수입신고일과 수입세금계산서의 발행일이 상이한 경우의 매입세액 공제 여부

청구법인은 ○○○○시 ○○군 ○○읍 ○○ 216에 지점사업장인 ○○○○○○○(주) ○○○○○본부(이하 “지점사업장”이라 한다)를 두고 청구법인의 본점사업장과는 별도로 부가가치세법 제5조 에 의거 사업자등록을 하였으며, 청구법인은 2003년도부터는 ○○○○○○ 건설 및 운영에 소요되는 건설자재와 수리부분품 등의 재화를 외국에서 수입하면서 부가가치세 신고업무를 전사적자원관리(ERP)시스템으로 하고 있는 바, 매입처별세금계산서합계표와 부가가치세 신고서가 수입신고수리일(통관일)이 속하는 과세기간에 동 시스템으로 자동집계 및 작성되고 있다.

○○○국세청장은 ○○세무서에 대한 정기업무 감사 시 청구법인 지점사업장의 2003년 제1기부터 2004년 제2기까지의 세금계산서 불부합자료 처리에 대한 검토결과 수입재화에 대하여는 수입세금계산서를 교부받은 날이 속하는 과세기간에 매입처별세금계산서합계표를 제출하여야 함에도 지점사업장이 수입세금계산서를 교부받지도 아니한 상태에서 아래 표와 같이 2003년 제1기부터 2004년 제2기까지 ○○세관장과 ○○세관장 및 ○○세관장으로부터 교부받은 수입세금계산서 중 수입세금계산서 교부일이 속하는 과세기간 이전인 수입신고수리일 속하는 과세기간이나 같은 과세기간이라 하더라도 수입세금계산서 교부일이 속하는 확정 신고기간이 아닌 수입신고수리일이 속하는 예정신고기간의 부가가치세 신고서 매입처별세금계산서합계표를 작성ㆍ제출한 사실(이하 동 합계표의 공급가액 70,704,853,805원을 “쟁점금액”이라 한다) 등을 확인하고, 동 감사결과를 처분청에 통보하였다. 처분청은 위 감사결과 통보에 따라 쟁점금액 중 청구법인이 수입세금계산서 교부일이 속하는 과세기간이 아닌 수입신고수리일이 속하는 과세기간의 부가가치세 신고시 매입세액을 공제받은 수입세금계산서의 매입세액을 불공제하고, 쟁점금액에 대하여는 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세 및 신고ㆍ납부불성실가산세를 부과함과 동시에 위 과세기간이 다름을 이유로 매입세액을 불공제한 수입세금계산서의 매입세액은 당해 수입세금계산서 교부일이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제하면서 매입처별세금계산서합계표 미제출에 대한 가산세를 부과하는 등으로 하여 2005.4.22 지점사업장에게 과세예고통지를 하였다. 처분청은 청구법인이 국세청장에게 제기한 과세전적부심사결정에서 청구법인이 매입처별세금계산서합계표를 착오로 작성하여 신고한 것으로 인정되고, 수입세금계산서 교부일이 속하는 과세기간에 대한 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세의 부과는 중복과세로서 부당하다고 결정하자 아래 표와 같이 신고ㆍ납부불성실가산세만을 가산하여 2005.9.8. 청구법인의 지접사업장에게 부가가치세 계 1,543,312,450원(2003년 제1기분 333,981,620원, 2004년 제1기분 442,088,250원, 2004년 제2기분 767,242,580원)을 경정고지하고, 2003년 제2기분 부가가치세 235,433,950원을 경정 감하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.12.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 부가가치세법상 수입재화의 공급 시기는 수입신고수리일(통관일)인바, 수입재화의 매입세액은 이 날이 속하는 과세기간에서 공제하는 것이 타당하다. 따라서 세관장이 관세의 징수편의상 쟁점금액과 관련된 수입세금계산서를 과세기간을 달리하여 지연 교부하였을 뿐이지 청구법인으로서는 수입재화의 공급시기가 속하는 과세기간에 정당하게 매입처별세금계산서합계표를 재출하였음에도 처분청이 동 기간의 매입세액공제를 부인하고 신고ㆍ납부불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다. 설령, 처분청과 같이 수입세금계산서 교부일이 속하는 과세기간에 매입처별세금계산서합계표를 제출하여야 한다 하더라도 청구법인이 수입재화의 공급시기가 속하는 과세기간에 부가가치세 신고를 하는 것이 정당하다고 보아 한 행위에 대하여 신고ㆍ납부불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 수입재화에 대하여는 세관장이 부가가치세를 징수하는 때에 수입세금계산서를 교부하는 것인 바, 이 날이 속하는 과세기간에 매입처별세금계산서합계표를 제출하여야 함에도 청구법인은 쟁점금액과 관련된 수입세금계산서를 수취하지 아니한 상태에서 매입처별세금계산서합계표를 제출하여 동 매입세액을 공제받았으므로 신고ㆍ납부불성실가산세를 부과한 처분과 동 매입세액을 수입세금계산서 교부일이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제한 처분은 정당하다 또한, 가산세는 법에 정하여진 의무 불이행시 부과하는 것으로 행위의 고의나 과실 또는 부지나 착오 등을 따지지 아니하는 것인바, 청구법인이 전산프로그램을 잘못 작성함으로써 쟁점금액과 관련된 수입세금계산서 교부일이 속하는 과세기간이 아닌 수입신고수리일이 속하는 과세기간에 매입처별세금계산서합계표를 제출하여 동 매입세액을 공제받은 것에 대하여 신고ㆍ납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 수입세금계산서 교부일이 속하는 과세기간 이전인 수입신고수리일이 속하는 과세기간이나 같은 과세기간이라 하더라도 수입세금계산서 교부일이 속하는 확정신고기간이 아닌 수입신고수리일이 속하는 예정신고기간의 부가가치세 신고시 매입처별세금계산서합계표를 작성ㆍ제출한 것에 대하여 신고ㆍ납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제9조 (거래시기) ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이동가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제21조 (재화의 공급시기) ① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 페업일을 공급시기로 본다.

