2001.1 이후 시행하는 부가가치세법 시행령 제33조의 규정 개정 전에 취득한 부동산에 대하여 특별히 자산유동화전문회사의 부동산임대용역만을 부가가치세 면제용역으로 해석할 수는 없는 것임
2001.1 이후 시행하는 부가가치세법 시행령 제33조의 규정 개정 전에 취득한 부동산에 대하여 특별히 자산유동화전문회사의 부동산임대용역만을 부가가치세 면제용역으로 해석할 수는 없는 것임
○○○세무서장이 2003.7.18 청구법인의 2000년의 제2기 부가가치세 매입세액 16,047,876,301원을 매출세액에서 공제하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소한다.
청구법인은 2000.11.16 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 하였고, 2000.12.5 ○○ 주식회사(이하 “○○”라 한다)로부터 ○○시 ○구 ○○동 665-3 소재 ○○공장 등 유동화자산(이하 “이 건 유동화자산”이라 한다)을 306,466,323,201원에 매입하면서 건물, 구축물 및 기계장치분에 대한 공급가액 160,478,763,014원 상당의 매입세금계산서(매입세액 16,047,876,301원, 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 교부받았다. 청구법인은 이 건 유동화자산을 양도자인 ○○에게 임대한 후, 2000년 제2기 부가가치세 확정신고시 매출과세표준을 100,238,363원(매출세액 10,023,830원)으로 확정하면서, 쟁점매입세금계산서의 매입세액을 공제받지 못할 매입세액으로 기재한 후 자진납부할 세액을 10,023,830원으로 기재하여 신고하였다. 청구법인은 2003.1.24 처분청에게 쟁점매입세금계산서상의 매입세액은 부가가치세 과세대상 용역인 임대용 부동산취득에 따른 매입세액으로서 매출세액에서 공제되어야 한다고 주장하며 매입세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 처분청은 청구법인이 면세사업자로 등록되어 있을 당시에 쟁점매입세금계산서를 교부받았고, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 (부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니함)의 규정에 의거 매입세액 불공제 대상에 해당하므로, 당초 신고내용이 정당하다며 2003.7.17. 청구법인의 경정청구에 대해 거부처분을 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.9.10. 이의신청을 거쳐 2004.12.3. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 유동화자산을 매입할 당시의 법률에는 자산유동화사업을 하는 자가 제공하는 용역을 부가가치세가 면제되는 금융 ․ 보험용역으로 규정하였고, 부가가치세법시행령 제33조 제4항 이 2000.12.29자로 신설되면서 위 규정에 불구하고 부동산 임대용역은 금융 ․ 보험용역으로 보지 아니하는 것으로 되었는 바, 동 신설 규정은 부동산임대용역에 대하여 부가가치세가 과세되는 것임을 명확하게 하기 위한 확인규정일 뿐 창설적 규정은 아니므로, 신설된 규정의 시행일 이전에 부가가치세 과세사업인 임대사업에 공하는 부동산의 매입과 관련된 매입세액은 공제되어야 한다.
(2) 1998년의 신설규정에 따른 질의회신에서 자산유동화회사가 임대에 공하던 부동산을 처분하는 경우에는 부가가치세가 면세된다는 재경부 유권해석이 있었고, 이러한 공적견해 표명을 신뢰한 청구법인이 회사 본사를 면세법인사업자로 등록한 것을 이유로 각 개별 사업장에 해당하는 부동산임대사업장이 과세사업자로 등록하여 부동산 임대용역을 제공하였음에도 불구하고 쟁점매입세금계산서상의 매입세액을 면세사업과 관련된 매입세액으로 보아 이를 매출세액에서 불공제하는 것은 부당하다.
(1) 이 건 유동화자산 매입당시 시행법률의 규정상 자산유동화에 관한 법률에서 정한 업무는 부가가치세가 면제되는 금융 ․ 보험업의 범위에 포함됨을 분명히 하고 있었고, 부동산임대용역도 부가가치세가 면제되는 자산유동화사업에 부속되는 용역으로서 부가가치세가 면제되는 용역이라 할 것이므로 이 건 매입세액은 면세관련 매입세액으로 보는 것이 타당하고, 설령 자산유동화전문회사가 제공하는 부동산임대용역 부분에 대하여는 부가가치세가 과세되는 용역으로 볼 수 있다고 하더라도, 부가가치세법령상 사업자등록 20일 이전의 매입세액을 불공제하도록 규정되어 있는 바, 청구법인은 2002.3.15자로 부가가치세 과세법인으로 사업자등록을 하였고, 쟁점매입세금계산서는 2000년 제2기 과세기간 중에 교부받은 것이므로, 쟁점매입세금계산서상 매입세액은 과세사업자등록전 매입세액에 해당하여 매입세액 불공제 대상에 해당한다.
