[요지] 전원설비의 보강공사, 개량ㆍ교체공사에 지출한 금액은 사회간접자본투자준비금 설정대상 투자에 해당함
[요지] 전원설비의 보강공사, 개량ㆍ교체공사에 지출한 금액은 사회간접자본투자준비금 설정대상 투자에 해당함
[주 문]
1. OOO세무서장이 2003.12.1 청구법인에게 한 2001사업연도 법인세 11,310,219,980원, 2002사업연도 법인세 5,272,739,130원을 환급결정한 처분에 대한 불복청구는 이를 각하합니다.
2. OOO세무서장이 2003.12.1 청구법인에게 한 1998사업연도 법인세 12,048,502,280원, 1999사업연도 법인세 128,646,118,680원, 2000사업연도 법인세 21,936,271,810원의 부과처분은 (가) 청구법인이 1999사업연도～2000사업연도 중 전원설비의 보강공사에 지출한 금원 및 개량·교체공사에 지출한 금액 977,149,911,530원(금융비용 포함)이 자본적지출에 해당되는지를 확인하여 처분청이 사회간접자본투자준비금 설정대상이 아니라고 부인한 1,622,669,246,615원(1999사업연도 1,562,557,728,590원, 2000사업연도 60,111,518,025원)원의 범위안에서 투자준비금의 설정대상으로 인정하며, (나) 청구법인이 OOO 주식회사에게 대여한 금원을 업무무관가지급금에서 제외하여 관련 지급이자를 손금에 산입하되, 그 지급이자 상당액이 청구법인이 주장하는 4,341,758천원(1998사업연도 412,085천원, 1999사업연도 1,238,150천원, 2000사업연도 2,691,523천원)인지에 대하여는 처분청이 이를 확인하여 손금불산입금액에서 차감하거나 추가로 손금에 산입하는 것으로 경정하고, (다) 청구법인이 신청자들로부터 수령한 공사부담금을 사용기한 내에 사용하지 못하여 익금에 산입한 처분과 대응하여 동 공사부담금으로 취득한 고정자산의 감가상각비 상당액 414,702천원(1998년 4,359천원, 1999년 21,046천원, 2000년 389,297천원), 수익적 지출로 처리한 금액 1,433,532천원(1998년 2,051천원, 1999년 368,839천원, 2000년 1,062,642천원), 공사부담금 미사용액으로서 신청자들에게 환불한 금액 1,314,701천원(1998년 15,129천원, 1999년 519,043천원, 2000년 780,529천원)은 각 사업연도의 손금으로 추인하여, 그 과세표준과 세액을 경정하고, (라) 나머지 청구는 기각합니다.
[이 유]
1. 처분개요 청구법인은 1961.7.1 설립되어 전기가스업 등을 영위하는 공기업으로 ① 1999～2002사업연도중에 사회간접자본시설에 14,877,841백만원을 투자하고 조세특례제한법 제28조 규정에 따라 투자금액의 10%(2001년 이후에는 8%)에 상당하는 1,415,012백만원을사회간접자본투자준비금으로 손금산입하였고, ② 1998～2002사업연도중에 청구법인과 특수관계에 있는 필리핀 소재OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)에게 발전소 건설 및 운영자금으로 33,811,973천원(누적최대금액이고, 이하 “쟁점대여금”이라 한다)을 무이자로 대여하였으며, ③ 1998～2002사업연도 중 전주이설공사 등과 관련하여 신청자로부터 공사부담금을 수령하면 익금에 산입하고 같은 금액을 일시상각충당금으로 계상하여 신고조정에 의해 손금산입하여 1999～2003사업연도 법인세를 신고하였다. 처분청은 OOO지방국세청장으로부터 통보받은 청구법인에 대한 법인세조사결과에 의거, ① 청구법인이 사회간접자본시설에 대한 투자라고 신고한 금액 14,877,841백만원중 토지(용지)매입 등에 대한 지출액 및 시설의 보강공사·시설의 개량·교체 등에 대한 지출에 해당되는 1,755,261,067,393원(이하 “쟁점투자금액”이라 한다)은 사회간접자본시설또는 사회간접자본시설에 대한투자로 볼 수 없다는 이유로 그 준비금 상당액 172,872백만원(이의신청에 의거 감액된 금액임)을 손금불산입하고, ② 국외특수관계자에게 무상대여한 쟁점대여금에 대하여 국제조세조정에 관한 법률 제4조의 규정에 의거 정상가격에 의한 이자상당액 3,253,454천원을 익금산입 및 유보로 처분하였으며, 또한 동 대여금을 법인세법시행령 제53조 규정의 업무무관가지급금으로 보아 관련 지급이자 1,233,749천원을 손금불산입하고, ③ 청구법인이 신청자로부터 수령한 공사부담금 중 33,049,812천원(이하 “쟁점공사부담금”이라 한다)을 수령한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터 1년 내에 사용하지 않았다하여 이를 익금에 산입하여 2003.12.1 청구법인에게 아래 표와 같이 1998～2000사업연도 법인세 162,630,892,770원을 경정·고지하고, 2001～2002사업연도 법인세 16,582,959,110원을 환급결정하였다. OOO 청구법인은 이에 불복하여 2004.2.27 이의신청을 거쳐 2004.10.20 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 사회간접자본투자준비금 관련 (가) 토지(용지)구입비 및 조경공사비에 대하여 처분청은 쟁점투자금액중 전원설비 설치와 관련된 토지(용지)구입비 및 조경공사비는 비전원설비로서 사회간접자본시설이 아니라는 사유로 그 준비금 상당액을 손금불산입하였으나, 사회간접자본준비금의 설정범위를 규정한 조세특례제한법시행령 제25조 제1항 제2호에는 전원개발에 관한 특례법 제2조 제1호에 의한 전원설비를 규정하고 있고, 동 특례법 제2조 제1호에서 “전원설비라 함은 발전 및 송변전을 위한 전기사업용 전기설비와 그 부대시설을 말한다”고 규정하였고, 그 “부대시설”의 범위에 대하여 동 특례법시행령 제3조 제1호에서 발전 및 송·변전을 위한 전기사업용 전기설비를 설치, 운용하기 위한 건물·구축물과 그 부속시설, 제2호에서 전기사업용 전기설비와 제1호의 시설의 설치·운용을 위한 용수시설·송유시설·회처리장·재료적치장·방사성폐기물관리시설과 그 부속시설, 제3호에서 제1호 및 제2호의 규정에 의한 시설의 설치·운용에 종사하는 자를 위한 숙소와 그 부속시설이라고 규정하고 있는 바, 위 법령에서 부대시설로 인정한 회처리장과 재료적치장의 경우 사용 후 석탄재와 사용 전 자재를 쌓아 놓기 위한 토지로 부대시설에 포함되어 있는 것을 보아도 전원설비를 건설하기 위한 토지매입비도 전원설비에 포함시켜야 하고, 또한 조경공사는 전원설비 설치를 위한 건축물과 종사자 숙소의 부속시설에 포함되는 것이므로 토지구입비와 조경공사비를 사회간접자본준비금 설정대상으로 보아야 한다. 