11. 사업자가 보세구역내에서 보세구역 이외의 국내에 재화를 공급하는 경우에 당해 재화가 수입재화에 해당하는 때에는 수입신고수리일 (3) 부가가치세법 제16조 (세금계산서) ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외의 대통령령이 정하는 사항

③ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 세금계산서를 수입자에게 교부하여야 한다. (4) 부가가치세법 제20조 (세금계산서합계표의 제출) ① 사업자는 제16조 제1항 제16조 제1항 및 3항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하였거나 교부받은 때에는 다음 각호의 사항을 기재한 매출처별세금계산서합계표와 매입처별세금계산서합계표 (이하 “매출ㆍ매입처별세금계산서합계표”라 한다)를 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다. 다만, 제18조제2항 본문의 규정이 적용되는 경우에는 당해 과세기간의 확정신고와 함께 제출하여야 한다.

1. 공급하는 사업자 및 공급받는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

4. 거래기간동안의 공급가액의 합계액 및 세액의 합계액

5. 제1호 내지 제4호외에 대통령령이 정하는 사항 (5) 부가가치세법 시행령 제56조 (수입세금계산서) 법 제16조 제3항의 규정에 의하여 교부하는 세금계산서는 법 제16조 제1항의 규정을 준용하여 관세청장이 정하는 바에 의한다.

(6) 수입세금계산서교부에 관한 고시 제2000-44호) 제2조(수입세금계산서의 교부) ① 세관장은 부가가치세를 징수, 환급, 충당하는 때에 수입세금계산서(별지 제1호 서식)를 교부한다. 다만, 부가가치세가 면제되는 경우에는 수입신고수리를 하는 때(관세법 제16조 각호에 해당하는 것에 대하여는 그 사실이 발생한 때)에 교부하고, 법령의 규정에 의하여 부가가치세의 징수가 유예되는 경우에는 실지로 부가가치세를 징수하는 때에 교부한다. (7) 부가가치세법 제22조 (기산세) ④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제1호의2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액.

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 수입신고서 및 처분청의 부가가치세 경정결의서 등을 보면, 지점사업장인 ○○○○○본부는 2003년 제1기부터 2004년 제2기까지 ○○세관장과 ○○세관장 및 ○○세관장으로부터 교부받은 수입세금계산서 중 수입세금계산서 교부일이 속하는 과세기간 이전인 수입신고수리일 속하는 과세기간이나 같은 과세기간이라 하더라도 수입세금계산서 교부일이 속하는 확정신고기간이 아닌 수입신고수리일이 속하는 예정신고기간의 부가가치세 신고시 쟁점금액(공급가액 계 70,704,853,805원)과 관련된 수입세금계산서의 매입처별세금계산서합계표를 작성ㆍ제출하였음이 확인되고, 청구법인의 이러한 부가가치세 신고에 대하여 처분청이 신고ㆍ납부불성실가산세를 부과한 사실은 앞에서 본 바와 같으며, 이들 사실관계에 있어서는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없는 것으로 판단된다.