(2) 처분청은 당초부터 자산유동화사업이 부가가치세가 면제되는 사업이라는 점을 명확히 하였고, 이러한 당초의 견해표명과 같이 쟁점매입세금계산서상의 매입세액이 부가가치세가 면제되는 사업과 관련되는 매입세액이라는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하였으므로 청구법인의 주장은 이유 없다.
(1) 2000.12.29 대통령령 제17041호로 자산유동화전문회사의 부동산의 임대용역을 면세용역인 금융 ․ 보험용역에서 제외하도록 개정된 부가가치세법시행령 제33조 제4항 의 개정 규정이 확인적 규정이므로 쟁점매입세금계산서상의 매입세액은 공제대상이라는 청구주장의 당부
(2) 부동산임대업을 겸업하고 있는 자산유동화전문회사가 재경부 예규를 믿고 면세사업자용 법인사업자등록증을 발급받음으로써 부가가치세법상 미등록사업자가 되어 쟁점매입세금계산서상의 매입세액을 불공제받게 되었으므로 매입세액공제를 적용하는 것이 타당하다는 주장의 당부
○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】
① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.
③ 제1항에서 용역이라 함은 재화이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무및 기타행위를 말한다.
○ 부가가치세법 제5조 【등록】
① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.
○ 부가가치세법 제12조 【면세】
① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
10. 금융 ․ 보험용역으로서 대통령령이 정하는 것
○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액
5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. 부가가치세법 시행령(1998.12.31 대통령령 제15973호로 개정되고, 2000.12.29 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것)
○ 부가가치세법 시행령 제7조 【등록신청과 등록증 교부】
① 법 제5조 제1항의 규정에 의하여 등록하고자 하는 사업자는 사업장마다 다음 각호의 사항을 기재한 사업자등록신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
3. 사업개시연월일 또는 사업장설치 착수연월일
⑧ 소득세법 제168조 및 법인세법 제111조 의 규정에 의하여 등록한 자로서 면세사업을 영위하는 자가 추가로 과세사업을 영위하고자 하는 경우에 제11조 제1항의 규정을 준용하여 사업자등록정정신고서를 제출한 때에는 제1항의 규정에 의한 등록신청을 한 것으로 본다.
○ 부가가치세법 시행령 제11조 【등록정정】 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 지체없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 정정사항과 기타 필요한 사항을 기재한 사업자등록 정정신고서에 사업자등록증을 첨부하여 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
4. 사업의 종류에 변경이 있는 때
○ 부가가치세법 시행령 제33조 【금융ㆍ보험용역의 범위】
① 법 제12조제1항 제10호에 규정하는 금융 ․ 보험용역은 다음 각호에 규정하는 사업을 하는 자가 제공하는 것으로 한다. 12의3. 자산유동화에관한법률에 의한 유동화전문회사업과 동법에 의한 자산관리자가 자산유동화와 관련하여 공급하는 자산관리용역
○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】
⑧ 법 제17조제2항제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.
⑨ 법 제17조제2항제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일이내의 것을 말한다. 부가가치세법 시행령(2000.12.29 대통령령 제17041호로 개정된 것)
○ 부가가치세법 시행령 제33조 【금융ㆍ보험용역의 범위】
① 법 제12조제1항제10호에 규정하는 금융 ․ 보험용역은 다음 각호에 규정하는 사업에 해당하는 역무
15. 자산유동화에관한법률에 의한 유동화전문회사 및 자산관리자가 행하는 자산유동화사업 및 자산관리사업
④ 제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 1에 해당하는 용역은 이를 금융 ․ 보험용역으로 보지 아니한다. <신설 2000.12.29>
1. 수입인지․복권․입장권․상품권 등의 판매대행 및 광고대행용역
2. 지금형주화의 수탁 판매, 금지금의 판매대행용역
4. 그 밖에 재정경제부령이 정하는 용역 부가가치세법 시행령 부칙 제1조 (시행일) (2000.12.29. 대통령령 제17041호) 이 영은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
○ 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.
○ 자산유동화에관한법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. “자산유동화”라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 행위를 말한다.