사회간접자본투자준비금의 손금산입을 위해 제출하는 사회간접자본투자준비금사용명세서(별재 제11호 서식)에는 취득대상 고정자산을 토지, 건물, 구축물, 기계장치 등으로 표시하고 있는데 이는 토지가 사회간접자본시설에 포함되는 것임을 증명하는 것이다. 또한, 사회간접자본투자준비금 손금산입제도의 입법취지가 사회간접자본시설에 대한 민간투자의 촉진을 위하여 투자준비금의 손금산입을 통한 법인세의 이연과세로 투자자의 자금부담을 덜어주려는 것인데 투자사업비 중 자금수요가 큰 시설용지의 취득을 투자준비금 설정대상에서 제외할 이유가 없는 것이다. 따라서, 청구법인이 1999～2002사업연도중 전원설비의 용지구입비로 지출한 393,220,330,807원, 전원설비의 조경공사비로 지출한 13,373,537,643원, 금융비용 84,896,698,634원 합계 491,490,567,084원을 처분청이 사회간접자본투자준비금 설정대상이 아니라고 부인한 1,755,261,067,393원의 범위안에서 투자준비금의 설정대상으로 인정하여야 한다. (나) 전원설비의 자본적 지출액에 대하여 처분청은 전원설비의 자본적 지출액을 장부상에 기재된 예산과목(설비보강, 원전연료 해외공급 등)만 보고 전원설비의 신설 내지 증설에 투자된 금액이 아니라고 하여 그 사회간접자본투자준비금을 손금불산입한 것이나, 청구법인의 설비보강공사는 용어만 “설비보강”이라고 되어 있을 뿐 실질에 있어서는 신규 증설과 동일한 전원설비 및 부대설비 공사이며, 조세특례제한법 제28조 제1항에는 투자준비금 설정대상을 “사회간접자본에 투자한 금액”이라고 규정하고 있을 뿐 “투자”의 범위에 별도로 규정한 바 없으므로 전원설비의 자본적 지출액(개량, 교체, 보강공사)을 사회간접자본준비금의 설정대상으로 보아야 한다. 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제2조 제4호에는 “사회간접자본시설사업이라 함은 사회간접자본시설의 신설·증설·개량에 관한 사업을 말한다”고 규정하였고, 같은법시행령 제17조 제1항에는 사회간접자본시설사업의 총사업비를 “사회간접자본시설의 신설·증설 또는 개량에 소요되는 경비”라고 규정하고 있으며, 또한 전원개발촉진법 제2조 제2호에는 “전원개발사업”이라 함은 전원설비를 설치 또는 개량하는 사업을 말한다고 규정하고 있으므로 전원설비의 자본적 지출액을 사회간접자본준비금 대상으로 보지 아니한 처분은 부당하다. 따라서 청구법인이 1999～2002사업연도중 전원설비의 보강공사에 지출한 570,043,079,991원, 전원설비의 개량 및 교체에 지출한 575,835,188,428원, 금융비용 221,407,846,024원, 합계 1,367,286,114,443원을 처분청이 사회간접자본투자준비금 설정대상이 아니라고 부인한 1,755,261,067,393원의 범위안에서 투자준비금 설정대상으로 인정하여야 한다.
(2) OOO은 가스복합화력발전소를 건설하여 동 발전소에서 생산된 전력을OOO(NPC)를 통하여 필리핀 국내에 판매하는 사업을 위하여 1997.9.12 필리핀 현지에 설립한 청구법인의 해외손자회사이고, 청구법인은OOO 사업을 세계 유수의 전력사업자들과 치열한 경합을 거쳐 국제경쟁입찰을 통해 수주하게 되었으며, 발전소 건설은 사업초기에 거대 자본이 소요되는 것으로 대형 국제사업의 원활한 추진을 위해서 청구법인이OOO 대신 실질적인 사업주체가 되어 필수적으로 소요되는 초기 운영자금인 쟁점대여금을 지출한 것이므로 이를 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래로 보아 그 이자상당액을 익금산입한 처분은 부당하고, 쟁점대여금은 위에서 본 바와 같이 업무와 관련하여 지출한 비용에 해당됨에도 처분청이 업무무관가지급금으로 보아 관련 지급이자를 손금불산입한 처분은 부당하다. 또한 쟁점대여금을 업무무관가지급금에서 제외할 경우 동 대여금과 관련한 지급이자상당액은 5,336,667천원이므로 이를 손금불산입금액에서 제외하거나 추가로 손금에 산입하여야 한다.
(3) 쟁점공사부담금을 사용기한내에 사용하지 못하여 익금에 산입한 처분이 타당하다고 하더라도 ① 공사부담금 사용기한이 경과한 후 취득한 고정자산에 대한 감가상각비상당액으로서 일시상각충당금과 상계하여 신고한 1,319,652천원(1998년 4,359천원, 1999년 21,046천원, 2000년 389,297천원, 2001년 240,444천원, 2002년 664,506천원)은 손금추인하여야 하고, ② 공사부담금 미사용액으로서 수익적지출로 정산하고 그 일시상각충당금을 익금산입하여 신고한 2,982,708천원(1998년 2,051천원, 1999년 368,839천원, 2000년 1,062,642천원, 2001년 386,062천원, 2002년 1,163,114천원)은 손금추인하여야 하며, ③ 공사부담금 미사용액으로서 신청인에게 환불정산된 6,250,143천원(1998년 15,129천원, 1999년 519,043천원, 2000년 780,529천원, 2001년 2,632,009천원, 2002년 2,303,433천원)은 손금추인하여야 한다.
