규칙 제18조의 2 【매입세액의 안분계산】 ① 영 제61조 제1항 및 제3항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점건물을 리모델링하면서 든 공사비용에 대한 매입세액을 공제하여 부가가치세 환급신고한 것에 대하여 처분청은 당초 건물 전체면적부분에서 주택이 차지하는 면적부분으로 안분계산하여 매입세액 불공제분을 계산하였다가 이의신청결과에 따라 시공업체인 ○○○이 공사한 시방서에 의한 금액을 기준으로 안분계산을 다시하여 재경정하였음이 재경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청이 시공사인 ○○○의 시방서 금액을 기준으로 매입세액을 안분계산하여 고지 및 환급부인한 처분은 정당하다고 주장하면서 제시하는 증빙은 다음과 같다. (가) 이 건 매입세액 안분계산 내역서 '당초 건물 면적기준에 의한 주택공사비는 70,915천원이었으나 시공사의 시방서 금액에 의한 주택공사비는 63,794천원으로 산정되므로 추가 공제대상 매입금액 7,121천원을 과세기분별 공사비(2003년 제2기 226,800천원, 2004년 제2기 359,050천원)로 안분하여 과세기분별 추가 공제대상 금액을 산정함(2003년 제2기 2,756천원 2004년 제2기 4,364천원)'으로 되어 있다. (나) ○○○의 설계변경내역서 및 시방서 등에 '총 금액은 585,850천원으로 되어 있고, 공종집계표에 의하면 3층 주택공사는 변경전이 22,635천원(청구인이 주장하는 주택공사비)이고 변경후는 34,385천원으로 되어 있으며, 전기공사비중 6,600천원과 기계설비공사중 4,983천원은 주택부분공사비로 구분되고, 외부 및 기타공사 89,457천원과 산재보험료 4,575천원 등의 합계 96,552천원은 주택 및 주택외의 공통공사비로서 건물 면적기준(총 575.45㎡중 주택면적 107.96㎡)으로 안분계산하면 주택관련 공사비는 17,826천원으로 계산되며, 위 변경후의 주택관련공사비를 합하면 63,794천원(34,385천원 ＋ 6,600천원 ＋ 4,983천원 ＋ 17,826천원)'으로 되어 있다. (다) 이 건 이의신청 결정서에 '시공업체가 공사한 시방서를 확인한 바 2004.6.21 설계변경계약내역서상 총공사비를 585,850천원으로 변경하였으며 주택전용부분은 34,385천원 공통경비 또한 96,552천원으로 확인되어 주택부분을 면적에 의한 비율로 안분계산하면 29,409천원으로 산정되므로 주택관련 총 공사비는 63,794천원으로 확인되나, 청구인이 제시한 주택공사비는 계약변경전의 주택전용공사비이고 공통부분의 공사비는 나타나지 않으므로 설계변경금액에 의하여 주택전용공사비와 공통부분의 공사비가 확인되는 시공업체의 시방서를 매입세액 안분계산의 기준으로 하여 과세함이 타당하다'라고 되어 있다.

(3) 청구인이 ○○○의 시방서상 공사비를 기준으로 매입세액을 안분계산한 것은 잘못이라고 주장하면서 제시하는 증빙은 다음과 같다. (가) 청구인이 제시한 시공자재시방서에 3충주택리모델링 공사비는 22,635천원으로 되어 있고 전기설비공사비 35,380천원 외부 및 기타공사비는 40,113천원으로 되어 있다. (나) 청구인이 2005.1.12 ○○○에 제출한현장검증 및 공사비 감정신청서에 '쟁점건물의 증·개축에 소요된 공사비 총액(전기공사비 포함)을 감정하여 주기 바람'으로 되어 있다.

(4) 살피건대, 청구인이 제시한 주택공사비는 계약변경전의 주택전용공사비이고 주택 및 주택외의 공통부분 공사비는 구분되지 않아 안분계산 기준으로 하기에는 부적합한 것으로 보이는 반면, 시공업체○○○의 시방서에 의한 금액은 설계변경된 금액으로서 주택전용공사비와 주택과 주택외의 공통부분 공사비가 확인되고 있어 매입세액 안분계산 기준으로 하기에 더 합리적인 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 시공업체인 ○○○이 공사한 시방서에 의한 금액을 기준으로 매입세액 안분계산을 다시 하여 재경정한 이 건 처분에는 잘못이 없다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.