매입액 상당의 컴퓨터소프트웨어를 실제 매입하였는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 ○○○ 294-3에서 소프트웨어개발 및 공급업을 영위하면서 2001년 제1기에 주식회사 ○○○로부터 553,815천원(이하 "쟁점매입액"이라 한다) 상당의 매입세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 수취하고 관련 매입세액공제 및 동 매입액을 손금산입하였다.
• 나. 처분청은 ○○○세무서장으로부터 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라는 통보에 따라 쟁점매입액에 대한 관련 매입세액 불공제 등으로 2004.10.16. 청구법인에게 2001년 제1기 부가가치세 104,227,980원 및 2001사업연도 법인세(증빙미수취가산세) 11,076,300원을 결정고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.12.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2001.6.28. ○○○컴퓨터 주식회사와 ○○○ 주식회사의 BASE21시스템 본 가동기 공급계약을 체결하고 그 공급계약내용 중 소프트웨어 이외 하드웨어 부분은 직접 공급할 수 없어 제3의 법인인 주식회사 ○○○(현재 ○○○ 주식회사)로부터 컴퓨터 및 관련 부품을 매입하고 그 대금은 2001.11.30. 609,196,500원(공급대가)을 송금하고 쟁점세금계산서를 교부받은 것인데도 주식회사 ○○○가 자료상이라는 이유로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세와 법인세를 과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 주식회사 ○○○는 자료상 혐의로 사법당국에 고발된 업체로서 동 법인이 쟁점매입액을 공급가액으로 하여 ○○○ 주식회사로부터의 매입과 청구법인에 대한 매출에 대하여 사실과 다른 거래라고 확인하였으며, 거래된 물품(컴퓨터 보안소프트웨어 등)은 ○○○ 주식회사가 제작한 것이고 청구법인과 ○○○주식회사와는 기존의 거래처인 사실 등으로 보아 청구법인의 실제 거래처는 ○○○ 주식회사이므로 쟁점세금계산서는 공급자가 다른 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 이 건 부가가치세와 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점매입액 상당의 컴퓨터보안소프트웨어를 주식회사 ○○○부터 실제 매입하였는지의 여부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하“필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 법인세법 제76조 【가산세】⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다. 제116조【지출증빙서류의 수취 및 보관】 ① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기한이 경과한 날부터 5년간 이를 보관하여야 한다.

② 제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 부가가치세법 제16조 의 규정에 의한 세금계산서

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 쟁점매입액 상당의 컴퓨터보안소프트웨어를 주식회사 ○○○로부터 실제 매입하였다고 주장하므로 이를 살펴본다.

(1) ○○○세무서의 주식회사 ○○○에 대한 자료상조사종결보고서 및 처분청의 관련 자료에 의하면, ○○○세무서장이 ○○○지방검찰청의 고발의뢰에 따라 세무조사를 한 바, 주식회사 ○○○가 2001년 제1기∼2002년 제1기 중 ○○○ 주식회사 외 6개업체로부터 12건, 1,985,997천원 상당의 가공세금계산서를 교부받고 청구법인 외 25개 업체에게 43건, 5,221,867천원 상당의 허위매출세금계산서 및 5건, 210,270천원 상당의 가공매출세금계산서을 교부한 사실을 확인하고 동 법인 및 대표이사 임○○○를 2003.11.6. ○○○지방검찰청에 자료상 혐의로 고발하였다.

(2) 또한, ○○○세무서장이 세무조사시 징구한 사실확인서(2004.3.3.)에 의하면, 주식회사 ○○○ 대표이사 임○○○가 청구법인에게 발행한 쟁점매입액을 포함하여 8,438,719천원 상당의 세금계산서를 실물거래 없이 가공으로 발행하였다는 취지로 사실확인하였다.

(3) 뿐만 아니라, 처분청이 쟁점매입액 상당의 세금계산서를 ○○○ 주식회사가 주식회사 ○○○에게 발행하고 주식회사 ○○○는 청구법인에게도 동일금액의 세금계산서를 발행하여 위 ○○○ 주식회사의 매출세금계산서 및 주식회사 ○○○의 매출세금계산서 모두를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세하였으며, 청구법인이 ○○○ 주식회사로부터 2001년 제1기∼2003년 제2기까지 계속해서 매입거래가 있었고 매출처인 ○○○ 주식회사에 대하여도 상거래 이외의 매출거래가 있는 등 정상적인 거래처로 확인된 점 등에서 청구법인은 물품을 실제 ○○○ 주식회사로부터 매입하여 ○○○ 주식회사에 납품하였으나 매입과정에서 자료상인 주식회사 ○○○가 외형을 부풀리기를 위하여 가공매입 및 매출 553,815천원의 세금계산서를 발행·수취한 것으로서 청구법인이 실지 매입은 ○○○ 주식회사로 하고 세금계산서는 주식회사 ○○○로부터 받은 것으로 판단하였다.

(4) 살피건대, 청구법인에게 쟁점세금계산서를 교부한 주식회사 ○○○는 검찰에서 자료상 혐의로 수사를 받는 업체이고, ○○○세무서의 조사시 동 법인의 대표이사 임○○○가 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 확인한 점 등에서 쟁점세금계산서의 실제 공급자는 주식회사 ○○○가 아니라 ○○○ 주식회사로 인정된다. 한편, 청구법인이 제시한 대금지급 증빙과 이 건 심판청구시 제시한 쟁점매입액 상당의 물품을 청구법인에게 실제 거래하였다는 주식회사 ○○○의 사실확인서는 진정한 거래대금 증빙 또는 자료로 채택할 수 없다.

(5) 따라서, 쟁점세금계산서의 실제 공급자는 주식회사 ○○○가 아니라 ○○○ 주식회사로 보아 관련 매입세액 불공제 및 증빙불비 가산세를 법인세로 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.