(1) 사회간접자본투자준비금 관련 (가) 토지(용지)구입비 및 조경공사비에 대하여 조세특례제한법 제28조는 사회간접자본투자준비금의 손금산입을 규정하면서 제1항에서 대통령령이 정하는 시설을 건설하는 법인으로서 요건에 해당되는 법인에 대하여 준비금 손금산입을 하도록 하고 있고, 동법 시행령 제25조 제1항에는 법 제28조 제1항에 해당되는 사회간접자본시설로 도로법 등 7개 특별법에 의한 시설을 손금산입대상으로 규정하면서 제2호에서 전원개발촉진법 제2조 제1호의 규정에 의한 “전원설비”만을 손금산입대상 시설로 규정하고 있고, 전원개발촉진법 제2조 제2호는 “전원개발사업”을 규정하면서 다음 각목의 1에 해당되는 사업이라고 정의하고 가목에서 전원설비를 설치·개량하는 사업을 나목에서는 설치되거나 설치된 전원설비의 토지 등을 취득하거나 사용권원을 확보하는 사업이라고 규정하고 있지만, 조세특례제한법시행령은 전원개발촉진법 제2조 제2호가 아닌 제1호의 전원설비만을 사회간접자본시설로 보도록 규정한 것이므로 토지는 전원설비에 해당되지 않는 것이며, 따라서 국세청예규(OOO)에서 “전원설비라 함은 전원개발에 관한 특례법 제2조 제1호에서 규정하는 전원설비만을 말하는 것”이라는 답변은 토지가 포함되지 않음을 유권 해석한 것이다. 또한 사회간접자본투자준비금의 손금산입을 위해 제출하는사회간접자본투자준비금사용명세서(별지 제11호 서식)에 취득대상인 고정자산을 토지건물구축물기계·장치등으로 표시하고 있어 토지가 사회간접자본시설에 포함되는 것이라는 주장하고 있으나, 사회간접자본투자준비금의 손금산입은 조세특례제한법 시행령 제25조 제1항에 규정된 대로 도로법, 전원개발촉진법, 한국수자원공사법, 항만법, 수도권신공항건설촉진법, 정보화촉진기본법, 사회기반시설에 대한 민간투자법{구 사회간접자본에 대한 민간투자법(이전 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법)} 등 7개 특별법에 규정한 시설에 대한 투자에 대하여도 적용되는 조항으로 사회간접자본투자준비금 손금산입 대상인 7개 특별법에서 규정한 시설 전체가 사용하는 명세서이지 전원개발촉진법에 의한 전원설비의 사회간접자본투자준비금 사용명세서가 아니므로 타법령에 해당되는 부분도 기록할 수 있게 고안된 것이므로 별지 제11호의 서식에 “토지” 항목이 있다 하더라도 해당 법령에 규정되어 있지 않다면 준비금 설정대상이 아니라고 보아야 한다. 사회기반시설에 대한 민간투자법(구 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법)과 동법 시행령에 의하면 토지는 사회간접자본시설에서 핵심적인 요소로서 토지매입비는 사회간접자본시설 사업비의 중요한 한 부분이어서 손금산입대상이라고 주장하나, 사회기반시설에 대한 민간투자법의 토지매입비는 동법의 적용을 받는 사업에 적용되는 것이지 조세특례제한법시행령 제25조 제1항 제2호의 전원설비에 관한 조항이 아니므로 이를 적용할 수 없는 것이다. (나) 전원설비의 자본적 지출액에 대하여 청구법인은 조세특례제한법 제28조 1항에 투자준비금설정대상을 사회간접자본에 투자한 금액이라고만 규정되어 있고 투자의 범위에 대하여는 규정하지 않고 있으나, 사회간접자본에 대한 민간투자법 제2조 제4호에 사회간접자본시설사업이라 함은 사회간접자본의 신설·증설·개량에 관한 사업을 말한다고 규정하고 있는 것으로 보아 신규나 증설만이 아닌 자본적지출에 의한 취득도 투자로 보아야 한다고 하면서 사회간접자본투자준비금사용명세서등에 취득금액으로만 기재하도록 되어 있을 뿐 신규취득인지 개량에 의한 취득인지 취득경위에 대하여 묻지 않고 있는 점으로 보아 자본적지출에 사용된 비용도 투자라고 주장하나,사회간접자본에 대한 민간투자법은 조세특례제한법 제28조 제1항 및 동법 시행령 제25조 제1항 제7호에 규정된 사회간접자본시설의 근거 법규이지, “투자”의 의미를 준용하는 규정이 아니므로 이들 법률상에서 적용된 내용을 조세특례제한법에 바로 적용할 수는 없는 것이며, 사회간접자본투자준비금명세서 및 사용명세서는 손금산입을 하고자 하는 법인이 준비금 설정을 통한 손금산입과 미사용준비금 및 사용준비금의 환입 내역 등을 관리하기 위한 서식일 뿐이지, 투자된 내역을 검토하여 이를 요건에 적합한지 판정하고 해당여부를 시부인하기 위한 명세서가 아니라 준비금설정 대상의 적정여부나 해당 준비금이 올바로 사용하였는지를 확인하여 검토하는 서식은 아니고, 명세서에 모든 내역을 기록하여 판단한다는 것도 불가능한 것이므로 이를 기준으로 투자에 해당되는지 여부를 판단할 수는 없는 것이다. 조세특례제한법은 조세평등의 원칙에 예외를 규정한 특별법으로서 지원대상이나 규모에 있어 엄격한 제한을 두고 있으며, 중복지원을 배제하기 위한 제도까지 마련하고 있는 것으로 보아 요건에 해당되는 것만이 세액공제되거나 손금산입되는 것으로 세액공제는 영구적인 혜택이고 준비금은 기간이익을 준다는 차이점외에 조세지원의 효과가 해당비용의 지출 후인지 지출 전인지도 틀린 점이기는 하지만 연구개발비와 중소기업투자의 경우처럼 동시에 받을 수도 있는데 이 경우에 서로 다른 의미로 해석된다면 별도로 규정하였을 것인데 그렇지 않은 것으로 보아 기본적으로 사용되는 용어의 정의는 동일하게 해석하여야 할 것인 바, 투자한 금액의 범위를 신설이나 증설 목적으로 투자한 것만을 의미한다는 기본통칙 5-0...3, OOO(92.2.28), OOO(98.1.19)은 준비금 손금산입시에도 준용될 수 있는 예규이며, 일반적으로 세액공제제도가 더 많은 이유는 사전에 유보금이 넉넉한 기업이 아니라면 준비금 설정이 쉽지 않아 세액공제보다는 대상이 적어 세액공제에 관한 질의나 해석이 먼저 있었고, 용어에 대한 올바른 해석이 이루어진 후에는 추가로 새로이 규정할 필요가 없어 준비금에 대한 예규가 적거나 없는 것이며, 법인 OOO(92.9.25)가 전원설비투자 법인의 준비금 손금산입에 대하여 신규건설과 증설만을 목적으로 투자하는 금액이라고 답변하면서 그 근거나 이유를 명시하지 않은 사유도 기존의 다른 예규에서 반복적으로 확인되었던 것이어서 명시하지 않은 것이므로 당연히 준용할 수 있는 것이다.