(2) 청구법인이 수입재화의 매입세액은 수입신고수리일이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제하여야 한다고 주장하고 있는데 반해, 처분청은 수입세금계산서 교부일이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제하여야 한다는 의견인데, 처분청은 그 근거로서 부가가치세법 제16조 제3항 및 같은법시행령 제56조에서 세관장은 수입되는 재화에 대하여 관세청장이 정하는 바에 따라 부가가치세를 징수하는 때에 수입세금계산서를 교부하여야 한다고 규정하고 있고, 같은법 제17조 제1항은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세의 납부세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급 및 재화의 수입에 대한 매입세액을 공제한 금액으로 규정하고 있으며, 제2항은 공제하는 매입세액에는 부가가치세를 징수당하지 않은 경우에도 세금계산서를 교부받은 것은 모두 포함되나 징수를 당하거나 공급시기가 도래한 것이라 할 지라도 세금계산서를 교부받지 않은 것은 공제대상에 포함하지 않는다고 규정하고 있는 바, 수입재화도 세관장이 부가가치세를 징수하고 수입세금계산서를 교부하여야 만이 매입세액의 공제가 허용된다는 것이다. (3) 부가가치세법 제8조, 같은법 제9조, 같은법시행령 제21조, 같은법 제16조 제3항, 같은법시행령 제56조, 관세청장의 수입세금계산서교부에 관한 고시(관세청 고시 제2000-44호) 제2조 제1항을 종합하여보면, 부가가치세법상 세금계산서는 대금수수와 관계없이 공급시기에 교부하는 것이며, 관세청장의 수입세금계산서교부에 관한 고시는 수입재화의 공급시기를 부가가치세법상의 공급시기와 달리 규정한 것이 아니라 세관장이 관세와 부가가치세 징수의 편의 목적상 수입세금계산서를 지연교부할 수 있도록 교부특례를 규정한 것에 불과하다고 보아야 할 것이다. 또한, 관세청 고시 제2000-44호의 수입세금계산서교부에 관한 고시 제1호 서식 수입세금계산서를 보면, 부가가치세법 시행규칙 별지 제11호 서식 세금계산서가 작성일자를 기재하도록 되어 있는 것과는 달리 납부일자를 기재하도록 되어 있는 바, 세금계산서는 공급시기에 교부하는 것이므로 세금계산서 작성일자를 해당 재화의 공급시기로 보는 것이나, 수입재화의 경우 수입세금계산서상의 납부일자를 공급시기로 보는 것은 위에서 살펴본 바와 같은 이유로 타당하지 아니한 것으로 판단된다(국심 2003중493, 2003.6.20. 같은 뜻임). 따라서 부가가치세법상 수입재화의 공급 시기는 수입신고수리일로 보는 것이고(부가가치세법 시행령 제21조 제1항 제11호), 사업자가 재화나 용역을 제공하는 때에는 공급받는 자에게 세금계산서를 교부하여야 하는 것(부가가치세법 제16조 제1항)인 바, 사업자가 수입신고수리일이 속하는 과세기간이 경과한 후에 세관장으로부터 수입세금계산서를 교부받은 경우에는 교부받은 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제받을 수 있도록 한 것(부가가치세법 기본통칙 17-0-8)은 세관장이 수입재화에 대하여 부가가치세 등의 납부일에 수입세금계산서가 발행되는 현실을 고려하여 수입신고수리일과 수입세금계산서의 발행일이 다른 경우 수입세금계산서에 의한 매입세액을 수입신고수리일이 속하는 과세기간은 물론 그 수입세금계산서 발행일이 속하는 과세기간에도 공제 받을 수 있도록 허용한 것으로 보아야 할 것이다(국심 2004광1579, 2005.8.22. 같은 뜻임).

(4) 그러하다면 청구법인이 쟁점금액과 관련된 재화를 수입하고 수입세금계산서를 지연 교부받은 이 건의 경우, 청구법인이 수입신고수리일을 공급시기로 보아 매입처별세금계산서합계표를 당해 수입신고수리일이 속하는 과세기간 및 예정신고기간에 작성ㆍ제출한 것에 대하여 당해 수입세금계산서를 위 과세기간 및 예정신고기간 이후에 교부받았음을 사유로 청구법인이 신고한 동 부가가치세 매입세액의 공제를 부인하고 수입세금계산서의 교부일이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제하면서 신고ㆍ납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2006 년 11 월 9 일 주심국세심판관 이 ○○ 배심국세심판관 이 ○○ 허 ○○ 이 ○○