- 가. 유동화전문회사(자산유동화업무를 전업으로 하는 외국법인을 포함한다)가 자산보유자로부터 유동화자산을 양도받아 이를 기초로 유동화증권을 발행하고, 당해 유동화자산의 관리․운용․처분에 의한 수익이나 차입금 등으로 유동화증권의 원리금 또는 배당금을 지급하는 일련의 행위
2. “자산보유자”라 함은 유동화자산을 보유하고 있는 다음 각목의 1에 해당하는 자를 말한다.
- 나. 신용도가 우량한 법인(외국법인과 당해 외국법인이 설립하는 국내법인을 포함한다)으로서 금융감독위원회가 미리 정하는 기준에 따라 당해 법인이 보유하는 자산에 대하여 자산유동화의 필요성이 있다고 금융감독위원회가 인정하는 법인
3. “유동화자산”이라 함은 자산유동화의 대상이 되는 채권․부동산 기타의 재산권을 말한다.
5. “유동화전문회사”라 함은 제17조 및 제20조의 규정에 의하여 설립되어 자산유동화업무를 영위하는 회사를 말한다.
○ 자산유동화에 관한법률 제10조 【자산관리의 위탁】
① 유동화전문회사등(신탁회사를 제외한다)은 자산관리위탁계약에 의하여 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 “자산관리자”라 한다)에게 유동화자산의 관리를 위탁하여야 한다.
○ 자산유동화에관한법률 제20조 【겸업 등의 제한】
① 유동화전문회사는 제22조의 규정에 의한 업무 외의 업무를 영위할 수 없다.
○ 자산유동화에관한법률 제22조 【업무】
① 유동화전문회사는 자산유동화계획에 따라 다음 각호의 업무를 행한다.
1. 유동화자산의 양수 ․ 양도 또는 다른 신탁회사에의 위탁
2. 유동화자산의 관리 ․ 운용 및 처분
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 사실관계 (가) 처분청은 2000.11.17 청국법인에게 업태를 금융업, 종목을 자산유동화로 하여 면세법인사업자용 사업자등록증(법인등록번호 ○○○○○○-○○○○○○○)을 발급하였고, 2001.1.5 청구법인의 ○○공장(사업장 소재지: ○○ ○○ ○○ ○○) 등 각사업장에게 업태를 부동산, 종목을 임대업으로 하여 사업자등록증을 발급하였으며, 2002.3.15 청구법인에게 업태를 금융업 ․ 부동산으로 종목을 자산유동화 ․ 임대로 하여 사업의 종류가 추가된 사업자등록증을 정정 발급하였다. (나) 청구법인은 2000.12.5 ○○로부터 이 건 유동화자산을 양수하는 계약(이하 “이 건 자산양수 계약”이라 한다)을 체결하였고, 이 건 자산양수 계약상 유동화자산은 본사 및 ○○공장 등으로 구성되어 있고, 매매대금 총액은 306,466,323,201원, 부가가치세 16,047,876,301원으로 하였으며, 이에 따라 이 건 유동화자산 취득과 관련된 쟁점매입세금계산서를 교부 받았다. (다) 청구법인은 ○○에게 이 건 유동화자산을 임대하는 것으로 계약을 체결하였다. (라) 청구법인은 2005.12.15 ○○○○유동화전문회사에게 이 건 유동화자산 중 일부인 건물, 구축물 및 기계장치 등을 양수가액 1,060,064,060원 (부가가치세 과세대상 자산에 대한 양수가액으로 공급대가에 해당하는 금액임)에 매각하고 부가가치세 96,369,460원을 신고 ․ 납부하는 등 이 건 유동화자산의 처분 자산 중 부가가치세 과세대상 자산에 대하여 부가가치세 13,331,061,873원을 신고 ․ 납부하였다. (마) 청구법인은 2001년 1월 2000년 제2기 부가가치세 신고시 쟁점매입 세금계산서는 면세사업과 관련된 것으로 보아 동 매입세액을 매출세액에서 불공제하였다가, 2003.1.24 쟁점매입세금계산서는 금융 ․ 보험용역에 해당하지 아니하는 부동산의 임대용역과 관련된 것으로 보아 매입세액을 공제해 줄 것을 경정청구하였는 바, 처분청은 2003.7.17 위 경정청구에 대하여 거부처분을 하였다. (바) 부가가치세법 제12조 (면세) 제1항 제10호는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역에 대해 “금융 ․ 보험용역으로서 대통령령이 정하는 것”으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령(1998.12.31 대통령령 제15973호로 개정된 것) 제33조(금융 ․ 보험용역의 범위) 제1항 제12의 3호에서 “자산유동화에관한법률에 의한 유동화전문회사업과 동 법에 의한 자산관리자가 자산유동화와 관련하여 공급하는 자산관리용역”을 금융 ․ 보험용역으로 규정하고 있으며, 2000.12.29 대통령령 제17041호로 제33조 제4항을 신설하여 부동산의 임대용역은 위 규정에 불구하고 금융 ․ 보험용역으로 보지 아니하는 것으로 개정하였다. (사) 재정경제부는 2000.3.28 자산유동화에 관한 법률에 의한 자산유동화전문회사가 보유 부동산을 처분하는 경우에는 부가가치세법 제12조 제1항 제1호 및 동법시행령 제33조 제1항 제12호의 3의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이라는 해석(재소비46015-143, 2001.6.13)을 하였고, 2001.6.13 자산유동화전문회사가 2001.1.1 이후 임대용부동산을 취득하는 경우 부가가치세 매입세액은 공제되며, 2001.1.1 이후 취득한 임대용부동산 처분시는 매입세액공제 여부에 불구하고 과세된다는 해석(재소비46015-143, 2001.6.13)을 하였다.