(2) 청구법인은 해외자회사인 OOO 주식회사(또는 OOO한전필리핀 지주회사)를 통한 출자형식을 거치지 않고, 수출입은행으로부터 대부투자허가도 득하지 않은 채, 회사가 보유하고 있던 여유자금으로 해외손자회사인 OOO의 경영자문료 22,336백만원을 대지급하였고, 투자유가증권(OOO 주식) 취득명목으로 11,475백만원(총 33,811백만원)을 송금한 후 장기간 이를 회수하지 아니하고 무이자로 대부하여 건전한 사회통념과 상관행을 기준으로 볼 때 경제적인 합리성을 무시한 비정상적인 거래라 할 것이므로 쟁점대여금을 업무무관가지급금으로 보아 국제실세금리에 의한 이자상당액을 익금산입하여 유보처분하고, 관련 지급이자를 손금불산입한 처분은 정당하다.
(3) 법인세법 제37조 제1항의 규정에 의하면 미사용 공사부담금은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 익금에 산입하도록 동조 제2항에 규정하고 있으므로 기한 내 사용하지 아니한 공사부담금을 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한 처분은 정당하나, 기한 내 미사용으로 익금산입된 공사부담금이 추후 감가상각 되거나 수익적지출로 정산된 때, 신청자에 대한 환불로 정산된 때에는 당해 공사부담금을 익금불산입하여야 한다는 청구법인의 주장을 검토한 바, 청구법인의 이유가 타당하므로 기한내 미사용으로 익금산입된 공사부담금 중 기한 경과후 당해 공사부담금으로 취득한 고정자산의 감가상각비 상당액과 신청인과의 정산시에 수익적지출에 충당된 것으로 처리된 공사부담금 및 신청인에게 환불정산된 공사부담금은 익금불산입되어야 함이 타당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 처분청이 감액경정하여 환급결정한 2001사업연도 및 2002사업연도분 법인세에 대한 불복청구가 본안심리대상인지 여부
(2) 쟁점투자금액 중 발전설비 등을 설치하기 위한 ① 토지(용지)구입비 및 ② 전원설비의 자본적 지출액(보강·개량·교체)에 해당하는 투자금액을 사회간접자본투자준비금의 설정대상으로 인정할 수 있는지 여부
(3) 필리핀 소재 특수관계법인에게 쟁점대여금을 무상대여하였다고 하여 ① 정상이자율로 계산한 이자상당액을 익금산입하고, ② 동 대여금을 업무무관가지급금으로 보아 관련지급이자를 손금불산입한 처분의 당부
(4) 공사부담금 수령일의 다음 사업연도부터 1년 내에 미사용하였다고 익금산입한 쟁점공사부담금 중 ① 동 공사부담금으로 취득한 고정자산의 감가상각비, ② 고정자산이 아닌 수익적지출로 정산된 금액, ③ 정산시 신청인에게 환불된 금액을 손금에 산입하여야 한다는 청주주장의 당부
(1) 쟁점(1) 관련법령 국세기본법 제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.
(2) 쟁점(2) 관련법령 조세특례제한법 제28조【사회간접자본투자준비금의 손금산입】① 도로·항만등 대통령령이 정하는 시설(이하 이 조에서 “사회간접자본”이라 한다)을 건설하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인이 2000년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 사업연도에 사회간접자본에 투자한 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.(1998.12.28 개정)
② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 투자준비금은 다음 각호에 따라 이를 익금에 산입한다.
1. 당해 투자준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사회간접자본을 건설하는 데 소요된 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 사업연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. 조세특례제한법시행령 제25조【사회간접자본투자준비금의 손금산입】① 법 제28조 제1항의 규정에 의한 사회간접자본시설은 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다.
1. 도로법에 의한 도로
2. 전원개발에 관한 특례법 제2조 제1호의 규정에 의한 전원설비
3. 한국수자원공사법 제9조 제1항 제1호의 규정에 의한 수자원개발시설, 동항 제2호의 규정에 의한 수도시설 및 동항 제4호의 규정에 의한 하수종말처리시설
4. 항만법 제2조 제6호의 규정에 의한 항만시설
5. 수도권신공항건설촉진법 제2조 제2호의 규정에 의한 신공항사업 시설 및 항공법 제2조 제6호의 규정에 의한 공항시설
6. 정보화촉진기본법 제2조 제5호의 규정에 의한 초고속정보통신기반시설
7. 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법 제2조 제1호의 규정에 의한 사회간접자본시설로서 제1호 내지 제6호에 해당하지 아니한 시설
8. 2000년 제3차 아시아·유럽정상회의 회의시설
② 법 제28조 제1항에서 “대통령령이 정하는 법인”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 법인을 말한다.
1. 한국도로공사법에 의하여 설립된 한국도로공사
2. 한국전력공사법에 의하여 설립된 한국전력공사
3. 한국수자원공사법에 의하여 설립된 한국수자원공사
4. 한국컨테이너부두공단법에 의하여 설립된 한국컨테이너부두공단
5. 한국공항공단법에 의하여 설립된 한국공항공단
6. 한국가스공사법에 의하여 설립된 한국가스공사
7. 수도권신공항건설공단법에 의하여 설립된 수도권신공항건설공단
8. 한국고속철도건설공단법에 의하여 설립된 한국고속철도건설공단
9. 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법에 의하여 지정된 사업시행자
10. 공기업의 경영구조개선 및 민영화에 관한 법률 제2조 제2호의 규정에 의한 한국전기통신공사
11. 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 사단법인 한국무역협회(제1항 제8호의 시설을 건설하는 경우에 한한다)
④ 법 제28조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 법인은 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 투자준비금명세서(당해 투자준비금을 손금에 산입한 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도의 경우에는 투자준비금사용명세서를 말한다)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 구 전원개발에관한특례법(1990.1.13 개정된 것) 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.
