매입세액공제의 적부

○○○세무서장은 청구인이 2005.1.18. 2002년 제2기분 부가가치세 4,710,620원을 환급하여야 한다는 내용으로 제기한 경정청구를 받아들여 청구인에게 2002년 제2기 부가가치세 4,710,620원을 환급한다.

• 가. 청구인은 1997.3.1. ○○○에서 “○○○”라는 상호로 아동복 제조업을 개업하여 2002.11.2.부터 2003.1.24.까지 ○○○세관장에게 14회에 걸쳐 재화(아동복-메리야스 편물 또는 뜨개질을 편물한 합성섬유재질 저지·풀오버·가디건)의 수입에 대하여 신고하고, 청구인은 개인사업자에서 법인으로 전환하기 위하여“주식회사○○○”을 설립한 후 2002.12.31. 개인사업에 대한 폐업신고를 하며, 2003.1.8. 청구인과 주식회사 ○○○이 사업의 양도양수계약서를 작성하고 사업을 양도하였다.
• 나. ○○○세관장은 2004.7.29. 청구인이 2002.11.2.부터 2003.1.24.까지 수입신고한 재화의 품목분류를 경정하여 관세와 부가가치세를 경정(거래징수)하고 수입자인 청구인에게 수입세금계산서 14매(공급가액 합계 56,532,670원)를 교부하였다.
• 다. 청구인은 2004.8.26. 처분청에 ○○○세관장이 부가가치세를 경정함에 따라 추가로 납부한 수입세금계산서 14매의 부가가치세 합계 5,653,290원을 환급하여야 한다는 경정청구를 제기한 후, 2005.1.18. 수입세금계산서 14매 중 청구인이 ○○○를 폐업한 날이 속하는 과세기간인 2002년 제2기에 수입신고한 재화에 대하여 교부받은 수입세금계산서 9매(공급가액 합계금액 47,105,922원, 이하“쟁점수입세금계산서”라 한다)의 부가가치세 합계금액 4,710,620원을 환급하여야 한다는 내용으로 경정청구를 변경하였다
• 라. 처분청은 2004.12.15. 청구인에게 ○○○를 폐업한 후 쟁점수입세금계산서를 교부받은 이상 매입세액 불공제대상이라는 이유로 경정청구에 대한 거부통지서○○○를 발송하였다.
• 마. 청구인은 2005.1.28. 이에 불복하여 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 부가가치세법 제16조·제23조, 같은법시행령 제56조·제71조 및 그에 따라 준용하는 관세법의 관련규정에 수입재화인 경우 관할세관장이 관세징수의 예(例)에 따라 부가가치세를 거래징수하며 수입세금계산서를 교부한다고 규정하고 있고, 국세기본법 제45조 의 2에 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 각 세법의 규정에 따라 경정한 후의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우에는 국세의 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있다.

(2) 따라서 ○○○세관장이 부가가치세 과세표준과 세액을 경정한 결과 경정한 후의 부가가치세 과세표준 및 세액이 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 청구인이 부가가치세법에 따라 신고하여야 하는 과세표준 및 세액을 초과하는 이 건에 불복하여 제기한 경정청구는 적법하고, ○○○세관장이 개인사업자인 청구인이 법인전환하기 위하여 폐업신고하기 전인 2002년 제2기에 수입신고한 재화에 대하여 부가가치세를 거래징수하고 쟁점수입세금계산서를 교부한 것이므로 해당 매입세액을 공제하여 부가가치세를 환급하여야 함에도 동일한 내용으로 제기한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 관할세관장이 수입자로부터 부가가치세를 거래징수하는 경우 수입세금계산서를 교부하는 것이고 당해 수입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당되지 아니하여 매입세액을 공제받을 수 있는 것이 원칙이나, 청구인이 법인전환하기 위하여 개인사업을 폐업한 후 ○○○세관장으로부터 교부받은 쟁점수입세금계산서는 결국 폐업한 후 교부받은 사실과 다른 세금계산서에 해당되어 매입세액을 공제받을 수 없으므로 매입세액을 공제하고 부가가치세를 환급하여야 한다는 내용으로 제기한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 수입자가 폐업신고전에 신고한 재화의 수입에 대하여 관할세관장이 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하고 수입세금계산서를 교부한 것에 대하여 수입신고한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 수입자가 법정신고기한이 경과한 후 2년 내에 수입세금계산서상 매입세액을 공제하여 부가가치세를 환급하여야 한다는 취지로 제기한 경정청구가 적법한지 여부

