매출누락으로 본 금액 중에는 오류계산 분이 포함되어 있는지 여부

종로세무서장이 2004.11.10. 청구인들에게 한 2002년 1기 부가가치세 15,259,300원의 부과처분은 재조사를 통해 매출누락 및 오류계산여부를 확인하고 해당 금액을 매출액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구인 이◯◯  엄◯◯은 ◯◯도 ◯◯시 ◯◯구 ◯◯동 ◯◯번지 ◯◯ 201-702호에서 ◯◯은행(의료업/조직은행, 이하 “◯◯사업장”이라 한다)이라는 상호로 인체조직을 기증받아 제조 가공된 조직이식재를 전국의 병  의원에 공급하는 공동사업자로서 2001년 2기에 100,105,447원, 2002년 1기에 29,107,000원을 과세표준으로 부가가치세를 신고 납부하였다.
• 나. ◯◯세무서장은 2002.12.24. 청구인들을 수입금액 누락 및 가공원가 계상 등 조세포탈혐의로 관할 검찰청에 고발하였고, 2003년 9월 ◯◯사업장의 2001년 1기 ~2002년 1기 과세기간에 대한 세무조사를 실시하여 매출누락 합계 382,890,142원(2001.1기 61,995,264원, 2001.2기 78,136,547원, 2002.1기 242,758,331원으로 이하 “쟁점매출누락액”이라 한다) 및 ◯◯주식회사(이하 “◯◯”이라 한다)로부터 수취한 세금계산서 24매의 공급가액 합계 178,130,000원(2001년 1기 151,280,000원, 2001년 2기 26,850,000원으로 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)을 가공매입으로 보아 2003.11.5. 청구인들에게 2001년 2기 부가가치세 15,202,830원, 2002년 1기 부가가치세 32,335,400원을 경정고지 하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2004.2.3. 이의신청을 제기하였고, ◯◯세무서장은 이의신청 결과에 따라 김◯◯ 명의로 사업자 등록된 ◯◯시 ◯◯구 ◯◯동 ◯◯번지의 ◯◯은행(개업일 2001.1.2., 폐업일 2003.7.1., 이하 “◯◯사업장”이라 한다)을 조사하여 ◯◯사업장을 청구인들이 명의 위장한 별도의 사업장으로 보아 ◯◯사업장에 부과한 2002년 1기분 부가가치세 32,335,400원에 대하여 19,634,979원을 감액 경정하는 한편 감액상당액에 해당하는 98,765,757원을 ◯◯사업장에서 매출 누락하였다는 과세자료를 처분청에 통지하였으며, 이에 따라 처분청은 2004.11.10. 청구인들에게 2002년 1기분 부가가치세 15,259,300원을 결정 고지하였다.
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 2005.2.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 처분청은 청구인들의 장부기장 상태 및 금융계좌 입금내역 등에 대한 사실 확인조사를 하지 아니하고 구체적인 과세근거 없이 ◯◯지방검찰청의 공소자료인 분배명세서에 근거하여 매출누락을 산정하였는바, 조직이식재 판매는 시용조건부 방식으로 병의원에게 인도된 후 이를 검수 시험 사용하여 본 후 구입의사를 표시하는 시점에 재화의 공급가액이 확정되는 것이어서 반품된 금액 15,854,179원, 하나의 공급거래에 대하여 검찰분배명세서 복사과정에서 이중으로 복사되거나 이중으로 집계된 이중계산 및 착오계산분 54,026,908원, 무상으로 제공한 견본품 1,560,000원, 분배명세서상 분배 근거가 없이 착오 계산된 40,986,607원 합계 112,427,694원은 실질적인 매출누락이 아니므로 이를 쟁점매출누락에서 제외하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인들은 매출방식이 시용조건부 판매방식이므로 제품의 분배명세서만을 근거한 매출누락 산정은 부당하며, 검찰에서 인정받지 못한 반품  이중계산  견본품  착오계산 한 금액을 매출누락에서 차감하여 줄 것을 주장하나, 이중에서 일부(반품 3,508천원, 이중계산 2,380천원)만 인정될 뿐이며, 나머지 금액에 대해서는 ◯◯지방검찰청이 작성한 분배명세서 리스트는 근거 있는 과세자료로서 착오계산 분의 분배명세서 발행번호가 전체적인 발행번호 구조 등과 거의 일치한 점 등으로 보아 청구주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁 점 매출누락으로 본 금액 중에는 오류계산 분이 포함되어 있다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항ㆍ제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.