1. “전원설비”라 함은 발전 및 송변전을 위한 전기사업용 전기설비와 그 부대시설을 말한다.
2. “전원개발사업”이라 함은 전원설비를 설치 또는 개량하는 사업을 말한다. 전원개발촉진법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다. (2003.12.30 개정된 것)
1. “전원설비”라 함은 발전 및 송변전을 위한 전기사업용 전기설비와 그 부대시설을 말한다.
2. “전원개발사업”이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 사업을 말한다.
3. “전원개발사업실시계획”이라 함은 정부의 전력수급기본계획에 따른 전원개발사업의 실시에 관한 세부계획을 말한다.
4. “토지등”이라 함은 토지·건물 또는 토지에 정착한 물건과 이에 관한 소유권외의 권리·광업권·어업권 및 물의 사용에 관한 권리를 말한다. 구 전원개발에관한특례법시행령 제3조【부대시설】 법 제2조제1호에서 "부대시설"이라 함은 다음 각호의 시설을 말한다.(개정 1997·5·1)
1. 발전 및 송·변전을 위한 전기사업용 전기설비(이하 "전기사업용 전기설비"라 한다)를 설치, 운용하기 위한 건물·구축물과 그 부속시설
2. 전기사업용 전기설비와 제1호의 시설의 설치·운용을 위한 용수 (생활용수·지하수 및 해수를 포함한다) 시설·송유시설·회처리장·재료적치장·방사성폐기물관리시설과 그 부속시설
3. 제1호 및 제2호의 규정에 의한 시설의 설치·운용에 종사하는 자를 위한 숙소와 그 부속시설 법인세법시행령제31조 【즉시상각의 의제】① 법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.
② 제1항에서 자본적 지출이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.
1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조
2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치
3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치
4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물·기계·설비 등의 복구
5. 기타 개량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
2. "사회간접자본시설사업"이라 함은 사회간접자본시설의 신설·증설·개량 또는 운영에 관한 사업을 말한다. 사회간접자본시설에 대한 민간투자법시행령 제22조【총사업비의 산정】① 법 제13조 제3항 및 법 제25조 제3항의 규정에 의한 총사업비는 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 사회기반시설의 신설·증설 또는 개량에 소요되는 경비로서 다음 각호의 비용을 합산한 금액을 말한다.
(2) 쟁점(3) 관련법령 국제조세조정에관한법률 제4조【정상가격】과세당국은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다 법인세법 제28조【지급이자의 손금불산입】① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)
1. 제44조의 규정에 의하여 인정이자를 계산하지 아니하는 금액
2. 사용인에 대한 월정급여액의 범위안에서의 일시적인 급료의 가불금
3. 사용인에 대한 경조사비의 대여액
4. 사용인(사용인의 자녀를 포함한다)에 대한 학자금의 대여액
(4) 쟁점(4) 관련법령 법인세법 제37조【공사부담금으로 취득한 고정자산가액의 손금산입】① 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 내국법인이 그 사업에 필요한 시설을 하기 위하여 전기·가스·열 등의 수요자 또는 그 시설에 의하여 편익을 받는 자로부터 그 시설을 구성하는 토지 등 고정자산을 제공받은 경우 또는 금전 등(이하 이 조에서 “공사부담금”이라 한다)을 제공받아 그 제공받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 당해 시설을 구성하는 고정자산의 취득에 사용하는 경우에는 그 고정자산의 가액(공사부담금으로 취득한 경우에는 그 고정자산의 취득에 사용된 공사부담금에 상당하는 금원)은 대통령령이 정하는 바에 의하여 손금에 산입할 수 있다.
1. 전기사업법에 의한 전기사업
② 제36조 제2항 및 제3항의 규정은 공사부담금으로 고정자산을 취득하는 경우의 손금산입 등에 관하여 준용한다.
③ 제1항 및 제2항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 제공받은 고정자산 및 공사부담금과 공사부담금으로 취득한 고정자산의 명세서(제2항의 경우에는 공사부담금의 사용계획서)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하다. 법인세법 제36조【국고보조금 등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입】② 국고보조금을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용자산을 취득 또는 개량하지 아니한 내국법인이 그 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 1년 이내에 이를 취득 또는 개량하고자 하는 경우에는 제1항의 규정을 준용하여 손금에 산입할 수 있다.
③ 제2항의 규정에 의하여 국고보조금 등 상당액을 손금에 산입한 내국법인이 손금에 산입한 금액을 기한내에 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용하지 아니하거나 사용하기 전에 폐업 또는 해산하는 경우 그 사용하지 아니한 금액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 다만, 합병 또는 분할하는 경우로서 합병법인 등이 그 금액을 승계한 경우를 제외하며, 이 경우 그 금액은 합병법인 등이 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입한 것으로 본다. 법인세법시행령 제65조【공사부담금의 손금산입】② 법 제37조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 개별 고정자산별로 당해 고정자산가액에 상당하는 금액(공사부담금을 제공받아 고정자산을 취득하는 경우에는 그 취득에 사용된 공사부담금에 상당하는 금액을 말한다)으로 한다.
③ 제64조 제3항 내지 제5항의 규정은 제2항의 규정에 의한 고정자산가액에 상당하는 금액의 손금산입 및 익금산입에 관하여 이를 준용한다. 법인세법시행령 제64조【국고보조금 등의 손금산입】③ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 당해 사업용 자산별로 다음 각호의 구분에 따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.
1. 감가상각자산: 일시상각충당금
2. 제1호 외의 자산: 압축기장충당금
④ 법 제3항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 일시상각충당금과 압축기장충당금은 다음 각호의 방법으로 익금에 산입한다.
1. 일시상각충당금은 당해 사업용 자산의 감가상각비(취득가액 중 당해 일시상각충당금에 상당하는 부분에 대한 것에 한한다)와 상계할 것. 다만, 당해 자산을 처분하는 경우에는 상계하고 남은 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입한다.
2. 압축기장충당금은 당해 사업용 자산을 처분하는 사업연도에 이를 전액 익금에 산입할 것.