(2) 판단 (가) 먼저, 쟁점(1)에 대하여 본다. 2000.12.29자에 신설된 부가가치세법시행령 제33조 제4항 의 성격을 살펴보면, 조세법률주의의 원칙상 과세요건 사실이거나 비과세요건 사실이거나를 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하게 하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는 바, 부가가치세법 제12조 는 특정 재화 또는 용역의 공급과 특정 재화의 수입에 대하여만 제한적으로 면세하도록 열거하고 있으므로 그 면세대상 사업의 범위를 정한 구 부가가치세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제33조 제1항 제12의 3호의 유동화전문회사업은 그 본질적 요소가 포함된 본래의 의미의 유동화전문회사업만을 지칭하는 것으로 해석하여야 할 것이어서(대법원 2000. 12. 26. 선고, 98두1192 판결 ; 2004. 2. 13. 선고, 2002두10384 판결 등 참조), 유동화자산인 건물을 관리하는 수단으로 제3자에게 임대하는 행위 자체는 부가가치세법 제12조, 구 부가가치세법시행령 제33조 제1항 에 의한 부가가치세가 면제되는 금융용역에 해당하지 않는다고 할 것이다(대법원 2004.12.9. 선고 2004두9418 판결 참조). 따라서, 위 부가가치세법 시행령 제33조 의 규정 개정 전에 취득한 부동산에 대하여 특별히 자산유동화전문회사의 부동산임대용역만을 부가가치세 면제용역으로 해석할 수는 없는 것이므로 2001.1.1. 이후 시행하는 위 개정 규정은 그 동안 금융기관 등이 제공하는 부동산임대용역을 과세해 온 사실에 대한 확인적 규정으로 보는 것이 타당하다고 판단된다(국심 2003서2617, 2005.5.17 같은 뜻). 그러나, 부가가치세법 제5조 제1항 소정의 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없으므로 같은법 제17조 제2항 제5호 소정의 ‘제5조 제1항의 규정에 의한 등록’이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다고 할 것이고, 부가가치세의 면세사업자인지 또는 과세사업자인지 여부를 불문하고 사업자가 ‘면세사업자용’이라고 기재된 사업자등록증을 교부받은 것만으로는 같은법 제5조 제1항에세 정한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없으므로, 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 같은 법 제17조 제2항 제5호 소정의 ‘제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다고 할 것인데(대법원 2004. 3. 12. 선고, 2002두 5146 판결 참조), 이 건의 경우 청구법인은 2000.12.5. 이 건 유동화자산을 매수하고 그 가액의 10%에 해당하는 금액을 부가가치세로 지급하였으나, 2000. 11.16.에 발급받은 사업자등록증은 면세법인사업자용으로 기재된 사업자등록증을 교부받고, 그 후 2002.3.15.에 부동산임대업을 추가한 사업자등록증을 교부받았으므로 쟁점매입세금계산서상의 매입세액은 등록전 매입세액에 해당된다는 처분청 의견이 타당한 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점(2)에 대하여 본다. 청구법인은 자산유동화에관한법률에 의한 유동화전문회사이며, 2000.11.16.에 설립되었고, 본점 외 36개 지점을 두고 있으며, 본점은 2000.11.17.