○ 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방 국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정 신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정 신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 인체조직에서 추출한 조직이식재를 처리 및 가공하는 용역을 ◯◯에 의뢰하여 이에 따라 완성된 조직이식체를 전국 병의원에 공급하는 사업자로서 ◯◯사업장과 ◯◯의 사업자 등록사항은 다음과 같다. 청구인 사업장(◯◯사업장) (주)◯◯ 개업일(폐업일) 2001.1.2. (2003.7.1) 2000.8.12.(2004.12.23) 사업장 주소 ◯◯도 ◯◯시◯◯동◯◯번지 ◯◯201-702 같은곳 201-804 대표 이◯◯ 조◯◯ 업태(종목) 의료(조직은행,병리실험) 서비스(단백질합성기술개발업)

(2) ◯◯은 골형성 단백질 추출 및 합성기술개발 및 뼈이식 대체물질개발업 등을 영위하기 위하여 2000.8.9. 설립되었으며, 청구인들은 ◯◯의 임원 및 주주로 등재된 사실이 없는 것으로 나타난다.

(3) 처분청의 전산자료에 의하면 ◯◯사업장과 ◯◯ 쌍방은 쟁점 매입세금계산서 24매(2001년 1기 세금계산서 20매 151,280천원, 2001년 2기 세금계산서 4매 26,850천원)에 대하여 상호 매입과 매출로 신고한 것으로 확인된다.

(4) ◯◯세무서장은 ◯◯사업장이 조직이식체를 각 병의원에 분배한 기록(분배명세서)를 근거로 ◯◯사업장의 기 신고금액 및 반품금액 등을 차감한 금액 382,890,142원(2001년 1기 61,995,264원, 2001년 2기 78,136,547원, 2002년 1기 242,758,331원)을 매출누락액으로 보았고, ◯◯으로부터 수취한 쟁점매입세금계산서를 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 조사하여 청구인들을 조세범처벌법 위반으로 ◯◯지방 검찰청장에게 고발하였으며, ◯◯지방검철청장은 청구인들을 조세범처벌법 위반 등으로 기소하였다.

(5) 청구인들은 위의 매출누락 및 가공매입과 관련하여 이의신청을 제기하였고 ◯◯지방국세청장은 2002년 1기 매출누락에 대하여 ◯◯사업장이 청구인들이 실제로 운영하는 명의위장 사업장(사업자 명의는 김◯◯)인지를 재조사하라고 결정하였는바, 처분청은 ◯◯사업장을 청구인들의 실지사업장으로 조사하여 분배명세서상 ◯◯사업장의 매출누락으로 본 242,758,331원을 124,455,574원으로 감액하는 한편 감액된 금액 상당액(98,765,757원)이 ◯◯사업장에서 매출 누락되었다는 과세자료를 처분청에 통지하였으며, 처분청은 김◯◯ 명의로 신고 된 매출 과세표준 154,045,815원 전액을 감액하는 한편 동 금액과 98,765,757원을 청구인들의 과세표준에 산입하여 이 건 부가가치세를 결정 고지하였다.