(1) 쟁점(1)에 대하여 (가) 처분청이 심리자료로 제시하는 이 건 법인세결정결의서에 의하면, 2001사업연도의 경우 발전회사의 분할로 인한 손금추인액 등이 추가 익금산입액 보다 더 많아 결정과세표준이 당초 신고한 1,754,537,784,666원에서 1,716,009,478,817원으로 감소하게 되어 법인세 환급액 11,310,219,980이 발생하였고, 2002사업연도의 경우 1999사업연도분 사회간접자본투자준비금환입액 등의 손금추인액 등이 추가 익금산입액 보다 더 많아 결정과세표준이 당초 신고한 3,176,809,l065,730원에서 3,157,678,379,620원으로 감소하게 되어 법인세 환급액 11,310,219,980이 발생한 사실이 확인된다. (나) 이 건의 감액경정한 2001사업연도 및 2002사업연도 법인세 부과처분에 대한 불복청구가 본안심리대상인지를 살펴보면, 감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우 쟁송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이며, 감액경정결정이 쟁송의 대상이 되는 것은 아니라 할 것이고(OOO 등 참조), 경정처분이 불이익한 것인지 여부는 납세자가 부담하여야 할 세액이 증가하였는지를 기준으로 판단하여야 할 것인 바, 신고납부방식의 조세에 있어서 납세자의 당초 신고한 내용대로 과세표준과 세액이 확정된 이후 과세관청이 직권으로 경정결정을 함에 있어 일부 항목에 대한 증액과 다른 항목에 대한 감액을 동시에 한 결과 전체로서 세액이 감소된 때에는 납세자에게 불이익을 미치는 것이 아니므로 그 감액경정처분의 취소를 구할 수는 없다 할 것이다(OOO 2002.7.12. 등 참조). 따라서, 이 건 법인세의 경정처분에 대하여 청구법인이 불복청구한 사업연도중 증액경정한 1998～2000사업연도에 대하여는 본안심리를 함이 타당하고, 감액경정한 2001～2002사업연도에 대하여는 본안심리를 할 수 없다고 판단된다.
(2) 쟁점(2)에 대하여 (가) 청구법인의 법인세 과세표준 신고서 및 처분청의 경정결의서 등에 의하면 사회간접자본준비금의 손금산입 신고 및 부인 내역은 아래 표와 같다. OOO (나) 청구법인은 아래 표와 같이 처분청이 부인한 범위 내의 토지구입비 등 및 자본적 지출액 투자금액 1,060,840백만원에 상당하는 준비금 상당액 103,430백만원을 손금에 산입하여야 한다고 주장하고 있다. OOO (다) 청구법인의 남서울전력관리처의 투자준비금 계상자료(1998년 및 2002년)에 의하면 청구법인이 사회간접자본준비금 설정대상 투자금액을 산정하면서 토지 및 비품구입액은 비전원설비로 분류하여 제외하였고, 전원설비의 개량 및 보수비는 그 대상에서 제외한 사실이 나타난다. OOO (라) OOO국세청장의 이의신청 결정서(OOO)에는 “도로의 경우 반드시 한국도로공사가 시행하는 경우에만 사회간접자본투자준비금의 대상이 되는 것이 아니라 이 건 영흥화력건설처의 진입도로 및 교량축조의 경우와 같이 청구법인의 고유업무인 전원설비에 해당하지 않더라도 도로 및 교량의 건설은 사회간접시설에 해당하고, 따라서 당초 입법취지 등을 볼 때 해당법인의 고유업무와 직접적인 관련이 없다고 하더라도 그 투자의 내용이 사회간접자본에 투자된 것이 확실하다면 이에 대한 사회간접자본투자준비금은 손금용인대상인 것으로 보아야 한다”는 내용이 기재되어 있다. (마) 청구법인이 제출하는 전원설비 보강공사 또는 개량·교체공사와 관련된 자료에 의하면 전원설비 중 발전설비는 발전기, 터빈 등 주기기와 수 많은 보조기기로 구성되어 있고, 각 기기별로 개별자산으로 관리되고 있음이 나타나고, 기술개발에 따른 보조기기 신형모델 교체와 전원설비 성능향상을 위한 설비개선, 보조기기 추가 설치, 노후화된 설비에 대한 내용연수 연장을 위한 보강공사가 이루어지고 있는 사실이 나타난다. (바) 먼저, 토지(용지) 등이 사회간접자본투자준비금 설정대상에 해당하는지에 대하여 살펴보면, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것인바(OOO 같은 뜻임), 조세특례제한법 제25조 제1항 제2호에는 “전원개발에 관한 특례법 제2조 제1호의 규정에 의한 전원설비”를 사회간접자본준비금 설정대상으로 규정하고 있고, 구 전원개발에 관한 특례법(현 전원개발촉진법) 제2조 제1호에서 “전원설비”라 함은 발전 및 송변전을 위한 전기사업용 전기설비와 그 부대시설을 말한다고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제3조에서는 “부대시설”의 범위를 규정하고 있는데, 위 규정에는 사회간접자본투자준비금 설정대상인 “전원설비”에 그 부속토지가 포함되는지에 대한 명문규정이 없고, 2003.12.30 개정된 전원개발촉진법 제2조 제2호에서 전원설비의 토지등을 취득하는 사업을 “전원개발사업”의 범위에 포함하고 있다. 위와 같이 관련법령에서 사회간접자본투자준비금의 설정대상을 구 전원개발에 관한 특례법(현 전원개발촉진법) 제2조 제1호의 규정에 의한 전원설비라고 명백히 규정하고 있고, 전원설비를 설치하기 위한 토지구입비는 같은법 제2조 제2호에 규정되어 있으므로 토지구입비 및 조경공사비는 관련법령의 해석상 사회간접자본투자준비금의 설정대상이 아니라고 판단된다. (사) 다음으로, 전원설비의 보강공사 및 개량·교체공사 등의 자본적지출액이 준비금 설정대상인지 여부에 대하여 살펴보면, 조세특례제한법 제28조 제1항은 사회간접자본투자준비금의 설정대상을 “사회간접자본에 투자”한 금액이라고만 규정하고 있고, 그 투자의 범위에 대하여 별도로 규정하고 있지 아니하고, 투자와 관련되어 세액공제를 규정한 조세특례제한법 제5조(중소기업투자세액공제), 제26조(임시투자세액공제) 등에서는 “중고품에 대한 투자를 제외한다”고 규정하고 있으나, 투자와 관련되어 준비금의 