에 면세사업자로 등록하였고, 36개 지점 중 6개 지점은 면세사업자등록 후 2001.1월 과세사업자로 변경등록하였으며, 나머지 30개 지점은 2001.1월 과세사업자로 신규등록한 사실이 확인되는데, 사업자등록과 관련하여 청구법인이 당초 면세사업자로 등록하게 된 이유는 일반적으로 금융 ․ 보험업에서 부동산임대용역은 금융 ․ 보험업의 부수업무에 해당하지 않는다고 하여 부가가치세를 과세하여 왔지만, 재경부 예규(소비 46015-117, 2000.3.28) 및 기타 예규(부가 46015-1434, 2000.4.3) 등에서 자산유동화전문회사가 보유부동산을 처분하는 경우에 부가가치세를 면세한다고 하였고, 이와 관련하여 청구법인은 자산유동화전문회사의 주된 사업내용이 유동화자산을 인수 ․ 관리 ․ 처분하는 일련의 과정을 말하므로 위 예규에서 말하는 “처분”이란 보유부동산을 보유 ․ 임대 ․ 처분을 포함하는 것으로 신뢰하여 본점은 면세사업자로 사업자등록을 하였고, 부동산임대용역의 대부분이 발생하는 36개 지점에서는 2000.12.29 부가가치세법시행령 제33조 제4항 제3호 가 신설되면서 2001.1.1. 이후 거래분부터 부동산임대 용역이 금융 ․ 보험용역의 범위에서 제외됨에 따라, 2001.1.5.에 과세사업자로 사업자등록을 하게 된 것으로 인정된다. 이와 같이 과세관청은 부동산 임대용역이 면세용역에 해당하는 금융 ․ 보험용역에 포함된다는 취지의 공적인 견해 표명을 수차례 하였고, 과세관청의 이 같은 견해표명을 신뢰한 데 대하여 청구법인에게 귀책사유가 있다고 보기도 어렵다. 또한 청구법인의 계열사인 청구외 ○○보험(주)가 보유부동산에 대하여 1999.7.2.에 과세사업자로 등록하였음에도 불구하고, 청구법인의 본점은 과세관청의 견해표명을 신뢰하여 면세사업자로 사업자등록하고, 이후 부가가치세법시행령이 개정되어 부동산임대용역이 금융 ․ 보험용역에서 제외되자 이에 맞추어 사업자등록을 정정하거나 과세사업자로 등록을 하고 이 건 유동화자산중 처분한 자산에 대하여서는 부가가치세를 신고 ․ 납부한 사실 등이 인정되므로 과세사업자로서의 사업자등록이 즉시 이루어지지 않았다고 하여 청구법인에게 과실이 있다고 보기는 어렵다고 판단된다. 그리고, 청구법인이 과세관청의 공적인 견해 표명을 신뢰하여 면세사업자로 등록하고 이 건 유동화자산을 매입한 이 후에 부동산임대용역을 면세용역에 해당하는 금융 ․ 보험용역에서 제외하는 법령개정에 맞추어 청구법인은 과세사업자로서 처분자산에 대하여서는 부가가치세를 납부하였음에도 불구하고 과세사업자로서의 쟁점매입세금계산서상의 매입세액을 공제받지 못하여 납세자로서의 이익이 침해되는 결과가 초래된 사실을 알 수 있다. 또한, 유사 자산유동화전문회사의 경우에는 과세관청의 예규와는 다르게 과세사업자로 등록하여, 2000. 12.31 이전에 임대용부동산을 취득한 후 부동산 임대업을 영위하면서 당해 부동산 매입시 부담한 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제한 것(국심 2003서2618, 2005.3.25, 국심 2001서2543, 2005.3.25 참조)과 비교하여 볼 때 오히려 과세관청의 견해표명을 신뢰하고 따른 청구법인에게 과세관청의 견해표명을 따르지 않은 법인보다 불이익을 주게되는 것은 형평성 측면에서 볼 때 타당하지 않은 점이 있다. 따라서, 청구법인이 재경경제부 예규 등을 믿고 면세사업자로 등록함으로써 쟁점매입세금계산서상의 매입세액이 등록전 매입세액에 해당하게 되었으나 이는 과세관청의 예규 등을 청구법인이 과실없이 믿은데서 비롯된 것이라 할 수 있어 이를 공제 부인함은 납세자의 이익을 중대하게 침해하는 결과가 발생한다 할 것이므로, 쟁점매입세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제해 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 국세심판관 합동회의의 심리결과 청구주장이 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.