(6) 한편, ◯◯지방검찰청장이 조세범처벌법 위반 등으로 청구인들을 기소한 소송결과에 의하면, ◯◯지방법원 제2형사부(2005노547, 2006.11.24.)2심 판결에서는 아래와 같은 사유로 청구인들에게 무죄를 선고하였고, 대법원에서는 사실심 심리대상이라하여 상고(2006도9317, 20091.15.)를 기각하였음이 판결문으로 확인된다. 매출액 중 상당한 분량이 반품된 것으로 보이는 점 [청구인들은 2000년 1기 ~ 2002년 1기 중 52,729,085원 상당이 반품되었다고 주장하였는데 수사과정에 참여한 세무서기 김◯◯은 2000년 1기 ~2002년 1기 중 36,450,363원 상당만 반품으로 인정하였는바, 김◯◯은 실제로 반품이 되었는지 여부를 조사하지는 않았고 반품여부 인정의 기준이 명확하지도 않으며 김◯◯이 반품으로 인정하지 않은 부분에 대해 실제로 반품된 사실을 인정할 수 있는 자료(수사기록, 검토명세서상에도 반품이 있는 것으로 볼 여지가 있음)가 많다], ◯◯사업장에서 종합병원에 이식재를 판매하는 경우에는 우선 병원에 물건을 인도하되 병원 측에서 직접 이를 구입하는 방식이 아니라 환자가 이식재 구입을 원하는 경우에 환자개인이 이를 확정적으로 구입하는 방식(시용품 판매방식)을 취하였던 것으로 보이고 이 경우 비록 물건이 반출되었다 하더라도 환자가 구입을 결정하지 않아 매출이 확정되지 않은 수량이 상당액에 이르는 것으로 보이는 점 등에 비춰보면 청구인들이 세무신고를 할 때 매출을 누락하였다는 사실을 인정하기 어려우며, 총 매출액 중 일부 금액을 줄여서 신고하였다는 것 외에 다른 어떠한 적극적인 행위를 하였다는 내용이 포함되어 있지 않고 사건기록을 보아도 청구인들이 달리 부정한 적극적인 행위를 하였다는 자료를 찾아볼 수 없는 점 등에 비춰보면 일부 매출을 누락하여 신고한 사실이 인정된다하더라도 그것만으로는 피고인들이 사기 기타 부정한 행위로서 부가가치세를 포탈하였다고 인정하기에는 부족하다.

(7) 한편, 청구인들은 ◯◯세무서장의 조사 시 반품 분  이중착오계산 등 오류계산을 하였을 뿐 아니라 ◯◯사업장에 대한 조사 시 ◯◯사업장이 2002년 1기 확정신고시 포함시킨 예정신고누락분도 오류 계산하였다며 아래와 같은 금액을 매출누락에서 차감하여야 한다고 주장한다. 과세기간 구분 ◯◯사업장 ◯◯사업장 2001.1기 반품 5,728,000원 이중.착오계산 7,824,545원 견본품 1,200,000원 분배명세서 없는분 574,545원 [소계] 15,327,090원 2001.2기 반품 4,200,270원 이중.착오계산 1,786,363원 견본품 360,000원 분배명세서 없는분 5,280,000원 [소계] 11,626,633원 2002.1기 반품 5,925,909원 이중.착오계산 -이중 2,618,000원 -◯◯,예정누락확정신고분 41,798,000원 소계: 44,416,000원 견본품

• 분배명세서 없는분 35,132,062원 [소계] 85,473,971원 2001.2기- 반품 4,200,270원 5,925,909원 이중.착오계산 1,786,363원 44,416,000원 견본품 360,000원

• 분배명세서 없는분 5,280,000원 35,132,062원 [소계] 11,626,633원 85,473,971원

(8) 위 내용들을 종합하여 살펴보건대, 쟁점매출누락액에 대해서는 처분청도 일부의 금액이나마 매출누락에서 차감하여야 함을 인정하고 있을 뿐 아니라 법원의 판결에서도 쟁점매출누락액 전부를 누락하였다고 볼 수 없는 다수의 증거자료가 있음을 판시하고 있으므로 재조사를 통해 실제로 매출누락 한 금액과 ◯◯사업장의 예정누락확정신고분에 대한 오류계산 여부를 확인하여 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.