손금산입을 규정한 조세특례제한법 제4조(중소기업투자준비금의 손금산입)에서는 “자산의 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금”으로 규정하여 자본적지출액을 포함하도록 규정하고 있으며, 사회간접자본에 대한 민간투자법(구 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법) 제2조 제4호에서 사회간접자본시설사업이라 함은 사회간접자본시설의 신설·증설·개량에 관한 사업을 말한다고 규정하고 있고, 동법 시행령 제17조 제1항에는 사회간접자본시설사업의 총사업비를 “사회간접자본시설의 신설·증설 또는 개량에 소요되는 경비”라고 규정하고 있으며, 전원개발에관한특례법(현 전원개발촉진법) 제2조 제2호(현 제2호 가목)에서 전원개발사업이라 함은 전원설비를 설치 또는 개량하는 사업을 말한다고 규정하고 있어 세법상의 사회간접자본투자준비금의 손금산입 규정과 관련이 있는 다른 법령에서는 증설·개량 등 자본적 지출에 의한 취득을 모두 사회간접자본시설의 취득사업 즉, 투자로 보고 있음을 알 수 있다. 또한, 청구법인이 실시하는 개량 및 교체공사 또는 보강공사는 실질적인 의미에서 각각의 개별자산으로 관리하고 있는 고가의 보조기기를 신제품으로 대체하거나 그 내용연수를 연장시키는 공사로서 금액의 측면에서나 공사의 난이도 측면에서나 신규투자와 차별을 두어야 할 합리적인 이유를 찾기 어렵다고 판단된다. 따라서 처분청이 전원설비의 신·증설인 경우만 투자로 인정하고 기존시설의 개량·교체비용을 투자가 아니라고 하여 전원설비의 보강공사, 개량·교체공사에 지출한 금액에 대하여 투자준비금 설정 금액을 부인한 처분은 아무런 법적근거가 없는 것이라 할 것이므로 청구법인이 1999사업연도에 전원설비의 보강공사 및 개량·교체에 지출한 527,557,401,101원, 동 금융비용 121,514,633,209원, 2000사업연도에 전원설비의 보강공사 및 개량·교체에 지출한 260,272,073,343원, 동 금융비용 67,805,803,877원, 총합계 977,149,911,530원을 처분청이 1999사업연도 및 2000사업연도에 사회간접자본투자준비금 설정대상이 아니라고 부인한 1,622,669,246,615원(1999사업연도 1,562,557,728,590원, 2000사업연도 60,111,518,025원)의 범위안에서 투자준비금 설정대상으로 인정하여야 한다고 판단된다(OOO참조).
(3) 쟁점(3)에 대하여 (가) 청구법인은 1995.6.9 해외 자회사인 OOO 주식회사(이하 “한전홍콩”이라 한다)를 100% 출자하여 설립하였고, OOO은 51%를 출자(나머지는 일본의 미쓰비시 21%, 구주전력 8%, 미국의 미란트 20% 출자)하여 필리핀에 1997.9.12 OOO을 설립하였으며, 청구법인은 2000.3.6 필리핀에 100%를 출자하여 해외 자회사인 OOO회사를 설립하였고, OOO회사는 OOO이 보유하던 OOO의 주식 전부(발행주식의 51%)를 인수하였다. (나) 청구법인의 장부 등에 의하여 확인되는 쟁점대여금의 발생 및 회수내역은 아래 표와 같다. OOO (다) 처분청은 청구법인이 해외손자회사인 OOO에게 운영자금 명목으로 지출한 쟁점대여금에 대하여 국제조세조정에관한법률 제5조의 규정에 의거 국제실세금리에 의한 정상가격 상당액 3,253,454천원을 익금산입하고, 또한 동 대여금을 법인세법 제28조의 규정에 의한 업무무관가지급금으로 보아 관련 지급이자 1,233,749천원을 손금불산입한 반면, 청구법인은 쟁점대여금과 관련된 지급이자상당액은 5,336,667천원이므로 동 대여금을 업무무관가지급금에서 제외할 경우 위 5,336,667천원 상당액을 손금불산입금액에서 제외하고 추가로 손금에 산입하여야 한다고 주장하고 있다(정상가격 상당액이 3,253,454천원인 사실에 대하여는 다툼이 없음). OOO (라) 청구법인이 제출하는 OOO 사업개요에 의하면 청구법인은 필리핀 정부가 최우선 국책사업으로 추진하고 있는 필리핀(팔라완 지역) 천연가스개발 연계사업의 하나인 천연가스복합화력발전소(1200MW) 건설 및 운영사업의 참여를 권유하여 기 수행중이던 OOO화력발전소(650MW) 성능복구·운영사업을 발판으로 필리핀 전력시장에 적극적으로 진출하여 동남아 전력시장 개척의 교두보를 구축코자 입찰에 참여키로 결정한 것으로 되어 있고, 발주자는 OOO이며, 사업기간은 25년(1997년 11월～2022년 6월, 사업인허가 등 사업 준비기간 및 건설기간 5년 포함)이고, 1999.3.8 발전소 건설계약 체결하여 1999.3.15 발전소 건설을 착공하였으며, 2002.6.5 발전소를 준공한 것으로 되어 있다. (마) 청구법인과OOO 및 OOO가 체결한 사업이행보장각서(1997.11.5) 제5조에는 “OOO은 OOO이 OOO발전소의 건설·운영유지 및 전력판매계약을 이행할 수 있도록 사업 인·허가, 사업재원조달 등에 필요한 기술·경영자문 등 제반지원을 하여야 한다”고 규정하고 있음을 알 수 있다. (바) 청구법인의 정관 제2조는 전력자원의 개발, 발전·송전·변전·배전 및 이와 관련되는 영업, 이와 관련되는 사업에 관한 연구 및 기술개발, 앞선 사업에 관련되는 사업에 대한 투자 또는 출연을 영위함을 청구법인의 목적으로 한다는 내용이 기재되어 있다. (사) 청구법인은 OOO으로부터 1997.9.부터 2005.12.