② 수입자가 폐업신고하기 전에 수입신고한 재화에 대하여 관할세관장이 폐업신고한 이후 부가가치세를 경정하여 거래징수하고 수입세금계산서를 교부한 것에 대하여 폐업한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 수입세금계산서상 매입세액을 공제하여 부가가치세를 환급하여야 한다는 취지로 제기한 경정청구를 거부한 처분의 당부

• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 (가) 제3조【세법 등과의 관계】

② 관세법 및 수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법에서 세관장이 부과징수하는 국세에 관하여 이 법에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 동법이 정하는 바에 의한다. (나) 제45조의 2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (2) 부가가치세법 (가) 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하“세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리 할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

③ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 세금계산서를 수입자에게 교부하여야 한다. (나) 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치 세액(이하“납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하“매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하“매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하“환급세액”이라 한다)으로 한다.

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액 (다) 제23조【징 수】

③ 재화의 수입에 대한 부가가치세는 세관장이 관세징수의 예에 의하여 징수한다. (3) 부가가치세법시행령 제56조 【수입세금계산서】법 제16조 제3항의 규정에 의하여 교부하는 세금계산서는 법 제16조 제1항의 규정을 준용하여 관세청장이 정하는 바에 의한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 경정청구가 적법한지 여부를 본다. (가) 국세기본법 제45조 의 2 제1항에서 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 법정신고기한 경과 후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있다. (나) 그렇다면 쟁점수입세금계산서상의 재화의 수입일이 속하는 과세기간인 2002년 제2기에 부가가치세 과세표준신고서를 법정신고기한(2003.1.25.)내에 제출한 청구인이 당해 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액에 대하여 ○○○세관장이 부가가치세법 제23조 를 적용하여 경정한 후의 과세표준 및 세액이 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한다고 보아 법정신고기한이 경과한 이후 2년 이내인 2004.8.26. 처분청에 경정 후의 과세표준 및 세액의 경정을 청구하는 이 건 경정청구는 적법하다고 판단된다.

(2) 쟁점수입세금계산서상 매입세액을 공제할 수 있는지 여부 (가) 세액경정통지서에는 ○○○세관장이 2004.7.29. 부가가치세를 경정한 내역이〈표 1〉과 같이 기재되어 있고, 청구인이 법정신고기한이내인 2003.1.25. 제출한 2002년 제2기 부가가치세 과세표준 및 세액 확정신고서와 법정신고기한이 경과한 후 2년이내인 2004.8.26. 제출한 경정청구서 등을 보면 확정신고한 과세표준 및 세액과 경정청구한 과세표준 및 세액이〈표 2〉와 같은 사실이 확인된다.

○○○ (나) 수입세금계산서는 관할세관장이 재화의 수입에 대하여 부가가치세를 거래징수하고 이를 증명하기 위하여 교부하는 세금계산서이고, 부가가치세법 제16조 제3항 과 제23조 제3항에서 관할세관장은 수입자가 수입하는 재화에 대하여 관세징수의 예에 의하여 수입자로부터 부가가치세를 징수하고 세금계산서와 관련한 부가가치세법 규정을 준용하여 관세청장이 정하는 바에 의하여 수입세금계산서를 수입자에게 교부하여야 한다고 규정하고 있으며, 사업자가 자기의 사업과 관련한 재화의 수입에 따른 수입세금계산서를 수입한 날이 속하는 과세기간이 경과한 이후에 교부받은 때에는 당해 수입세금계산서를 교부받은 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제받을 수 있다.(부가가치세법기본통칙 17-0-8 참조) (다) 재화를 수입하는 경우 관할세관장이 부가가치세를 거래징수하고 이를 증명하기 위하여 수입세금계산서를 교부하고 수입세금계산서는 부가가치세를 실제 징수한 때 교부하는 것이므로 사업자가 재화의 수입에 따른 수입세금계산서를 수입일이 속하는 과세기간이 경과한 후 교부받은 때에는 당해 수입세금계산서를 교부받은 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제받을 수 있고, 수입자가 폐업한 후 교부받은 수입세금계산서는 폐업한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제받을 수 있다. 이는 수입세금계산서는 국가기관이 거래징수하는 것이므로 사업자가 징수하는 경우와 구별하기 위함이다. (라) 그렇다면 청구인이 폐업한 이후 교부받은 쟁점수입세금계산서상 매입세액을 폐업한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 환급하여야 한다는 내용으로 제기한 정당한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.