사업양도시 양도자가 세금을 납부하지 않은 경우 매입세액공제 여부

○○○세무서장이 2004.11.5. 청구법인에게 한 2004년 1기분 부가가치세 3,733,440원의 부과처분은 가산세 4,000,000원을 그 세액에서 제외하여 경정합니다.

청구법인은 음악관련 소프트웨어 개발공급 사업자로 2004.4.1. 청구외 (주)○○○(대표이사 박○○○, 이하 "청구외법인"이라 한다)의 음악사업팀에서 분사하면서 음악정보확인방법 및 시스템 등 특허권인 무형자산 1억5,000만원과 서버·PC등 유형자산 5,000만원, 합계 2억원을 양도·양수(이하 "쟁점거래"라 한다)한 후 이에 대한 매입세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받아 2004년 1기 확정신고시 매입세액으로 신고하였다. 처분청은 쟁점세금계산서를 양도·양수로 교부받은 것이 아닌 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 신고불성실가산세 4,000,000원을 가산하여 2004.11.5. 청구인에게 2004년 1기분 부가가치세 3,733,440원을 경정하여 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.1.21. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인이 청구외법인의 음악사업팀으로부터 분사하면서 자산양수도계약서와 같이 특허권 등 사업용자산을 사실상 양도양수하였으므로 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 공제를 하여야 하며, 설령, 청구외법인이 부가가치세를 납부하지 않아 매입세액이 공제되지 않더라도 신고불성실가산세등을 가산하여 과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인과 청구외법인은 특수관계자로 사업장 및 대표자가 동일하며, 양도양수하였다는 무형자산의 경우 2003년말의 결상서상 자산으로 계상되어 있지 않아 자산의 가치도 합리적으로 평가되지 않았고, 청구외법인이 체납액이 있는 등 정상적인 양도양수가 아닌 자금대여로 보여지므로 쟁점세금계산서에 대한 매입세액불공제 및 가산세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 사업의 양도양수시 교부받은 매입세금계산서에 대하여 양도자가 거래징수한 세금을 납부하지 아니한 경우 매입세액불공제 및 신고불성실가산세 등을 가산하여 과세할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

1. 부가가치세법(2004. 12. 31. 법률 제7318호로 개정되기 전) 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

② ∼ ⑤ (생 략)

⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령이 정하는 것

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 법률에 의하여 조세를 물납하는 것으로서 대통령령이 정하는 것

⑦ 제1항에 규정하는 재화의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제22조 【가산세】

① ∼ ③ (생 략)

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제1호의 2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. (생 략)

⑥ ∼ ⑧ (생 략)

2. 부가가치세법시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18626호로 개정되기 전) 제17조 【담보제공·사업양도 및 조세의 물납】

① (생 략)

② 법 제6조 제6항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제1항 의 요건을 갖춘 분할의 경우를 포함하되, 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 당해 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것

③ 법 제6조 제6항 제2호 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 사업양도자가 법 제15조의 규정에 의하여 거래징수한 세액을 법 제18조 또는 법 제19조의 규정에 의하여 신고납부한 경우를 말한다.

④ (생 략)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구법인은 쟁점세금계산서는 청구외법인으로부터 음악사업팀을 양도양수하면서 교부받은 것으로 매입세액불공제 및 신고불성실가산세 등을 가산하는 것은 부당하다고 주장하면서, 자산양수도계약서 및 예금통장사본 등을 증빙서류로 제출하고 있다. 자산양수도계약서는 2004.5.1. 청구법인과 청구외법인간에 작성된 것으로, 청구외법인이 하나의 사업부로 운영하던 ○○○(음악)사업과 관련되는 자산(솔루션, 영업권, 특허출원권 및 관련 서버 등의 하드웨어에 대한 일체의 권리의무) 2억원{음악정보확인방법 및 시스템등 특허권인 무형자산 1억5,000만원과 서버·PC등 유형자산 5,000만원(부가가치세 별도)}을 청구법인이 양수한 것으로 되어 있고, 양수도대금은 2004.3.31.에 1억1,000만원, 4.7.에 2,800만원, 4.28에 5,000만원, 4.30에 1,000만원을 지급한 사실이 청구법인의 ○○○은행예금통장(계좌번호 ○○○)사본에 의하여 확인된다.

2. 청구법인은 2004.12.7. 소프트웨어 개발공급 벤처기업으로 ○○○중소기업청에 등록(유효기간 2004.5.31. ∼ 2006.6.30)된 사실이 확인되며, 청구법인과 청구외법인은 동일한 사업장에 위치하고 있고, 대표이사도 청구외 박○○○로 같은 사람으로 되어 있으며, 청구외법인의 경우 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세를 거래징수한 후 납부하지 아니한 사실이 처분청에 의하여 확인된다.

3. 이 건의 관련법령인 부가가치세법 제6조 (재화의 공급) 및 같은법시행령 제17조(담보제공·사업양도 및 조세의 물납)에서, 사업을 포괄적양도양수하는 경우 재화의 공급으로 보지 아니하여 세금계산서를 주고받지 않아도 되나, 세금계산서를 주고받은 경우 공급자가 거래징수한 세금을 신고납부한 경우에 재화의 공급으로 보도록 규정하고 있다.

4. 이 건의 경우, 처분청은 쟁점세금계산서를 사업의 양수도로 교부받은 것으로 보지 아니하고, 청구법인이 청구외법인에게 자금을 대여하면서 교부받은 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액불공제 및 신고불성실가산세 등을 과세하였으나, 쟁점세금계산서는 청구법인과 청구외법인 간에 자산양수도계약서 등에 의하여 사업을 양수도하면서 교부받은 것으로 확인되고, 쟁점세금계산서를 교부한 청구외법인의 경우 거래징수한 부가가치세를 납부하지 아니한 사실이 확인되므로 매입세액을 공제하지 아니한 처분청의 처분은 타당한 것으로 판단된다. 다만, 신고불성실가산세 등 가산세 부과의 경우 가산세제도는 세법에서 규정한 납세자의 성실한 의무이행을 확보하기 위한 취지로, 이 건의 경우는 청구법인이 직접적으로 세법을 위반하거나 의무를 불이행한 사실이 없음에도 거래상대방의 세법상 의무불이행에 대한 책임을 청구법인에게 묻는 불합리한 결과를 초래하므로 쟁점세금계산서 공급가액에 대하여 신고불성실가산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다○○○.

이 건 심판청구는 심리 결과 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.