까지 경영 및 기술자문료, 보증료 명목으로 USD 15,004,958.06을 수취하여 아래 표와 같이 수익으로 계상하였다. OOO (아) 청구법인의 배당수입과 관련된 회계결의서에 의하면 청구법인이 2004.5.4 OOO로부터 USD 9,180,000(원화 10,470,708천원)을 배당받아 수익으로 계상한 사실이 나타난다. (자) 청구법인이 제시하는 업무무관가지급금등에 대한 1998～2002사업연도의 지급이자손금불산입내역에 의하면 아래표와 같이 쟁점대여금을 포함한 전체 업무무관자산등에 대한 지급이자상당액 29,274,518천원에서 청구법인이 손금불산입하여 신고한 23,169,694천원을 차감한 6,104,823천원을 손금불산입하였고, 쟁점대여금에 대한 지급이자상당액은 5,336,667천원인 사실을 알 수 있다. OOO (차) 먼저, 쟁점대여금이 인정이자 계산대상인지 여부에 대하여 살펴보면, 청구법인이 국외특수관계자에 해당하는OOO에게 초기운영자금을 무이자로 대여한 사실에 대하여는 다툼이 없고, 국외특수관계자에게 자금을 무이자로 대여한 것이 부당행위에 해당되어 인정이자를 계산하여야 하는지에 대하여는 법인세법이 아닌 국제조세조정에관한법률의 규정이 우선 적용되는 것인데 국제조세조정에관한법률 제4조에 의하면, 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있으므로 이 건의 경우 처분청이 국제실세금리를 정상가격으로 보아 쟁점대여금의 인정이자를 계산하여 익금산입한 처분은 정당하다고 판단된다. (카) 다음으로, 쟁점대여금이 지급이자 손금불산입대상인 업무무관가지급금인지 여부에 대하여 살펴보면, 국외특수관계자에게 대여한 쟁점대여금이 업무와 관련없는 가지급금에 해당되는 경우에는 법인세법 제28조의 규정에 의거 관련지급이자를 손금불산입하여야 하는 것이 원칙인데 이 건의 경우 쟁점대여금은 청구법인의 해외투자와 관련하여 차관 자금의 집행 전에 발생한 초기 선집행자금에 대해 당사자간에 약정한 사업이행보장각서의 내용을 이행하기 위하여 대여하였다고 보여지고, 청구법인은 OOO으로부터 경영 및 기술자문료로 USD 15,004,958.06의 수입이 있었고, OOO로부터 배당수입 USD 9,180,000이 있었던 점으로 볼 때 쟁점대여금을 청구법인의 업무와 관련이 없다고 보기는 어려우므로 처분청이 쟁점대여금을 업무무관가지급금으로 보아 1998～2000사업연도에 관련 지급이자를 손금불산입한 처분은 부당하다고 판단된다. 한편, 처분청은 쟁점대여금과 관련한 지급이자손금불산입액이 1,233,749천원이라고 답변하고 있으나 청구법인은 쟁점대여금과 관련된 지급이자손금불산입액 상당액이 5,336,667천원이라고 주장하면서 제출한 지급이자손금불산입내역{위 사실관계 (자) 참조}에 의하면 그 계산근거가 구체적이므로 처분청이 이를 확인하여 그 내용이 정당하면 위 5,336,667천원 중 1998～2000사업연도 해당분은 사업연도별로 손금불산입에서 제외하거나 추가로 손금에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.
(4) 쟁점(4)에 대하여 (가) 청구법인은 전주이설공사 등과 관련하여 신청자로부터 수령한 공사부담금을 신고조정에 의하여 익금산입하고 같은 금액을 일시상각충당금으로 계상하여 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다. (나) 처분청은 청구법인이 신청자로부터 수령한 공사부담금중 수령한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터 1년 내에 미사용한 쟁점공사부담금 33,049,812천원을 그 사유가 발생한 사업연도의 익금에 산입하여 이 건 법인세를 과세하였다. (다) 이에 대하여 청구법인은 쟁점공사부담금을 기한 내 사용하지 못하여 동 공사부담금(실제는 일시상각충당금)을 익금에 산입하는 것이 타당하다고 하더라도 동 공사부담금으로 취득한 고정자산의 감가상각비 상당액(일시상각충당금과 상계하여 손금에 산입하지 아니한 금액임) 1,319,652천원, 수익적 지출(공사부담금의 집행과 관련하여 수익적지출로 처리한 금액임)로 처리한 2,982,708천원, 신청자에게 환불한 금액(공사후 남은 잔액으로 신청자에게 반환한 금액임) 6,250,143천원 합계 10,552,503천원은 손금에 산입하여야 한다고 주장하고 있다. OOO (라) 살피건대, 청구법인이 공사부담금 사용기한이 경과한 후에 설비 등 고정자산을 준공할 경우, 준공 이후에 결산조정에서 동 고정자산의 감가상각비를 계상하였다가 공사부담금과 상계한 후 신고조정에서 같은 금액의 일시상각충당금을 익금가산(유보)하고 공사부담금은 손금가산(△유보)한 것이어서 세무조사시 공사부담금의 사용기한이 경과하였다는 사유로 일시상각충당금을 전액 익금가산하면 감가상각비상당액의 일시상각충당금은 이중으로 과세되는 것이므로 손금추인하여야 할 것이고, 청구법인이 공사부담금 사용기한이 경과한 후에 고정자산을 취득하는 것 외에 수익적 지출에 사용된 금액은 법인세 신고시에 일시상각충당금을 익금가산(유보)하고 공사부담금은 손금가산(△유보)한 것이어서 세무조사시 공사부담금의 사용기한이 경과하였다는 사유로 일시상각충당금을 전액 익금가산하면 수익적 지출로 정산된 금액은 이중으로 과세되는 것이므로 손금추인하여야 할 것이며, 청구법인이 공사부담금 사용기한이 경과한 후에 고정자산의 취득이나 수익적 지출에 사용된 것 외에 환불로 정산된 금액은 위 수익적 지출의 경우와 마찬가지로 법인세 신고시에 일시상각충당금을 익금가산(유보)하고 공사부담금은 손금가산(△유보)한 것이어서 세무조사시 공사부담금의 사용기한이 경과하였다는 사유로 일시상각충당금을 전액 익금가산하면 신청자에게 환불하여 정산된 금액은 이중으로 과세되는 것이므로 손금추인하여야 할 것이다. 따라서 위 청구인의 손금산입주장금액 10,552,503천원 중 본안심리대상인 1998～2000사업연도에 해당되는 3,162,935천원은 손금산입하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 요건심리결과 2001～2002사업연도는 본안심리 대상이 아니고, 1998～2000사업연도는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호·제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.